Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Симметричные структуры в нуклеотидных последовательностях сайтов инициации репликации ДНК прокариот

Диссертация: Симметричные структуры в нуклеотидных последовательностях сайтов инициации репликации ДНК прокариот
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

По мере роста объемов банков генетической информации актуальной становится задача компьютерного анализа нуклеотидных последовательностей, которые можно рассматривать как генетические тексты. Представление о генетических текстах было введено в начале 70-х годов в работах Ратнера. Интерес к проблеме генетических текстов сильно возрос в связи с проблемой распознавания функциональных сайтов в геноме… Читать ещё >

Содержание

  • ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Структура сайтов инициации репликации ДНК
    • 1. 2. Методы исследования генетических текстов функциональных сайтов
  • ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ
    • 2. 1. ОБЪЕКТЫ
    • 2. 2. МЕТОДЫ
      • 2. 2. 1. метод анализа симметрии генетического текста
      • 2. 2. 2. метод оценки значимости выявленных элементов симметрии для функции оп
  • ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3. 1. Симметричные структуры в нуклеотидных последовательностях прокариотических оп
    • 3. 2. Классификация изучаемых последовательностей, основанная на вхождение в них симметричных структур
      • 3. 2. 1. Классификация множества генетических текстов по признаку вхождения симметричных структур
      • 3. 2. 2. Соответствие классификации изучаемых последовательностей, основанной на вхождение в них симметричных структур, содержательным классификациям
    • 3. 3. Построение симметрийных консенсусов оп
      • 3. 3. 1. Симметрийный консенсус для последовательностей группы
    • E. col
      • 3. 3. 2. Сравнение симметрийного консенсуса с экспериментальными данными о строении or
        • 3. 3. 2. 1. Сайты связывания с белками, участвующими в инициации репликации ДНК
        • 3. 3. 2. 2. В симметрийные консенсусы входят все типы экспериментально обнаруженных структурных элементов ori прокариот
        • 3. 3. 3. Симметрийный консенсус для последовательностей рода Pseudomonas

        3.3.4. Сравнение симметрийных консенсусов, построенных для последовательностей группы E. coli и последовательностей рода Pseudomonas. 74 3.4. Использование симметриных консенсусов для распознавания ori 76 3.4.1 ."Экспериментальный" образ ori 77 3.4.2. «Формальный» образ ori

Симметричные структуры в нуклеотидных последовательностях сайтов инициации репликации ДНК прокариот (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность темы

Репликация ДНК, один из фундаментальных процессов, отличающий живые существа от неживой природы, контролируется на уровне инициации. Инициация репликации сложный многостадийный процесс, требующий участия многих белков, происходит в определенных участках хромосомы, которые называют сайтами инициации репликации или origin, ori. У прокариот инициация репликации ДНК происходит в единственном ori, тогда как у эукариот на каждой хромосоме существуют множественные ori репликации ДНК. Термин origin употребляется для обозначения двух различающихся понятий:

1). точечной позиции на хромосоме, в которой происходит встраивание первого нуклеотида дочерней цепи ДНК, т. е. понятие origin служит для обозначения точки начала, старта синтеза дочерней цепи ДНК;

2). так обозначают генетический элемент, который контролирует инициацию и определяет позиции сайтов инициации, что соответствует репликатору или сайту инициации репликации.

У прокариот эти два понятия перекрываются, совпадают, т.к. ori прокариот являются цис-действующими хромосомными репликаторами, которые содержат точки начала синтеза дочерних цепей.

Выяснение структуры ori важно для понимания молекулярных механизмов регуляции инициации репликации. Множество исследований посвящено решению этой фундаментальной проблемы современной биологии. Разработка новых экспериментальных методов привела к накоплению большого количества данных, проясняющих некоторые детали молекулярных механизмов регуляции инициации репликации ДНК. Об этом свидетельствуют результаты международной конференции по прокариотическим и эукариотическим репликонам ,^во Франции (International Jacques Monod Conference on Prokaryotic and Eukaryotic.

Replicons, France, June 18−22, 1995) [Huberman J.A., 1995]. Проблемам репликации ДНК эукариот была посвящена конференция лаборатории в Колд-Спринг-Харборе 1997 года, на которой в большинстве представленных работ особый акцент был сделан на выяснении природы репликаторов эукариот, что, по мнению большинства исследователей, признано одной из самых актуальных проблем современной молекулярной биологии [Abstracts of CSH Meeting, 1997].

Кроме экспериментальных методов исследования процессов, в которых принимают участие определенные участки ДНК (таких как инициация репликации ДНК), в последние годы получили широкое распространение компьютерные методы. Целью этих методов, в частности, является теоретическое изучение строения первичной структуры ДНК, что очень важно для понимания её роли в исследуемом процессе. Такие исследования являются мощным инструментом, позволяющим сократить число дорогостоящих экспериментов и спланировать дальнейшие практические исследования. Особенно актуальной является разработка компьютерных методов исследования ori потому, что практические исследования инициации репликации ДНК трудоемки, результаты, как правило, трудно интерпретируемы в силу сложности используемых экспериментальных методов и самого предмета исследования.

По мере роста объемов банков генетической информации актуальной становится задача компьютерного анализа нуклеотидных последовательностей, которые можно рассматривать как генетические тексты. Представление о генетических текстах было введено в начале 70-х годов в работах Ратнера [ссылка в Ratner V.A., 1998]. Интерес к проблеме генетических текстов сильно возрос в связи с проблемой распознавания функциональных сайтов в геноме [Kel et al, 1995; Ponomarenko MP et al, 1997; Fickett, J.W., 1996]. Было предложено множество методов анализа тветических текстов, которые можно разделить на два класса: контекстные и контекстно-независимые. Контекстными являются широко используемые консенсусные и матричные методы [Соловьев В. В и др., 1987; Bucher Р., 1990; Karlin S, Brendel V., 1992; Quandt К. et al., 1995; Uberbacher E.C. et al, 1996; Chen Q.K. et al, 1997]. Контекстно-независимые методы более абстрактны [Brendel V. et al, 1986; Pevzner P.A. et al, 1989; Горбань и др., 1993; Martingale, С., Konopka, А. К, 1996].

Большинство методов распознавания функциональных областей генома основаны на использовании статистического подхода, что затрудняет их использование для практических потребностей экспериментальной молекулярной биологии. Основная проблема этих методов состоит в выборе вида распределения вероятностей той или иной статистики для оценки значимости полученных результатов. Хотя были предложены различные варианты моделей случайности, полученные на основе анализа большого количества текстов [Бородовский М.Ю., Певзнер П. А., 1990; Сприжицкий Ю. А и др., 1988 ], однако корректность такого подхода не всегда удается обосновать. Для анализа генетических текстов функциональных областей необходимы контекстно-независимые методы, в которых в качестве формальных свойств последовательности используются внутренние свойства генетических текстов нестатистического характера. Известно, что повторы являются характерной чертой регуляторных районов генома как прокариот, так и эукариот [Day GR, Blake RD, 1982; Boulikas T, 1996 ] что предполагает их важность для функции этих регуляторных областей [Pearson et al, 1996; Boulikas T, Kong CF, 1993; Samadashwily GM et al, 1997]. В 1992 г. был предложен контекстно-независимый подход для анализа структуры генетического текста [Леонтьев А. Ю, 1992], основанный на выявлении внутренней симметрии текста, в котором в качестве характеристик генетического текста было предложено использовать наличие в них повторов 8-ми возможных типов симметрии. В данной работе такой симметрийный подход применяется для исследования генетических текстов. сайтов инициации репликации прокариот и предлагается метод построения симметрийных консенсусов для изучения первичной структуры ori.

Интерес именно к первичной структуре сайта инициации репликации объясняется тем, что нуклеотидные последовательности этих сайтов у прокариот являются надежно установленным фактом. Построение моделей этих сайтов на уровне первичной структуры делает возможным выявления роли первичной структуры ДНК для функции инициации репликации. Очевидно, что анализ первичной структуры таких сложно устроенных функциональных сайтов, как прокариотические ori, позволит выявить в их нуклеотидных последовательностях структуры, необходимые для начальных этапов инициации, поскольку эти этапы должны быть наиболее сиквенс-специфичными. Кроме того, моделирование на уровне первичной структуры предполагает возможность непосредственного воздействия на процесс инициации репликации. Выявление участков нуклеотидной последовательности сайта инициации репликации, участвующих во взаимодействии с инициаторным белком, позволит изменять их с помощью методов современной молекулярной биологии (вставки и делеции оснований, направленный мутагенез), что означает возможность регулирования процессом инициации репликации. Цель и задачи:

Целью данной работы явилось выявление внутренней структуры сайта инициации репликации ДНК пркариот на уровне первичной структуры и установление, какую роль играют симметричные структуры генетических текстов этих сайтов в инициации репликации. Были поставлены следующие задачи:

1. Выявить повторы всех типов симметрии в генетических текстах сайтов инициации репликации ДНК прокариот.

2. Оценить эффективность симметрий как формальных признаков генетических текстов для функционально-значимой классификации^ изучаемых последовательностей.

3. Оценить эффективность предлагаемого симметрийного подхода для исследования структуры сайтов инициации репликации прокариот.

4. Построение формальной модели сайта инициации прокариот, пригодной для компьютерного распознавания ori в геноме прокариот.

Научная новизна:

Впервые предлагается контекстно-независимый, нестатистический метод для исследования структуры сайта инициации репликации и для классификации нуклеотидных последовательностей с функцией ori, основанный на внутренней симметрии нуклеотидных последовательностей.

Впервые было проведено систематическое исследование обобщенной симметрии генетических текстов 13-ти прокариотических сайтов инициации репликации и наряду с традиционно исследуемыми повторами (простые и комплементарные) выявлены структуры обычно не рассматриваемых типов симметрии — КУ (пурин-пиримидин) и КМ (амино-кето).

Показана значимость для функции ori симметричных структур, выявленных в нуклеотидных последовательностях сайтов инициации репликации ДНК прокариот.

Практическая ценность:

Предложен контекстно-независимый метод анализа нуклеотидных последовательностей, основанный на внутренней симметрии генетического текста функциональных сайтов, который может быть использован для классификации последовательностей.

Предложенный метод позволяет выявлять в последовательности значимые для функции структуры.

Разработан метод описания симметричной структуры достаточно протяженных участков генетического текста (100−1000 и более), пригодный для создания образов распознавания функционального сайта в геноме.

ВЫВОДЫ:

1. Осуществлен поиск симметричных структур и выявлены повторы всех возможных 8-ми типов симметрии в нуклеотидных последовательностях 13-ти исследованных сайтов инициации репликации прокариот.

2. Были выявлены симметричные структуры в генетических текстах исследованных прокариотических ori, значимые для функции инициации репликации. Было показано, что важными для функции инициации репликации наряду с традиционно рассматриваемыми обычными и комплементарными повторами оказались не рассматривавшиеся ранее симметричные структуры RY и КМ типов.

3. Проведена классификация исследуемых последовательностей по признаку вхождения определенных симметричных структур, которая хорошо согласуется с таксономией организмов, которым принадлежат изученные последовательности. Обнаружено также точное соответствие формальной классификации исследованных последовательностей и классификации прокариотических ori, основанной на экспериментальных данных, что является подтверждением функциональной значимости выявленных симметричных структур для инициации репликации.

4. Построены симметрийные консенсусы (СК), основанные на наличии в последовательностях симметричных структур, элементы которых расположены на одинаковых расстояниях. Показано, что построение симметрийных консенсусов для генетических текстов сайтов инициации репликации прокариот является эффективным инструментом для изучения внутренней структуры этих сайтов.

5. В работе показано, что симметрийный консенсус, построенный для группы последовательностей E. coli, обнаруживается в единственном месте хромосомы — в сайте инициации репликации oriC. Это означает пригодность предложенных в работе моделей сайта инициации репликации ДНК для распознавания ori в геноме прокариот.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

В нуклеотидных последовательностях изученных сайтов инициации репликации ДНК прокариот обнаружены повторы всех возможных в генетическом тексте 8-ми типов симметрии. Во всех 13-ти исследуемых последовательностях сайтов инициации репликации прокариот выявлены повторы как традиционно исследуемых типов симметрии (обычные и комплементарные повторы), так и обычно не рассматриваемые «цветные» ИТ (пурин — пиримидин) и КМ (амидакето) симметричные структуры. «Цветные» ЯУ и КМ симметричные структуры встречаются в исследованных последовательностях примерно в два раза реже, чем традиционно рассматриваемые повторы. Максимальные длины элементов повторов всех исследованных типов симметрии лежат в диапазоне 8−12 нуклеотидов.

Проведенный симметрийный анализ позволил выявить общие структуры в текстах изученных сайтов инициации репликации ДНК прокариот, провести классификацию исследуемых последовательностей, основанную на таких формальных признаках как наличие определенных симметричных структур в последовательностях и расстоянии между элементами общих повторов.

Для формальной классификации наиболее значимыми оказались повторы следующих типов симметрии: прямые простые и прямые комплементарные, прямые ЛУ повторы, инвертированные комплементарные, инвертированные КУ и инвертированные КМ повторы. Это является свидетельством того, что «цветные» симметрии, наряду с традиционно рассматриваемыми, представляют важные свойства исследуемых последовательностей.

Классификация последовательностей по признаку вхождения симметричных структур позволяет разбить множество исследованных последовательностей на подгруппы, соответствующие принятой таксономии организмов, которым последовательности принадлежат. Это свидетельствует о том, что наличие симметричных структур в исследуемых генетических текстах является содержательным признаком последовательностей ori, значимым для таксономической классификации организмов. Проведенная классификация, основанная на формальных признаках, позволила разделить последовательности, содержащие ori, относящиеся к разным классам из-за неспособности к функциональной комплементации, и объединить последовательности, содержащие ori одного класса, способные функционально заменять друг друга. Такое точное соответствие формальной классификации исследованных последовательностей и классификации прокариотических ori, основанной на экспериментальных данных, является подтверждением функциональной значимости симметричных структур для инициации репликации.

На основании наличия в последовательностях симметричных структур, элементы которых расположены на одинаковых расстояниях, были построены симметричные консенсусы двух видов: для последовательностей группы E. coli и для последовательностей рода Pseudomonas. И в том, и в другом случае симетрийные консенсусы состоят го двух блоков: в правый входят сайты связывания с DnaA белком, слева расположен другой блок, образованный обычными и комплементарными повторами.

Расстояние между блоками строгое (40- 42 нуклеотида) для последовательностей группы E.coli. В последовательностях рода Pseudomonas блоки расположены на разных расстояниях (211 нуклеотидов в последовательности {ра} и 282 нуклеотида в {рр}), но одинаково ориентированы относительно друг друга и оси спирали ДНК В симметрийном консенсусе для последовательностей группы E. coli в правом блоке обнаружены симметричные структуры RYи КМ-типов, которые выявляются во всех последовательностях этой группы, что указывает на их значимость для функции инициации репликации.

В симметрийном консенсусе группы последовательностей E. coli выявлены 4 сайта связывания с негативным регулятором инициации репликации SeqA белком. В симметрийном консенсусе, построенном для последовательностей рода Pseudomonas сайтов негативной регуляции не обнаружено.

Таким образом, симметрийный анализ генетических текстов областей инициации репликации ДНК прокариот может быть использован для исследования их структуры, что позволяет считать построение симметрийных консенсусов эффективным инструментом для анализа функции нуклеотидных последовательностей.

Применение формального языка для описания ori, в котором подстроками являются значимые для функции ori симметричные структуры, обнаруженные в генетических текстах сайтов инициации репликации, и которые связаны небольшим набором отношений, позволило построить «формальный» образ ori, отвечающий требованиям к образу для распознавания.

Показать весь текст

Список литературы

  1. H.H., Каламбет Ю. А. Распознавание функциональных сигналов. // В сборнике Компьютерный анализ генетических текстов. Москва, «Наука», 1990, с.113−154.
  2. М.Ю., Певзнер П. А. Статистические методы анализа генетических текстов. // В сборнике Компьютерный анализ генетических текстов. Москва, «Наука», 1990, с.36−80.
  3. .К. Симметрия кристаллов. Методы структурной кристаллографии. Современная кристаллография. Т.1. М: Наука, 1979. 383с.
  4. А.Н., Миркес Е. М., Попова Т. Г., Садовски М. Г. Сравнительная избыточность генов различных организмов и вирусов // Генетика 1993 -т. 29 — № 9 — с. 1413−1419
  5. Горелик A. JL, Скрипкин В. А. Методы распознавания.// Москва, «Высшая школа», 1989, 232 с.
  6. В.Д., Куличков В. А., Чупахина О. М. Сложностный анализ генетических текстов.// Препринт, Институт Математики СО АН СССР, Новосибирск, 1989, 49 с.
  7. Итоги науки и техники. Молекулярная биология.// ВИНИТИ М:1985, т.21,279 с.
  8. А.Ю. Симметрия одноцепочечных молекул ДНК. // Биофизика 1992-r.37-B.5-c.874.
  9. Ю.Ратнер В. А. Сравнительная иерархическая структура генетического языка // Генетика 1993 — т.29 — № 5 — с.720−739
  10. П.Ратнер В. А. Генетический текст: грамматика, семантика, эволюция //Генетика -1993 т.29 — № 5 — с.709−718
  11. В.В., Кель А. Э., Рогозин И. Б., Колчанов Н. А. Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов.// Изд. НГУ, Новосибирск: 1987, 82 с.
  12. Ю.А., Нечипуренко Ю. Д., Александров А. А., Волькенштейн М. В. Закономерности сблоченности нуклеотидов в кодирующих и некодирующих областях последовательностей ДНК из различных организмов // Молекуляр. Биология 1988 — т.22 — в.2 — с.338−356.
  13. Франк-Каменецкий (ред.) Компьютерный анализ генетических текстов. //Москва, «Наука», 1990,267 с.
  14. Allen G.C., Kornberg, A. Assembly of the primosome of DNA replication in Escherichia coli // J. Biol. Chem. 1993 — v. 268 — N 26 — pp 19 204−19 209.
  15. Almagor H A Markov analysis of DNA sequences.// J Theor Biol 1983 — v. 104- N4-pp 633−45
  16. Altschul S.F., Gish W Local alignment statistics // Methods Enzymol. 1996 -v.266 — pp 460−480
  17. , K. & Kornberg, A Unique primed start of phage phiX174 DNA replication and mobility of the primosome in a direction opposite chain synthesis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981 — v. 78 — N 1 — pp 69−73.
  18. Arai, K., Low, R., Kobori, J., Shlomai, J. & Kornberg, A. Mechanism of dnaB protein action. V. Association of dnaB protein, protein n', and other prepriming proteins in the primosome of DNA replication.// J. Biol. Chem. 1981a — v. 256-N 10-pp 5273−5280
  19. Arvidson D. N., Youderian, Schneider T. D., Stormo G. D. Automated Kinetic Assay of beta-galactosidase activity// BioTechniques -1991- v. 11- pp. 733−737
  20. Asai T, M. Imai &- T. Kogoma DNA damage-inducible replication of the Escherichia coli chromosome is initiated at separable sites within the minimal oriC.// J Mol Biol 1994 — v. 235 — N 5 — pp 1459−69
  21. Asai T., Kogoma T. D-loops and R-loops: alternative mechanisms for the initiation of chromosome replication in Escherichia coli.// J. Bacteriol. -1994 -v. 176 -N 7 pp 1807−1812
  22. Asai T., Kogoma T. Roles of ravA, ruvC and recG gene functions in normal and DNA damage-inducible replication of the Escherichia coli chromosome // Genetics 1994a — v. 137 — N 4 — pp 895−902
  23. Atlung T, Lobner-Olesen A, Hansen FG. Overproduction of DnaA protein stimulates initiation of chromosome and minichromosome replication in Escherichia coli.// Mol Gen Genet -1987 v. 206 — N 1 — pp 51−59
  24. Audic S., Claverie J-M. Detection of eukaryotic promoters using Markov transition matrices// Computers Chem. 1997 — v.21 — N 4 — pp 223−227
  25. Audic S., Claverie J-M. Self-identification of protein-coding regions in microbial genomes // Proc Natl Acad Sci U S A 1998 -v. 95 — N 3 — pp 10 026−10 031
  26. Bahloul A, Meury J, Kern R, Garwood J, Guha S, Kohiyama M Co-ordination between membrane oriC sequestration factors and a chromosome partitioning protein, TolC MukA. // Mol Microbiol 1996 — v. 22 -N 2 — pp 275−282
  27. Baker TA Replication initiation. A new controller in Escherichia coli.// Curr Biol 1994 — v. 4 — N 10 — pp 945−946
  28. Baker TA, Kornberg A Transcriptional activation of initiation of replication from the E. coli chromosomal origin: an RNA-DNA hybrid near oriC //Cell -1988-v. 55-N1 pp 113−123
  29. Baldi P, Chauvin Y, Hunkapiller T, McClure MA Hidden Markov models of biological primary sequence information. // Proc Natl Acad Sci U S A 1994 -v. 91-N3-pp 1059−1063
  30. Barrick D., Villanueba K., Childs J., Kalil R., Schneider T. D., Lawrence C. E., Gold L., Stormo G. D Quantitative Analysis of Ribosome Binding Sites in E. coli.// Nucl. Acids Res 1994 — v. 22 — N 7 — pp. 1287−1295
  31. Bates D. B, T. Asai, Y. Cao, M. W. Chambers, G. W. Cadwell, E. Boye &- T. Kogoma. The DnaA box R4 in the minimal oriC is dispensable for initiation of Escherichia coli chromosome replication. // Nucleic Acids Res -1995 v. 23 — N 16 — pp 3119−3125
  32. Benbow RM, Zhao J, Larson DD On the nature of origins of DNA replication in eukaryotes. // Bioessays 1992 — v. 14 — N 10 — pp 661−670
  33. Berg O.G., von Hippel P.H. Selection of DNA binding sites by regulatory proteins.//Trends Biochem Sei. 1988 — v. 13 — N 6 — pp 207−211.
  34. Bogan JA, Helmstetter CE DNA sequestration and transcription in the oriC region of Escherichia coli.// Mol Microbiol 1997 — v. 26 — N 5 — pp 889−896
  35. Bogan JA, Helmstetter CE mioC transcription, initiation of replication, and the eclipse in Escherichia coli. // J Bacteriol 1996 — v. 178 — N 11 — pp 3201−3206
  36. Borodovsky, Mclninch J GENEMARK Parallel gene recognition for both DNA strands. // Comp. Chem. — 1993 — v.17 — pp 123−133.
  37. Boulikas T Common structural features of replication origins in all life forms. // J Cell Biochem 1996 — v. 60 — N 3 — pp 297−316
  38. Boulikas T Homeodomain protein binding sites, inverted repeats, and nuclear matrix attachment regions along the human beta-globin gene complex.// J Cell Biochem 1993 — v. 52 — N 1 — pp 23−36
  39. Boulikas T, Kong CF Multitude of inverted repeats characterizes a class of anchorage sites of chromatin loops to the nuclear matrix // J Cell Biochem -1993 -v. 53 N 1 — pp 1−12
  40. Boye E, Stokke T, Kleckner N, Skarstad K Coordinating DNA replication initiation with cell growth: differential roles for DnaA and SeqA proteins.// Proc Natl Acad Sei U S A 1996 — v. 93 — N 22 — pp 12 206−12 211
  41. Bramhill D., Kornberg, A. Duplex opening by dnaA protein at novel sequences in initiation of replication at the origin of E. coli.// Cell 1988 — v. 52 — N 5 — pp 743−755
  42. Brendel V., BeckmannJ.S., Trifonov E.N. Linguistics of nucleotide sequences: morphology and comparison of vocabularies // J.Biomol. Struct. Dyn. 1986 — v.4 — pp. 11−22.
  43. Brendler T, Abeles A, Austin S A protein that binds to the PI origin core and the oriC 13mer region in a methylation-specific fashion is the product of the host seqA gene. // EMBO J 1995 — v. 14 — N 16 — pp 4083−4089
  44. Brewer B. J., Fangman W. L. Initiation at closely spaced replication origins in a yeast chromosome. // Science 1993 — v. 262 — pp 1728−1731
  45. Brewer B.J., Fangman W.L. Mapping replication origins in yeast chromosomes.// Bioessays -1991- v. 13-N7-pp 317−322
  46. Bucher P. Weight matrix description of four eukaryotic RNA polymerasell promoter elements derived from 502 unrelated promoter sequences.// J. Mol.Biol. 1990 — v. 212 — pp 563−578
  47. Calcutt MJ, Schmidt FJ Conserved gene arrangement in the origin region of the Streptomyces coelicolor chromosome.// J Bacterid 1992 — v. 174 — N 10, pp. 3220−3226
  48. Cardon LR, Stormo GD Expectation maximization algorithm for identifying protein-binding sites with variable lengths from unaligned DNA fragments.//J Mol Biol 1992 — v.223 — N 1 — pp 159−170
  49. Cassler MR, Grimwade JE, Leonard AC Cell cycle-specific changes in nucleoprotein complexes at a chromosomal replication origin. // EMBO J -1995 v. 14 — N 23 — pp 5833−5841
  50. Chen Q.K., Hertz G.Z., Stormo G. D PromFD 1.0: a computer program that predicts eukaryotic pol II promoters using strings and IMD matrices 7/ Comput Appl Biosci 1997 — v. 13 — N 1 — pp 29−35
  51. Chen QK, Hertz GZ, Stormo GD MATRIX SEARCH 1.0: a computer program that scans DNA sequences for transcriptional elements using adatabase of weight matrices. // Comput Appl Biosci 1995 — v. 11 — N5-pp 563−566
  52. Cleary JM, Smith DW, Harding NE, Zyskind JW Primary structure of the chromosomal origins (oriC) of Enterobacter aerogenes and Klebsiella pneumoniae: comparisons and evolutionary relationships.// J Bacteriol 1982 -v.150 — N 3 — pp 1467−1471
  53. Cornish-Bowden A. // Nucl. Acids Res. 1984 — v. 13 — pp 3021−3030
  54. Coward E., Drablos F. Detecting periodic patterns in biological sequences //Biomformatics 1998 — v. 14 — N 6 — pp 498−507
  55. Crooke E, Castuma CE, Kornberg A The chromosome origin of Escherichia coli stabilizes DnaA protein during rejuvenation by phospholipids. // J Biol Chem 1992 — v. 267 — N 24 — pp 16 779−16 782
  56. Crooke E, Thresher R, Hwang DS, Griffith J, Kornberg A Replicatively active complexes of DnaA protein and the Escherichia coli chromosomal origin observed in the electron microscope. // J Mol Biol 1993 — v. 233 — N 1 — pp 16−24
  57. David K. Smith and Hong Xue A major component approach to presenting consensus sequences // Bioinformatics 1998- V.14 — N 2 -.151−156
  58. Day GR, Blake RD Statistical significance of symmetrical and repetitive segments in DNA // Nucleic Acids Res 1982 — v. 10 — N 24 — pp 8323−8339
  59. Dean FB, ODonnell M Two steps to binding replication origins? DNA-protein interactions.// Curr Biol 1996 — v. 6 — N 8 — pp 931−934
  60. Dijkwel P. A., Hamlin J. L. The Chinese hamster dihydrofolate reductase origin consists of multiple potential nascent-strand start sites.// Mol. Cell. Biol. 1995 — v. 15-pp 3023−3031
  61. Eckdahl TT, Anderson JN Conserved DNA structures in origins of replication. // Nucleic Acids Res 1990 — v. 18 — N 6 — ppl609−1612
  62. Fantes PA, Grant WD, Pritchard RH, Sudbery PE, Wheals AE The regulation of cell size and the control of mitosis. // J Theor Biol 1975 — v. 50 — N 1 — pp 213−244
  63. Fickett JW Finding genes by computer: the state of the art. // Trends Genet -1996-v. 12-pp 316−320
  64. Fields D.S., He Y., Al-Uzri A.Y., Stormo G. D Quantitative specificity of the Mnt repressor.// J Mol Biol 1997 — v.271 — N 2 — pp 178−194
  65. Fields DS, Stormo GD Quantitative DNA sequencing to determine the relative protein-DNA binding constants to multiple DNA sequences. // Anal Biochem -1994-v.219-N2-pp 230−239
  66. Frith M., Edwards Y. J. K., Bishop M. J. Raising the curtain on Theatre: a new tool for the comparative investigation of functional features in DNA sequences.// UK HGMP Resource Centre Genome News Winter 1997- pp. 15−17.
  67. Froelich JM, Phuong TK, Zyskind JW Fis binding in the dnaA operon promoter region // J Bacterid 1996 — v. 178 — N20 — pp. 6006−6012
  68. Fujita MQ, Yoshikawa H, Ogasawara N Structure of the dnaA and DnaA-box region in the Mycoplasma capricolum chromosome: conservation and variations in the course of evolution.// Gene 1992 -v.llO-Nl — pp 17−23
  69. Fujita MQ, Yoshikawa H, Ogasawara N Structure of the dnaA region of Micrococcus luteus: conservation and variations among eubacteria.// Gene -1990-v. 93-N 1 pp 73−78
  70. Fujita MQ, Yoshikawa H, Ogasawara N Structure of the dnaA region of Pseudomonas putida: conservation amongthree bacteria, Bacillus subtilis, Escherichia coli and P. putida. // Mol Gen Genet 1989 — v. 215-N3-pp 381−387
  71. Fukuoka T., S. Moriya, H. Yoshikawa N. Ogasawara Purification and characterization of an initiation protein for chromosomal replication, DnaA, in Bacillus subtilis.//J Biochem 1990 — v. 107 — pp 732−739
  72. , R.S., Funnell B.E. & Kornberg, A. The dnaA protein complex with E. coli chromosomalorigin oriC. and other sites.// Cell 1984 — v. 38 — N 3 — pp 889−900
  73. Fuller, R.S., Kaguni, J.M. & Kornberg, A. Enzymatic replication of the origin of the Escherichia coli chromosome.// Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1981 — v. 78 — N 12 — pp 7370−7374
  74. Gasser SM Replication origins, factors and attachment sites. // Curr Opin Cell Biol. 1991 — v 3 — N 3 — pp 407−413.
  75. Gencheva M, Anachkova B Clusters of modular regulatory elements at DNA replication origins.// Gene 1995 — v. 164 — N 2 — pp 283−287
  76. Gilbert DM, Miyazawa H, DePamphilis ML Site-specific initiation of DNA replication in Xenopus egg extract requiresnuclear structure. // Mol Cell Biol -1995 v. 15 — pp 2942−2954
  77. Gille H, Egan JB, Roth A, Messer W The FIS protein binds and bends the origin of chromosomal DNA replication, oriC, of Escherichia coli.// Nucleic Acids Res -1991 v. 19 — N 15 — pp 4167−4172
  78. Gille H, Messer W Localized DNA melting and structural pertubations in the origin of replication, oriC, of Escherichia coli in vitro and in vivo. // EMBO J -1991 v. 10 — N 6 — pp 1579−1584
  79. Gordenin DA, Lobachev KS, Degtyareva NP, Malkova AL, Perkins E, Resnick MA Inverted DNA repeats: a source of eukaryotic genomic instability.// Mol Cell Biol 1993 — v. 13 — N 9 — pp 5315−22
  80. Hamlin J. L.,. Dijkwel On the nature of replication origins in higher eukaryotes. // Curr Opin Genet Dev 1995 — v. 5 — N 2 — pp 153−161
  81. Hansen FG, Christensen BB, Atlung T The initiator titration model: computer simulation of chromosome and minichromosome control.// Res Microbiol -1991 v. 142 — N 2−3 — pp 161−167
  82. Herrick J, Kern R, Guha S, Landoulsi A, Fayet O, Malki A, Kohiyama M Parental strand recognition of the DNA replication origin by the outer membrane in Escherichia coli. // EMBO J. 1994 — v. 13-N19-pp 46 954 703
  83. Herrick J, Kohiyama M, Atlung T, Hansen FG The initiation mess? // Mol Microbiol 1996 — v. 19 — N 4 — pp 659−666
  84. Hertz GZ, Hartzell GW 3d, Stormo GD Identification of consensus patterns in unaligned DNA sequences known to be functionally related.//Comput Appl Biosci -1990 v. 6 — N 2 — pp 81−92
  85. Hertz GZ, Stormo GD Escherichia coli promoter sequences: analysis and prediction.// Methods Enzymol. 1996 — v.273 — pp 30−42
  86. Hiasa H, Marians KJ Fis cannot support oriC DNA replication in vitro.// J Biol Chem 1994 — v. 269 — N 40 — pp 24 999−5003
  87. Hiasa H, Marians KJ Primase couples leading- and lagging-strand DNA synthesis from oriC.// Biol Chem 1994 — v.269 — N 8 — pp 6058−6063
  88. Hiraga S, Ichinose C, Niki H, Yamazoe M Cell cycle-dependent duplication and bidirectional migration of SeqA-associated DNA-protein complexes in E. coli. //Mol Cell 1998 v. l — N 3 — pp 381−387
  89. Hong X. Absence of a direct role for RNase HI in initiation of DNA replication at the oriC site on the Escherichia coli chromosome. // J Bacteriol -1993 v. 175 — N 20 — pp.6731−6734
  90. Hong X. Escherichia coli RecG and RecA proteins in R-loop formation I I EMBO J. 1995 — v. 14 — N 10 — pp 2385−2392
  91. Huberman J.A. Prokaryotic and Eukaryotic Replicons // Cell 1995 — v. 82 -pp. 535−542
  92. Hwang DS, Kornberg A 1992a Opposed actions of regulatory proteins, DnaA and IciA, in opening the replication origin of Escherichia coli.// J.Biol.Chem. -1991a v.267 — N 32 — pp. 23 087−23 091
  93. Hwang DS, Kornberg A Opening of the replication origin of Escherichia coli by DnaA protein with protein HU or IHF. // J.Biol.Chem. 1991 — v.267 — N 32 — pp. 23 083−23 086
  94. Jacob F., Brenner S., Cuzin F. On the regulation of DNA replication in bacteria.//Cold Spring Harbor Symp. Quant.Biol. 1963 — v.28 — pp 329−331
  95. Jonsson J, Norberg T, Carlsson L, Gustafsson C, Wold S Quantitative sequence-activity models (QSAM)~tools for sequence design. // Nucleic Acids Res. 1993 — v.21 — N 3 — pp 733−739
  96. Jurka J., Klonowski P., Dagman V., Pelton P. Censor a program for identification and elimination of repetitive elements from DNA sequences. // Comp. Chem. — 1996 — v. 20 — pp 119−121.
  97. Kaguni JM, Fuller RS, Kornberg A Enzymatic replication of E. coli chromosomal origin is bidirectional.// Nature 1982 — v. 296 — N 5858 — pp 623−627
  98. Kaguni JM, Kornberg A Replication initiated at the origin (oriC) of the E. coli chromosome reconstituted with purified enzymes.// Cell 1984 — v.38 — N 1 — pp 183−190
  99. Kaguni JM, Kornberg A Topoisomerase I confers specificity in enzymatic replication of the Escherichia coli chromosomal origin. //J Biol Chem. 1984a — V.259 -N 13-pp 8578−8583
  100. Kano Y., Ogawa T., Ogura T., Hiraga S., Okazaki T., Imamoto F. Participation of the histone-like protein HU and of IHF in minichromosomal maintenance in Escherichia coli. // Gene -1991 v. 103 — N 1 — pp 25−30
  101. Karlin S., Brendel V. Chance and statistical significance in protein and DNA sequence analysis.// Science 1992 — v.257 — N 5066 — pp.39−49.
  102. Z. & M. O’Donnell DNA replication: enzymology and mechanisms.// Curr Opin Genet Dev 1994 — v.4 — N 2 — pp 185−195
  103. Kitagawa R, Mitsuki H, Okazaki T, Ogawa T. A novel DnaA protein-binding site at 94.7 min on the Escherichia coli chromosome.// Mol Microbiol 1996 -V.19-N 5-pp 1137−1147
  104. Kitsberg D, Selig S, Keshet I, Cedar H Replication structure of the human beta-globin gene domain. //Nature 1993 — v.366 — pp 588−590
  105. Kogoma T. RNaseH-defective mutants of Escherichia coli. // J. Bacteriol. -1986 v. 166 — N 2 — pp 361−363.
  106. Kogoma T. RecA, Tus protein and constitutive stable DNA replication in Escherichia coli rnhA mutants. // Mol Gen Genet 1994 — v. 244 — N 5 — pp 557−562
  107. Kogoma, T., Lark, K.G. Characterization of the replication of Escherichia coli DNA in the absence of protein synthesis: stable DNA replication. // J. Mol.Biol. 1975 — v.94 — N 2 — pp 243−256
  108. Kolchanov NA, Rogozin IB, Solov’ev VV Theoretical analysis of mechanisms of spontaneous and induced mutations in DNA based on repeated sequences. //Genetika 1989 — v. 25 — N 9 — pp 1690−1698
  109. Kowalski D., Eddy M.J. The DNA unwinding element: a novel, cis-acting component that facilitates opening of the E. coli replication origin //EMBO J. -1989 v.8 — N 13 — pp.4335−4344
  110. Kowalski D., Natale D.A., Eddy M. J Stable DNA unwinding, not «breathing,» accounts for single-strand-specific nuclease hypersensitivity of specific A+T-rich sequences. IIProc Natl Acad Sei U S A 1988 — v.85 — N 24 — pp 9464−9468
  111. Krajewski WA, Razin SV Organization of specific DNA sequence elements in the region of the replication origin and matrix attachment site in the chicken alpha-globin gene domain.// Mol Gen Genet 1992 — v.235 — N 2−3 — pp 381 388
  112. Kraus R.J. et al. Experimentally determined weight matrix definitions of the initiator and TBP binding site elements of promoters. //Nucleic Acids Res. -1996-V.24-N 8-pp 1531−1539.
  113. Landoulsi A, Hughes P, Kern R, Kohiyama M dam methylation and the initiation of DNA replication on oriC plasmids.// Mol Gen Genet 1989 -V.216-N 2−3-pp 217−223
  114. Langer U, Richter S, Roth A, Weigel C, Messer W A comprehensive set of DnaA-box mutations in the replication origin, oriC, of Escherichia coli // Mol Microbiol. 1996 — v. 21 — N 2 — pp 301−311
  115. Lawrence, C.E., Altschul, S.F., Boguski, M.S., Liu, J.S., Neuwald, A.F., Wootton, J.C. Detecting Subtle Sequence signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment. //Science -1993 v.262 — pp 208−214.
  116. Leach DR Long DNA palindromes, cruciform structures, genetic instability and secondary structure repair. //Bioessays 1994 -v.l6-N12-pp 893−900
  117. Lee YS, Kim H, Hwang DS Transcriptional activation of the dnaA gene encoding the initiator for oriC replication by IciA protein, an inhibitor of in vitro oriC replication in Escherichia coli. //Mol Microbiol 1996 -V.19-N2 -pp 389−396
  118. Lee, E.H., Masai, H., Allen, J.G.C., Kornberg, A. The priA gene encoding the primosomal replicative n' protein of Escherichia coli. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA 1990 — v. 87 — N 12 — pp 4620−4624
  119. Lipman, D.J., Altschul, S.F., Kececioglu, J.D. A tool for multiple sequence alignment.// Proceedings of the National Academy of Sciences USA 1989-v.86-pp 4412−4415.
  120. Lobry JR A simple vectorial representation of DNA sequences for the detection ofreplication origins in bacteria. // Biochimie 1996 — v.78 — N 5 — pp 323−326
  121. Lu M., Campbell J.L., Boye E., Kleekner N. SeqA: a negative modulator of replication initiation in E. coli.// Cell 1994 — v. 77 — N 3 — pp 413−426
  122. Maaloe, Kjeldgaard, 1966 uht. Samitt et al. 1989
  123. Magee T.R., Asai T., Malka D., Kogoma T. DNA damage-inducible origins of DNA replication in Escherichia coli // EMBO J. 1992 — v. 11 — Nil — pp 4219−4225
  124. Mahafly JM, Zyskind JW A model for the initiation of replication in Escherichia coli. //J Theor Biol 1989 — v. 140 — N 4 — pp 453−477
  125. Marahrens Y., Stillman B. Replicator dominance in a eukaryotic chromosome. // EMBO J. 1994 — v. 13 — pp 3395−3400
  126. Marczynski GT, Shapiro L Bacterial chromosome origins of replication.// Curr Opin Genet Dev 1993 — v.3 — N 5 — pp 775−782
  127. Marczynski GT, Shapiro L The control of asymmetric gene expression during Caulobacter cell differentiation.// Arch Microbiol 1995 — v. 163 — N 5 -pp 313−321
  128. Marszalek J, Kaguni JM DnaA protein directs the binding of DnaB protein in initiation of DNA replication in Escherichia coli. // J Biol Chem 1994 — v. 269 — N 7 — pp 4883−4890
  129. Marszalek J, Zhang W, Hupp TR, Margulies C, Carr KM, Cherry S, Kaguni JM Domains of DnaA protein involved in interaction with DnaB protein, and in unwinding the Escherichia coli chromosomal origin. // J Biol Chem 1996 -v.271 -N31 — pp 18 535−18 542
  130. Martingale C., Konopka A.K. Oligonucleotide frequencies in DNA follow a Yule distribution//Computers and Chemistry 1996 — v.20 — N 1 — pp. 45 — 38.
  131. Masai H., Arai K. DnaA-dependent assembly of the ABC primosome at the A site, a single-stranded DNA hairpin containing a dnaA box. // Eur. J. Biochem. 1995 — v. 230 — N 2 — pp. 384−395
  132. Matsui M., Oka A., Takanami M., Yasuda S., Hirota Y. Sites of dnaAprotein-binding in the replication origin of the E. coli K-12 chromosome. // J.Mol.Biol 1985 — v. l84 — N 3 — pp 529−533
  133. Meijer M, Beck E, Hansen FG, Bergmans HE, Messer W, von Meyenburg K, Schaller H Nucleotide sequence of the origin of replication of the Escherichia coli K-12 chromosome.// Proc Natl Acad Sei U S A 1979 — v.76 -N 2 — pp 580−584
  134. Messer W, Egan B, Gille H, Holz A, Schaefer C, Woelker B The complex of oriC DNA with the DnaA initiator protein. // Res Microbiol 1991 — v. 142 — N 2−3-pp 119−125
  135. Messer W, Hartmann-Kuhlein H, Langer U, Mahlow E, Roth A, Schaper S, Urmoneit B, Woelker B The complex for replication initiation of Escherichia coli. //Chromosoma 1992 — v. 102 — N 1 — S1-S6
  136. Messer W, Seufert W, Schaefer C, Gielow A, Hartmann H, Wende M Function of the DnaA protein of Escherichia coli in replication and transcription // Biochim Biophys Acta 1988 — v.951 — N 2−3 — pp.351−358
  137. Mirkes E.M., PopovaT.G., Sadovsky M.G. Investigating statistical properties of genetic texts: a new approach //Adv. in Modelling and Analysis -1993 ser. B. 27 — 1L (13.
  138. Mizushima T, Katayama T, Sekimizu K Effect on DNA topology by DnaA protein, the initiation factor of chromosomal DNA replication in Escherichia coli. // Biochemistry 1996 — v.35 — N 35 — pp 11 512−11 516
  139. Morgenstern B, Frech K, Dress A, Werner T DIALIGN: Finding local similarities by multiple sequence alignment. // Bioinformatics -1998-V.14-N 3 pp 290−294
  140. Moriya S, Atlung T, Hansen FG, Yoshikawa H, Ogasawara N Cloning of an autonomously replicating sequence (ars) from the Bacillus subtilis chromosome. //Mol Microbiol 1992 — v.6 — N 3 — pp 309−315
  141. Mulligan M.E., Hawley D.K., McClure W.R. Escherichia coli promoter sequences predict in vitro RNA polymerase selectivity // Nucleic Acids Res. -1984-v. 12-Nl-pp 789−800.
  142. Muzi-Falconi M., Brown G.W., Kelly T. J DNA replication: Controlling initiation during the cell cycle.//Current Biology 1996 — v.6 — N 3 — pp 229 233.
  143. Nobrega FG, Tzagoloff A Assembly of the mitochondrial membrane system. DNA sequence and organization of the cytochrome b gene in Saccharomyces cerevisiae D273−10B. //J Biol Chem. 1980 — v.255 — N 20 — pp 9828−9837.
  144. Papp P. P., Chattoraj D. K., Schneider T. D. Information Analysis of Sequences that Bind the Replication Initiator RepA// J. Mol. Biol. 1993 — v. 233 — N2-pp. 219−230
  145. Parekh BS, Hatfield GW Transcriptional activation by protein-induced DNA bending: evidence for a DNA structural transmission model.// Proc Natl Acad SciUSA 1996-v.93-N3-pp 1173−1177
  146. Pearson CE, Sinden RR Trinucleotide repeat DNA structures: dynamic mutations from dynamic DNA.// Curr Opin Struct Biol 1998 — v.8 — N 3 — pp 321−330
  147. Pearson WR Using the FASTA program to search protein and DNA sequence databases.// Methods Mol Biol 1994 — v. 25- pp 365−89
  148. Pedersen AG, Baldi P, Bnmak S, Chauvin Y Characterization of prokaryotic and eukaryotic promoters using hidden Markov models.// Ismb 1996−4:182−191
  149. Pesole G, Attimonelli M, Saccone C Linguistic approaches to the analysis of sequence information.// Trends Biotechnol 1994 -v, 12-N10-pp 401−408
  150. P.A., Borodovski M.Yu., Mironov A.A. 1. The significance of deviation from mean statistical characteristics and prediction of the frequency of occurences of words // J. Biomol. Struct. Dyn. 1989 — v. 6 — pp. 10131026.
  151. Pinder DJ, Blake CE, Leach DRF DIR: a novel DNA rearrangement associated with inverted repeats.// Nucleic Acids Res 1997 — v.25 — N 3 — pp 523−529
  152. Pinder DJ, Blake CE, Lindsey JC, Leach DR Replication strand preference for deletions associated with DNA palindromes. // Mol Microbiol 1998 — v. 28-N4-pp 719−727
  153. Polaczek P, Kwan K, Campbell JL Unwinding of the Escherichia coli origin of replication (oriC) can occur in the absence of initiation proteins but is stabilized by DnaA and histone-like proteins IHF or HU. // Plasmid 1998 -V.39-N1 — pp 77−83
  154. Polaczek P, Kwan K, Liberies DA, Campbell JL Role of architectural elements in combinatorial regulation of initiation of DNA replication in Escherichia coli. //Mol Microbiol 1997 — v.26 — N 2 — pp 261−275
  155. Ponomarenko MP, Kolchanova AN, KolchanovNA Generating programs for predicting the activity of functional sites.//J Comput Biol 1997 — v.4 — N 1 -pp 83−90
  156. Popov O., Segal D.M., Trifonov E.N. Linguistic complexity of protein sequences as compared to texts of human languages //Biosystems 1996 — v.38 -N1 — pp 65−74
  157. Prestridge D. S., Stormo’GSignal Scan 3.0 New database and program features.// Comp. Appl. Biosciences -1993 — v. 9 — pp 113−115.
  158. Pritchard et al, 1969 mrr. no Samitt et al. 1989
  159. Qin MH, Madiraju MV, Zachariah S, Rajagopalan M Characterization of the oriC region of Mycobacterium smegmatis.// Bacteriol 1997 — v. 179 — N 20 -pp 6311−6317
  160. Quandt K, Frech K, Karas H, Wingender E, Werner T Matlnd and Matlnspector: new fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data. // Nucleic Acids Res 1995 — v.23 — N 23 — pp 4878−4884
  161. Rein T, Zorbas H, DePamphilis ML Active mammalian replication origins are associated with a high-density cluster of mCpG dinucleotides.// Mol Cell Biol -1997 v.17 — N 1 — pp 416−426
  162. Roth A, Urmoneit B, Messer W Functions of histone-like proteins in the initiation of DNA replication at oriC of Escherichia coli. // Biochimie 1994 -v.76-N 10−11 — pp 917−923
  163. Roth A., Messer W. The DNA binding domain of the initiator protein DnaA. // EMBO J. 1995 — v.14 — N 9 — pp 2106−2111
  164. Salzberg SL, Salzberg AJ, Kerlavage AR, Tomb JF Skewed oligomers and origins of replication // Gene -1998 v. 217 — pp 57−67
  165. Samadashwily GM, Raca G, Mirkin SM Trinucleotide repeats affect DNA replication in vivo // Nat Genet 1997 — v. 17 — N3 — pp 298−304
  166. Samitt C.E.- Hansen F.G.- Miller J.- Schaecher M. In vivo studies of DnaA bending to the origin of replication of Escherichia coli // EMBO J 1989 — v.8, N 3 — pp.989−993
  167. Schneider T. D., Stormo G. D., Gold L., Ehrenfeucht A. Information content of binding sites on nucleotide sequences.//J. Mol. Biol.- 1986 v. 188- pp 415−431
  168. Schneider T. D., Stephens R. M. Sequence Logos: A New Way to Display
  169. Consensus Sequences //Nucl. Acids Res 1990 — vl8 — pp 6097−6100 200.Searls DB Linguistic approaches to biological sequences.//Comput Appl
  170. Skarstad K, Thony B, Hwang DS, Kornberg A A novel binding protein of the origin of the Escherichia coli chromosome.// J Biol Chem. 1993 — v. 68 — N 8 — pp 5365−5370
  171. Stormo GD Probing information content of DNA-binding sites. //Methods Enzymol. -1991 v. 208 — pp 458−68
  172. Stormo GD, Schneider TD, Gold L Quantitative analysis of the relationship between nucleotide sequence and functional activity. //Nucleic Acids Res. -1986-v. 14-N 16-pp 6661−6679
  173. Suck D DNA recognition by DNase I //J Mol Recognit. 1994 — v.7 — N 2-pp 65−70
  174. Tabata S, Oka A, Sugimoto K, Takanami M, Yasuda S, Hirota Y The 245 base-pair oriC sequence of the E. coli chromosome directs bidirectional replication at an adjacent region. // Nucleic Acids Res 1983 — v. 11 — N9-pp 2617−2626
  175. Takeda Y, Harding NE, Smith DW, Zyskind JW The chromosomal origin of replication (oriC) of Erwinia carotovora. //Nucleic Acids Res. 1982 — v.10 — N 8 — pp 2639−2650
  176. Tasheva ES, Roufa DJ A mammalian origin of bidirectional DNA replication within the Chinese hamster RPS14 locus // Mol Cell Biol. 1994 — v. 14 — pp 5628−5635
  177. Tesfa-Selase F, Drabble WT Specific binding of DnaA protein to a DnaA box in the guaB gene of Escherichia coli K12. // Eur J Biochem 1996 — v. 241 — N 2 — pp 411−416
  178. The Abstracts of the Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Eukaryotic DNA Replication, September 3−7,1997, New York, 299 pp.
  179. Tonges U, Perrey SW, Stoye J, Dress AW A general method for fast multiple sequence alignment. //Gene 1996 — v. 172 — N 1 — pp 33−41
  180. Trifmov E.N., Brendel V. Gnomic, a dictionary of genetic codes, Balaban publishers, 1986. 272p.
  181. Uberbacher E.C., Xu Y., Mural R.J. Discovering and understanding genes in human DNA sequence using GRAIL // Methods Enzymol. 1996 — v. 266 — pp 259−281
  182. Ulyanov AV, Stormo GD Multi-alphabet consensus algorithm for identification of low specificity protein-DNA interactions //Nucleic Acids Res -1995 v.23 — N B — pp 1434−1440
  183. Waterman MS Multiple sequence alignment by consensus //Nucleic Acids Res- 1986- v.14 -N 22 pp 9095−102
  184. Wei T, et al. Interaction of the IciA protein with AT-rich regions in plasmid replication origins. //Nucleic Acids Res. 1996 — v. 24 -N 10 — pp 1865−1872.
  185. Wingender E., Kel A E., Kel O. V., Karas H., Heinemeyer T., Dietze P., Knul R.,. Romaschenko A G., Kolchanov N. ATRANSFAC, TRRD and COMPEL: Towards a federated database system on transcriptional regulation. //Nucl. Acids Res.- 1997 v. 25 — pp 265−268.
  186. Woelker B., Messer W, The structure of the initiation complex at the replication origin, oriC of Escherichia coli. // Nucleic Acids Res. 1993 — v. 21 — N 22 — pp 5025−5033
  187. Wold S, Boye E, Slater S, Kleckner N, Skarstad K Effects of purified SeqA protein on oriC-dependent DNA replication in vitro // EMBO J. 1998 — v. 17 -N 14- pp 4158−4165
  188. Wold S, Crooke E, Skarstad K The Escherichia coli Fis protein prevents initiation of DNA replication from oriC in vitro.// Nucleic Acids Res. 1996 -v. 24-N 18-pp 3527−3532
  189. YadaT, TotokiY, Masato W, Asai K, Nakai K Automatic extraction of motifs represented in the hidden Markov model from a number of DNA sequences //Bioinformatics 1998 — V. 14 — N 4 — pp 317−325
  190. Yee TW, Smith DW Pseudomonas chromosomal replication origins: a bacterial class distinct from Escherichia coli-type origins. // Proc Natl Acad Sei U S A 1990 — v. 87 — N 4 — pp 1278−1282
  191. Yoo SJ, Seol JH, Woo SK, Suh SW, Hwang DS, Ha DB, Chung CH Hydrolysis of the IciA protein, an inhibitor of DNA replication initiation, by protease Do in Escherichia coli. // FEBS Lett 1993 — v. 327 — N 1 — pp 17−20
  192. Yoshikawa H, Ogasawara N Structure and function of DnaA and the DnaA-box in eubacteria: evolutionary relationships of bacterial replication origins.// Mol Microbiol, 1991 v.5 — N 11 — pp 2589−2597
  193. Yuan Yan P., Eulensteini O, Vingron M., Bork P. Towards detection of orthologues in sequence databases // Bioinformatics 1998 — v 14 — N 3 — pp 285−289
  194. Yung BY, Crooke E, Kornberg A Fate of the DnaA initiator protein in replication at the origin of the Escherichia coli chromosome in vitro.// Biol Chem 1990 — v. 265 — N 3 — pp 1282−1285
  195. Zakrzewska-Czerwinska J Initiation of DNA replication in Streptomyces- organizational comparison of the oriC region in prokaryotic organisms // Postepy Hig Med Dosw. 1995 — v. 49 — N 1 — pp 149−160
  196. , K.H. & Marians, K.J. Dissecting the functional role of PriA protein-catalyzed primosome assembly in Escherichia coli DNA replication.// Mol.Microbiol. -1991 v. 5 — N 12 — pp 2869−2873
  197. Zweiger G., Marczynski G.T., Shapiro L.A. Caulobacter DNA methyltransferase that functions only in the predivisional cell. // J. Mol. Biol -1994 v. 235 — pp. 472−485
  198. Zyskind JW, Cleary JM, Brusilow WS, Harding NE, Smith DW Chromosomal replication origin from the marine bacterium Vibrio harveyi functions in Escherichia coli: oriC consensus sequence. // Proc Natl Acad Sei U S A- 1983 v. 80 -N 5 -pp 1164−1168
  199. Zyskind JW, Smith DW DNA replication, the bacterial cell cycle, and cell growth.// Cell 1992 — v. 69 — N 1 — pp 5−8
  200. Zyskind JW, Smith DW Nucleotide sequence of the Salmonella typhimurium origin of DNA replication. // Proc Natl Acad Sci U S A 1980 — v. 77 — N 5 -pp 2460−2464
  201. Zyskind JW, Smith DW The bacterial origin of replication, oriC. // Cell -1986-v. 46 N 4 — pp 489−490
Заполнить форму текущей работой

На отлично!