Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Характеристика свойств и функций белков-участников эндосомального транспорта рабаптина-5, его изоформ и VARP

Диссертация: Характеристика свойств и функций белков-участников эндосомального транспорта рабаптина-5, его изоформ и VARP
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

В ходе выполнения работы были проведены исследования новых свойств белка Рабаптина-5, который является эффекторной молекулой ГТФаз Rab5 и Rab4. В результате проведенных исследований был обнаружен и картирован новый дополнительный сайт связывания ГТФазы Rab5, присутствующий в белке Рабаптин-5. Этот результат имеет фундаментальное значение для понимания молекулярных процессов слияния ранних… Читать ещё >

Содержание

  • СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
  • 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Внутриклеточный мембранный транспорт
    • 1. 2. Эндоцитоз
    • 1. 3. SNARE — зависимое слияние мембран
    • 1. 4. Семейство Rab ГТФаз.1В
    • 1. 5. Молекулы, участвующие в ранних этапах везикулярного транспорта
      • 1. 5. 1. Малая ГТФаза Rab
      • 1. 5. 2. Малая ГТФаза Rab
      • 1. 5. 3. Другие Rab ГТФазы, участвующие в регуляции раннего эндоцитоза
    • 1. 6. Факторы обмена гуаниновых нуклеотидов ГТФазы Rab
    • 1. 7. Рабаптин-5-подобные белки
  • 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 2. 1. Материалы
      • 2. 1. 1. Ферменты
      • 2. 1. 2. Используемые реактивы
      • 2. 1. 3. Антибиотики
      • 2. 1. 4. Антитела
      • 2. 1. 5. Растворы и буферы для электрофоретического разделения белков и ДНК
      • 2. 1. 6. Клетки и плазмиды
      • 2. 1. 7. Растворы и буферы для выделения и плазмид
      • 2. 1. 8. Растворы и буферы для приготовления компетентных клеток
      • 2. 1. 10. Z-буфер
      • 2. 1. 11. Культуральные среды
    • 2. 2. Оборудование
    • 2. 3. Методы исследований
      • 2. 3. 1. Выделение плазмидной ДНК из Е. coli протокол № 1
      • 2. 3. 2. Выделение плазмидной ДНК из Е. coli протокол № 2 (высокой очистки)
      • 2. 3. 3. Выделение плазмидной ДНК из клеток дрожжей
      • 2. 3. 4. Приготовление компетентных клеток Е. col
      • 2. 3. 5. Приготовление компетентных клеток Е. coli для электоропорации
      • 2. 3. 6. Трансформация клеток E. col
      • 2. 3. 7. Электропорация клеток E. col
      • 2. 3. 8. Трансформация клеток дрожжей
      • 2. 3. 9. Манипуляции с клетками дрожжей CG-1945 и Y
      • 2. 3. 10. Трансфекция клеток линий HeLa В и НЕК
      • 2. 3. 11. Анализ активации репортерного генаLacZ в дрожжах
      • 2. 3. 12. Анализ активации репортерного гена His3 в дрожжах
      • 2. 3. 13. Иммуноцитохимический анализ
      • 2. 3. 14. Рестрикция
      • 2. 3. 15. Обработка фрагментов ДНК фрагментом Кленова
      • 2. 3. 16. Выделение фрагментов ДНК из геля
      • 2. 3. 17. Лигирование
      • 2. 3. 18. Определение нуклеотидных последовательностей
      • 2. 3. 19. Электрофоретическое разделение белков в ДСН-ПААГ
      • 2. 3. 20. Иммуно-блот анализ
    • 2. 3. 21. Агарозный гель-электрофорез
      • 2. 3. 22. Полимеразная цепная реакция
      • 2. 3. 23. Получение плазмидных констукций
  • 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
    • 3. 1. Взаимодействие Рабаптина-5 с малой ГТФазой Rab
      • 3. 1. 1. N-концевой домен Рабаптина-5 способен образовывать гомодимеры
      • 3. 1. 2. Идентификация и картирование нового сайта связывания ГТФазы Rab5 в N-концевых доменах Рабаптина-5, Рабаптина-55 и Рабаптина-5у
      • 3. 1. 3. Новая функциональная роль Рабаптина-5 в процессе слияния ранних эндосом
      • 3. 1. 4. Резюме
    • 3. 2. Изучение свойств белка Varp
      • 3. 2. 1. Взаимодействие Varp с малой ГТФазой Rab
        • 3. 2. 1. 1. N-концевая часть белка Varp, содержащая Vps9-flOMeH, связывается с ГТФазой Rab5 в ее неактивном, ГДФ-связанном состоянии
        • 3. 2. 1. 2. Локализация белка Varp на мембранах ранних эндосом опосредуетя его N-концевой частью
        • 3. 2. 1. 3. Локализация полноразмерного белка Varp на плазматической мембране определяется его С- концевым доменом
      • 3. 2. 2. Поиск белков-партнеров по взаимодействию с Varp
        • 3. 2. 2. 1. Взаимодействие VARP с белками семейства
        • 3. 2. 2. 2. Взаимодействие Varp с белком RanBP
      • 3. 3. 3. Резюме

Характеристика свойств и функций белков-участников эндосомального транспорта рабаптина-5, его изоформ и VARP (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Одним из фундаментальных процессов, протекающих во всех эукариотических клетках, является транспорт мембран. Он затрагивает и влияет на самые различные аспекты жизнедеятельности клетки, такие как обмен веществ с окружающей средой, поддержание клеточного гомеостаза, секрецию, передачу сигналов и т. д. Тесная взаимосвязь мембранного транспорта с различными клеточными процессами определяет актуальность исследования его молекулярных основ. Для полноценной и нормальной работы клеток необходимо, чтобы процессы внутриклеточного мембранного транспорта были четко и тонко сбалансированы. Молекулярные основы везикулярного транспорта являются предметом исследования на протяжении длительного времени, однако расшифровка и характеристика всех участников этого многостороннего и сложного процесса еще далека от завершения.

Представления о молекулярных механизмах внутриклеточного мембранного транспорта является необходимым не только для понимания этого фундаментального процесса самого по себе, но и сопряженных с ним событий. Это, в свою очередь, создает основу для практического использования фундаментальных знаний в различных приложениях.

Rab ГТФазы являются одним из основных классов молекул, регулирующих внутриклеточный мембранный транспорт. Регуляторные функции Rab ГТФаз осуществляются посредством их специфического взаимодействия с различными белками, называемыми эффекторами. Эффекторные молекулы — очень обширная и во многом еще неизученная группа белков.

ГТФаза Rab5 играет ключевую роль в регуляции ранних этапов эндоцитозамембранного транспорта от поверхности клетки. К настоящему времени описано большое количество эффекторов ГТФазы Rab5, однако точные молекулярные механизмы действия их описаны не полностью или остаются до сих пор неизвестными. Кроме того, спектр этих молекул значительно шире, чем известно в настоящее время.

Целью настоящей работы являлось исследование новых свойств и функций эффекторых молекул ГТФазы Rab5 — белков Рабаптин-5, его изоформ и белка Varp. Для достижения указанной цели были поставлены следующие экспериментальные задачи:

1. Исследовать новые функции Рабаптина-5 и его изоформ в процессе слияния ранних эндосом.

2. Исследовать способность белка Varp, нового потенциального фактора обмена гуаниновых нуклеотидов ГТФазы Rab5, взаимодействовать с ГТФазой Rab5.

3. Провести поиск белков, взаимодействующих с белком Varp.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

5. ВЫВОДЫ.

1. Впервые продемонстрировано взаимодействие N-концевой части белка Рабаптин-5, а также его 5 и у изоформ, с ГТФазой Rab5 в активном, ГТФ-связанном состоянии.

2. Новый N-концевой сайт связывания ГТФазы Rab5 был картирован между аминокислотными остатками 217 и 318 Рабаптина-5.

3. Предложена новая модель слияния ранних эндосом, в которой белок Рабаптин-5, благодаря взаимодействию с двумя молекулами ГТФазы Rab5, выступает в роли молекулы, удерживающей Rab5-позитивные мембраны перед их слиянием.

4. Показано, что белок Varp взаимодействует с ГТФазой Rab5 в неактивном, ГДФ-связанном состоянии, и ко-локализуется с Rab5 на ранних эндосомах в клетке.

5. Мультиадапторные белки семейства 4.1 и RanBP9 впервые выявлены как потенциальные партнеры по взаимодействию с белком Varp.

6. Показано, что взаимодействие Varp и белков семейства 4.1 обусловлено N-концевой областью Varp, предшествующей Урэ9-домену, и С-концевым доменом белков 4.1.

4.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

В ходе выполнения работы были проведены исследования новых свойств белка Рабаптина-5, который является эффекторной молекулой ГТФаз Rab5 и Rab4. В результате проведенных исследований был обнаружен и картирован новый дополнительный сайт связывания ГТФазы Rab5, присутствующий в белке Рабаптин-5. Этот результат имеет фундаментальное значение для понимания молекулярных процессов слияния ранних эндосом, в котором Рабаптин-5 играет одну из ключевых ролей. Полученные результаты позволили предложить абсолютно новую дополнительную роль белка Рабаптина-5 в процессе слияния ранних эндосом как гомобифункциональной Rab5-CBfl3biBaioi4efi молекулы. В рамках новой модели слияния ранних эндосом, предложенной на основании полученных нами результатов, становиться возможным объяснение ряда известных ранее и необъяснимых экспериментальных фактов. В работе также было впервые показано, что обнаруженный новый сайт связывания ГТФазы Rab5 присутствует и в изоформах Рабаптина-5, Рабаптине-55 и Рабаптине-5у.

Факторы обмена гуаниновых нуклеотидов ГТФаз Rab семейства играют ключевую роль в их активации, что определяет важность исследования молекулярных механизмов их действия для понимания регуляции мембранного транспорта, осуществляемого Rab ГТФазами.

В результате изучения свойств потенциального фактора обмена гуаниновых нуклеотидов ГТФазы Rab5, белка Varp, было установлено, что Varp способен взаимодействовать с ГТФазой Rab5, и это взаимодействие происходит преимущественно с Rab5 в неактивном, ГДФ-связанном состоянии. Также было показано, что Varp ко-локализуется с ГТФазой Rab5 в клетках. Эти данные подтверждают участие Varp в процессе раннего эндоцитоза. С использованием метода двугибридного клонирования в дрожжах были выявлены возможные партнеры по взаимодействию с Varp — белки семейства 4.1 и.

Ran9BP, и проведено картирование сайтов взаимодействия Varp с белком 4.1G. Взаимодействие белка Varp с этими мультиадапторными белками может являться механистической основой для обеспечения корректной локализации Varp внутри клетки.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Alexandrov К, Horiuchi Н, Steele-Mortimer О, Seabra М. С, Zerial М. Rab escort protein-1 is a multifunctional protein that accompanies newly prenylated rab proteins to their target membranes. // EMBO J. 1994. Vol. 13, p.5262−5273.
  2. Anant J.S., Desnoyers L., Machius M., Demeler В., Hansen J. C., Westover K. D., Deisenhofer J., Seabra M. C. Mechanism of Rab geranylgeranylation: formation of the catalic ternary complex. //Biochemistry. 1998. Vol. 37, p.12 559−12 568.
  3. Bajjalieh S. M. and Scheller R. H. The biochemistry of neurotransmitter secretion. // J Biol Chem. 1995. Vol. 270, p. 1971−1974.
  4. Banfield DK. SNARE complexes-is there sufficient complexity for vesicle targeting specificity? // Trends Biochem Sci. 2001. Vol. 26, p. 67−68.
  5. Barbieri M.A., Kong C, Chen PI, Horazdovsky BF, Stahl PD. The Src Homology 2 Domain of Rin 1 mediates its binding to thr EGFR and regulates receptor endocytosis. // JBC. 2003. Vol. 34, p. 32 027−32 036.
  6. Barbieri MA, Fernandez-Pol S, Hunker C, Horazdovsky BH, Stahl PD. Role of Rab5 in EGF receptor-mediated signal transduction. // Eur J Cell Biol. 2004. Vol. 83, p. 305−314.
  7. J. В., Matern H. Т., Peden A. A., Scheller R. H. A genomic perspective on membrane compartment organization. // Nature. 2001. Vol. 409, p. 839−841.
  8. Bonifacino Juan S., and Benjamin S. Glick The Mechanisms of Vesicle Budding and Fusion//Cell. 2004. Vol. 116, p. 153−166.
  9. Bucci С, Parton RG, Mather IH, Stunnenberg H, Simons K, Hoflack B, Zerial M. The small GTPase rab5 functions as a regulatory factor in the early endocytic pathway. // Cell. 1992. Vol. 70, p. 715−728.
  10. Burd, C.G. et al. A yeast protein related to a mammalian Rasbinding protein, Vps9p, is required for localization of vacuolar proteins. // Mol. Cell. Biol. 1996. Vol. 16, p. 2369−2377.
  11. Carney DS, Davies BA, Horazdovsky BF. Vps9 domain-containing proteins: activators of Rab5 GTPases from yeast to neurons. // Trends Cell Biol. 2006. Vol. 16, p. 27−35.
  12. Chen T, Han Y, Yang M, Zhang W, Li N, Wan T, Guo J, Cao X. Rab39, a novel Golgi-associated Rab GTPase from human dendritic cells involved in cellular endocytosis. // Biochem Biophys Res Commun. 2003. Vol. 303, p. 1114−1120.
  13. Chen X, Wang X. Regulation of intracellular trafficking of the EGF receptor by Rab5 in the absence of phosphatidylinositol 3-kinase activity. // EMBO. 2001. Vol. 2, p. 68−74.
  14. Chen YA, Scheller RH. SNARE-mediated membrane fusion. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2001/Vol. 2, p. 98−106.
  15. Cheng L., Lemmon S., Lemmon V. RanBPM is an LI-interacting protein that regulates LI-mediated mitogen-activated protein kinase activation. // J Neurochem. 2005. Vol. 94, p. 1102−1110.
  16. Chevray PM, Nathans D. Protein interaction cloning in yeast: identification of mammalian proteins that react with the leucine zipper of Jun. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. Vol. 89, p. 5789−5793.
  17. Christoforidis S, Miaczynska M, Ashman K, Wilm M, Zhao L, Yip SC, Waterfield MD, Backer JM, Zerial M Phosphatidylinositol-3-OH kinases are Rab5 effectors. // Nat Cell Biol. 1999. Vol. l, p. 249−52.
  18. Christoforidis S., McBride H.M., Burgoyne R. D., Zerial M. The Rab5 effector EEA-1 is a core component of endosome docking. // Nature. 1999. Vol. 397, p. 621−626.
  19. Clague Michael J. and Urbe Sylvie. The interface of receptor trafficking and signaling. // Journal of Cell Science. 2001. Vol. 114, p. 3075−3081.
  20. Coppola T, Hirling H, Perret-Menoud V, Gattesco S, Catsicas S, Joberty G, Macara IG, Regazzi R. Rabphilin dissociated from Rab3 promotes endocytosis through interaction with Rabaptin-5. // J Cell Sci. 2001. Vol. 114, p. 1757−1764.
  21. Cosulish S. C., Horiuchi H., Zerial M., Clarke P. R., Woodman P. G. Cleavage of Rabaptin5 blocks endosome fusion during apoptosis. // EMBO. 1997. Vol. 16, p. 6182−6191.
  22. Deitcher D. Exocytosis, endocytosis, and development. // Semin Cell Dev Biol. 2002. Vol. 13, p. 71−76.
  23. Delprato A., Merithew E., Lambright DG. Structure, exchange determinants, and family-wide rab specificity of the tandem helical bundle and Vps9domains of Rabex-5. // Cell. 2004.Vol. 118, p. 607−617.
  24. Denti S, Sirri A, Cheli A, Rogge L, Innamorati G, Putignano S, Fabbri M, Pardi R, Bianchi E. RanBPM is a phosphoprotein that associates with the plasma membrane and interacts with the integrin LFA-1. // J Biol Chem. 2004. Vol. 26, p. 13 027−13 034.
  25. Diakowski W, Grzybek M, Sikorski AF. Protein 4.1, a component of the erythrocyte membrane skeleton and its related homologue proteins forming the protein 4.1/FERM superfamily. // Folia Histochem Cytobiol. 2006. Vol. 44, p. 231−248.
  26. Dirac-Svejstrup А. В., Sumizawa Т., Pfeffer S. R. Identification of a GDI displacement factor that releases endosomal Rab GTPases from Rab-GDI. // EMBO J. 1997. Vol. 16, p. 465−472.
  27. Durrbach A, Raposo G, Tenza D, Louvard D, Coudrier E. Truncated brush border myosin I affects membrane traffic in polarized epithelial cells. // Traffic. 2000. Vol. 1, p. 411−24.
  28. Fasshauer, D, Sutton RB, Briinger AT, Jahn R. Conserved structural features of the synaptic fusion complex: SNARE proteins reclassified as Q- and RSNAREs. // Proc. Natl Acad. Sci. США. 1998. Vol. 95, p. 15 781 15 786.
  29. Foti M, Moukil MA, Dudognon P, Carpentier JL Insulin and IGF-1 receptor trafficking and signalling. // Novartis Found Symp. 2004. Vol. 262, p. 125−141.
  30. Frederick R. Endocytic recycling. // Nature reviews. 2004. Vol. 5, p. 121−132.
  31. Gagescu R. SNARE hypothesis 2000. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2000. Vol. 1, p. 1−5.
  32. Giannino DS, Manfioletti G, Schneider C. A one-tube plasmid DNA mini-preparation suitable for sequencing. // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 16, p. 9878.
  33. Gonzalez-Gaitan M, Stenmark H. Endocytosis and signaling: a relationship under development. // Cell. 2003. Vol. 115, p. 513−521.
  34. Gorvel JP, Chavrier P, Zerial M, Gruenberg J. Rab5 controls early endosome fusion in vitro. // Cell. 1991. Vol. 64, p. 915−25.
  35. Gournier H., Stenmark H., Rubin V., Lippe R., Zerial M. Two distinct effectors of the small GTPase Rab5 cooperate in endocytic membrane fusion. // EMBO J. 1998. Vol. 17, p. 1930−1940.
  36. Gruenberg J, Griffiths G, Howell к. E. Characterization of the early endosome and putative endocytic carrier vesicles in vivo and with an assay of vesicle fusion in vitro. // J Cell Biol. 1989. Vol. 108, p. 1301−1316.
  37. Gruenberg J. The endocytic pathway: a mosaic of domains. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2001. Vol. 2, p. 721−730.
  38. Gundelfmger ED, Kessels MM, Qualmann B. Temporal and spatial coordination of exocytosis and endocytosis. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2003. Vol. 4, p. 127−39.
  39. Gurkan C, Lapp H, Alory C, Su AI, Hogenesch JB, Balch WE. Large-scale profiling of Rab GTPase trafficking networks: the membrome. // Mol Biol Cell. 2005. Vol. 16, p. 3847−3864.
  40. Hafizi S., Gustafsson A., Stenhoff J., Dahlback B. The Ran binding protein RanBPM interacts with Axl and Sky receptor tyrosine kinases. // Int J Biochem Cell Biol. 2005. Vol. 37, p. 2344−2356.
  41. Haglund K, Di Fiore PP, Dikic I Distinct monoubiquitin signals in receptor endocytosis. // Trends Biochem Sci. 2003. Vol. 28, p. 598−603.
  42. Hanson, PI, Heuser JE, and Jahn R. Neurotransmitter release four years of SNARE complexes. // Curr Opin Neurobiol. 1997. Vol. 7, p. 310−315.
  43. Harbury PA. Springs and zippers: coiled coils in SNARE-mediated membrane fusion. // Structure. 1998. Vol. 6, p. 1487−1491.
  44. Hicke L, Dunn R. Regulation of membrane protein transport by ubiquitin and ubiquitin-binding proteins. // Annu Rev Cell Dev Biol. 2003. Vol. 19, p. 141−172.
  45. Hoang E, Bost-usinger L, and Burnside B. Characterization of a novel C-kinesin (KIFC3) abundantly expressed in vertebrate retina and RPE. // Exp. Eye Res. 1999. Vol. 69, p. 5768.
  46. Horiuchi H, Giner A, Hoflack B, Zerial M. A GDP/GTP exchange-stimulatory activity for the Rab5-RabGDI complex on clathrin-coated vesicles from bovine brain. // J Biol Chem. 1995. Vol. 270, p. 11 257−11 262.
  47. Huang J, Imamura T, Olefsky JM. Insulin can regulate GLUT4 internalization by signaling to Rab5 and the motor protein dynein. // Proc Natl Acad Sci USA. 2001. Vol. 98, p. 13 084−18 089.
  48. Hunker CM, Galvis A, Kruk I, Giambini H, Veisaga ML, Barbieri MA. Rab5-activating protein 6, a novel endosomal protein with a role in endocytosis. // Biochem Biophys Res Commun. 2006. Vol. 340, p. 967−75.
  49. Hunker CM, Kruk I, Hall J, Giambini H, Veisaga ML, Barbieri MA. Role of Rab5 in insulin receptor-mediated endocytosis and signaling. // Arch Biochem Biophys. 2006. Vol. 449, p. 130−142.
  50. Ikonen E, Parton RG. Caveolins and cellular cholesterol balance. // Traffic 2000. Vol. 1, p. 212−217.
  51. Imamura T, Huang J, Usui I, Satoh H, Bever J, Olefsky JM. Insulin-induced GLUT4 translocation involves protein kinase C-lambda-mediated functional coupling between Rab4 and the motor protein kinesin. // Mol Cell Biol. 2003. Vol. 23, p. 4892−4900.
  52. Jordens I, Marsman M, Kuijl C, Neefjes J. Rab proteins, connecting transport and vesicle fusion. // Traffic. 2005. Vol. 6, p.1070−1077.
  53. Kajiho H, Saito K, Tsujita K, Kontani K, Araki Y, Kurosu H, Katada T. RIN3: a novel Rab5 GEF interacting with amphiphysin II involved in the early endocytic pathway. // J Cell Sci. 2003. Vol. 116, p. 4159−4168.
  54. Kato M, Sasaki T, Ohya T, Nakenishi H, Nishioke H. Physical and functional interaction ofrabphilin-3A with alpha-actinin. // J. Biol. Chem. 1996. Vol. 271, p. 31 775−31 778.
  55. Kauppi M, Simonsen A, Bremnes B, Vieira A, Callaghan J, Stenmark H and. Olkkonen VM. The small GTPase Rab22 interacts with EEA1 and controls endosomal membrane trafficking. //Journal of Cell Science. 2002. Vol. 115, p. 899−911.
  56. Khurana T, Brzostowski JA, Kimmel AR. A Rab21/LIM-only/CH-LIM complex regulates phagocytosis via both activating and inhibitory mechanisms. // EMBO J. 2005. Vol. 6, p. 2254−2264.
  57. Kirkham M, Parton RG. Clathrin-independent endocytosis: new insights into caveolae and non-caveolar lipid raft carriers. // Biochim Biophys Acta. 2005. Vol. 1746, p. 349 363.
  58. Koch T, Widera A, Bartzsch K, Schulz S, Brandenburg LO, Wundrack N, Beyer A, Grecksch G, Hollt V. Receptor endocytosis counteracts the development of opioid tolerance. // Mol Pharmacol. 2005. Vol. 67, p. 280−287.
  59. Korobko E, Kiselev S, Olsnes S, Stenmark H, Korobko I. The Rab5 effector Rabaptin-5 and its isoform Rabaptin-5delta differ in their ability to interact with the small GTPase Rab4. // FEBS J. 2005. Vol. 272, p. 37−46.
  60. Korobko EV, Kiselev SL, Korobko IV. Multiple Rabaptin5-like transcripts. // Gene. 2002. Vol. 202, p. 191−197.
  61. Kurzchalia TV, Gorvel JP, Dupree P, Parton R, Kellner R, Houthaeve T, Gruenberg J, Simons K. Interactions of rab5 with cytosolic proteins. // J Biol Chem. 1992. Vol. 267, p. 1 841 918 423.
  62. Lanzetti L, Palamidessi A, Areces L, Scita G, Di Fiore PP. Rab5 is a signalling GTPase involved in actin remodelling by receptor tyrosine kinases. // Nature. 2004. Vol. 20, p. 309 314
  63. Lanzetti L, Rybin V, Malabarba MG, Christoforidis S, Scita G, Zerial M, Di Fiore PP. The Eps8 protein coordinates EGF receptor signalling through Rac and traffcking through Rab5. // Nature. 2000. Vol. 408, p. 374−379.
  64. Lee S, Tsai YC, Mattera R, Smith WJ, Kostelansky MS, Weissman AM, Bonifacino JS, Hurley JH. Structural basis for ubiquitin recognition and autoubiquitination by Rabex-5. // Nat Struct Mol Biol. 2006. Vol. 13, p. 264−271
  65. Lee SY, Rasheed S. A simple procedure for maximum yield of high-quality plasmid DNA. // Biotechniques. 1990. Vol. 9, p. 676−679.
  66. Lemmon SK, Traub LM. Sorting in the endosomal system in yeast and animal cells. // Curr Opin Cell Biol. 2000. Vol. 12, p. 457−466.
  67. Linial M. SNARE proteins-why so many, why so few? // J Neurochem. 1997. Vol. 69, p. 1781−1792.
  68. Lippe R, Miaczynska M, Rybin V, Runge A, Zerial M. Functional synergy between Rab5 effector Rabaptin-5 and exchange factor Rabex-5 when physically associated in a complex. // Mol Biol Cell. 2001. Vol. 12, p. 2219−2228.
  69. Mattera R, Arighi CN, Lodge R, Zerial M, Bonifacino JS. Divalent interaction of the GGAs with the Rabaptin-5-Rabex-5 complex. // EMBO J. 2003. Vol. 22, p. 78−88.
  70. McLauchlan H, Newell J, Morrice N, Osborne A, West M, Smythe E. A novel role for Rab5-GDI in ligand sequestration into clathrin-coated pits. // Curr Biol. 1998. Vol. 8, p. 34−45.
  71. Melman I. Endocytosis and molecular sorting. // Annu Rev Cell Dev Biol. 1996. Vol. 12, p. 575−625.
  72. Mohrmann К and van der Sluijs P. Regulation of membrane transport through the endocytic pathway by rabGTPases. // Mol. Membr. Biol. 1999. Vol. 16, p. 81−87.
  73. Mohrmann K, Gerez L, Oorschot V, Klumperman J, van der Sluijs P. Rab4 function in membrane recycling from early endosomes depends on a membrane to cytoplasm cycle. // J Biol Chem. 2002. Vol. 277, p. 32 029−32 035.
  74. Monier S, Parton RG, Vogel F, Behlke J, Henske A, Kurzchalia TV.E. VIP21-caveolin, a membrane protein constituent of the caveolar coat, oligomerizes in vivo and in vitro. // Mol Biol Cell. 1995. Vol. 6, p. 911−927.
  75. Morgan A. Burgoyne RD. Analysis of regulated exocytosis in adrenal chromaffin cells: insights into NSF/SNAP/SNARE function. //Bioessays. 1998. Vol. 20, p. 328−335.
  76. Mukheijee S, Maxfield FR. Role of membrane organization and membrane domains in endocytic lipid trafficking. // Traffic. 2000. Vol.1, p. 203−211.
  77. Murray JT, Panaretou C, Stenmark H, Miaczynska M, Backer JM Role of Rab5 in the Recruitment of hVps34/pl50 to the Early Endosome. // Traffic. 2002 Vol. 3, p. 416−427.
  78. Nabi IR, Le PU. Caveolae/raft-dependent endocytosis. // J Cell Biol. 2003. Vol. 161, p. 673−677.
  79. Nichols B. J, Ungermann C, Pelham HR, Wickner WT, Haas A. Homotypic vacuolar fusion mediated by t- and v-SNAREs. // Nature 1997. Vol. 387, p. 199−202.
  80. Nielsen E, Severin F, Backer JM, Hyman AA, Zerial M. Rab5 regulates motility of early endosomes on microtubules. // Nat Cell Biol. 1999. Vol. 1, p. 376−382.
  81. Ohya T, Sasaki T, Kato M, Takai Y. Involvement of Rabphilin3 in endocytosis through interaction with Rabaptin5. // J Biol Chem. 1998. Vol. 273, p. 613−617.
  82. Pagano A, Crottet P, Prescianotto-Baschong C, Spiess M In vitro formation of recycling vesicles from endosomes requires adaptor protein-1/clathrin and is regulated by rab4 and the connector rabaptin-5. // Mol Biol Cell. 2004. Vol. 15, p. 4990−5000.
  83. Parton RG, Schrotz P, Bucci C, Gruenberg J. Plasticity of early endosomes. // J Cell Sci. 1992. Vol. 103, p. 335−348.
  84. Patki V, Virbasius J, Lane WS, Toh BH, Shpetner HS, Corvera S. Identification of an early endosomal protein regulated by phosphatidylinositol 3-kinase. // Proc Natl Acad Sci U S A. 1997. Vol. 94, p. 7326−7333.
  85. Pellinen T, Arjonen A, Vuoriluoto K, Kallio K, Fransen JA, Ivaska J. Small GTPase Rab21 regulates cell adhesion and controls endosomal traffic of betal-integrins. // J Cell Biol. 2006. Vol 173, p. 767−780.
  86. Pfeffer S, Aivazian D. Targeting Rab GTPases to distinct membrane compartments. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2004. Vol 11, p. 886−896.
  87. Pfeffer S. Membrane domains in the secretory and endocytic pathways. // Cell. 2003. Vol 21, p. 507−517.
  88. Pfeffer S. R. Transport-vesicle targeting: tethers before SNAREs. // Nat. Cell Biol. 1999. Vol 1, 17−22.
  89. Pfeffer SR. Transport vesicle docking: SNAREs and associates. // Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1996. Vol 12, p. 441−461.
  90. Rink J, Ghigo E, Kalaidzidis Y, Zerial M. Rab conversion as a mechanism of progression from early to late endosomes. // Cell. 2005. Vol 122, p. 735−749.
  91. Rohn WM, Rouille Y, Waguri S, Hoflack B. J Cell Sci. Bi-directional trafficking between the trans-Golgi network and the endosomal/lysosomal system. J. Cell Sci. 2000. Vol 113, p. 2093−2101.
  92. Rothman JE. Mechanism of intracellular protein transport. // Nature. 1994. Vol 372, p. 55−63.
  93. Rubino M, Miaczynska M, Lippe R, Zerial M. Selective membrane recruitment of EEA-1 suggests a role in directional transport of clathrin-coated vesicles to early endosomes. // JBC. 2000. Vol 275, p. 3745−3748.
  94. Rybin V, Ullrich O, Rubino M, Alexandrov K, Simon I, Seabra MC, Goody R, Zerial M. GTPase activity of Rab5 acts as a timer for endocytic membrane fusion. // Nature. 1996. Vol. 383, p. 266−269.
  95. Sah VP, Seasholtz TM, Sagi SA, and Brown JH. // Annu. Rev.Pharmacol. Toxicol. 2000. Vol 40, p. 459−489.
  96. Saito N, Okada Y, Noda Y, Kinoshita Y, Kondo S, Hirokawa N. KIFC2 is a novel neuron-specific C-terminal type kinesin superfamily motor for dendritic transport of multivesicular body-like organelles. // Neuron. 1997. Vol 18, p.425−438.
  97. Sato M, Sato K, Fonarev P, Huang CJ, Liou W, Grant BD. Caenorhabditis elegans RME-6 is a novel regulator of RAB-5 at the clathrin-coated pit. // Nat Cell Biol. 2005. Vol 7, p. 559−569.
  98. Schimmoller F, Simon I, Pfeffer SR. Rab GTPases, directors of vesicle docking. // J Biol Chem. 2000. Vol 273, p. 22 161−22 164.
  99. Schnatwinkel С, Christoforidis S, Lindsay MR, Uttenweiler-Joseph S, Wilm M, Parton RG, Zerial M. The Rab5 effector Rabankyrin-5 regulates and coordinates different endocytic mechanisms. // PLoS Biol. 2004. Vol 9, p. 261−265.
  100. Seabra MC, Wasmeier C. Controlling the location and activation of Rab GTPases. // Curr Opin Cell Biol. 2004. Vol 16, p. 451−457.
  101. Shiba Y, Takatsu H, Shin HW, Nakayama K. Gamma-adaptin interacts directly with Rabaptin-5 through its ear domain. // J Biochem (Tokyo). 2002. Vol 131, p. 327−336.
  102. Sigismund S, Woelk T, Puri C, Maspero E, Tacchetti C, Transidico P, Di Fiore PP, Polo S. Clathrin-independent endocytosis of ubiquitinated cargos. // Proc Natl Acad Sci USA. 2005. Vol 102, p. 2760−2765.
  103. Simonsen A, Lippe R, Christoforidis S, Gaullier JM, Brech A, Callaghan J, Toh BH, Murphy C, Zerial M, Stenmark H. EEA1 links PI (3)K function to Rab5 regulation of endosome fusion. //Nature. 1998. Vol 30, p. 494−498.
  104. Simpson JC, Griffiths G, Wessling-Resnick M, Fransen JA, Bennett H, Jones AT. A role for the small GTPase Rab21 in the early endocytic pathway. //J Cell Sci. 2004. Vol 117, p. 6297−6311.
  105. Sollner T, Bennett MK, Whiteheart SW, Scheller RH, Rothman JE. A protein assembly-disassembly pathway in vitro that may correspond to sequential steps of synaptic vesicle docking, activation, and fusion. // Cell. 1993. Vol 75, p. 409−418.
  106. Sonnichsen В, De Renzis S, Nielsen E, Rietdorf J, Zerial M Distinct membrane domains on endosomes in the recycling pathway visualized by multicolor imaging of Rab4, Rab5, and Rabll. // J Cell Biol. 2000. Vol 149, p. 901−914.
  107. Stenmark H, Olkkonen VM. The Rab GTPase family. // Genome Biology. 2001. Vol 2, p. 3007.1−3007.7.
  108. Stenmark H, Parton RG, Steele-Mortimer O, Lutcke A, Gruenberg J, Zerial M. Inhibition of Rab GTPase activity stimulates membrane fusion in endocytosis. // EMBO J. 1994. Vol 13, p. 1287−1296.
  109. Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M. Rabaptin-5 is a direct effector of the small GTPase Rab5 in endocytic membrane fusion. // Cell. 1995. Vol 83(3), p. 423−432.
  110. Stenmark H, Zerial M. Modulation of receptor recycling and degradation by the endosomal kinesin KIF16B. // Cell. 2005. Vol 121, p. 437−450.
  111. Strick DJ, Elferink LA. Rab 15 effector protein: a novel protein for receptor recycling from the endocytic recycling compartment. // Mol Biol Cell. 2005. Vol 16, p. 5699−5709.
  112. Swanton E, Bishop N, Woodman P. Human rabaptin-5 is selectively cleaved by caspase-3 during apoptosis. // J Biol Chem. 1999. Vol 274, p. 37 583−37 590.
  113. Tall GG, Barbieri MA, Stahl PD, Horazdovsky BF. Ras-activated endocytosis is mediated by the Rab5 guanine nucleotide exchange activity of RIN1. // Dev Cell. 2001. Vol 1, p. 73−82.
  114. Tellam JT, James DE, Stevens TH, and Piper RC. Identification of a mammalian Golgi Seclp-like protein, mVps45. // J. Biol. Chem. 1997. Vol 272, p. 6187−6193.
  115. Topp JD, Gray NW, Gerard RD, Horazdovsky BF Alsin is a Rab5 and Racl guanine nucleotide exchange factor. // J Biol Chem. 2004. Vol 279, p. 24 612−24 623.
  116. Vieira AV, Lamaze C, Schmid SL., Control of EGF receptor signaling by clathrin-mediated endocytosis. // Science. 1996. Vol 274, p. 2086−2089.
  117. Vitale G, Rybin V, Christoforidis S, Thornquist P. E, McCaffrey M, Stenmark H, Zerial M. Distinct Rab-binding domains mediate the interaction of Rabaptin5 with GTP-bound Rab5 and Rab5.//EMBO J. 1998. Vol 17, p. 1941−1951.
  118. Wang D., Li Z., Messing E.M., Wu G. Activation of Ras/Erk pathway by a novel MET-interacting protein RanBPM. // J Biol Chem. 2002. Vol 27, p. 36 216−36 222.
  119. Woodman Ph. Rab GTPases, directors of vesicle docking. // J. Biol. Chem. 2000. Vol 273, p. 22 161−22 164.
  120. Yamashiro DJ, Maxfield FR. Acidification of endocytic compartments and the intracellular pathways of ligands and receptors. // J Cell Biochem. 1984. Vol 26, p. 231−246.
  121. Zerial M, McBride H. Rab proteins as membrane organizers. // Nat Rev Mol Cell Biol. 2001. Vol 2, p. 216−222.
  122. Zhai P, He X, Liu J, Wakeham N, Zhu G, Li G, Tang J, Zhang XC. The interaction of the human GGA1 GAT domain with rabaptin-5 is mediated by residues on its three-helix bundle. // Biochemistry. 2003. Vol 42, p. 13 901−13 908.
  123. Zhang X, He X, Fu XY, Chang Z. Varp is a Rab21 guanine nucleotide exchange factor and regulates endosome dynamics. // J Cell Sci. 2006. Vol 119, p. 1053−1062.
  124. Zhu G, Zhai P, Liu J, Terzyan S, Li G, Zhang XC. Structural basis of Rab5-Rabaptin5 interaction in endocytosis. // Nat Struct Mol Biol. 2004. Vol 11, p. 975−983.
  125. Zuk Patricia A. and Elferink Lisa A. Rabl 5 Differentially Regulates Early Endocytic Trafficking. // The Journal of Biological Chemistry. 2000. Vol. 275, p. 26 754−26 764.
  126. Zuk Patricia A. and Elferink Lisa A. Rab 15 Mediates an Early Endocytic Event in Chinese Hamster Ovary Cells. The Journal of Biological Chemistry. 1999. Vol. 274, p. 2 230 322 312.
  127. ., Брей Д., Льюис Дж, Рефф М., Роберте К., Уотсон Дж. Д. Молекулярная биология клетки: В 3-х т. 2-е изд. перераб. Т. 1.: Пер. с англ. М.: Мир, 1994.
  128. Коробко Е. В, Коробо И. В, Киселев C.JI. Димеризационные свойства Рабаптина-5 и его изоформ. // Биохимия (Москва). 2006. Том 71, с. 1307−1311.
Заполнить форму текущей работой

На отлично!