Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Уровень транскрипции генов-онкомаркеров в клетках крови больных гемобластозом

Диссертация: Уровень транскрипции генов-онкомаркеров в клетках крови больных гемобластозом
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

В дебюте далеко не всегда можно прогнозировать течение болезни. Слишком раннее начало лечения, — приводит к тому, что неоправданно накапливается токсичность химиотерапии, а это крайне нежелательно. У пациентов с лимфомами часто применяется лечебная тактика, которая называется «выжидательное наблюдение». Такой тактики придерживаются у больных с вялотекущими лимфомами и хроническим лимфолейкозом… Читать ещё >

Содержание

  • Список сокращений
  • Введение
  • 2. Обзор литературы
    • 2. 1. В-клеточный хронический лимфолейкоз
    • 2. 2. Организация и перестройка генов вариабельного региона 17 иммуноглобулинов. Формирование В-клеточного репертуара
    • 2. 3. Соматическая гипермутация
    • 2. 4. Изучение У-генов при лимфатических опухолях
    • 2. 5. Изучение молекулярных маркеров при В-клеточном хроническом 30 лимфолейкозе
    • 2. 6. Особенности метода ПЦР в реальном времени
  • 3. Экспериментальная часть 52 3.1 Объекты и методы исследования 52 3.1.1 Реактивы
  • ЗЛ2.Среды
    • 3. 1. 3. Характеристика больных
    • 3. 1. 4. Выделение мононуклеарных клеток периферической крови (ПМК) 55 и селекция клеток СБ 14+, СБ4+, СБ8+ и СБ 19+
    • 3. 1. 5. Получение препаратов ДНК, РНК и кДНК
    • 3. 1. 6. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
    • 3. 1. 7. Подготовка стандартов для абсолютного количественного анализа
      • 3. 1. 7. 1. Клонирование в плазмиде
      • 3. 1. 7. 2. Отбор рекомбинантных ДНК 57 «ЗШ.Ре^шщш ДНК.58»
      • 3. 1. 8. Секвенирование ДНК
      • 3. 1. 9. Создание олигонуклеотидных систем для детекции методом ПЦР- 5 8 РВ
      • 3. 1. 10. Количественная полимеразная цепная реакция в реальном времени 59 (ПЦР-РВ)
      • 3. 1. 11. Определение мутационного статуса генов иммуноглобулинов
      • 3. 1. 11. 1. Амплификация клонально-перестроенных генов вариабельного 63 региона иммуноглобулинов
      • 3. 1. 11. 2. Очистка ампликонов и определение их нуклеотидной 64 последовательности
      • 3. 1. 12. Компьютерные программы
      • 3. 1. 13. Статистический анализ
    • 3. 2. Результаты исследований и их обсуждение 68,
      • 3. 2. 1. Предыстория работы
      • 3. 2. 2. Разработка и тестирование набора реактивов для ПЦР-РВ
      • 3. 2. 3. Анализ мутационного статуса вариабельного региона генов 82 иммуноглобулинов
      • 3. 2. 4. Выбор референтного гена и генов, перспективных онкомаркеров В- 86 ХЛЛ
    • 3. 2. !5 Оценка уровня транскрипции г"енов 24Р-70, ?ВТВ20~ЪШ), МУСЫ. и ЬР
    • 3. 2. 6.АнадйТуровня^ тёиаъ^Р-70, ¿ВТВ20, ВАЮ, МУСЫ.91″ и ЬРЬ в различных субпопуляциях клеток крови
      • 3. 2. 7. Взаимосвязь уровня транскрипции генов ¿АР-70, ¿ВТВ20, ЪШ), 95 МУСЫ к ЬРЬ с мутационным статусом
      • 3. 2. 8. Анализ «нетипичных» случаев В-ХЛЛ
      • 3. 2. 9. Взаимосвязь уровня транскрипции генов ЬРЬ и ЪМЛ с 99 выживаемостью и другими прогностическими факторами
      • 3. 2. 10. Обсуждение результатов
  • Заключение
  • Выводы
  • Список литературы
  • Список сокращений dNTP дезоксинуклеотидтрифосфат
  • LB среда Luria-Bertan
  • YT среда из триптона и дрожжевого экстракта
  • ТЕ трис-ЭДТА буфер
  • TBE трис-борат-ЭДТА буфер
  • I. PTG изопропил-Р-О-тиогалактопиранозид
  • X. -Gal 5-бром-4-хлор-3-индоксизил-Р-Б-галактозид
  • SDS додецилсульфат Na
  • ПЦР полимеразная цепная реакция
  • ПЦР-РВ полимеразная цепная реакция в режиме реального времени
  • БСА бычий сывороточный альбумин
  • B-XJIJI B-клеточный хронический лимфолейкоз
  • OMJI острый миелоидный лейкоз
  • ОПЛ острый промиелоцитарный лейкоз
  • НЧК нормализованное число копий
  • FISH флуоресцентная in situ гибридизация (fluorescence in situ hybridization) array-CGH сравнительная геномная гибридизация на чипе (array comparative genomic hybridization)
  • ПМК/ГПС Периферические мононуклеарные клетки крови / периферическая кровь кДНК Комплементарная ДНК
  • ДНК Дезоксирибонуклеиновая кислота
  • РНК Рибонуклеиновая кислота
  • МФ Мутационный фактор
  • ОПЛ Острый промиелоцитарный лейкоз в-хлл B-клеточный хронический лимфолейкоз хлл Хронический лимфолейкоз
  • ГЦ Терминальный центр зт Злокачественная трансформация

Уровень транскрипции генов-онкомаркеров в клетках крови больных гемобластозом (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Лимфатические опухоли входят в группу самых распространенных опухолей у человека, а у детей занимают второе место по частоте. По данным статистических исследований в США, в последние десятилетия частота гемобластозов ежегодно возрастает на 4%. Причины этого роста не известны и одним из важных направлений современной науки стало изучение биологии лимфатических опухолей и улучшение их диагностики.

Одной из наиболее распространенных лимфатических опухолей является В-клеточный хронический лимфолейкоз (B-XJIJI). Это заболевание характеризуется гетерогенностью течения. Продолжительность жизни больных колеблется от нескольких месяцев до десятков лет. Исследования последних лет позволили выявить несколько маркеров прогноза B-XJIJI. В частности, было показано, что прогноз заболевания зависит от уровня созревания клетки-предшественницы B-XJIJI, который определяется по состоянию вариабельного региона генов иммуноглобулинов. Исследование мутационного статуса генов иммуноглобулинов — дорогой и трудоемкий метод, мало приемлемый в практической медицине. В связи с этим необходимы другие маркеры, пригодные к использованною в клинической практике.

Альтернативным способом оценки прогноза B-XJTJI может быть анализ различий уровня транскрипции генов в вариантах В-ХЛЛ, отличающихся по мутационному статусу генов иммуноглобулинов. Так, было показано, что экспрессия ZAP-70 коррелирует с мутационным статусом генов вариабельного региона иммуноглобулинов. Благодаря наличию антител к ZAP-70 довольно быстро были разработаны тесты, позволяющие оценивать экспрессию ZAP-70 с помошыо проточной цитофлуориметрии. Однако, иммуногистохимическое исследование костного мозга антителом к ZAP-70 не надежно, поскольку этот ген сильно экспрессируется в Т-клетках, примесь которых у больных B-XJIJI может быть велика. По этой же причине пе падежна оценка уровня мРНК ZAP-70 методами полимеразной пепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ.

ПЦР) или количественной ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ): такая оценка требует предварительной селекции В-лимфоцитов.

В последние годы в результате экспериментов с микрочипами составлен список генов, уровень транскрипции которых существенно различается в подгруппах больных В-ХЛЛ. Показано, что различия в уровне мРНК 1 некоторых из этих генов (DMD, ZBTB20, ZAP-70 и др.) довольно велики и относительно постоянны. Мы предположили, что эти гены могут использоваться в качестве дополнительных маркеров мутационного статуса иммуноглобулинов. Сам по себе анализ с помощью микрочипов вполне решает проблему прогнозирования течения В-ХЛЛ. Однако он еще более трудоемок, чем исследование мутационного статуса, дорог и не всегда надежен. Выборочная оценка наиболее значимых генов методом ПЦР в реальном времени при адекватных контролях представляет собой разумную альтернативу этому важному методу и может стать мощным оружием диагноза и прогноза.

Делью настоящей работы является определение уровня мРНК генов — потенциальных онкомаркеров в представительной группе больных В-ХЛЛ и доноров.

Для достижения цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Создать высокочувствительную и надежную методику ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) для точного количественного определения уровня мРНК генов.

2. Определить уровень мРНК генов эндогенного контроля (GAPDH, ТВР, 18S rRNA, HPRT1) в норме и хроническом лимфолейкозе.

3. Изучить и сравнить уровень мРНК генов — потенциальных онкомаркеров СZAP-70, DMD, ZBTB20, LPL и MYCN) в норме и хроническом лимфолейкозе.

4. Выбрать наиболее значимые генетические маркеры для разработки тест-системы прогноза В-клеточного хронического лимфолейкоза.

2 Обзор литературы.

Неходжкинские лимфомы подразделяются на две главные категории: В-клеточные лимфомы, которые развиваются из аномальных В-лимфоцитов и Т-клеточные лимфомы, которые развиваются из аномальных Т-лимфоцитов. Частота неходжкинских лимфом за последние 20 лет удвоилось. Клинические проявления лимфом разнообразны, поскольку они могут расти практически в любом органе. Течение неходжкинских лимфом также бывает разным. Некоторые развиваются длительно, годами и десятилетиями, и даже не требуют лечения. Другие характеризуются более агрессивным течением. По клиническому течению неходжкинские лимфомы подразделяются на три категории: высоко-агрессивные, агрессивные и вялотекущие. Со временем, лимфомы могут приобретать более агрессивное течение. Это называется* трансформацией. В таком случае клетки иначе выглядят под микроскопом и заболевание хуже поддается лечению.

Клетки агрессивных лимфом делятся очень быстро. Лимфоузлы и органы, в которых растут агрессивные лимфомы быстро увеличиваются в размерах, симптомы болезни появляются относительно рано. Некоторые агрессивные лимфомы характеризуются особенно быстрым ростом — по дням и неделям. К ним относятся лимфома Беркитта, Ти В-лимфобластные лимфомы. Они встречаются преимущественно у детей и молодых людей. У пожилых людей агрессивные лимфомы протекают медленнее. Пик заболеваемости приходится на 50 лет. Как и при болезни Ходжкина, мужчины заболевают чаще женщин.

Клетки вялотекущих лимфом делятся очень медленно. Основная причина их накопления состоит в том, что лимфоциты, выполнившие свою задачу по уничтожению возбудителя, не могут умереть. Вялотекущие лимфомы характеризуются длительным спокойным течением, но существенно менее чувствительны к химиотерапии. Заболевают, в основном, пожилые люди, чаще мужчины. Лимфоузлы и органы увеличиваются очень медленно, симптомы болезни появляются нескоро, иногда через несколько лет от начала болезни. Многие пациенты с вялотекущими лимфомами вообще не требуют лечения до тех пор, пока болезнь не вызывает проблем.

В дебюте далеко не всегда можно прогнозировать течение болезни. Слишком раннее начало лечения, — приводит к тому, что неоправданно накапливается токсичность химиотерапии, а это крайне нежелательно. У пациентов с лимфомами часто применяется лечебная тактика, которая называется «выжидательное наблюдение». Такой тактики придерживаются у больных с вялотекущими лимфомами и хроническим лимфолейкозом в случаях, когда болезнь не вызывает никаких симптомов и не ухудшает качество жизни. Такое состояние может длиться годами, иногда десятилетиями. Выжидательное наблюдение предполагает, что пациент регулярно проходит обследование. Это продолжается до тех пор, пока не появится серьезных проблем, связанных с болезнью. Если появляются признаки, свидетельствующие о прогрессии болезни, эту тактику прерывают и назначается какой-то вариант лечения.

Точная дифференциальная диагностика лимфом имеет принципиальное значение. Во-первых, потому, что опухоли, даже очень похожие клинически игистологически, могут радикально различаться по прогнозу. Во-вторых, если раньше выбор вариантов лечения, имевшийся в распоряжении докторов, был относительно не велик, то сегодня арсенал способов воздействия значительно расширен. Очень часто требуется дополнительное исследование — иммуногистохимия. При этом тонкий срез обрабатывают мечеными антителами против определенных молекул (CD). CD — кластеры дифференциации (cluster of differentiation) — это маркеры, которые имеются на? поверхности клеток, в том числе лимфоцитов. Определенная комбинация этих маркеров говорит о типе клеток, из которых возникла лимфома и позволяет поставить точный диагноз. Так, В-лимфоциты имеют на своей поверхности CD 19, CD20, CD22 и другие маркеры, а Т-лимфоциты CD3, CD4, CD8, CD5.

Соответственно, лимфомы, возникающие из них также несут эти маркеры. Анализ СО на клетках называется иммунофенотипирование, а анализ СО в ткани называется иммуногистохимия. Некоторые СО являются мишенями для< терапевтических антител. Так, С020 — мишень для антитела ритуксимаб (Мабтера), а СЭ52 — мишень для антитела СатраЙ1−1Н (алемтузумаб).

Выводы.

1. Создана высокочувствительная методика ПЦР-РВ с использованием оригинальных олигонуклеотидов, плазмидных стандартов и набора реактивов. На примере известного онкомаркера — гена MYCN показана возможность точного измерения копий генов и уровня мРНК в нейрогенных опухолях и хроническом лимфолейкозе.

2. Определена стабильность уровня транскрипции генов эндогенного контроля: GAPDH, HPRT1, 18S rRNA и ТВР у больных В-клеточным хроническим лимфолейкозом (В-ХЛЛ). Показано, что ген ТВР является наиболее надежным контролем для количественной оценки уровня мРНК генов-мишеней в клетках крови.

3. Впервые на большой выборке больных В-ХЛЛ (168 человек) проведен анализ уровня мРНК пяти генов — потенциальных онкомаркеров. Показана достоверная корреляция уровня мРНК генов липопротеинлипазы (ЬРЬ) и дистрофина (.DMD) с мутационным статусом гена иммуноглобулина и выживаемостью больных. На основании анализа отдельных субпопуляций клеток крови доказано, что повышение уровня мРНК гена ЬРЬ в периферической крови больных В-ХЛЛ происходит за счет фракции моноцитов.

4. Показано, что уровень мРНК трех потенциальных онкомаркеров (ZAP-70, MYCN и ZBTB20) не может использоваться для прогноза В-ХЛЛ. Корреляция уровня мРНК гена ZAP-70 с мутационным статусом гена иммуноглобулина выявлена только для фракции В-лимфоцитов. Уровень транскрипции генов ZBTB20 и MYCN по. различается у двух групп больных.

5. На представительной выборке больных определены критерии — пороговые значения уровня транскрипции генов ЬРЬ (НЧК = 0.4) и DMD (НЧК = 1), на основании которых возможно создание тест-системы прогноза В-ХЛЛ.

Заключение

.

Созданный на первом этапе работы набор реактивов для ПЦР-РВ «РиалитиТМ» надежен и удобен для количественного определения генов — потенциальных онкомаркеров лейкозов. Состав набора «РиалитиТМ» представлен полностью отечественными компонентами. Его можно использовать в качестве дешевой основы онкодиагностических наборов. В ходе работы создана и апробирована новая высокоспецифичная система олигонуклеотидов для измерения количества гена MYCN методом ПЦР-РВ. Результаты определения копийности гена MYCN методом ПЦР-РВ хорошо согласуются с данными, полученными классическими методами — FISH? и array-GGH. Таким образом, методом ПЦР-РВ с использованием набора «РиалитиТМ» и выбранных олигонуклеотидов возможно определение < уровней транскрипции и копийности онкогена MYCN в широком диапазоне* ч значений, включая добавки низкого уровня. Дополнительным.

• преимуществом данного диагностикума является получение1 результата в 1 виде точных числовых данных, малое время анализа и низкая стоимость.

Для точного определения уровня транскрипции генов — потенциальных онкомаркеров гемобластозов созданы плазмидные стандарты. Они позволяют определять абсолютное количество копий целевых и контрольных фрагментов ДНК с высокой надежностью и корректно сравнивать результаты. Уровень мРНК гена ТВР измеряли как контрольный, так как была продемонстрирована высокая стабильность уровня его транскрипции в клетках B-XJIJI по сравнению с другими генами эндогенного контроля.

Проведено масштабное исследование уровня транскрипции пяти генов: ZAP-70, ZBTB20, MYCN, LPL и DMD на представительной коллекции образцов крови больных В-ХЛЛ (168 образцов). Полученные данные являются новыми, поскольку результаты опытов на микрочипах далеко не всегда подтверждаются для каждого конкретного гена. Ранее было показано, что мутационный статус коррелирует с экспрессией белка ZAP-70. В настоящее время ZAP-70 считается наиболее важным маркером прогноза В-XJIJL Оценка ZAP-70 является обязательным тестом в клинических испытаниях B-XJIJI. В наших исследованиях связь мутационного статуса IgVH с транскрипционным профилем гена ZAP-70 выявлена только в случае CD 19+ селектированных лимфоцитов. Показано, что уровень мРНК генов LPL и DMD достоверно коррелирует с мутационным статусом вариабельного региона IgVH как селектированных клеток CD 19+, так и периферической крови. Уровень мРНК генов липопротеинлипазы и дистрофина может быть маркером прогноза на ранних стадиях В-клеточного хронического лимфолейкоза. Выявленные «нетипичные» случаи B-XJIJI характеризовались высоким уровнем мРНК гена LPL и вариантом IgVmut+ с тяжелым течением заболевания. Таким образом, создана фундаментальная основа диагностической системы, которая позволяет на основании нормализованного отношения числа копий кДНК генов LPL и DMD к числу копий кДНК контрольного гена ТВР делать прогноз течения B-XJIJI.

119 4.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Schroeder H.WJr., Dighiero G. The pathogenesis of chronic lymphocyticleukemia: analysis of the antibody repertoire. Immunology Today. 1994. 15. P. 288−294.
  2. Freedman A.S., Freeman G., Whitman J., Segil J., Daley J., Levine H., Nadler
  3. M. Expression and regulation of CD5 on in vitro activated human B cells. Eur J Immunol. 1989. 19(5). P. 849−855.
  4. Rai K.R., Sawitsky A., Cronkite E.P., Chanana A.D., Levy R.N., Pasternack B.S.
  5. Clinical staging of chronic lymphocytic leukemia. Blood. 1975. 46. P. 219 234.
  6. Binet J.L., Auquier A., Dighiero G., Chastang C., Piguet H., Goasguen J.,
  7. Richter M.N. Generalized reticular cell sarcoma of lymph nodes associated withlymphatic leukemia. Am J Pathol. 1928. 6. P. 285−299.
  8. Chemotherapeutic options in chronic lymphocytic leukemia: a meta-analysis ofthe randomized trials. CLL Trialists' Collaborative Group. J Natl Cancer Inst. 1999. 91(10). P. 861−868.
  9. Dighiero G., Binet J.L. When and how to treat Chronic Lymphocytic Leukemia.
  10. New England Journal4of Medicine. 2000. 343(24). P. 1799−1801.
  11. Montillo M., Hamblin T., Hallek M., Montserrat E., Morra E. Chroniclymphocytic leukemia: novel prognostic factors and their relevance for risk-adapted therapeutic strategies. Haematologica. 2005. 90(3). P. 391−399.
  12. Bosch F., Montserrat E. Refining prognostic factors in chronic lymphocyticleukemia. Rev Clin Exp Hematol. 2002. 6(4). P. 335−349- discussion 449 450.
  13. Montserrat E., Sanchez-Bisono J., Vinolasi N., Rozman C. Lymphocytedoubling time in chronic lymphocytic leukemia: Analysis of its prognostic significance. Br J Haematol. 1986. 62., P. 567−575.
  14. Fais F., Ghiotto F., Hashimoto S., Sellars B., Valetto A., Allen S.L., Schulman
  15. Dohner H., Stilgenbauer S., James M.R., Benner A., Weilguni T., Bentz M.,
  16. K., Hunstein W., Lichter P. 1 lq deletions identify a new subset of B-cell chronic lymphocytic leukemia characterized by extensive nodal' involvement and inferior prognosis. Blood. 1997. 89. P. 2516−2522.
  17. Cook G.P., Tomlinson I.M. The human immunoglobulin V (H) repertoire.1.munology Today, 1995. 16. P. 237−242.
  18. Cook G.P., Tomlinson I.M., Walter G., Riethman H., Carter N.P., Buluwela L.,
  19. Winter G., Rabbitts T.H. A map of the human- immunoglobulin VH locus completed by analysis of the telomeric region of chromosome 14q. 1994. Nat Genet. 7. P. 162−168.T
  20. Walter M.A., Surti U., Hofker M.H., Cox D.W. The physical organization ofthe human immunoglobulin heavy chain gene complex. EMBO J. 1990. 9. P. 3303−3313.
  21. MacLennan I. Immunology. The centre of hypermutation. Nature. 1991.354(6352). P. 352−353.
  22. MacLennan I.C.M. Germinal centers. Annu Rev Immunol. 1994. 12. P. 117 139.
  23. Storb U. Molecular mechanism of somatic hypermutation of immunoglobulingenes. CurrOpin Immunol. 1996. 8. P. 206−214.
  24. Storb U., Peters A., Klotz E., Kim N., Shen H.M., Kage K., Rogerson В.,
  25. Martin Т.Е. Somatic hypermutation of immunoglobulin genes is linked to transcription. Curr Top. Microbiol Immunol. 1998. 229. P. 11−19.
  26. Storb U., Klotz E.L., Hackett Jr.J., Kage K., Bozek G., Martin Т.Е. A
  27. Hypermutable Insert in an Immunoglobulin Transgene Contains Hotspots of Somatic Mutation and Sequences Predicting Highly Stable Structures in the RNA Transcript. J Exp Med. 1998. 188(17). P. 689−698.
  28. Kuppers R., Klein U., Hansmann M.L., Rajewsky K. Cellular origin of human
  29. B-cell lymphomas. N Engl J Med. 1999. 341(20). P. 1520−1529.
  30. E.A., Пивник A.B., Судариков А. Б., Валова Г. М., Габеева Н.Г.,
  31. Р.С., Иванов Д. В., Меликян А. Л., Ковалева Л. Г. Сравнение форм хронического лимфолейкоза в зависимости от мутационного статуса генов вариабельного региона иммуноглобулинов. Тер архив. 2000. 72(7). С. 52−56.
  32. Matsuda F., Ishii К., Bourvagnet P., Kuma Ki., Hayashida H., Miyata Т., Honjo
  33. T. The complete nucleotide sequence of the human immunoglobulin heavy chain variable region locus. J Exp Med. 1998. 188(11). P. 2151−2162.
  34. Hamblin T.J., Davis Z., Oscier D.G., Stevenson F.K. Unmutatedimmunoglobulin VH genes are associated with a more aggressive form of chronic lymphocytic leukemia. Blood. 1999. 94. P. 1848−55.
  35. Damle R.N., Wasil T., Fais F., Ghiotto F., Valetto A., Allen S.L., Buchbinder
  36. Maloum K., Pritsch O., Magnac C., Vuillier F., Davi F., Troussard X., Mauro
  37. F.F., Benichou J., Merle-Beral H., Dighiero G. Expression of unmutated VH genes is a detrimental prognostic factor in Chronic Lymphocytic Leukemia. Blood. 2000. 96. P. 377−379.
  38. Nikitin E.A., Lorie Iu.Iu., Melikian A.L., Samoilova R.S., Bulycheva T.I.,
  39. Obukhova T.N., Kaplanskaia I.B., Doronin V.A., Kolosova L.Iu., Goriacheva S.R. Factors of an unfavorable prognosis in patients with B-cell chronic lymphoid leukemia: a retrospective analysis of 206 cases. Ter Arkh. 2003. 75(7). P. 38−47.
  40. Nikitin E., Stadnik E., Bialik T., Baryah E., Sudarikov A., Volkova M.
  41. Prognostic significance of VH mutational status in early stages of CLL. Leuk Lymphoma. 2003. 44(2). P. 37−38.
  42. Plate J.M.D., Petersen K.S., Buckingham L., Shahidi H., Schofield C.M. Geneexpression in chronic lymphocytic leukemia B cells and changes during induction of apoptosis: Exp Hematol. 2000. 28. P. 1214 1224.
  43. Gunz F.W., Fitzgerald P.H., Adams A. An abnormal chromosome in chroniclymphocytic leukaemia. Brit Med J. 1962. 2. P. 1097−1099.
  44. Caspersson T., Zech L., Johansson C. Differential binding of alkylatingfluorochromes in human chromosomes. Exp Cell Res. 1970. 60. 315−319.
  45. Tsujimoto Y., Yunis J., Onorato-Showe L., Erikson J., Nowell P.C., Croce
  46. C.M. Molecular cloning of the chromosomal breakpoint of B-cell lymphomas and leukemias with the t (ll-14) chromosome translocation. Science. 1984. 224. P. 1403−1406.
  47. Tsujimoto Y., Jaffe E., Cossman J., Gorham J., Nowell P.C., Croce C.M.
  48. Clustering of breakpoints on chromosome 11 in human B-cell neoplasms with the t (l 1−14) chromosome translocation. Nature. 1985. 315: P. 340−343.
  49. Dohner H., Stilgenbauer S., Benner A., et al. Genomic aberrations and survivalin chronic lymphocytic leukemia. New Eng. J Med. 2000. 343. P. 1910c.1916. .
  50. Calin G.A., Trapasso F., Shimizu M., Dumitru C.D., Yendamuri S., Godwin
  51. Conley C.L., Misiti J., Laster A J. Genetic factors predisposing to chroniclymphocytic leukemia and to autoimmune disease. Medicine. 1980. 59. P. 323−334.
  52. Goldin L.R., Pfeiffer R.M., Li X., Hemminki K. Familial risk oflymphoproliferative tumors in families of patients with chronic lymphocytic leukemia: results from the Swedish Family-Cancer Database. Blood. 2004. 104. P. 1850−1854.
  53. Staudt L.M. Molecular diagnosis of the hematologic cancers. New Eng J Med.2003. 348. P. 1777−1785.
  54. Calin G.A., Sevignani C., Dumitru C.D., Hyslop T., Noch E., Yendamuri S.,
  55. Shimizu M., Rattan S., Bullrich F., Negrini M., Croce C.M. HumanmicroRNA genes are frequently located at fragile sites and genomic regions involved in cancers. Proc Nat Acad Sci. 2004. 101. P. 2999−3004.
  56. Calin G.A., Dumitru C.D., Shimizu M., Bichi R., Zupo S., Noch E., Aldler H.,
  57. Rattan S., Keating M., Rai K., Rassenti L., Kipps T., Negrini M., Bullrich F., Croce C.M. Frequent deletions and down-regulation of micro-RNA genes miR15 and miR16 at 13ql4 in chronic lymphocytic leukemia. Proc Nat Acad Sci. 2002. 99. P. 15 524−15 529.
  58. Cimmino A., Calin G.A., Fabbri M, Iorio M: V., Ferracin M., Shimizu M,
  59. Wojcik S.E., Aqeilan R.I., Zupo S., Dono M., Rassenti L., Alder H., Volinia S., Liu G., Kipps T. J-, Negrini M., Croce C.M. miR-15 and miR-16 induce apoptosis by targeting BCL2. Proc Nat Acad Sci. 2005. 102. P. 1 394 413 949.
  60. Stratowa C., Loffler G., Lichter P., Stilgenbauer S., Haberl P., Schweifer N.,
  61. Dohner H., Wilgenbus K.K. CDNA microarray gene expression analysis of B-cell' chronic lymphocytic leukemia proposes potential new prognostic markers involved in lymphocyte trafficking. Int J Cancer. 2001. 91(4). P. 474−480.
  62. Klein U., Tu Y., Stolovitzky G.A., Mattioli M., Cattoretti G., Husson H>,
  63. Freedman A., Inghirami G., Cro L., Baldini L., Neri A., Califano A., Dalla-Favera R. Gene expression profiling of B cell chronic lymphocytic leukemia reveals a homogeneous phenotype related to memory B cells. J Exp Med. 2001. 194. P. 1625−1638.
  64. Wiestner A., Rosenwald A., Barry T.S., Wright G., Davis R.E., Henrickson
  65. Crespo M., Bosch F., Villamor N., Bellosillo B., Colomer D., Rozman M.,
  66. Marce S., Lopez-Guillermo A., Campo E., Montserrat E. ZAP-70 expression as a surrogate for immunoglobulinvariable-region mutations in chronic lymphocytic leukemia. N Engl J Med, 2003: 348. P. 1764−1775.
  67. Rosenwald A., Staudt L.M. Clinical translation of gene expression profiling inlymphomas and leukemias. Semin Oncol: 2002. 29(3). P. 258−263:
  68. Plate J.M.D., Petersen K.S., Buckingham L., Shahidi H., Schofield C. M, Gene. expression in chronic lymphocytic leukemia B cells and changes during induction of apoptosis. Exp Hematol. 2000. 28. P. 1214 1224.
  69. Rassenti L.Z., Huynh L., Toy T.L., Chen L., Keating MJ., Gribben J.G.,
  70. Shin L.Y., Kuo M.Ch., Liang D.Ch., Huang C.F., Lin T.L., Wu J.H., Wang
  71. Walker G.T., Little M.C., Nadeau J.G., Shank D.D. Isothermal in vitroamplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system. Proc Natl Acad Sci USA. 1992. 89(1). P. 392−396.
  72. Chantratita W., Pongtanapisit W., Piroj W., Srichunrasmi C., Seesuai S.
  73. Romano J.W., Williams K.G., Shurtliff R.N., Ginocchio C., Kaplan M. NASBAtechnology: Isothermal RNA* amplification in qualitative and quantitative diagnostics. Immunol Invest. 1997. 26(1−2). P. 15−28.
  74. Heid C.A., Stevens J., Livak K. J., Williams P.M. Real time quantitative PCR.
  75. Genome Res. 1996. 6(10). P. 986−994.
  76. Holland P.M., Abramson R.D., Watson R., Gelfand D.H. Detection of specificpolymerase chain reaction product by utilizing the 5'-3' exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase. Proc Nat Acad Sci. 1991. 88. P. 7276−7280.
  77. О.Ю., Москалец O.B. Бурдакова Ю. А., Сучков G.B.
  78. Молекулярное типирование в клинической диагностике. Биопрепараты. 2002.3. С. 16−18.
  79. Gabert J., Beillard Е., van der Velden V.H., Bi W., Grimwade D., Pallisgaard
  80. N., Barbany G., Cazzaniga G., Cayuela J.M., Cave H., Pane F., Aerts J.L., De Micheli D., Thirion X., Pradel V., Gonzalez M., Viehmann S., Malee M.,
  81. Szabo A., Perou C.M.j.Karaca M., Perreard L., Quackenbush J.F., Bernard P.S.
  82. Statistical modeling for selecting housekeeper, genes. Genome Biol. 2004. 5(8). R59.
  83. Lossos I.S., Czerwinski D.K., Wechser M.A., Levy R. Optimization ofquantitative real-time RT-PCR parameters for the study of lymphoid: malignancies. Leukemia. 2003. 17. P- 789−795.
  84. Zhang X., Ding L., Sandford A. Selection of reference genes for geneexpression studies in human neutrophils by real-time PCR. BMC Molecular Biology. 2005. 6:4.
  85. Cheson B.D., Bennett J.M., Grever M., Kay N., Keating M.J., O’Brien S., Rai
  86. K.R. National Cancer Institute-sponsored Working Group guidelines for chronic lymphocytic leukemia: revised guidelines for. diagnosis and treatment. Blood. 1996. 87. P. 4990−4997.
  87. Korshunov A., Sycheva R., Gorelyshev S., Golanov A. Clinical utility offluorescence in situ hybridization (FISH) in nonbrainstem glioblastomas of childhood. Mod Pathol. 2005. 18. P. 1258−1263.
  88. Korshunov A., Sycheva" R., Golanov A. Genetically distinct and- clinicallyrelevant subtypes of glioblastoma defined, by array-based comparative genomic hybridization (array-CGH). Acta Neuropathol. 2006. 111. P. 465 474. i
  89. MicroPulser Electroporation Apparatus Operating Instructions and Applications
  90. Guide. Bio-Rad Laboratories.
  91. Primer Express User Bulletin (P/N 4 317 594). Applied Biosystems.
  92. Creating Standard, Curves with Genomic DNA or Plasmid DNA Templates for
  93. Use in Quantitative PCR. 2003. Applied Biosystems.
  94. С. Медико-биологическая статистика. 1999. М.: Практика.
  95. Azeri B., Xing W., Sorge J.A., Hogrefe H.H. Amplification efficiency ofthermostable DNA polymerases. Analyt. Biochem. 2003. 321. P. 226−235.
  96. Wolf P., Grage H., Hagberg O., Radstromom P. Impact of DNA polymerasesand the buffer systems on quantitative real time PGR. J of Clin. Microbiol. 2004. 42(1). P. 408−411.
  97. Vandesompele J., De Preter K., Pattyn F., Poppe B., Van Roy N., De Paepe A.,
  98. Speleman F. Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biol. 2002. 3(7). P. 0034.1−0034.11.
  99. Tajiri T., Tanaka S., Shono K., Kinoshita Y., Fujii Y., Suita S., Ihara K., Hara
  100. T. Quick quantitative analysis of gene dosages associated with prognosis in neuroblastoma. Cancer Lett. 2001. 166(1). P. 89−94.
  101. Spitz R., Hero B., Skowron M., Ernestus K., Berthold F. MYCN-status inneuroblastoma: characteristics of tumours showing amplification, gain, and non-amplification. Eur J Cancer. 2004. 40(18). P. 2753−2759.
  102. Chen Q-R., Bilke S., Wei J.S., Whiteford C.C., Cenacchi N., Krasnoselsky
  103. A.L., Greer B.T., Son C-G., Westermann F., Berthold F., Schwab M., Catchpoole D., Khan J. cDNA array-CGH profiling identifies genomic alterations specific to stage and MYCN-amplification in neuroblastoma. BMC Genomics. 2004. 5:70.'
  104. Pinkel D., Segraves R., Sudar D" Clark S., Poole I., Kowbel D., Collins C.,
  105. Kuo W.L., Chen C., Zhai Y., Dairkee S. Hi, Ljung B.M., Gray J.W., Albertson D.G. High resolution analysis of DNA copy number variation using comparative genomic hybridization to microarrays. Nat Genet. 1998. 20(2). P. 207−211.
  106. Tajiri T., Tanaka S., Shono K., Kinoshita Y., Fujii Y., Suita S., Ihara K., Hara
  107. T. Quick quantitative analysis of gene dosages associated with prognosis in neuroblastoma. Cancer Lett. 2001. 166(1). P. 89−94.
  108. Raggi C.C., Bagnoni M.L., Tonini G.T., Maggi M., Vona G., Pinzani P.,
  109. Mazzocco K., De Bernardi B., Pazzagli M., Orlando C. Real -Time Quantitative PCR for the Measurement of MYCN Amplification in Human Neuroblastoma with the TaqMan Detection System. Clin Chem. 1999. 45(11). P. 1918−1924.
  110. De Preter K., Speleman F., Combaret V., Lunec J., Laureys G., Eussen B.H.,
  111. Francotte N., Board J., Pearson A.D., De Paepe A., Van Roy N., Vandesompele J. Quantification of MYCN, DDX1, and NAG gene copy number in neuroblastoma using a real-time quantitative PCR assay. Mod Pathol. 2002. 15(2). P. 159- 166.
  112. Gallego S., Reventos J., Detoledo J.S., Munell F. Differential polymerase chainreaction with serial dilutions for quantification of MYCN gene amplification in neuroblastoma. Anticancer Res. 1998. 18(2A). P. 1211−1215.
  113. Boensch M., Oberthuer A., Fischer M., Skowron M., Oestreich J., Berthold F.,
  114. Spitz R. Quantitative real-time PCR for quick simultaneous determination of therapy-stratifying markers MYCN amplification, deletion lp and llq. DiagnMol Pathol. 2005. 14(3). P. 177−82.
  115. Fruhwald M.C., O’Dorisio M.S., Rush L.J., Reiter J.L., Smiraglia D.J., Wenger
  116. G., Costello J.F., White P. S., Krahe R., Brodeur G.M., Plass C. Gene amplification in PNETs/medulloblastomas: mapping of a novel amplified gene within the MYCN amplicon. J Med Genet. 2000. 37(7). P. 501−509.
  117. Bayani J., Zielenska M., Marrano P., Kwan Ng.Y., Taylor M.D., Jay V., Rutka
  118. J.T., Squire J.A. Molecular cytogenetic analysis of medulloblastomas and supratentorial primitive neuroectodermal tumours by using conventional banding, comparative genomic hybridization, and spectral karyotyping. J Neurosurg. 2000. 93(3). P. 437−448.
  119. Schwab M., Corvi R., Amler L. N-MYC Oncogene amplification: aconsequence of genomic instability in human neuroblastoma. The Neuroscientist. 1995. 1(5). P. 277−285.
  120. Knoepfler P. S., Cheng P.F., Eisenman R.N. N-MYC is essential duringneurogenesis for the rapid expansion of progenitor cell populations and the inhibition of neuronal differentiation. Genes Dev. 2002. 16. P. 2699−2712.
  121. Kleihues P., Cavenee W.K. Tumors of the Nervous System. Pathology and
  122. Genetics: World Health Organization International Classification of Tumours. Lyon, France: WHO/IARC, 2000.
  123. Jay V., Edwards V., Hoving E., Rutka J., Becker L., Zielenska M., Teshima I.
  124. Central neurocytoma: morphological, flow cytometric, polymerase chain reaction, fluorescence in situ hybridization, and karyotypic analyses. J Neurosurg. 1999. 90(2). P. 348−354.
  125. Tong C.Y., Ng H.K., Pang J.C., Hu J., Hui A.B., Poon W.S. Centralneurocytomas are genetically distinct from oligodendrogliomas and ' neuroblastomas. Histopathology. 2000. 37(2). P. 160−165.
  126. Korshunov A., Sycheva R., Golanov A. Recurrent cytogenetic aberrations, incentral neurocytomas and their biological relevance. Acta NeuropathoU 2007. 113(3). P. 303−12.
  127. Corvi R., Savelyeva L., Schwab M. Duplication of N-MYC at its resident site2p24 may be a mechanism of activation in human neuroblastoma cells. Cancer Res. 1995. 55. P. 3471−3474.
  128. Tanaka S., Tajiri T., Noguchi S., Shono K., Ihara K., Hara T., Suita S. Clinical
  129. Significance of a Highly Sensitive Analysis for Gene Dosage and the Expression Level of MYCN in Neuroblastoma. J Pediatr Surg. 2004. 39(1). P. 63−68.
  130. P.B., Gottardo N.G., Firth MJ., Beesley A.H., Hoffinann К., Тепу P.A.,
  131. Freitas J.R., Boag J.M., Cummings A.J., Kees U.R. Gene expression levels assessed by oligonucleotide microarray analysis and quantitative real-time RT-PCR how well do they correlate? BMC Genomics. 2005. 6:59.
  132. Anderson J., Gibson S., Williamson D., Rampling D., Austin C., Shipley J.,
  133. Sebire N., Brock P. Rapid and accurate determination of MYCN copy number and lp deletion in neuroblastoma by quantitative PCR. Pediatr Blood Cancer. 2006. 46(7). P. 820−824.
  134. Mehes G., Kovacs G., Kajtar В., Lacza A., Varnai A., Losonczy H., Pajor L.
  135. Karyotype complexity and VH gene status in B-cell chronic lymphocytic leukemia. Haematologica. 2006. 91(10), P. 1430−1431.
  136. Stilgenbauer S, Sander S., Bullinger L., Benner A., Leupolt E., Winkler D.,
  137. Krober A, Kienle D., Lichter P., Dohner H. Clonal evolution in chronic lymphocytic leukemia: acquisition of high-risk genomic aberrations associated with unmutated VH, resistance to therapy, and short survival. Haematologica. 2007. 92(9). P. 1242−1245.
  138. Francis S., Karanth M., Pratt G., Starczynski J., Hooper L., Fegan C., Pepper
  139. C., Valcarcel D., Milligan D.W., Delgado J:.The effect of immunoglobulin VH gene mutation status and other prognostic factors on the incidence of major infections in patients with chronic lymphocytic leukemia. Cancer. 2006. 107(5). P. 1023−1033.
  140. Krober A., Benner A., Buhler A., Dohner H., Stilgenbauer S. Multivariatesurvival analysis of specific VH-genes in CLL: VH3−21 and VH3−23 are prognosic factors independently of the VH mutation status. Blood. 2002. 100.196a.
  141. Tobin G., Thunberg U., Karlsson K., Murray F., Laurell A., Willander K.,
  142. Thorselius M., Krober A., Murray F., Thunberg U.} Tobin G., Biihler A.,
  143. Fait S., Merup M., Tobin G., Thunberg U., Gahrton G., Rosenquist R.,
  144. Wennborg A. Distinctive gene expression pattern in VH3−21 utilizing B-cell chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2005. 106(2). P. 681−689.
  145. Turgut B., Vural O., Pala F.S., Pamuk G.E., Tabakcioglu K., Demir M.,
  146. Ongoren S., Soysal T., Algune§ C. 17p Deletion is associated with resistance of B-cell chronic lymphocytic leukemia cells to in vitro fludarabine-induced apoptosis. Leuk Lymphoma. 2007. 48(2). P. 311−320.
  147. Morabito F., Damle R.N., Deaglio S., Keating M., Ferrarini M., Chiorazzi N.
  148. The CD38 ectoenzyme family: advances in basic science and clinical practice. Mol Med. 2006. 12(11−12). P. 342−344.
  149. Crespo M., Bosch F., Villamor N., Bellosillo B., Colomer D., Rozman M.,
  150. Marce S., Lopez-Guillermo A., Campo E., Montserrat E. ZAP-70 expression as a surrogate for immunoglobulin-variable-region mutations in chronic lymphocytic leukemia. New Eng J Med. 2003. 348. P. 1764−1775.
  151. Haslinger C., Schweifer N., Stilgenbauer S., Dohner H., Lichter P., Kraut N.,
  152. Stratowa C., Abseher R. Microarray Gene Expression Profiling of B-Cell Chronic Lymphocytic Leukemia Subgroups Defined by Genomic
  153. Aberrations and VH Mutation Status. J Clin Oncol. 2004. 22(19). P. 39 373 949.
  154. Byrd J.C., Stilgenbauer S., Flinn I.W. Chronic lymphocytic leukemia.
  155. Hematology Am Soc Hematol Educ Program. 2004. P. 163−183.
  156. Zhang W., Mi J., Li N., Sui L., Wan T., Zhang J., Chen T., Cao X.1.entification and characterization of DPZF, a novel human BTB/POZ zinc finger protein sharing homology to BCL-6. Biochem Biophys Res Commun. 2001.282. P. 1067−1073.
  157. Crespo M., Bosch F., Villamor N., Bellosillo B., Colomer D., Rozman M.,
  158. Maree S., Lopez-Guillermo A., Campo E., Montserrat E. ZAP-70 expression as a surrogate for immunoglobulin-variable-region mutations in chronic lymphocytic leukemia. N Engl J Med. 2003. 348(18). P. 1764−1775.
  159. Chelly J., Kaplan J.-C., Maire P., Gautron S., Kahn A. Transcription of thedystrophin gene in human’muscle and non-muscle tissues. Nature. 1988. 333. P. 858−860.
  160. Chelly J., Concordet J.-P., Kaplan J.-C., Kahn A. Illegitimate transcription: transcription of any gene in any cell type. Proc Nat Acad Sei. 1989. 86. P. 2617−2621.
  161. Sarkar G., Sommer S.S. Access to a messenger RNA sequence or its proteinproduct is not limited by tissue or species specificity. Science. 1989. 244. P. 331−334.
  162. Heintel D., Kienle D., Shehata M., Krober A., Kroemer E., Schwarzinger I.,
  163. Oppezzo P., Vasconcelos Y., Settegrana C., Jeannel D., Vuillier F., Legarff
  164. Chen L., Widhopf G., Huynh L., Rassenti L., Rai K.R., Weiss A., Kipps T.J.
  165. Expression of ZAP-70 is associated with increased B-cell receptor signaling in chronic lymphocytic leukemia. Blood. 2002. 100. P. 4609−4616.
  166. Pierce S.K. Lipid rafts and B-cell activation. Nat Rev Immunol. 2002. 2(2). P.96.105.
  167. Chan A.C., Iwashima M., Turck C.W., Weiss A. ZAP-70: a 70 kd proteintyrosine kinase that associates with the TCR zeta chain. Cell. 1992. 71. P. 649−662.
  168. Sasahara Y., Rachid R., Byrne M.J., de la Fuente M.A., Abraham R.T.,
  169. Ramesh N., Geha R.S. Mechanism of recruitment of WASP to the immunological synapse and of its activation folio wing. TCR ligation. Molec Cell. 2002. 10. P. 1269−1281.
  170. Mead J.R., Irvine S.A., Ramji D.P. Lipoprotein lipase: structure, function, regulation, and role in disease. J Mol Med. 2002. 80(12). P. 753−769.
Заполнить форму текущей работой

На отлично!