Сравнительная активность in vivo главных промоторов бактериофага XI74, G2 фага FD и laguv5 E. coli
В В Е Д Е Н И Е Ключевой стадией транскрипционного цикла является взаимодействие молекулы РНК-полимеразы с промотором, расположеннъм в начале каждой единицы транскрипции (транскриптона). Это взаимодействие предшествует стадии инициации, и от него зависит, начнется или нет синтез РНК на транскриптоне. При этом, скорость инициации зависит от нуклеотидной последовательности промотора, и… Читать ещё >
Содержание
- ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- I. ОЩИЕ ЗАКОНОМЕРНОСТИ СТРОЕНИЯ И ФУНКЦИИ ПРОМОТОРОВ ПРОКАРИОТОВ
- I. I. ОЩИЕ ЧЕРТЫ СТРУКТУРЫ ПРОМОТОРОВ ПРОКАРИОТОВ
- 1. Структурная гомология рамки Прибнова-Шаллера у промоторов, узнаваемых РНК-полимеразой Е. col
- 2. Область нуклеотида
- 3. Другие функционально-значимые участки в нуклео-тидной последовательности промотора
- I. II. ОСОБЕННОСТИ СТРУКТУРЫ ПРОМОТОРОВ ПРОКАРИОТОВ
- 1. Особенности структур промоторов, узнаваемых РНК-полимеразами бактериофагов и РНК-полимеразой бактерий, модифицированных бактериофагом
- 2. Особенности структуры промоторов, узнаваемых РЩ-полимеразой е. col
- II. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ППАЗМИДНЫХ ВЕКТОРОВ В ИЗУЧЕНИИ СТРУКТУРЫ И ФУНКЦИИ ПРОМОТОРОВ ПРОКАРИОТОВ
- III. БАКТЕРИОФАГ 0X174 И ЕГО ТРАНСКРИПЦИЯ МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
- РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
- I. ВЫДЕЛЕНИЕ И КЛОНИРОВАНИЕ ФРАГМЕНТОВ ДНК, СОДЕРЖАЩИХ ПРОМОТОРЫ А, В И D БАКТЕРИОФАГА 0X
- 1. Выделение фрагментов ДНК, содержащих промоторы
- 2. Клонирование фрагментов ДНК, содержащих промоторы, в плазмиде pBRH
- 3. Клонирование фрагментов ДНК, содержащих промоторы, в плазмиде «phd68−17. ??
- II. ИЗУЧЕНИЕ АКТИВНОСТИ ПРОМОТОРОВ БАКТЕРИОФАГА 0X
- 1. Определение активности промоторов по экспрессии tet-оперона (плазмида pBRH4)
- 2. Определение активности промоторов по экспрессии gal-оперона (плазмида pHD68−17)
- 3. Влияние числа копий промотора на экспрессию gal -оперона
- III. ЛОКАЛИЗАЦИЯ ПРОМОТОРА В БАКТЕРИОФАГА 0X
- ВЫВОДЫ
Сравнительная активность in vivo главных промоторов бактериофага XI74, G2 фага FD и laguv5 E. coli (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
В В Е Д Е Н И Е Ключевой стадией транскрипционного цикла является взаимодействие молекулы РНК-полимеразы с промотором, расположеннъм в начале каждой единицы транскрипции (транскриптона). Это взаимодействие предшествует стадии инициации, и от него зависит, начнется или нет синтез РНК на транскриптоне. При этом, скорость инициации зависит от нуклеотидной последовательности промотора, и, следовательно, эффективность транскрипции, а в целом и экспрессия гена или группы генов промотора. Взаимодействие РНК-полимеразы с различными промоторами лежит в основе почти всех известных механизмов позитивного контроля транскрипции и во многих случаях обусловливает избирательность транскрипции, одним из проявлений которой является дифференциальная активность генов в онтогенезе. Более того, многие механизмы негативного контроля транскрипции реализуются путем нарушения или полного предотвращения контакта РНК-полимеразы с промотором. С момента возникновения проблемы избирательной транскрипции генов наиболее пристальное внимание ученых привлекают этапы взаимодействия РНК-полимеразы с промотором. После появления надежных методов расшифровки нуклеотидных последовательностей ДНК первостепенное значение приобрел аспект структуры промотора и её связи с функциями. Уже определена первичная структура большого числа разнообразных промоторов, выведены общие закономерности строения промотора, начинают складываться представления о связи между первичной структурой и эффективностью промотора. До недавнего времени об этой связи судили на основании экспериментов в очищенных бесклеточных системах. Однако, появление методов генной инженерии дало возможность достоверно оценивать сравнительную «силу» определяется главным образом структурой промоторов in vivo, Основной задачей данной работы является сравнительная оценка in vivo, с применением методов генной инженерии, эффективности трех главных промоторов: А, В и D бактериофага 0X174 и сопоставление её с эффективностью хорошо изученных промоторов-: G2 фага fd и lacUV5 Е. coli. С помощью этих же методов предстояло проверить локализацию на карте ДНК фага 0X174 функционально активного промотора В. Кроме того, на примере одного из промоторов (промотора В фага 0X174) было намечено изучить влияние различного числа его копий на эффективность экспрессии контролируемого им оперона. В результате проделанной работы в двух векторных системах (плазмиды pBRH4 и рШ) б8-.17 получен набор рекомбинантных молекул, содержащих передfeetи gal-оперонами промоторы А, В и D фага 0X174, G2 фага fd и iacUV5 Е. coli. Сопоставление относительной активности исследуемых промоторов in vivo позволило установить, что все промоторы обладают значительной биологической активностью. Наибольшую активность, из всех исследуемых промоторов, проявил промотор D бактериофага 0X174. Поэтому промотор D может быть рекомендован для экспрессии генов в генетической инженерии. Уточнена локализация на карте хромосомы фага 0X174 промотора В и показано, что из двух предполагаемых промоторов BI и ВП, локализованных в области фрагментаЕв in vivo функционально активным является только один из них промотор ВП. При изучении влияния на экспрессию gal-оперона (плазмида pHD 68−17) числа копий промотора В фага 0Xi74 было установлено, что экспрессия gal-оперона в клетках E. coli KS1366 возрастала прямо пропорционально числу встроенных промоторов. При этом, необходимым условием экспрессии gal-оперона является правильная ориентация всех копий промотора.7 Практическое значение имеет также созданный в ходе работы новый штамм Е. coli К12 KS1366 (P", gal, recA, Чс), предназначенный для клонирования рекомбинантных ДНК с последующим выявлением функционирующего gal-оперона. Кроме того, разработан новый метод вьщеления ДНК-полимеразы I Bacillus suЪtilis, препараты которой целесообразно использовать в работах по генной инженерии вместо фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I Е. coli.12 Наиболее консервативен 6-ой (Т) нуклеотид рамки Прибнова, так как он встречается во всех рассмотренных промоторах. Вероятность встречаемости нуклеотидов в положении 3 (Т), 4 (А) и 5 (А) лежит в пределах от 50 до 60%. Положение 7 (6) гептамера Прибнова TATAATG слабо консервативно, и иногда этот нуклеотид не относят к рамке Прибнова 154J7. Наиболее убедительное доказательство функциональной значимости рамки Прибнова было получено при изучении влияния на биологическую активность промоторов мутационных замещений нуклеотидов в данной области (рис.За-к) [Ъ1 J, На рис. За показана промоторная область 1ас-оперона Е. coli с точковыми мутациями. Природный 1ас-промотор, по-видимому, можно отнести к числу слабых промоторов с гептамером Прибнова TATGTTG, значительно отличающимся от среднестатистического /" 57, 687. Мутация Р1а, находящаяся вне рамки Прибнова, увеличивает активность промотора всего в 5 раз /" 57 J7, тогда как мутации, расположенные внутри рамки Прибнова, Р®и UV5 увеличивают промоторную активность соответственно в 10 и 25 раз /" 50, 158_/. При этом мутация Р делает рамку Прибнова более похожей на среднестатистическую (TATAAOIG), а мутация UV5 идентичной с ней. Резкие изменения в активности промотора, вызываемые мутациями Р и UV5, прямо указывают на функциональную важность рамки Прибнова в обеспечении правильного взаимодействия РНК-полимеразы с промотором. Другим подтверждением функциональной значимости рамки Прибнова может служить образование промотора с17 в вирулентном мутанте бактериофага Л который является результатом дупликации небольшого участка ДНК /" 1077 (рис.36). В результате дупликации образовалась последовательность ТАТААТТ, почти полностью совпадающая со среднестатистической последовательностью Прибнова TATAATG. Две независимо отобранные по способности связывать РНК-полимеразу.
выводы.
1. На основе плазмид pBRH4 и pHD68−17 сконструированы рекомби-нантные ДНК, содержащие, соответственно, в tetи gal-onepo-нах промоторы А, В и D фага 0X174, G2 фага fd и lacUV5 Е. cdli.
2. Качественная оценка активности промоторов не зависела от выбо-. ра тест—системы в составе плазмиды — pBRH4 или pHD68−17, но более подходящей тест-системой для более строгого определения активности промоторов in vivo является gal-оперон-содержащая плазмида рЫ0б8−17″.
3. Эффективность главных промоторов фага 0X174 располагается в следующем порядке: Промотор D значительно превосходит по эффективности все исследованные промоторы, в том числе и такой сильный промотор, как G2 фага fd.
4. Экспрессия генов gal-оперона увеличивается пропорционально числу копий встроенного перед ним промотора, причем тандемный промотор активен только тогда, когда все составляющие его монопромоторы имеют правильную ориентацию относительно оперона.
5. В промоторной зоне В фага 0X174 содержится только один промотор, а именно ВП (из двух промоторов — BI и ВП, ранее предполагавшихся Сенгером).
6. Сконструирован новый штамм е. coli К12 KS1366 (F~, д gal, recA, Тсг), который удобен для клонирования плазмид с функционально активным gal-опероном.
7. Разработан новый метод выделения ДНК-полимеразы I Bacillus subtilis, которую можно использовать в работах по генной инженерии, вместо более трудно доступного фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I Е. coli.
Список литературы
- Добрынин В.Г., Коробко В. Г., Северцева И. В., Колосов М. Н. Химико-ферментативный синтез модельного промотора транскрипции и участка узнавания РНК-полимеразы Escherichia coli . Биоорг. химия, 1980, т.6, № 5, с. 783−785.
- Коробко В.Г., Добрынин В. Н., Северцова Н. В., Быстров Н. С., Колосов М. Н. Синтез промоторных линкеров для экспрессии генов Е. coli. Биоорг. химия, 1980, т. б, Ml, с. 1740−1742.
- Коробко В.Г., Добрынин В. Г., Северцова Н. В., Чувпило С. А., Шпиганова Л. Н., Колосов М. Н. Модификации промотора гена tet в плазмиде pBR322 . Биоорг. химия, 1980, т. б, Ml, с. 1743−1745.
- Коробко В.Г., Добрынин В. Н., Чувпило С. А. Северцов П.В., Шин-гарова Л.Н., Колосов М. Н. Плазмидный вектор для клонирования промоторов. Биоорг. химия, 1981, т.7, № 2, с. 309−311.
- Никифоров В.Г., Зограф Ю. Н. Регуляция активности генов у бактерий. Сб.: Итоги науки и техники. Мол. биол., т. 13, 1977, ВИНИТИ, М.
- Овчинников Ю.А., Ефимов В. А., Чахмахчева О. Г., Долганов Г. М., Ровердатто С. В. Взаимодействие РНК-полимеразы Е. coli с синтетическим промотором ДНК бактериофага fd in vitro и in vivo. Биоорг. химия, 1980, т.6, Ml, с.1682−1692.
- Патрушев Л.И., Капица Е. Л., Стукачева Е. Д., Шемякин М. Ф. Влияние фактора терминации транскрипции р на экспрессию геновбактериофага jz(X174 in vitro. Два класса генов бактериофага jzfX174. Биоорг. химия, I960, т.6, № 2, с.303−305.
- Стукачева Е.А., Капица E.JI., Шемякин М. Ф. Изучение условий образования jzfXI74 специфических РНК in vitro. Биоорг. химия, 1982, т.8, МО, с. 1365−1374.
- Федченко В.И., Долганов Г. М., Акопьянц Н. С., Честухин А. В., Шемякин М. Ф. Определение сравнительной активности трех главных промоторов бактериофага jzfXI74 при экспрессии tet- и gal-оперонов Е. coli in vivo. Биоорг. химия, 1982, т.8, № 10,с.1365−1374.
- Честухин А.В., Федченко В. И., Шемякин М. Ф. Выделение и свойства ДНК-связывающих белков Bacillus subtilis, ингибирующих АТР-зависимую дезоксирибонуклеазу. Мол. биол., т.13, № 3, с. 656−665.
- Шемякин М.Ф., Шумилов В. Ю. Защита РНК-полимеразой Е. coli участков репликативной формы I ДНК фага jzfX174, узнаваемых рес-триктазами Hindu, BspRI и Alul. Мол. биол., 1981, т.15, № 5, с.1144−1147.
- Allet, В., Roberts, R.J.Gesteland, R.P., Solem, R. Class of promoter sites for E. coli DNA-dependent RNA polymerase. Nature, 1974, v.249, N5454, p.217−221.
- Arndt-Jovin, D.J., Jovin, T.M., Bahr, W., Frischanf, A.M., Marquardt, M. Covalent attachment of DNA to agarose. Europ. J. Biochem., t975, v.54, p.411−419.
- Arnott, S., Puller, W., Hodgson, A., Prutton, I. Molecular conformations and structure transitions of КИА complemehtary helices and their possible biological significance. Nature, 1968, v.220, p.561−564.
- Arnott, S., Bond, P.J., Seising, E., Smith, P.J. Models of tripl-strendend polynycleotides with optimised stereochemistry. Nucl. Acids Res., 1976, v.3, N10, p.2459−2470.
- Axelrod, N. Transcription of bacteriophage f? X174 in vitro: Selective initiation with oligonucleotides. J. Mol. Biol., 1976, v.108, N4, p.753−770.
- Axelrod, N. Transcription of bacteriophage $ 4X174 in vitro: Analysis with restriction enzymes. J. Mol. Biol., 1976, N4, p.771−779.
- Bautz, E. K. P., Bautz, P.A. Initiation of RNA synthesis: The function of d? in the binding of RNA polymerase to promoter sites. Nature, 1970, v.226, N5252, p.1219−1222.
- Benham, C.J. Torsional stress and local denaturation in super-coiled DNA. Proc. Hat. Acad. Sci. U.S.A., 1979, v.76, N8, p.3870−3874.
- Berk, A.J., Sharp, P.A. Sizing and mapping of early adenovirus mRNAs by gel electrophoresis of S1 ehdonuclease-digested hibrids. Cell, 1977, v.12, N3, p.721−732.
- Berman, M.N., Landy, A. Promoter mutations in thi transfer
- RNA gene tyrT of Escherichia coli. Proc. Wat. Acad. Sci. U.S. A., 1979, v.76, И9, P.4303−4307.
- Birnboim, H.C., Doli, J. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucl. Acids Res, 1979″ v.7, N6, p.1513−1523.
- Blatner, P.R., Dahlberg, J.E. RNA synthesis startpoints in bacteriophage X: are the promoter and operator transcribed? Nature New Biol., 1972, v.237, p.227−232.
- J. Biol. Chem., 1979, v.254, N13, p.5609−5612.
- Bolivar, P., Rodriguez, R.L., Betlach, M.C., Boyer, H.W. Construction and characterization of new cloning vehicles. I. Ampicillin-resistant derivatives of the plasmid pMB9. Gene, 1977, v.2, N2, p.75−93.
- Bolivar, P., Rodriguez, R.L., Greene, R.J., Betlach, M.C., Heyneker, H.L., Boyer, H.W. Construction and characterization of new cloning vehicles. II. A multipurpose cloning system" Gene, 1977, v.2, N2, p.95−113.
- Bradford, M.M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein-dye binding. Anal. Biochem., 1976, v.72, p.248−254.
- Bram, S., Tougard, P. Polymorphism of natural DNA. Nature New Biol, 1972, v.239, N92, p.128−131.
- Brown, N.L., Smith, M. The mapping ahd sequence determination of the single site in f? X174 am3 replicative form DNA cleaved by restriction endonuclease Pstl. FEBS Letters, 1976, v.65, N3, p.284−287.
- Brown, W.M., Shine, J., Goodman, H.M. Human mitochondrial DNA: Analysis of 7S DNA from the origin of replication. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1978, v.75, N2, p.735−739.
- Burgess, A.B. Studies on the proteins of J&X174. II. The protein composition of the 0L coat. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S. A., 1969, ve64, p.613−619.
- Calos, M.P. DNA sequence for a low-level promoter of the lac repressor gene and an «up» promoter mutation. Nature, 1978, v.274, N5673, p.762−765.
- Chacko, C.M., McCrone, L., Nadler, H.L. A study of galacto-kinase and glucose 4-epimerase from normal and galactosemic skin fibroblast. Biochim. Biophys. Acta, 1972, v.282, N2, p.552−555.
- Chamberline, M.J. The selectivity of transcription. Ann. Rev. Biochem., 1974, v.43, p.721−775.
- Chamberline, M.J. Interaction of RNA polymerase with the DNA template. In: RNA polymerase (Losick, R., Chamberline, M.J., eds.), 1976, p.159−191, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Chamberline, M.J. RNA polymerase are overview. In: RNA polymerase (Losick, R., Chamberline, M.J., eds.), 1976, p.17−63, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Chen, C.Y., Huthison, Ш, C.A., Edgell, M.H. Isolation and genetic localization of the three 0X174 promoter regions. Nature New Biology, 1973, v.243, 11 129, p.233−236.
- Crothers, D.M., Zimm, B.H. Theory of the melting transitionof synthetic polynucleotides: Evaluation of the stacking free energy. J. Mol. Biol., 1964, v.9, p.1−9.
- Csordas-T6th, E., Boros, I, Venetianer, P. Structure of The promoter region for the rrnB gene in Escherichia coli. Uucl. Acids Res., 1979, v.7, N8, p.2189−2197.
- Davis, B, J. Disc electrophoresis II. Method and application to human serum proteins. Arm. N. Y. Acad. Sci., 1964, v.121, p.404−427.
- Denhardt, D.T. The single-stranded DNA phages. CRC Crit. Rev. Microbiol., 1975, v.4, p.161−222.
- Dennis, P.P., Bremer, H. Regulation of ribonucleic acid synthesis in E. coli B/r: An analysis of a shift-up. 1. Ribosomal RNA chain growth rates. J. Mol. Biol, 1973, v.75, N1, p.145−159.
- Dickson, R.C., Abelson, J., Bernes, W.M., Reznikoff, W.S. Genetic regulation: The lac control region. The nucleotide sequence of the lac control region containing the promoter and operator is presented. Science, 1975, v.187, N4171, p.27−30.
- Dressier, D., Hourcadl, D., Koths, K., Sims, J. The DNA replication cycle of the isometric phages. In: The Single-Stranded DNA Phages (Denhardt, D.T., Dressier, D., Ray, D.S., eds.), 1978, p.187−214, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Duffy, J.J., Geiduschek, E.P. RNA polymerase from phage SP01-infected and uninfected Bacillus subtilis. J. Biol. Chem., 1975, v.250, N12, p.4530−4541.
- Dunn, J. J, Bautz, P.A., Bautz, E.K.P. Different template specificities of phage T3 and T7 RNA polymerases. Nature New Biol., 1971, v.230, N1, p.94−96.
- Dykes, G., ВатЪага, R., Marians, K., Wu, R. On the statistical significance of primary structural features found in DNA-pro-tein interaction sites. Nucl. Acids Res., 1975, v.2, N3, p.327−346.
- Echols, H. Developmental pathways for the temperate phage: Lysis vs lysogeny. Ann. Rev. Genet., 1972, v.6, p.157−190.
- Pijjisawa, H., Hayashi, M. Viral DNA-synthesizing intermediate complex isolated during assembly of bacteriophage <6X174. J. Virol., 1976, v. 19, p.469−416.
- Fijjisawa, H., Hayashi, M. Functions of gene С and gene D products of bacteriophage <6X174. J. Virol., 1977, v.24, p.506−511.
- Fujjita, D.J., Ohlsson-Wilhelm, B.M., Geidusehek, E.P. Transcription during bacteriophage SP01 development: Mutations affecting the program of viral transcription. J. Mol. Biol., 1971, v.57, N2, p.301−317.
- Gentz, R., Largner, A., Chang, A.C.Y., Conen, S.N., Bujard, H. Cloning and analysis of strong promoters is made possible by the dow^nstream placement of a RNA termination signal. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1981, v.78, N8, p.4936−4940.
- Gilbert, W. Starting and stopping sequences for the RNA polymerase. In: RNA Polymerase (Losick, R., Chamberlin, M., eds.), 1976, p.193−205, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Gilbert, W., Maxam, A., Mirzabekov, A. Contacts between the lac repressor and DNA revealed by methylation. In: Control of
- Rib о some Synthesis (Kjjeldgaard, N.O., Maaloe, 0., eds), 1976, p.139−148, Benzon Symposium IX, Acad. Press, N.Y.
- Gilbert, S.P., de Boer, H.A., Nomura, M. Identification of initiation sites for the in vitro transcription of rRNA ope-rons rrnE and rrnA in E. coli. Cell, 1979, v.17, N1, p.211−224.
- Goeddel, D.V., Shepard, H.M., Yelverton, E., Leung, D., Crea, R., Sloma, A., Pestka, S. Synthesis of human fibroblast interferon by E. coli. Nucl. Acids Res., 1980, v.8, N18, p.4057−4074.
- Golomb, M., Chamberline, M. Characterization of T7-specific ribonucleic acid polymerase. J. Biol. Chem., 1974, v.249, N9, p.2858−2863.
- Greene, J.G., Heyneker, H.L., Bolivar, P., Rodriguez, R.L., Betlach, M.C., Covarrubias, A.A., Backman, K., Russel, D.J., Tait, R., Boyer, H.W. A general method for the purification of restriction enzymes. Nucl. Acids Res., 1979, v.5, p.2373−2380,
- Grigg, G.W. Selective breakage of DNA along side 5-bromodeoxy-uridine nucleotide residues by high temperature hydrolysis. Nucl. Acids Res., 1977, v.4, N4, p.969−987.
- Hamming, J., Cruber, M., A.B.G. Interaction between RNA polymerase and a ribosomal RNA promoter of E. coli. Nucl. Acids Res., 1979, v.7, N5, Р. Ю19-ЮЗЗ.
- Hansen, U.M., McClure, W.R. Role of the sigma subunit of E. coli RNA polymerase in initiation. J. Biol. Chem., 1980, v. 255, N20, p.9556−9563.
- Hayashi, M.N., Haylhi, M. Isolation of /Х174 specific mRNAin vivo and indentification of their 5' terminai nucleotides.
- Heyden, В., Nusslein, C., Schaller, H. Single RNA polymerase binding site isolated. Nature New Biol., 1972, v.240, N96, p. 9−12.
- Hillel, Z., Wu, C-W. Photochemical cross-linking studies on the interaction of E. coli RNA polymerase with T7 DNA. Biochemistry, 1978, v.17, N15, p.2954−2961.
- Hinkle, D.C., Chamberlin, M.J. Studies of the binding of E. coli RNA polymerase to DNA. I. The role of sigma subunit in site selection. J. Mol. Biol., 1972, v.70, N2, p.157−185.
- Humayum, Z., Kleid, D., Ptashne, M. Sites of contact between Л operators and X. repressor. Nucl. Acids Res., 1977, v.4, N5, p.1595−1607.
- Johnson, A., Meyer, B.J., Ptashne, M. Mechanism of action of the cro protein of bacteriophage Л. Proc. Nat. Acad. Sci. U. S.A., 1978, v.75, N4, p.1783−1787.
- Johnsrud, L. Contacts between Escherichia coli RNA polymerase and lac operon promoter. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1978, v.75, N11, p.5314−5318.
- Kapiza, E.L., Stukacheva, E.A., Shemyakin, M.F. The effect of the termination rho factor and ribonuclease III on the transcription of bacteriophage /6X174 DNA in vitro. FEBS Letters, 1976, v.64, N1, p.81−84.
- Kapiza, E.L., Stukacheva, E.A., Shemyakin, M.F. Effect of E. coli p factor and RNase III on the formation of jz$X174 RNA in vitro. FEBS Letters, 1979, v.98, N1, p.123−127.
- Kiss, A., Sain, В., Venetianer, P. The number of rRNA genes in E. coli. FEBS Letters, 1977, v.79, N1, p.77−79.
- Kleckner, N., Roth, J., Botstein, D. Genetic engineering in vivo using translocatable drag-resistant elements. J. Mol. Biol., 1977, v.116, N1, p.125−159.
- Kleid, D., Humayun, Z., Jeffrey, A., Ptashne, M. Novel properties of a restriction endonuclease isolated from Haemophilus parahemolyticus. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1976, v. 73, N2, p.293−297.
- Kosaganov, Yu.N., Zarudnaja, M.I., Lazurkin, Yu.S., Frank-Kamenetskii, M.D., Beabealashvilly, R.S., Savochkina, L.P. Local unwinding of DNA during RNA synthesis in vitro. Nature New Biol., 1971, v.231, p.212−214.
- Lund, E., Dahlberg, J.E. Initiation of E. coli ribosomal RNA synthesis in vivo. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1979, v.76, N11, p.5480−5484.
- Maniatis, Т., Ptashne, M., Beckman, K., Kleid, D., Flashman, S., Jeffrey, A., Maurer, R. Recognition sequences of repressor and polymerase in the operators of bacteriophage lambda. Cell, 1975, v.5, p.109−113.
- Maurer, R., Maniatis, Т., Ptashne, M. Promoters are in the operators in phage lambda. Nature, 1974, v.249, N5454, p.221−223.
- Maxam. A.M., Gilbert, W. A new method for sequencing DNA. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1977, v.74, N2. p.560−565.
- Mc Corquodale, D.J. The T-odd bacteriophages. CR Microbiol., 1975, v.4, p.101−159.
- Mc Donell, M.W., Siman, M.N., Studier, P.W. Analysis of restriction fragments of T7 DNA and determination of molecular weights by electrophoresis in neutral and alkaline gels. J. Mol. Biol., 1977, v.110, N1, p.119−146.
- Merril, C.R., Geier, M.R., Petricciani, J.C. Bacterial virus gene expression in human cells. Nature, 1971″ v.233″ N5319, p.398−400.
- Meyer, B.J., Maurer, R., Ptashne, M. Gene regulation at the right operator (0R) of bacteriophage Я. ц. 0R1, 0R2, and 0R3: Their roles in mediating the effects of repressor and cro. J. Mol. Biol., 1980, v.139, N2, p.163−194.
- Meyer, B.J., Kleid, D.J., Ptashne, M. Repressor turns off transcription of its own gene. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1975, v.72, N12, p.4785−4789.
- Morita, M., Oka, A. The structure of a transcriptional unit on colicin E1 plasmid. Eur. J. Biochem., 1979, v.97, H2, p.435.443.
- Morris, D.W., Kjeldgaard, И.О. Evidence for the non-co-ordinate regulation of RNA synthesis in stringent strains’of E. coli. J. Mol. Biol., 1968, v.31, p.145−148.
- Mozola, M.A., Friedman, D.I., Crawford, C.L., Wulff, D.L., Shimatake, H., Rosenberg, M. Mutations reducing the activity of c17″ a promoter of phage X formed by a tandem duplication. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1976, v.76, N3, p.1122−1125.
- Musso, R.E., DiLauro, R., Adhya, S., de Crombrugghe, B. Dual control for transcription of the galactose operon Ъу cyclic AMP and its receptor protein at two interspersed promoters. Cell, 1977, v.12, N3, p.847−854.
- Musso, R., DiLauro, R., Rosenberg, M., de Crombrugghe, B. Nucleotide sequence of the operator promoter region of the galactose operon of Escherichia coli. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1977, v.74, N1, p.106−110.
- Nakanishi, S., Adhya, S, Gottesraan, M., Pastan, I, Activation of transcription at specific promoters by glycerol.
- J. Biol. Chem., 1974, v.249, N13, p.4050−4056.
- Neve, R.L., West, R.W., Rodriguez, R.L. Eukaryotic DNA fragments which ac-^as promoters for a plasmid gene. Nature, 1979, v.277, N5694, p.324−325.
- Niles, E.G., Conlon, S.W., Summers, W.C. Purification and physical characterization of 17 RNA polymerase from T7-in-fected E. coli B. Biochemistry, 1974, v.13, N19, p.3904−3912.
- Oakley, J.L., Pascale, J.A., Coleman, J.E. T7 RNA polymerase: Conformation, fanctional groups, and promoter binding. Biochemistry, 1975, v.14, N21, p.4684−4691.
- Oakley, J.L., Strothkamp, R.E., Sarris, A.H., Coleman, J.E.
- Т7 RNA polymerase: Promoter structure and polymerase binding. Biochemistry, 1979, v.18, N3, p.529−537.
- Oakley, J.L., Coleman, J. E, Structure of promoter for T7 RNA polymerase, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1977, v.74, N 10, p.4266−4270.
- Okamoto, Т., Sugimito, K, Sugisaki, H, Takanami, M. DNA regions essential for the function of a bacteriophage fd promoter. Nucl. Acids Res., 1977, v.4, N7, p.2213−2222.
- Oostra, B.A., van Ooyen, A.J.J, Gruber, M. In vitro transcription of three different ribosomal RNA cistrons of E. coli, heterogeneity of control regions. Mol. Gen. Genet., 1 1977, v.151, p.1−6.
- Ooyen, A.J.J., Gruber, M. The mechanism of action of ppGpp on RNA sinthesis in vitro. Cell, 1976, v.8, N1, p.123−128.
- Otsuka, A., Abelson, J. The regulatory region of the biotin operon in E. coli. Nature, 1978, v.276, N5689, p.689−694.
- Oullette, A.J., Preederick, D., Malt, R.A. Methylated messenger RNA in mause kindey. Biochemistry, 1975, v.14, N20, p.4361−4367.
- Panayotatos, N., Wells, R.D. Recognition and initiation site for four late promoters of phage T7 is a 22-base pair DNA sequence. Nature, 1979, v.280. N5712, p.35−38.
- Park, C.S., Hillel, Z., Wu, C-W. DNA strand specificity in promoter recognition by RNA polymerase. Nucl. Acids Res., v.8, N23, p.5895−5912.
- Patrushev, L.I., Kapitza, E.L., Stukacheva, E.A., Shemyakin, M.F. Control of bacteriophage f? X174 gene expression by the transcription termination factor p in vitro. Mol. Gen. Genet., 1981, v.183, p.471−476.
- Pogo, A.O., Allfrey, V.G., Mirsky, A.E. Evidence for increased ША template activity in regenerating liver nuclei, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1966, v.56, p.471−476.
- Pollock, T, J., Tessman, I., Tessman, E.S. Radiologicol mapping of functional transcription units of bacteriophage j6X174 and S13. The function of proximal and distal promoters. J. Mol. Biol., 1978, v.124, N1, p.147−160.
- Post, L.E., Arpston, A. E, Nomura, M, Jaskunas, S.R. Isolation and characterization of a promoter mutant in the str ribosomal protein operon in Escherichia coli. Cell, 1978, v. 15, N1, p.231−236.
- Pribnow, D. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site at an early T7 promoter. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1975, v.72, N3, p. 784−788.
- Pribnow, D. Bacteriophage T7 early promoters: Nucleotide sequences of two RNA polymerase binding sites. J. Mol. Biol., 1975, v.99, N3. p.419−443.
- Primakoff, P., Artz, S.W. Positive control of lac operon expression in vitro by gusnosine 5'-diphosphate 3'-diphosphate. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1979, v. 76, p, 1726−1730.
- Ptashne, M., Beckman, K., Humayun, M.Z., Jeffrey, A., Maurer, R., Meyer, В., Sauer, R.T. Autoregulation and function of a repressor in bacteriophage lambda. Science, 1976, v.194, N4261, p.156−161.
- Reznikoff, W.S., Abelson, J.N. The lac promoter. In: The Operon (Miller, J.H., Reznikoff, W.S., eds.), 1978, p.221−243, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Rodriguez, R.L., V/est, R.W., Heyneker, H.L., Bolivar, P., Boyer, H.W. Characterizing wild-type and mutant promoters of the tetracycline resistance gene in pBR 313. Nucl. Acids Res., 1979, v.6, N10, p.3267−3287.
- Rosa, M.D. Pour T7 RNA polymerase promoters contain an identical 23 b.p. sequence. Cell, 1979, v.16, N4, p.815−825.
- Rosenberg, M., Court, D. Regulatory sequences involved in the promotion and termination of RNA transcription. Ann. Rev. Genet., 1979, v.13, p.319−353.
- Russel, M., Gold, L., Morrissett, H., O’Farrell, P.Z. Tran-slational, untogenous regulation of gene 32 expression during bacteriophage T4 infection. J. Biol. Chem., 1976, v. 251, p. 7263−7270.
- Rossi, J.J., Soberon, X., Morumoto, Y., McManon, J., Itakura, K. Biological expression of an Escherichia coli consensus sequence promoter and sam mutant derivatives. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1983, v.80, N11, p. 3203−3207.
- Russell, D.R., Bennett, G.N. Construction and analysis of in vivo activity of E. coli promoter hybrids and promoter mutants that alter the -35 to -10 spacing. Gene, 1982, v.20, N2, p.231−243.
- Sanger, P., Air, G.M., Barrell, B.G., Brown, N.L., Coulson,
- A.Re, Fiddes, J. С, Hutchison, III C.A., Slocombe, P.M., Smith, M. Nucleotide sequence of bacteriophage $X174 DNA. Nature, 1977, v.265, p.687−695.
- Sanger, F., Coulson, A.R., Priedmann, Т., Air, G.M., Bar-rell, B.G., Brown, N.L., Piddes, J.C., Hutchison, III C.A., SXLocombe, P, M., Smith, M, The nucleotide sequence of bacteriophage (6X174. J. Mol. Biol., 1978, v.125, p.225−246.
- Saucier, J-M., Wang, J.C. Angular alteration of the DNA helix by E. coli RNA polimerase. Nature New Biol., 1972, v.239, N93, p.167−170.
- Schaller, H., Gray, C., Herrmann, K. Nucleotide sequence of an RNA polymerase binding site from the DNA of bacteriophage fd. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1975, v.72, N2, p.737−741.
- Scherer, G.E.F., Walkinskaw, M.D., Armott, S. A computer aided oligonucleotide analysis provides a model sequence for RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1978, v.5, N10, p. 3759−3773.
- Schmitz, A., Galas, D.J. The interaction of RNA polymerase an lac repressor with lac control region. Nucl. Acids Res., f979, v.6, N1, p.111−137.
- Seeburg, P.H., Nusslein, C., Schaller, H. Interaction of RNA polymerase with promoters from bacteriophage fd. Eur. J. Biochem., 1977, v.74, N1, p.107−113.
- Sekiya, Т., Khorana, G. Nucleotide sequence in the promoter region of the E. coli tyrosin tRNA gene. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1974, v.71, N8, p.2978−2982.
- Sibenlist, U., Simpson, R.B., Gilbert, W. E. coli RNA polymerase interacts homologously with two different promoters. Cell, 1980, v.20, N2, p.269−281.
- Sibenlist, U., Gilbert, V/. Contacts between E. coli RNA polymerase and an early promoter of phage T7. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1980, v.77, N1, p.122−126.
- Sibenlist, U. RNA polymerase unwinds an 11-base pair segment of a phage T7 promoter. Nature, 1979, v.279, N5714, p.651−652.
- Sibenlist, U. Nucleotide sequence of the three major early promoters of bacteriophage T7. Nucl. Acids Res., 1979, v.6, N5, p.1895−1907.
- Silverstone, A.E., Arditti, R.R., Magasanik, B. Catabolite-insensitive revertants of lac promoter mutants. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1970, v.66, N3, p.773−779.
- Simpson, R.B. The molecular topography of RNA polymerase-promoter interaction. Cell, 1979, v.18, N2, p.277−285.
- Simpson, R.B. Contacts between E. coli RNA polymerase and thymines in lacUV5 promoter. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1979, v.76, p.3233−3237.
- Sinsheimer, R.L. Bacteriophage *$X174 and related viruses. Progr. NugI. Acids Res. Mol. Biol., 1968, v.8, p.115−169.
- Skare, J., Niles, E.G., Summers, W.C. Localization of the leftmost initiation site for T7 late transcription, in vivo and in vitro. Biochemistry, 1974, v.13, N19, p.3912−3916.
- Smith, И.О., Wilcox, K.W. A restriction enzyme from H. influenzae. I. Purification and general properties. J. Mol. Biol., 1970, v.51, N2, p.379−391.
- Smith, L.H., Sinsheimer, R.L. The in vitro transcription units of bacteriophage *5X174. I. Characterization of Synthetic parameters and measument of transcript molecular weights. J. Mol. Biol., 1976, v.103, N4, p.681−697.
- Smith, L.H., Sinsheimer, R.L. The in vitro transcription units of bacteriophage $И74. II. In vitro initiation sftes of *$X174 transcription. J. Mol. Biol., 1976, v.103, N4, p. 699−710.
- Stead, N.W., Jones, O.W. Stability of RNA polymerase-DNA complexes. J.Mol. Biol., 1967, v.26, N1, p.131−135.
- Stender, W. Sequence-specific interaction of & subunit of
- E. coli RNA polymerase with DNA. Nucl. Acids Res., 1980, v.8, N15, p.3453−3666.
- Stuber, D., Bujard, H. Organization of transcriptional signals in plasmids pBR322 and pACYC184. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1981, v.78, N1, p.167−171.
- Studier, P.W. Biology Department Brookhaven National laboratory Upton, N.Y. 11 973.
- Studier, P.W. Analysis of bacteriophage T7 early RNAs and proteins on slab gels. J. Mol. Biol., 1973, v.79, N2, p.237−248.
- Stockel, P., May, P., Strall, I., Ceyka, Z., Hoppe, W., Heumann, H., Zillig, W., Crespi, H. The core subunit structure in RNA polymerase holoenzyme determined by neutron small-angle scattering. Eev. J. Biochem., 1980, v.112, p.411−417.
- Sutcliffe, J.G. Complete nucleotide sequence of the E. c51i plasmid pBR322. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1979, v. 43, p.77−90.
- Tabak, M.P., Plavell, R.A. A method for the recovery of DNA from agarose gels. Nucl. Acids Res., 1978, v.5, p.2321−2332.
- Takanami, M., Sugimoto, K., Sugisaki, H., Okamoto, T. Sequence of promoter for coat protein gene of bacteriophage fd. Nature, 1976, v.260, p.297−302.
- Takeda, Y., Folkmanis, A., Echols, H. Cro regulatory protein specified by bacteriophage? l.J. Biol. Chem., 1977, v.251,1. N10, p.6177−6183.
- Talkington, С., Pero, J. Promoter recognition by phage SP01-modified RNA polymerase. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1978, v.75, N3, p.1185−1189.
- Talkington, C., Pero, J. Distinctive nucleotide sequences of promoters recognized by RNA polymerase containing a phage-coded «b -like» protein. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 1979, v.76, N11, p.5465−5469.
- Travers, A.A., Buckland, R. A mutation affecting the h sub-unit of RNA polymerase changes transcriptional specificity. Nature, 1978, v.273, N5661, p.354−358.
- Travers, A.A., Buckland, R., Debenham, P.G. Regulation of promoter selection by RNA polymerase. In: Prom Gene to Protein: Information Transfer in Normal and Abnormal Cells, 1979, p.271−292, Acad. Press., N.Y.
- Vologodskii, A.V., Lukashin, A.V., Anshelevich, V.V., Frank-Kamenetskii, M.D. Fluctuations in superhelical DNA. Nucl. Acids Res", 1979, v.6, N3, p.967−982.
- Walz, A., Pirrotta, V., Ineichen, К. Л repressor regulates the switch between P^ and P promoters. Nature, 1976, v. 262, N5570, p.665−669.
- Wang, J.C., Jacobsen, J.H., Sancier, J-M. Physicochemical studies on interactions between DNA and RNA polymerase. Unwinding of the DNA heltx by E. coli RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1977, v.4, N5, p.1225−1241.
- Weber, K., Geisler, N. Lac repressor fragments produced in vivo and in vitro: An approach to the understanding of the interaction of repressor and DNA. In: The Operon (Meller, J.H., Reznikoff, W.S., eds), 1978, p.155−175, Cold Spring Harbor Lab., N.Y.
- Weisblum, В., Graham, М.У., Gryczan, Т., Dubnau, D.J. Plasmid copy number control: Isolation and characterization of high-copy-number mutants of plasmid pE184. J. Bacterid., 1979, v.137, H1, p.635−643.
- West, R.W., Neve, R.L., Rodriguez, R.L. Construction and characterization of E. coli promoter-probe plasmid vectors.
- Cloning of promoter-containing DNA. fragments. Gene, 1979, v.7, N3−4, p.271−288.
- Wu, C.W., Goldthwait, D.A. Studies of nucleotide binding to the ribonucleic acid polymerase by a fluorescence technique. Biochemistry, 1969, v.8, N11, p.4450−4458.
- Young, R.A., Steiz, J.A. Tandem promoters direct E. coli ribosomal RNA synthesis. Cell, 1979, v.17, N1, p.225−234.
- Zarudnaya, M.T., Kasaganov, Y.N., Lazurkin, Y.S., Frank-Kamenetskii, M.D., Beabealashvilli, R.S., Savochkina, L.P. The study of DNA-RNA polymerase complexes by kinetic formaldehyde method. Eur. J. Biochem., 1976, v.63, N2, p.607−615.
- Выражаю свою глубокую благодарность моему научному руководителю МИХАИЛУ ФЕДОРОВИЧУ ШЕМЯКИНУ за постоянную поддержку при выполнении работы.
- Считаю своим приятным долгом выразить глубокую признательность АРСЕНИЮ ВАСИЛЬЕВИЧУ ЧЕСТУХИНУ, чья постоянная помощь и поддержка сопутствовала при проведении этой работы.
- Приношу глубокую благодарность всем сотрудникам Лаборатории генетической энзимологии за теплое и дружеское отношение и интерес к работе.