Функциональная характеристика транскриптомов опухолевых и нормальных тканей мочевого пузыря человека
Методом СВГ впервые были обнаружены некодирующие транскрипты, дифференциально экспрессирующиеся в опухолевых или нормальных клетках мочевого пузыряпоследовательности найденных транскриптов картировались в геноме человека на интронные или другие некодирующие области и полностью не соответствовали никаким известным РНК человека. Найденные транскрипты могут являться потенциальными маркерами РМП… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
- ОБЗОР ЛИТЕРА ТУРЫ
- ГЛАВА I. РАК МОЧЕВОГО ПУЗЫРЯ: ПРОБЛЕМЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ДИАГНОСТИКИ
- 1. 1 Причины возникновения рака мочевого пузыря и проблемы его диагностики
- 1. 2 Применяемые в клинике методы диагностики и маркеры РМП
- 1. 3 Методы поиска биомаркеров
- ГЛАВА II. ОБЗОР ШИРОКОМАСШТАБНЫХ МЕТОДОВ ИССЛЕДОВАНИЯ КАНЦЕРОГЕНЕЗА
- 2. 1. Методы, изучающие генетические изменения, происходящие во время онкогенеза
- 2. 11 Исследование экспрессии генов с помощью анализа на микрочипах
- 2. 12 Высокопроизводительное секвенирование геномов раковых клеток
- 2. 13 Секвенирование экзомов опухолевых клеток
- 2. 14 Широкомасштабный скрининг геномов с помощью библиотек коротких интерферирующих РНК и кДНК
- 2. 15 Анализ альтернативных промоторов и альтернативного сплайсинга с целью поиска неканонических генов, вовлеченных в канцерогенез
- 2. 2. Методы, изучающие эпигенетические изменения при канцерогенезе
- 2. 2 1 Изучение структуры хроматина
- 22. 2 Изучение метилирования ДНК
- 2. 3. Методы, изучающие протеомные изменения при канцерогенезе
- 1. Биологические образцы
- 2. Реактивы, расходные материалы и приборы, использованные в работе
- 3. Выделение тотальной РНК из образцов тканей
- 4. Выделение геномной ДНК из образцов тканей мочевого пузыря
- 5. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).5 J
- 6. ОТ-ПЦР
- 7. Количественная ПЦР
- 8. Электрофорез в агарозном геле
- 9. Очистка продуктов ПЦР из агарозного геля
- 10. Супрессионная вычитающая гибридизация кДНК
- 11. Секвенирование и анализ библиотек кДНК
- 12. Исследование экспрессии генов с помощью микрочипов
- 13. Создание и анализ библиотек коротких РНК
- 13. 1 Получение библиотек коротких РНК
- 13. 2 Биоинформатический анализ библиотек коротких РНК
- 14. Исследование метилирования ДНК с помощью микрочипов
- 15. Статистический анализ корреляции степени дифференцировки, инвазии, метастазирования и размера опухолей и экспрессии генов-маркеров РМП
- 16. Анализ базы данных MedLINE
- 17. Анализ базы данных GEO
- 1. Биоинформатический анализ экспрессии генов-маркеров
- 2. Характеристика профилей транскрипции генов в опухолевых и нормальных клетках мочевого пузыря с помощью супрессионной вычитающей гибридизации кДНК и гибридизации на микрочипах
- 2. 1 Анализ экспрессии генов методом СВГ
- 2. 2 Анализ экспрессии генов методом гибридизации на микрочипах
- 2. 3 Обнаружение новых экспрессионных маркеров РМП
- 3. Исследование профилей экспрессии микроРНК в раковых и нормальных клетках мочевого пузыря
- 3. 1 Исследовании экспрессии генов-маркеров, кодирующих микроРНК
- 3. 2 Исследование экспрессии коротких некодирующих РНК (кнРНК) с помощью глубокого секвенированш библиотек кнРНК
- 4. Оценка диагностической ценности микроРНК маркеров экспериментальными методами
- 4. 1 Анализ экспрессии генов, кодирующих микроРНК 74 4 2 Высокопроизводительное секвенирование микроРНК
- 4. 3 Обнаружение новых маркерных микроРНК в РМП
- 5. Исследование профилей метилирования ДНК в раковых и нормальных клетках мочевого пузыря
- 5. 1 Проверка диагностической ценности маркеров метилирования ДНК в РМП
- 5. 2 Обнаружение новых маркеров метилирования ДНК в РМП
- 6. Анализ корреляции экспрессии и метилирования генов-маркеров со степенью прогрессии РМП
- 6. 1 Маркеры генной экспрессии 78 6 2 Маркеры метилирования ДНК
- 7. Интегрированная база данных опубликованных маркеров РМП
- 8. Исследование экспрессии ретроэлементов генома SVA и SVAfi в раковых и нормальных клетках мочевого пузыря
- 1. Крупномасштабные методы исследования транскриптомов и геномов позволяют оценить диагностическую ценность известных макеров РМП
- 2. Крупномасштабные методы исследования транскриптомов и геномов позволяют обнаружить новые дифференциальные транскрипты, короткие РНК или эпигенетические изменения, специфичные для РМП
- 3. Крупномасштабный анализ транскриптомов и геномов опухолевых и нормальных клеток позволяет выявить основные пути канцерогенеза и разработать подходы к индивидуализированной терапии опухолей
Функциональная характеристика транскриптомов опухолевых и нормальных тканей мочевого пузыря человека (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Злокачественные опухоли являются второй после заболеваний сердечнососудистой системы причиной смертности людей в мире (1). При этом заболеваемость раком непрерывно растёт. Ежегодно в мире регистрируется порядка 12 миллионов новых случаев заболевания злокачественными опухолями (2). Опухолевые клетки, образующиеся из клеток эпителиальной ткани, характеризуются агрессивным ростом, бесконтрольным делением, склонностью к метастазированиюони теряют тканеспецифичную структуру и функциональную активность, изменяют антигенный состав и многие другие свойства, присущие нормально дифференцированным клеткам живого организма (3). Превращению здоровой клетки в опухолевую способствуют как внешние факторы — канцерогены (химические вещества, ионизирующее и ультрафиолетовое излучение, онкогенные вирусы), так и внутренние факторынекоторые гормоны или генетические и эпигенетические изменения (4, 5). Независимо от вида канцерогенного воздействия, пусковым механизмом перерождения клеток является возникновение генетических и эпигенетических изменений, которые приводят к появлению новых путей регуляции жизни и деления клетки (6−8). Поэтому одной из важнейших целей современной науки, занимающейся изучением онкогенеза, является обнаружение и характеристика изменений в геноме, приводящих к опухолеобразованию.
В последние годы интенсивно развиваются широкомасштабные методы исследования полного генома клетки. Благодаря достижениям в секвенировании и новым методам функциональной геномики были сделаны важнейшие открытия в генетике рака и обнаружены новые возможности для проведения эффективной и персонализированной терапии злокачественных новообразований (9).
Данная работа посвящена широкомасштабному анализу транскриптомов опухолевых и нормальных клеток мочевого пузыря и поиску молекулярных изменений, приводящих к канцерогенезу.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
ВЫВОДЫ:
1. На основе литературного поиска, биоинформатического анализа и экспериментального исследования транскриптомов опухолевых и нормальных клеток мочевого пузыря человека создана интегрированная база данных маркеров РМП, содержащая оценку их диагностической ценности для российской популяции.
2. Выявлено, что только 18% опубликованных маркеров РМП имеют высокий диагностический потенциал для российской выборки пациентов.
3. Обнаружено 26 новых маркеров метилирования ДНК, 13 экспрессионных маркеров и 1 маркерная микроРНК, не заявленных в литературе в качестве потенциальных маркеров РМП, но показавших высокую диагностическую ценность в данном исследовании.
4. Методом СВГ впервые были обнаружены некодирующие транскрипты, дифференциально экспрессирующиеся в опухолевых или нормальных клетках мочевого пузыряпоследовательности найденных транскриптов картировались в геноме человека на интронные или другие некодирующие области и полностью не соответствовали никаким известным РНК человека. Найденные транскрипты могут являться потенциальными маркерами РМП и играть важную роль в канцерогенезе мочевого пузыря.
5. Впервые с помощью метода глубокого секвенирования библиотек коротких РНК были обнаружены дифференциально экспрессирующиеся в раковых и нормальных клетках мочевого пузыря кнРНК, не соответсвующие никаким известным кнРНК человека.
6. Методом глубокого секвенирования библиотек коротких РНК обнаружен ряд микроРНК, специфично экспрессируемых в опухолевых клетках мочевого пузыря. Найденные микроРНК могут играть ключевую роль в онкогенезе мочевого пузыря, а также в клеточном иммунном ответе против распространения вирусов или мобильных элементов генома.
7. Анализ транскрипции мобильных элементов генома БУА и БУАр1 в клетках мочевого пузыря не выявил никаких отличий между опухолевыми и нормальными клетками.
Вероятнее всего, данный класс мобильных элементов не принимает участия в канцерогенезе мочевого пузыря.
8. С помощью комплексного анализа транскриптомов опухолевых и нормальных клеток мочевого пузыря выявлены основные пути канцерогенеза через подавление сигнализации р53 и апоптотического пути и активацию путей ERBB, Notch, TGFbeta и IL2.
Список литературы
- Jemal, A., F. Bray, M. M. Center, J. Ferlay, E. Ward, and D. Forman. Global cancer statistics. CA Cancer J Clin 61:69−90.
- Kinzler, K. W. V., Bert 2002. «Introduction». The genetic basis of human cancer 2nd, illustrated, revised ed. ed. McGraw-Hill, Medical Pub. Division, New York.
- Anand, P., A. B. Kunnumakkara, C. Sundaram, K. B. Harikumar, S. T. Tharakan, O. S. Lai, B. Sung, and B. B. Aggarwal. 2008. Cancer is a preventable disease that requires major lifestyle changes. Pharm Res 25:2097−116.
- Roukos, D. H. 2009. Genome-wide association studies: how predictable is a person’s cancer risk? Expert Rev Anticancer Ther 9:389−92.
- Jones, P. A., and S. B. Baylin. 2007. The epigenomics of cancer. Cell 128:683−92.
- Kinzler, K. W., and B. Vogelstein. 1996. Lessons from hereditary colorectal cancer. Cell 87:159−70.
- Ting, A. H., K. M. McGarvey, and S. B. Baylin. 2006. The cancer epigenome—components and functional correlates. Genes Dev 20:3215−31.
- Lizardi, P. M., M. Forloni, and N. Wajapeyee. Genome-wide approaches for cancer gene discovery. Trends Biotechnol.
- Letasiova, S., A. Medve’ova, A. Sovcikova, M. Dusinska, K. Volkovova, C. Mosoiu, and A. Bartonova. Bladder cancer, a review of the environmental risk factors. Environ Health 11 Suppl 1: S11.
- Kaufman, D. S., W. U. Shipley, and A. S. Feldman. 2009. Bladder cancer. Lancet 374:239−49.
- Grignon, D. J. 2009. The current classification of urothelial neoplasms. Mod Pathol 22 Suppl 2: S60−9.
- Kim, W. J., and S. C. Bae. 2008. Molecular biomarkers in urothelial bladder cancer. Cancer Sci 99:646−52.
- Budman, L. I., W. Kassouf, and J. R. Steinberg. 2008. Biomarkers for detection and surveillance of bladder cancer. Can Urol Assoc J 2:212−21.
- Tetu, B. 2009. Diagnosis of urothelial carcinoma from urine. Mod Pathol 22 Suppl 2: S53−9.
- PM, O. D., S. E. McSweeney, and K. Jhaveri. Genitourinary imaging: current and emerging applications. J Postgrad Med 56:131−9.
- Van Tilborg, A. A., C. H. Bangma, and E. C. Zwarthoff. 2009. Bladder cancer biomarkers and their role in surveillance and screening. Int J Urol 16:23−30.
- Qu, X., X. Huang, L. Wu, G. Huang, X. Ping, and W. Yan. Comparison of virtual cystoscopy and ultrasonography for bladder cancer detection: a meta-analysis. Eur J Radiol 80:188−97.
- Sanchez-Carbayo, M. 2003. Use of high-throughput DNA microarrays to identify biomarkers for bladder cancer. Clin Chem 49:23−31.
- Sanchez-Carbayo, M., and C. Cordon-Cardo. 2003. Applications of array technology: identification of molecular targets in bladder cancer. Br J Cancer 89:2172−7.
- Christoph, F., M. Muller, M. Schostak, R. Soong, K. Tabiti, and K. Miller. 2004. Quantitative detection of cytokeratin 20 mRNA expression in bladder carcinoma by real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction. Urology 64:157−61.
- Yang, Y. C., X. Li, and W. Chen. 2006. Characterization of genes associated with different phenotypes of human bladder cancer cells. Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai) 38:602−10.
- Li, C., C. C. Chen, T. H. Yang, T. S. Tzai, C. H. Huang, J. T. Liou, I. J. Su, C. C. Tzeng, A. W. Chiu, and B. Shieh. 2002. Establishment of a mini-gene expression database for bladder tumor. J Formos Med Assoc 101:104−9.
- Mitra, A. P., H. Lin, R. H. Datar, and R. J. Cote. 2006. Molecular biology of bladder cancer: prognostic and clinical implications. Clin Genitourin Cancer 5:67−77.
- Lee, R. C., R. L. Feinbaum, and V. Ambros. 1993. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14. Cell 75:843−54.
- Wightman, B., I. Ha, and G. Ruvkun. 1993. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans. Cell 75:855−62.
- Aravin, A., and T. Tuschl. 2005. Identification and characterization of small RNAs involved in RNA silencing. FEBS Lett 579:5830−40.
- Carrington, J. C., and V. Ambros. 2003. Role of microRNAs in plant and animal development. Science 301:336−8.
- Aravin, A. A., N. M. Naumova, A. V. Tulin, V. V. Vagin, Y. M. Rozovsky, and V. A. Gvozdev. 2001. Double-stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. CurrBiol 11:1017−27.
- Khurana, J. S., and W. E. Theurkauf. 2008. piRNA function in germline development.
- Shenouda, S. K., and S. K. Alahari. 2009. MicroRNA function in cancer: oncogene or a tumor suppressor? Cancer Metastasis Rev 28:369−78.
- Garzon, R., G. A. Calin, and C. M. Croce. 2009. MicroRNAs in Cancer. Annu Rev Med 60:167−79.
- Navarro, A., and M. Monzo. MicroRNAs in human embryonic and cancer stem cells. Yonsei Med J 51:622−32.
- Baylin, S. B. 2008. Stem cells, cancer, and epigenetics.
- Haluskova, J. Epigenetic studies in human diseases. Folia Biol (Praha) 56:83−96.
- Enokida, H., and M. Nakagawa. 2008. Epigenetics in bladder cancer. Int J Clin Oncol 13:298−307.
- Kawamoto, K., H. Enokida, T. Gotanda, H. Kubo, K. Nishiyama, M. Kawahara, and M. Nakagawa. 2006. pl6INK4a and pl4ARF methylation as a potential biomarker for human bladder cancer. Biochem Biophys Res Commun 339:790−6.
- Tada, Y., M. Wada, K. Taguchi, Y. Mochida, N. Kinugawa, M. Tsuneyoshi, S. Naito, and M. Kuwano. 2002. The association of death-associated protein kinase hypermethylation with early recurrence in superficial bladder cancers. Cancer Res 62:4048−53.
- Knowles, M. A. 2008. Molecular pathogenesis of bladder cancer. Int J Clin Oncol 13:287−97.
- Knowles, M. A. 2008. Bladder cancer subtypes defined by genomic alterations. Scand J Urol Nephrol Suppl: l 16−30.
- Knowles, M. A. 2001. What we could do now: molecular pathology of bladder cancer. Mol Pathol 54:21 521.
- Liotta, L. A., and E. F. Petricoin. 2006. Serum peptidome for cancer detection: spinning biologic trash into diagnostic gold. J Clin Invest 116:26−30.
- Guo, B., C. Luo, C. Xun, J. Xie, X. Wu, and J. Pu. 2009. Quantitative detection of cytokeratin 20 mRNA in urine samples as diagnostic tools for bladder cancer by real-time PCR. Exp Oncol 31:43−7.
- Eissa, S., M. Swellam, R. Ali-Labib, A. Mansour, O. El-Malt, and F. M. Tash. 2007. Detection of telomerase in urine by 3 methods: evaluation of diagnostic accuracy for bladder cancer. J Urol 178:106 872.
- Rebrikov, D. V., S. M. Desai, P. D. Siebert, and S. A. Lukyanov. 2004. Suppression subtractive hybridization. Methods Mol Biol 258:107−34.
- Lodde, M., C. Mian, E. Comploj, S. Palermo, E. Longhi, M. Marberger, and A. Pycha. 2006. uCyt+ test: alternative to cystoscopy for less-invasive follow-up of patients with low risk of urothelial carcinoma. Urology 67:950−4.
- Marsit, C. J., E. A. Houseman, A. R. Schned, M. R. Karagas, and K. T. Kelsey. 2007. Promoter hypermethylation is associated with current smoking, age, gender and survival in bladder cancer. Carcinogenesis 28:1745−51.
- Berger, A. P., W. Parson, A. Stenzl, H. Steiner, G. Bartsch, and H. Klocker. 2002. Microsatellite alterations in human bladder cancer: detection of tumor cells in urine sediment and tumor tissue. Eur Urol 41:532−9.
- Amira, N., S. Mourah, F. Rozet, P. Teillac, J. Fiet, P. Aubin, A. Cortesse, F. Desgrandchamps, A. Le Due, O. Cussenot, and H. Soliman. 2002. Non-invasive molecular detection of bladder cancer recurrence. Int J Cancer 101:293−7.
- Zhang, J., Z. Fan, Y. Gao, Z. Xiao, C. Li, Q. An, and S. Cheng. 2001. Detecting bladder cancer in the Chinese by microsatellite analysis: ethnic and etiologic considerations. J Natl Cancer Inst 93:45−50.
- Goode, E. L., C. M. Ulrich, and J. D. Potter. 2002. Polymorphisms in DNA repair genes and associations with cancer risk. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 11:1513−30.
- Schmidt, U., and C. G. Begley. 2003. Cancer diagnosis and microarrays. Int J Biochem Cell Biol 35:11 924.
- Schulze, A., and J. Downward. 2001. Navigating gene expression using microarrays~a technology review. Nat Cell Biol 3: E190−5.
- Wodicka, L., H. Dong, M. Mittmann, M. H. Ho, and D. J. Lockhart. 1997. Genome-wide expression monitoring in Saccharomyces cerevisiae. Nat Biotechnol 15:1359−67.
- Hollstein, M., D. Sidransky, B. Vogelstein, and C. C. Harris. 1991. p53 mutations in human cancers. Science 253:49−53.
- Takahashi, T., M. M. Nau, I. Chiba, M. J. Birrer, R. K. Rosenberg, M. Vinocour, M. Levitt, H. Pass, A. F. Gazdar, and J. D. Minna. 1989. p53: a frequent target for genetic abnormalities in lung cancer. Science 246:491−4.
- Metzker, M. L. Sequencing technologies the next generation. Nat Rev Genet 11:31−46.
- Chiang, D. Y., G. Getz, D. B. Jaffe, M. J. O’Kelly, X. Zhao, S. L. Carter, C. Russ, C. Nusbaum, M. Meyerson, and E. S. Lander. 2009. High-resolution mapping of copy-number alterations with massively parallel sequencing. Nat Methods 6:99−103.
- Dressman, D., H. Yan, G. Traverso, K. W. Kinzler, and B. Vogelstein. 2003. Transforming single DNA molecules into fluorescent magnetic particles for detection and enumeration of genetic variations. Proc Natl Acad SciUS A 100:8817−22.
- Fedurco, M., A. Romieu, S. Williams, I. Lawrence, and G. Turcatti. 2006. BTA, a novel reagent for DNA attachment on glass and efficient generation of solid-phase amplified DNA colonies. Nucleic Acids Res 34: e22.
- Metzker, M. L. 2005. Emerging technologies in DNA sequencing. Genome Res 15:1767−76.
- Landegren, U., R. Kaiser, J. Sanders, and L. Hood. 1988. A ligase-mediated gene detection technique. Science 241:1077−80.
- Ronaghi, M., M. Uhlen, and P. Nyren. 1998. A sequencing method based on real-time pyrophosphate. Science 281:363, 365.
- Ronaghi, M., S. Karamohamed, B. Pettersson, M. Uhlen, and P. Nyren. 1996. Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release. Anal Biochem 242:84−9.
- Metzker, M. L. 2009. Sequencing in real time. Nat Biotechnol 27:150−1.
- Ozsolak, F., A. R. Piatt, D. R. Jones, J. G. Reifenberger, L. E. Sass, P. Mclnerney, J. F. Thompson, J. Bowers, M. Jarosz, and P. M. Milos. 2009. Direct RNA sequencing. Nature 461:814−8.
- Chin, L., W. C. Hahn, G. Getz, and M. Meyerson. Making sense of cancer genomic data. Genes Dev 25:534−55.
- Harbour, J. W., M. D. Onken, E. D. Roberson, S. Duan, L. Cao, L. A. Worley, M. L. Council, K. A. Matatall, C. Helms, and A. M. Bowcock. Frequent mutation of BAP1 in metastasizing uveal melanomas. Science 330:1410−3.
- Luo, J., M. J. Emanuele, D. Li, C. J. Creighton, M. R. Schlabach, T. F. Westbrook, K. K. Wong, and S. J. Elledge. 2009. A genome-wide RNAi screen identifies multiple synthetic lethal interactions with the Ras oncogene. Cell 137:835−48.
- Luo, J., N. L. Solimini, and S. J. Elledge. 2009. Principles of cancer therapy: oncogene and non-oncogene addiction. Cell 136:823−37.
- Maston, G. A., S. K. Evans, and M. R. Green. 2006. Transcriptional regulatory elements in the human genome. Annu Rev Genomics Hum Genet 7:29−59.
- Schibler, U., and F. Sierra. 1987. Alternative promoters in developmental gene expression. Annu Rev Genet 21:237−57.
- Baek, D., C. Davis, B. Ewing, D. Gordon, and P. Green. 2007. Characterization and predictive discovery of evolutionarily conserved mammalian alternative promoters. Genome Res 17:145−55.
- Davuluri, R. V., Y. Suzuki, S. Sugano, C. Plass, and T. H. Huang. 2008. The functional consequences of alternative promoter use in mammalian genomes. Trends Genet 24:167−77.
- Liu, S. Increasing alternative promoter repertories is positively associated with differential expression and disease susceptibility. PLoS One 5: e9482.
- Barrera, L. O., Z. Li, A. D. Smith, K. C. Arden, W. K. Cavenee, M. Q. Zhang, R. D. Green, and B. Ren. 2008. Genome-wide mapping and analysis of active promoters in mouse embryonic stem cells and adult organs. Genome Res 18:46−59.
- Sandelin, A., P. Carninci, B. Lenhard, J. Ponjavic, Y. Hayashizaki, and D. A. Hume. 2007. Mammalian RNA polymerase II core promoters: insights from genome-wide studies. Nat Rev Genet 8:424−36.
- Singer, G. A., J. Wu, P. Yan, C. Plass, T. H. Huang, and R. V. Davuluri. 2008. Genome-wide analysis of alternative promoters of human genes using a custom promoter tiling array. BMC Genomics 9:349.
- Sun, H., J. Wu, P. Wickramasinghe, S. Pal, R. Gupta, A. Bhattacharyya, F. J. Agosto-Perez, L. C. Showe, T. H. Huang, and R. V. Davuluri. Genome-wide mapping of RNA Pol-II promoter usage in mouse tissues by ChlP-seq. Nucleic Acids Res 39:190−201.
- David, C. J., and J. L. Manley. Alternative pre-mRNA splicing regulation in cancer: pathways and programs unhinged. Genes Dev 24:2343−64.
- Vu, T. H., A. H. Nguyen, and A. R. Hoffman. Loss of IGF2 imprinting is associated with abrogation of long-range intrachromosomal interactions in human cancer cells. Hum Mol Genet 19:901−19.
- Dekker, J., K. Rippe, M. Dekker, and N. Kleckner. 2002. Capturing chromosome conformation. Science 295:1306−11.
- Kodzius, R., M. Kojima, H. Nishiyori, M. Nakamura, S. Fukuda, M. Tagami, D. Sasaki, K. Imamura, C. Kai, M. Harbers, Y. Hayashizaki, and P. Carninci. 2006. CAGE: cap analysis of gene expression. Nat Methods 3:211−22.
- Mattick, J. S., R. J. Taft, and G. J. Faulkner. A global view of genomic information—moving beyond the gene and the master regulator. Trends Genet 26:21−8.
- Ogoshi, K., S. I. Hashimoto, Y. Nakatani, W. Qu, K. Oshima, K. Tokunaga, S. Sugano, M. Hattori, S. Morishita, and K. Matsushima. Genome-wide profiling of DNA methylation in human cancer cells. Genomics.
- Bird, A. 2002. DNA methylation patterns and epigenetic memory. Genes Dev 16:6−21.
- Reik, W. 2007. Stability and flexibility of epigenetic gene regulation in mammalian development. Nature 447:425−32.
- Feinberg, A. P. 2004. The epigenetics of cancer etiology. Semin Cancer Biol 14:427−32.
- Brena, R. M., T. H. Huang, and C. Plass. 2006. Quantitative assessment of DNA methylation: Potential applications for disease diagnosis, classification, and prognosis in clinical settings. J Mol Med (Berl) 84:365−77.
- Callinan, P. A., and A. P. Feinberg. 2006. The emerging science of epigenomics. Hum Mol Genet 15 Spec No 1: R95−101.
- Laird, P. W. 2003. The power and the promise of DNA methylation markers. Nat Rev Cancer 3:253−66.
- Shen, L., and R. A. Waterland. 2007. Methods of DNA methylation analysis. Curr Opin Clin Nutr Metab Care 10:576−81.
- Zilberman, D., and S. Henikoff. 2007. Genome-wide analysis of DNA methylation patterns. Development 134:3959−65.
- Costello, J. F., D. J. Smiraglia, and C. Plass. 2002. Restriction landmark genome scanning. Methods 27:144−9.
- Itano, O., M. Ueda, K. Kikuchi, O. Hashimoto, S. Hayatsu, M. Kawaguchi, H. Seki, K. Aiura, and M. Kitajima. 2002. Correlation of postoperative recurrence in hepatocellular carcinoma with demethylation of repetitive sequences. Oncogene 21:789−97.
- Smiraglia, D. J., L. T. Smith, J. C. Lang, L. J. Rush, Z. Dai, D. E. Schuller, and C. Plass. 2003. Differential targets of CpG island hypermethylation in primary and metastatic head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). J Med Genet 40:25−33.
- Lin, J. C. Protein microarrays for cancer diagnostics and therapy. Med Princ Pract 19:247−54.
- Mendes, K. N., D. Nicorici, D. Cogdell, I. Tabus, O. Yli-Harja, R. Guerra, S. R. Hamilton, and W. Zhang. 2007. Analysis of signaling pathways in 90 cancer cell lines by protein lysate array. J Proteome Res 6:2753−67.
- Rhee, S. Y., V. Wood, K. Dolinski, and S. Draghici. 2008. Use and misuse of the gene ontology annotations. Nat Rev Genet 9:509−15.
- Segal, E., N. Friedman, N. Kaminski, A. Regev, and D. Koller. 2005. From signatures to models: understanding cancer using microarrays. Nat Genet 37 Suppl: S38−45.
- Wang, X., E. Dalkic, M. Wu, and C. Chan. 2008. Gene module level analysis: identification to networks and dynamics. Curr Opin Biotechnol 19:482−91.
- Lee, S. A, C. Ho, R. Roy, C. Kosinski, M. A. Patil, A. D. Tward, J. Fridlyand, and X. Chen. 2008. Integration of genomic analysis and in vivo transfection to identify sprouty 2 as a candidate tumor suppressor in liver cancer. Hepatology 47:1200−10.
- Acevedo, L. G., M. Bieda, R. Green, and P. J. Farnham. 2008. Analysis of the mechanisms mediating tumor-specific changes in gene expression in human liver tumors. Cancer Res 68:2641−51.
- Zhu, Y. Y., E. M. Machleder, A. Chenchik, R. Li, and P. D. Siebert. 2001. Reverse transcriptase template switching: a SMART approach for full-length cDNA library construction. Biotechniques 30:892−7.
- Diatchenko, L., S. Lukyanov, Y. F. Lau, and P. D. Siebert. 1999. Suppression subtractive hybridization: a versatile method for identifying differentially expressed genes. Methods Enzymol 303:349−80.
- Barrett, T., and R. Edgar. 2006. Gene expression omnibus: microarray data storage, submission, retrieval, and analysis. Methods Enzymol 411:352−69.
- Pencina, M. J., R. B. D’Agostino, Sr., R. B. D’Agostino, Jr., and R. S. Vasan. 2008. Evaluating the added predictive ability of a new marker: from area under the ROC curve to reclassification and beyond. Stat Med 27:157−72- discussion 207−12.
- Kusenda, B., M. Mraz, J. Mayer, and S. Pospisilova. 2006. MicroRNA biogenesis, functionality and cancer relevance. Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub 150:205−15.
- Tao, J., Q. Lu, D. Wu, P. Li, B. Xu, W. Qing, M. Wang, Z. Zhang, and W. Zhang. microRNA-21 modulates cell proliferation and sensitivity to doxorubicin in bladder cancer cells. Oncol Rep 25:1721−9.
- Gottardo, F., C. G. Liu, M. Ferracin, G. A. Calin, M. Fassan, P. Bassi, C. Sevignani, D. Byrne, M. Negrini, F. Pagano, L. G. Gomella, C. M. Croce, and R. Baffa. 2007. Micro-RNA profiling in kidney and bladder cancers. Urol Oncol 25:387−92.
- Chen, L., J. E. Dahlstrom, A. Chandra, P. Board, and D. Rangasamy. Prognostic value of LINE-1 retrotransposon expression and its subcellular localization in breast cancer. Breast Cancer Res Treat 136:129−42.
- Chenais, B. Transposable elements and human cancer: A causal relationship? Biochim Biophys Acta 1835:28−35.
- Cash, H. L., L. Tao, J. M. Yuan, C. J. Marsit, E. A. Houseman, Y. B. Xiang, Y. T. Gao, H. H. Nelson, and K. T. Kelsey. LINE-1 hypomethylation is associated with bladder cancer risk among nonsmoking Chinese. Int J Cancer 130:1151−9.
- Damert, A., J. Raiz, A. V. Horn, J. Lower, H. Wang, J. Xing, M. A. Batzer, R. Lower, and G. G. Schumann. 2009. 5'-Transducing SVA retrotransposon groups spread efficiently throughout the human genome. Genome Res 19:1992−2008.
- Zabolotneva, A. A., O. Bantysh, M. V. Suntsova, N. Efimova, G. V. Malakhova, G. G. Schumann, N. M. Gayfullin, and A. A. Buzdin. Transcriptional regulation of human-specific SVAF (l) retrotransposons by cis-regulatory MAST2 sequences. Gene 505:128−36.
- Zabolotneva, A., V. Tkachev, F. Filatov, and A. Buzdin. How many antiviral small interfering RNAs may be encoded by the mammalian genomes? Biol Direct 5:62.