Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Изучение роли негистоновых белков в организации хроматина на границах ?-глобинового домена генома Gallus Gallus

Диссертация: Изучение роли негистоновых белков в организации хроматина на границах ?-глобинового домена генома Gallus Gallus
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Все варианты белка НР1 обнаружены в промиелоцитах и эмбриональных эритроцитах G.gallus. В зрелых эритроцитах и лимфоцитах G. gallus варианты HP 1а и НР1у не определены, количество варианта HP 1р значительно уменьшается в процессе дифференцировки клеток крови. Максимальный уровень белка MENT на участках Р-глобинового домена генома в эритроцитах G. gallus соответствует области гетерохроматина… Читать ещё >

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1. Структура хроматина и транскрипция
    • 1. 1. Регуляция транскрипции на разных уровнях организации хроматина
    • 1. 2. Общая характеристика доменов генома
    • 1. 3. в-глобиновый генный кластер кур
    • 1. 4. Отличительные черты и функции гетерохроматина
  • 2. Факторы, определяющие компактизацию хроматина
    • 2. 1. Линкерные гистоны
    • 2. 2. Гистоновый код
    • 2. 3. Негистоновые белки хроматина позвоночных
  • 3. Генетические элементы на границах активного и неактивного хроматина
    • 3. 1. Инсуляторы, как антагонисты энхансеров
    • 3. 2. Инсуляторы. как барьерные элементы
  • МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
  • 1. Реактивы
  • 2. Коммерческие наборы
  • 3. Антитела
  • 4. Приборы и оборудование
  • 5. Составы основных растворов
  • 6. Линии клеток
  • 6. Выделение ядер клеток
  • 8. Генно-инженерные методы
    • 8. 1. Полимеразная цепная реакция ЩЦР)
    • 8. 2. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции и дефосфорилирование
  • 9. Электрофоретические методы
    • 9. 1. Электрофорез белков в ПААГ
    • 9. 2. Электрофорез ДНК в агарозном геле
  • 10. Уе51егп-гибридизация
  • 11. Формальдегидная фиксация и иммунопреципитация хроматина
  • РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
  • 1. Оценка количества белка MENT и белков НР1, клетках крови на конечных стадиях дифференцировки
  • 2. Оценка уровня метилирования гистона НЗ в клетках крови на конечных стадиях дифференцировки
  • 3. Фиксация и иммунопреципитация хроматина клеток крови Gallus sallus
    • 3. 1. Подбор условий для фиксации и иммунопреципитации хроматина при помощи белка MENT
    • 3. 2. Подбор последовательностей ДНК для зондов, использованных в гибридизации
    • 3. 3. Распределение белка MENT вдоль ß--глобинового домена G. gallus
      • 3. 3. 1. Распределение белка MENT вдоль ß--глобинового домена в эритроцитах G. gallus
      • 3. 3. 2. Распределение белка MENT вдоль ß--глобинового домена в лимфоцитах G. gallus
  • 4. Сравнение картины распределения белка MENT с картиной ацетилирования и метилирования гистонов вдоль ß--глобинового домена генома Gallus sallus
  • 5. Влияние экспрессии белка MENT в культуре клеток NIH ЗТЗ на уровень ацетилирования и метилирования гистонов
  • ВЫВОДЫ

Изучение роли негистоновых белков в организации хроматина на границах ?-глобинового домена генома Gallus Gallus (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Геном эукариот упакован в ДНК-белковый комплекс — хроматин, включающий всебя гистоны и другие ядерные белки. Выделяют два основных типа хроматина, которые отличает уровень комнактизации ДНК: активный и менее компактныйэухроматин, а также конденсированный гетерохроматин. В основном гетерохроматинсодержит репрессированные гены. В процессе клеточной дифференцировки, когдаосновная часть генома неактивна, большинство генов входят в состав гетерохроматина, однако ряд генов все же сохраняют свою экспрессию. Одним из интереснейшихаспектов формирования гетерохроматина является тот факт, что он не распространяетсвое репрессирующее влияние на гены, специфично транскрибирующиеся в клеткахопределенного типа, на данном этапе развития. Примером эпигенетической регуляциии экспрессии генов в процессе развитияявляется регуляциии экспрессии р-глобинового локуса кур. Это участок активногохроматина размером 30 тысяч пар оснований, отделенный от конденсированногохроматина так называемыми пограничными элементами или инсуляторами. Известно, что репрессированный хроматин характеризуется пониженным уровнемацетилирования гистонов и повышенным уровнем метилирования гистона НЗ, поположению Lys9. Наиболее изученным негистоновым маркером гетерохроматинаявляется гетерохроматиновый белок НР1, способный связываться только сметилированным гистоном НЗ. Ранее в нашей лаборатории был описан еще один белокгетерохроматина — MENT (от Myeloid and Erythroid Nuclear Termination stage-specificprotein). OH накапливается в клетках крови птиц на конечных стадияхдифференцировки, связывается с репрессированным хроматином и вызывает егоконденсацию. Данная работа была направлена на определение негистоновых белков, участвующих в образовании конденсированного хроматина на границах (3-глобиновогодомена и изучение их роли в этом процессе. Во время выполнения данной работы былопоказано, что уровень всех изоформ белка НР1 в зрелых клетках крови кур (Gallusgallus) незначителен, а значит, данный белок не может являться фактором конденсациихроматина на конечных стадиях дифференцировки. Было показано, что количествобелка MENT нарастает в процессе дифференцировки клеток крови, что делает егоочевидным кандидатом в факторы, определяющие репрессию хроматина в процессесозревания клеток крови. Нри выполнении данной работы бьшо показано, чтораспространение белка MENT вдоль Р-глобинового домена совнадает с картинойраспределения диметилированного гистона НЗ и обратно картине распределенияацетилированных гистонов. Целью данной работы было выяснить, участвуют ли негистоновые белки MENTи НР1 в организации хроматина в клетках крови G. gallus на примере глобиновогодомена генома. Для этого в ходе исследования предполагалось выполнить следующие задачи:1. Оценить наличие вариантов белка НР1 в клетках крови G. gallus наразных стадиях их дифференцировки.2. Используя методику иммунопреципитации хроматина, оцепить, соответствуют ли последовательности ДНК, взаимодействующие сбелком MENT, деконденсированному, конденсированному илипограничным участкам хроматина.3. Исследовать, приводит ли экспрессия белка MENT в культуре клетокNIH ЗТЗ к изменению уровня ацетилирования и метилированиягистонов.

выводы.

1. Все варианты белка НР1 обнаружены в промиелоцитах и эмбриональных эритроцитах G.gallus. В зрелых эритроцитах и лимфоцитах G. gallus варианты HP 1а и НР1у не определены, количество варианта HP 1р значительно уменьшается в процессе дифференцировки клеток крови.

2. Максимальный уровень белка MENT на участках Р-глобинового домена генома в эритроцитах G. gallus соответствует области гетерохроматина, минимальный — участкам в районе 5' и 3' пограничных элементов домена.

3. Распределение белка MENT вдоль р-глобинового домена G. gallus аналогично распределению диметилированных гистонов НЗ и взаимнообратно распределению гистонов НЗ, ацетилированных по лизину в 9 положении.

4. Экспрессия белка MENT в культуре клеток NIH ЗТЗ не приводит к изменению уровня ацетилирования и метилирования гистонов.

Показать весь текст

Список литературы

  1. C., Gasser S. 1998. Chromosomes and expression mechanisms New excitement over an old word: 'chromatin. Curr Opin Gent Dev 8:137−139.
  2. Antes T. J, Namciu S. J, Fournier R.E.K, Levy-Wilson B. 2001. The 5' boundary of the human apolipoprotein B chromatin domain in intestinal cells. Biochemistry 40: 6731−6742.
  3. Arney K. L, Fisher A.G. 2004. Epigenetic aspects of differentiation. J Cell Science 117:4355−4363.
  4. J. 2000. Are linker histones (histone HI) dispensable for survival? Bioessaya 22: 873−877.
  5. M.D. 1999. Ultraviolet cross-linking assay to measure sequence-specific DNA binding in vivo. Meth Enzym 304: 496−515.
  6. Bannister A. J, Zegerman P, Patridge J. F, Miska E. A, Thomas J. o, Allshire R. C, Kouzarides T.2001. Selective recognition of methylated lysine 9 on hisotne H3 by the HP1 chromodomain. Nature 410:120−124.
  7. Barath M. M, Chandra N. R, Rao M.R. 2003. Molecularmodeling of the chromosomal particle. Nucleic Acids Res 31: 4264−4274.
  8. Belikov S, Preobrazhenskaya O, Karpov V. 1999. Protein image hybridization: mapping and positioning DNA-protein contacts along DNA. Methods in Enzymology 304: 600−612.
  9. Bell A. C, Felsenfeld G. 2000. Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. Nature 405: 482−485.
  10. Bell A. C, West A. G, Felsenfeld G. 1999. The protein CTCF is required for the enhancer-blocking activity of vertebrate insulators. Cell 98: 387−396.
  11. Bellard M., Kuo V.N., Dretzen G., Chambon. 1980. Differential nuclease sensitivity of the ovalbumen and beta-globin chromatin regions in erythrocytes and oviduct cells of laying hen. Nucleic Acids Res 8: 2737−2750.
  12. Bi X., Braunstein M., Shei G.J., Broach J.R. 1999. The yeast HML I silencer defines a heterochromatin domain boundary by directional establishment of silencing. Proc Natl Acad Sci 96: 11 934−11 939.
  13. V., Hess H., Fuhrmann G., Anastassiadis C., Gross M.K., Vriend G., Scholer H.R. 1998. New POU dimer configuration mediates antagonistic control of an osteopontin preimplantation enhancer by Oct4 and Sox2. Genes Dev 12: 2073−2090.
  14. M., Rose A.B., Holmes S.G., Allis C.D., Broach J.R. 1993. Transcriptional silencing in yeast is associated with reduced nucleosome acetylation. Genes Dev 7: 592−604
  15. G.A., Ingram V.M. 1973. The erythroid cells and haemoglobins of the chick embryo. Philos. Trans. R. Soc Lond B Biol Sci 266: 225−305.
  16. D., Schlehuber C., Bonner J. 1969. Properties of formaldehyde-treated nucleohistone. Biochemestry 8:3212−3218.
  17. Burgess-Beusse B., Farrel C., Gaszner M., Litt M., Mutskov V., Recillas-Targa F., Simpson M., West A., Felsenfeld G. 2002. The insulation of genes from external enhancers and silencing chromatin. Proc Nat. Acad Sci 99: 1 643 316 437.
  18. Burley S. K, Clark K. L, Ferre-D'Amare, Kim J.L., Nikolov D.B. 1993. X-ray crystallographic studies of eukaryotic transcription factors. Cold Spring Harbor Symp 58: 123−132.
  19. Chen H., Lin R.J., Xie W., Wilpitz D, Evans R.M. 1999. Regulation of hormone-induced histone hyperacetylation and gene activation via acetylation of an acetylase. Cell 98: 675−686.
  20. J.H., Bell A.C., Felsenfeld G. 1997. Characterization of the chicken beta-globin insulator. Proc Natl Acad Sci USA 94:575−580.
  21. J.H., Bell A.C., Felsenfeld G. 1997.Charaacterization of the chicken (3-globin insulator. Proc Natl Acad Sci USA 94:.9072−9077.
  22. J.H., Whiteley M., Felsenfeld G. 1993. A 5' element of the chicken p-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila. Cell 74: 505−514.
  23. P.C., Soults J.A., Allis C.D., Gorovsky M.A. 1991. A simplified formaldehyde fixation and immunoprecipitation technique for studying protein-DNA interations. Anal. Biocheml97: 83−90.
  24. Dugaiczyk A., Woo S.L., Colbert D.A., Lai E.C., Mace M.L., O’Malley J.W., O’Malley B.W. 1979. The ovalbumin gene: cloningand molecular organization of the entire natural gene. Proc Natl Acad Sci USA 76:2253−2257.
  25. Eissenberg J.C., Elgin S.C.R. Boundary function in the control of gene expression. 1991. Trends Genet 7: 335−340.
  26. Elgin S.C.R. 1988. The formation and function of DNase I hypersensitive sites in the process of gene activation. J Biol Chem 263: 19 259−19 262.
  27. Felsenfeld G., Boyes J., Chung J, Clark D., Stiditsky V. 1996. Chromatin structure and gene expression. Proc Natl Acad Sci 93:9384−9388.
  28. Filippova G. N, Thienes C.P., Penn B.H., Cho D.H., Hu Y.J., Moore J. M, Klesert T.R., Lobanenkov V.V., Tapscott S.J. 2001. CTCF-binding sites flank CTG/CAG repeats and form a methylation-sensetive insulator at the DM1 locus. Nat. Genet. 28, 335−343.
  29. Fischle W, Wang Y., Allis C.D. 2003. Histone and chromatin cross-talk. Curr Opin Cell Biol 15: 172−183.
  30. T.I., Byrd K., Corces G. 2000.A chromatin insulatordetermines the nuclear localization of DNA. Mol Cell.6: 1025−1035.
  31. Ghirlando R., Litt M.D., Prioleau M. N, Recillas-Targa F, Felsenfeld G. 2004. Physical properties of a genomic condensed chromatin fragment. J Mol Biol 336: 597−605.
  32. Gilbert N, Boyle S, Fiegler H, Woodfine K., Carter N. P, Bickmore W.A. 2004. Chromatin architecture of the human genome: gene-rich domains are enriched in open chromatin fibers. Cell 118:555−566.
  33. Gilbert N, Boyle S, Sutherland H, Heras J, Allan J, Jenuwein T, Bickmore W. 2003. Formation of facultative hetrochromatin in the absence of HP1. EMBO J 22(20): 5540−5550.
  34. Grewal S. I, Moazed D. 2003. Heterochromatin and epigenetic control of gene expression. Science 301:597−605.
  35. Grigoryev S. A, Bednar J, Woodcock C.L. 1999 MENT, a heterochromatin protein that mediates higher order chromatin folding, is a new serpin family member. J Biol Chem 274: 5626−5636.
  36. Grigoryev S. A, Solovieva V. O, Spirin K. S, Krasheninnikov I.A. 1992. A novel nonhistone protein (MENT) promotes nuclear collapse at the terminal stage of avian erythropoiesis. Exp Biol Chem 198- 268−275.
  37. Grigoryev S. A, Spirin K. S, Krasheninnikov I.A. 1990. Loosened nucleosome linker folding in transcriptionally active chromatin of chicken embryo erythrocyte nuclei. Nycleic Acids Res 18:7397−7406.
  38. Grigoryev S. A, Woodcock C.L. 1999. Chromatin structure in granulocytes. A link between tight compaction and accomulation of a heterohromatin-associated protein (MENT). J Biol Chem 273 :3082−3089.
  39. Gross S. G, Garrard W.T. 1988. Nuclease hypersensitive sites in chromatin. Ann Rev Biochem 57: 159−197.
  40. Hamiche A, SchultzP, Ramakrishna V, Oudet P, Prunell A. 1996. Linker histone-dependent DNA structure in linear mononucleosomes. J Mol Biol 257: 30−42.
  41. Hark A. T, Schoenherr C. J, Katz D. J, Ingram R. S, Levorse J. M, Tilghman S.M. 2000. CTCF mediates methylation-sensitive enhancer-blocking activity at the HI 9/Tgf2 locus. Nature 405: 486−489.
  42. Harvey A, Downs J. 2004. What functions do linker histones provide. Mol Microbiol 5: 771−775.
  43. Hassan A. H, Neely K. E, Workman J.L. 2001. Histone acetyltransferase complexes stabilize SWI/SNF binding to promoter nucleosomes. Cell 104: 817−827.
  44. Hebbes T. R, Clayton A.L., Thorne A. W, Crane-Robinson C. 1994. Core histone hyperaeetylation eomaps with generalized Dnase I sensitivity in the chicken (3-globin chromosomal domain. EMBO 13:1823−1830.
  45. C., Kanduri C., Dell G., Mizuno A., Mukhopadhya R., Kanduri M., Lobanenkov V., Ohlsson R. 2001. CpG methylation regulates the Igf2/H19 insulator. CurrBiol 11: 1128−1130.
  46. V. 1999. Formaldehyde Cross-linking for Studying Nucleosomal Dynamics. Methods 17 :125−139.
  47. S.A., Khorasanizadeh S. 2002. Structure of chromodomain bound to a lysine 9 dimethylated histone H3 tail. Science 295:2080−2083.
  48. T.C., Eissenberg J.C., Craig C., Dietrich V., Hobson A., Elgin S.C. 1989. Distribution pattern of HP1, a heterochromatin associated nonhistone chromosomal protein of Drosophila. Eur J Cell Biol 50: 170−180.
  49. T., Allis C.D. 2001. Translating the histone code. Science 294: 1074−1080.
  50. S., Pfeifer K. 2004. Shifting insulator boundaries. Nat Gen 36:10 361 037.
  51. JimenezG., Griffiths S.D., Ford A.M., Greaves M.F., Enver T. 1992. Activation of the beta-globin locus control region precedes commitment to the erythroid lineage. Proc Natl Acad Sci USA 89:10 618−10 622.
  52. R.T., Thomas J.O. 1990. Chromatin structure of transcriptionally competent and repressed genes. EMBO J 9: 3997−4006.
  53. Kanduri C., Pant V., loukinov D., Pugacheva E, Qi C. F, Wolffe A., Ohlsson R., Lobanenkov V.V. 2000. Functional association of CTCF with the insulatorupstream of the H19 gene is parent of origin-specific and methylation-sensitive. CurrBiol 10: 853−856.
  54. Karpov V. L, Preobrazhenskaya O. V, Mirzabekov A.D. 1984. Chromatin structure of hsp70 genes, activated by heat shock: selective removal of histones from the coding region and their absence from the 5' region. Cell 36: 423−431.
  55. Kasinsky H.E.lewis J. D, Dacks J.B. Ausio J. 2001. Origin of HI linker histones. FASEB J 15: 34−42.
  56. Kellum R, Elgin S.C.R. 1998. Chromatin boundaries: punctuating the genome. CurrBiol 8: R521-R524.
  57. Kellum R, Schedl P. 1991. A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains. Cell 64: 941−950.
  58. Kellum R, Schedl P. 1992. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. Moll Cell Biol 12: 2424−2431.
  59. Kuo M, Allis C.D. 1999. In vivo cross-linking and immunoprecipitation for studying dynamic protin: DNA associations in a chromatin enviroment. Methods. 19: 425−433.
  60. Kuo M. H, Brownell J. E, Sobel R. E, Ranalli T. A, Cook R. G, Edmondson D. G, Roth S. Y, Allis C.D. 1996. Transcription-linked acetylation by Gcn5p of histones H3 and H4 at specific lysines. Nature 19: 269−272.
  61. Kuo M.H., Zhou J, Jambeck P, Churchill M.E., Allis C.D. 1998. Histone acetyltransferase activity of yeast Gcn5p is required for the activation of target genes in vivo. Genes Dev 12 :627−639.
  62. Lachner M, O’Carroll D, Rea S., Mechler K, Jenuwein T. 2001. Methylation of histone lysine 9 creates a binding site for HP1 proteins. Nature 410. 116 120.
  63. U.K. 1970. Cleavege of structural proteins during assembly of the head of bacteriophage T4. Nature 227: 680−685.
  64. Lawson G.M., Knoll B.J., March C.J., Woo S.L., Tsai M.J., O’Malley B.W. 1982. Definition of 5' and 3' structural boundaries of the chromatin domain containing the ovalbumin multigene family. J Biol Chem 257: 1501−1507.
  65. Leach et al., Nightingale K., Igarashi K., Levings P.P., Engel J.D., Becker P.B., Bungert J. 2001. Reconstitution of human ?-globin locus control region hypersensitive sites in the absence of chromatin assembly. Mol Cell Biology 21: 2629−2640.
  66. Lewin B. Genes.//Oxford University Press. 1997.
  67. M.D., Simpson M., Gaszner M., Allis C.D., Felsenfeld G. 2001. Correlation between histone lysine methylation and developmental changes at the chicken beta-globin locus. Science 293:2453−2455.
  68. Litt M.D., Simpson M., Recillas-Targa F., Prioleau M.N., Felsenfeld G. 2001b. Transitions in histone acetylation reveal boundaries of three separately regulated neighboring loci. EMBO J 20: 2224−2235.
  69. F., Yusufzai T.M., Felsenfeld G. 2004. Both CTCF-dependent and independent insulators are found between the mouse T cell receptor a h Dadl genes. J Biol Chem 279: 25 381−25 389.
  70. McGhee J. D., von Hippel P.H. 1975a. Formaldehyde as a probe of DNA structure. I. Reaction with exocyclic amino groups of DNA bases. Biocheestry 14:1281−1296.
  71. McGhee J. D., von Hippel P.H. 1975b. Formaldehyde as a probe of DNA structure. I. Reaction with endocyclic amino groups of DNA bases. Biocheestry 14:1297−1303.
  72. P.B., Koshland D. 1997. Budding yeast centromere composition and assembly as revealed by in vivo cross-linking. Genes Dev 15: 3401−3412.
  73. T., Dimitrov S.I., Houde D. 1997. UV-laser crosslinking of proteins to DNA. Methods 11: 225−234.
  74. Muravyova E, Golovnin A, Gracheva E, Parshikov A, Belenskaya T, Pirotta V, Georgiev P. 2001. Lossof insulator activity by paired Su (Hw) chromatin insulators. // Science 291: 495−4498.
  75. Namciu S. J, Blochlinger K. B, Fournier R.E. 1998, Human matrix attachment regions insulate transgene expression from chromosomal position effects in Drosophila melanogaster. Mol Cell Biol 18: 2382−8391.
  76. Nielsen S. J, Schneider R, Bauer U. M, Bannister A. J, Morrison A, O’carrollD, Firestein R, Cleary M, Jenuwein T, Herrera R.E. Kouzarides. 2001. Rb targets histone H3 and HP1 to promoters. Nature 412:561−565.
  77. O’Brien T, Wilkins R. C, Giardina C, Lis J.T. 1995. Distribution of GAGA protein on Drosophila genes in vivo. Genes. Dev 9: 1098−1110.
  78. Ohlsson R, Renkawitz R, Lobanenkov V. 2001. CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet 17: 520 527.
  79. Oki M, Valenzuela L, Chiba T, Ito T, Kamakaka R.T. 2004. Barrier proteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. Moll Cell Biol 24: 1956−1967.
  80. V. 2000. Mapping chromosomal proteins in vivo by fomaldehyde crosslinked-chromatin immunoprecipitation. TIBS 25: 99−104.
  81. Orlando V, Jane E. P, Chinwalla V, Harte P. J, Paro R. Binding of Trithorax and Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamic changes during early Drosophila embryogenesis. EMBO J 1998 17: 3621−3632.
  82. Orlando V., Paro R. Mapping Polycomb-repressed domains in the bithorax complex using in vivo formaldehyde cross-linked chromatin. Cell 17: 11 871 198.
  83. V., Strutt H., Paro R. 1997. Analysis of chromatin structure by in vivo formaldehyde cross-linking. Methods 11: 205−214.
  84. R.D., Brinster R.L. 1985. Transgenic mice. Cell 2: 343−5.
  85. B.S., Maniatis T. 1999. Virus infection leads to localized hyperacetylation of histones H3 and H4 at the IFN-beta promoter. Mol Cell 3: 125−129.
  86. Pikaart M.J., Recillas-Tagra F., Felsenfeld G.1998. Loss of transcriptional activity of a transgene is accompanied by DNA methylation and histone deacetylation and is prevented by insulators. Genes & Dev 12: 2852−2862.
  87. Potts W., Tucker D, Wood H., Martin C. 2000. Chicken ?-globin 5'HS4 insulators function to reduce variability in transgenic founder mice. Biochem Biophys Res Commun 273:1015−1018.
  88. M., Nony P., Simpson M., Felsenfeld G. 1999. An insulator element and condensed chromotin region separate the chicken ?-globin locus from an independently regulated erythoid-specific folate receptor gene. EMBO J 18: 4035−4048.
  89. M.N., Nony P., Simpson M., Felsenfeld G. 1999. An insulator element and condensed chromatin region separate the chicken ?-globin locus from an independently regulated erythroid-specific folate receptor gene. EMBO J 18:2538−2550.
  90. D., Gavin I.M., Melnik S., Bavykin S. 1999. DNA-protein cross-linking applications for chromatin studies in vitro and in vivo. Meth. Enzym 304: 516 533.
  91. Recillas-Targa F. 2000. The chicken a- and (3-globin gene domains and their chromatin organization. Cell Mol Biol Lett 5: 451−467.
  92. Recillas-Targa F., Pikaart M.J., Burgess-Beusse B., Bell A.C., Litt M.D., West A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. 2002. Position-effect protection and enhancer blocking by the chicken beta-globin insulator are separable activities. EMBO J 22: 3113−3121,
  93. Recillas-Targa F., Valadez-Grahal V., Farrell. C.M. 2004. Prospects and implications of using chromatin insulators in gene therapy and transgenesis. Bioessays 26: 796−807.
  94. M., Felsenfeld G. 1990. Developmental regulation of topoisomerase II sites and DNase I-hypersensitive sites in the chicken beta-globin locus. Mol Cell Biol 10: 2774−2786.
  95. M., Grasso J.A., Blumenthal R., Lewit P. 1993. Primary sequence and repetitive elements of the Gallus Gallus (chicken) (3-globin cluster. Genomics 18: 616−626.
  96. Richards E.J., Elgin S.C.R. 2002. Epigenetic code for heterochromatin formation and silencing: rounding up the usual suspects. Cell 108:489−500.
  97. Rivella S., Callegari J.A., May C., Tan C.W., Sadelain M. 2000. The cHS4 insulator increases the probability of retroviral expression at random chromosomal integration sites. J Virol 74: 4679−4687.
  98. Robinett C.C., O’Connor A., Dunaway M. 1997. The repeat organizer, a specialized insulator element within the intergenic spacer of the Xenopus rRNA genes. Mol Cell Biol 17: 2866−2875.
  99. Robinett C.C., O’Connor A., Dunaway M. 1997. The repeat organizer, a specialized insulator element within the intergenic spacer of the Xenopus rRNA genes. Moll Cell Biol 10: 3195−3201.
  100. Saitoh N, Bell A. C, Recillas-Tagra F, West A. G, Simpson M, Pikaart M. 2000. Felsenfeld G. Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken (3-globin domain. EMBO J 19: 2315−2322.
  101. Sleckman B. P, Carabana J, Zhong X, Krangel M.S. 2001. Assessing a role for enhancer-blocking activity in gene regulation within the murine T-cell receptor a/p locus. Immunology 104: 11−18.
  102. Solomon M. J, Larnes P. L, Varshavsky A. 1988. Mapping proteinDNA interactions in vivo with formaldehyde: evidence that histone H4 is retained on a highly transcribed gene. Cell 53: 937- 947.
  103. Solomon M. J, Varshavsky A. 1985. Formaldehyde-mediated DNAprotein crosslinking: a probe for in vivo chromatin structure. Proc Natl Acad Sci USA 82: 6470−6474.
  104. Springhetti E. M, Istomina N. E, Whisstok J. C, Nikitina T, Woodcock C. L, Grigiryev S.A. 2003. Role of the M-loop and reactive center loop domains in the folding and bridging of ncleosome arrays by MENT. J Biol Chem 278(44):43 384−43 393.
  105. Staines, D.M. and Thomas J.O. 1999. A sequence with homology to human HPFH-linked enhancer elements and to a family of G-protein linked membrane receptor genes is located downstream of the chicken beta-globin locus. Gene 234(2)345−352
  106. Starck J, Sarkar R, Romana M, Bhargava A, Scarpa A. L, Tanaka M, Chamberlain J. W, Weissman S. M, Forget B.G. 1994. Developmental regulation of human gamma- and beta-globin genes in the absence of the locus control region. Blood 84: 1656−1665.
  107. Strahl-Bolsinger S, Hecht A, Luo K, Grunstein M. 1997. SIR2 and SIR4 interactions differ in core and extended telomeric heterochromatin in yeast. Genes Dev 11: 83−93.
  108. K. 1999. Fundamentally different logic of gene regulation in eukaryotes and prokaryotes. Cell .98: 1−4.
  109. Sun F. L, Elgin S.C. 1999. Putting boundaries on silence. Cell 99: 459 462.
  110. Tanimoto K, Sugira A, Omori A, Felsenfeld G, Engel J. D, Fukumizu A. 2003. Human (3-globin locus control region HS5 contains CTCF- and developmental stage-dependent enhancer-blocking activity in erythroid cells. Cell Mol Biol 23: 8946−8952.
  111. Thorvaldsen J. L, Duran K. L, Bartolomei M.S. 1998. Deletion of the H19 differentially methylated domain results in loss of imprinted expression of H19 and Igf2. Genes & Dev 12: 3693−3702.
  112. Tulin A, Spradling A. 2003. Chromatin loosening by poly (ADP)-ribose polymerase (PARP) at Drosophila puff loci. Science 299 560−562.
  113. Valadez-Graham V, Razin S. V, Recillas-Targa. 2004. CTCF-dependent enchancer blockers at the upstream of the chicken alpha-globin gene domain. Proc Natl Acad SciUSA 32: 1354−1362
  114. Verreault A, Thomas J.O. 1993. Chromatin structure of the 3-globin chromosomal domain in adult chicken erythrocytes. Cold Spring Harb Symp Quant. Biol LVIII: 15−24.
  115. Villenponteau V, Landes G. M, Pankratz m. J, Martinson H.G. The chicken (3 globin gene region. J Biol Chem 257:11 015−11 023.
  116. Villeponteau B, Martinson H. 1981. Isolation and characterization f the coplete chicken P-globin gene region: frequent deletion of the adult P-globin genes. Nucleic Acids Res 9: 3731−3746.
  117. Wang Y, DeMayo F. J, Tsai S. Y, O’Malley B.W. 1997. Ligand-inducible and liver-specific target gene expression in transgenic mice. Nat Biotechnol 15:239−243.
  118. A.L., Ingram R.S., Levorse J.M., Tilghamn S.M. 1998. Location of enhancers is essential for the imprinting of HI9 and Igf2 genes. Nature 391: 711−715.
  119. Wei G.H., Liu D.P., Liang C.C. 2005. Chromatin domain boundaries: insulators and beyond. Cell Research 15: 292−300.
  120. A.G., Gaszner M., Felsenfeld G. 2002. Insulators: many functions, many mechanisms. Genes Dev 16: 271−288.
  121. A.G., Huang S., Gaszner M., Litt M.D., Felsenfeld G. 2004. Recruitment of histone modifications by USF proteins at a vertebrate barrier element. Mol Cell 16: 453−463.
  122. A.P. 1998. Packaging principle: how DNA methylation and histone acetylation control the transcriptional activity of chromatin. J Exp Zool 282: 239−244.
  123. W.I., Nickol J., Felsenfeld G. 1981. Repeated sequence organization and RNA Transcription map of the chicken adult |3-globin gene region. J Biol Chem. 256(4):1502−1505.
  124. K.A., Hill F., James P. S., Hutchings A., Butcher G.W., Singh P.B. 1994. A mammalian homologue of Drosophila heterochromatin protein 1 (HP1) is a component of constitutive heterochromatin. Cytogenet Cell Genet 66:99−103.
  125. Yu W., Pant V., Chernukhin I., Whitehead J., Docquier F., Farrar D., Tavoosidana G., Mukhopadhyay R., Kanduri C. 2004. Poly (ADP-ribosyl)ation regulates CTCF-dependent chromatin insulation. Nat. Gen. 36,1105−1110.
  126. K., Barolo S., Szymanski P., Levine M. 1996. The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enchancer-promoter interactions in the Drosophila embryo. Denes Dev 10: 3195−3201.
  127. K., Hart C.M., Laemmli U.K. 1995. Visialisation of chromosomal domains with boundatry element-associated factor BEAF-32. Cell 81: 879−889.
  128. X.P., Krangel M.S. 1997. An enhancer-blocking element between alpha and delta gene segments within the human T cell receptor alpha/delta locus. PNAS 94: 5219−5224.
  129. В.И., Малеева H.E., Санько Д. Ф., Мирзабеков А. Д. 1977. Два различных метода выделения ДНК с помощью цетавлона. Биохимия. 42: 1783−1790.
  130. Ю.И., Шик В.В., Белявский А. В., Крапко К. Р., Бродолин K. JL, Никольская Т. А., Мирзабеков А. Д. 1991. Хромосомные белки в эмбриональных куриных эритроцитов в трансрипционно активных и неактивных генах. Мол Биол 23 1628−1691.
  131. Искусственносинтезированныеолигонуклеотиды, использованные в данной работе.
  132. Название Последовательность (5') Размер п.н.
  133. Для определения нуклеотидной последовательности участка бета-глобинового домена, клонированного в вектор рСВвС. Соответствует позиции 20.041 на карте домена (Litt et al., 2001).bg20 041 °F GAG GGG ATT TGG GCT CCC A 19
  134. P501−1R CCA GCT CCC TCA GCC TGC T 19
  135. Для определения нуклеотидной последовательности участка бета-глобинового домена, клонированного в вектор рСВвС. p501-2 °F GGA CTG CCC CAC TGT GCA A 19
  136. P501−2R GCG GGG GAG GGA CGT AAT T 19
  137. Для определения нуклеотидной последовательности участка бета-глобинового домена, клонированного в вектор рСВв28. p520-2 °F GAA GAG TAC TGG ТСС CAA GAC 21p520-lR AGA GCT TCA GGG AGT GGG AAA 21p520-lF ACC CCT CAA TCC ATA TCT CCC 21
  138. Для определения нуклеотидной последовательности 3' участка бета-глобинового домена. Соответствует позиции 54.553 на карте домена 1. ttet al., 2001).bg54 553 °F СТА TGG CAG TGG GAC TTC TCT G 22p520AR GCT CTT CTC CAA CCC CCT TAC, А 22
  139. Для амплификации и клонирования участка в 990 п.н. в составе бета-глобинового домена. Сответствует позициям 52.617 и 53.604 на карте домена (Litt et al., 2001).bg52 617 °F CTG AAA АТС CAG CAC GGG AAG С 22bg53604R GCA GAT GAT CCC CAG TCC AAT С 22
  140. Название Последовательность (5') Размер п.н.
  141. Для определения нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК, клонированных в векторе pCR 2.1 и pUCl 8 использовались универсальные праймеры:
  142. М13 Прямой CTG GCC GTC GTT ТТА С М13 Обратный CAG GAA АСА GCT ATG АС
  143. Генно-инженерные конструкции созданные и использованные в ходеработы. 1. Плазмида pNIl
  144. На основе: pCR 2.1 vector (Invitrogen)
  145. Содержит: 5'участок бета Н гена из ß--глобинового генного кластера G. gallus Размер фрагмента: 517 п.н. (Соответствует позициям 36.527−37.044 на карте домена (Littetal, 2001))
  146. Фрагмент клонирован в его геномной ориентации жирным шрифтом обозначена последовательность, использованная в качестве Taqman пробы в работе Litt (2001), позиция 36.860 на карте домена.
  147. GGAGAACTACCGTGGGCAACAACTATGGACAATTTCAAGGGACAACAGCTGTGA
  148. AACTCTTCATGAGTACTGACAAGAAAGGAGAACCTTGCTTTCAAAGCATGAGGCC
  149. TACATTTGGGATACGCACTGAGCTCTCGTTTCCCGGAAAGCCTCTGATCATTCAGT
  150. TTGGGGCTGATGATGCCTGGAGCTGTTCACGATGGATTCCCAGGAGTGCAGGCAC
  151. CAATGCACCATCAAGAGTCTGAAAACAAGGCCAAGTAAAGGCTGTGAGCTCTTT
  152. GACATCACTGCCTATCTCACTGGATCTCCTCCACAAGTTCAGCCCCCAACCACTG
  153. GCAGTGACACTGGAAACCTATGGCCATGGAGGAGCCATGCAGGCAGCTCCACCT
  154. GCACTCGGGGCTGTGGCTACAAGATCATGGGTGTGAGATGAAGTTGGTCCACTCA
  155. AAGGCAGAGGGGTAATGGGCCCCTTTTCCCCTTGGACAGGATCCAAATTTGC
  156. TATCTTTCCTTCTGCAGCTCAACTCCC2.Плашида pNI2
  157. На основе: pCR 2.1 vector (Invitrogen)
  158. Содержит: Участок гена фолатного рецептора ß--глобинового генного кластера G. gallus Размер фрагмента: 910 п.н. (Соответствует позициям 2.283−3.193 на карте домена (Litt et al, 2001))
  159. CAAACACTACCCACCCAGAGCACAGCCATCAGCACCTGTCCTATGGGCAGGAAA
  160. CACAGGGTGGGAAGACAGAAGGAGCTCAGACACAAAGGATTGGAAATCACTGCC
  161. TCCATCAGCTGGAAGCAGCAGCGGGCATCAAAGTCCAACACCACAGTCCATGCT
  162. GAGCATCCACTGGGGCACACAAGCAAACTGAACAGACCAAGTGCCACTCATGCC
  163. ACGGGAGCAGCCTCCTCCTTTGCAGAAAGAGAAGCCCCATCCCTTCAGGGAGCTG
  164. TCACAGGGACCCCCACCCATAGGACCCCCAGCCTGCAGTGAGCAGCACGAGGGC
  165. CAGCAGCAGGGTGAGCCGTGGCACAGCACACGCAGCTCTGCCTGTCTCAGGAGT
  166. CACGTCCTCCATCCTGGCAGGAGAGGATCTCTTCTTCCAGGCGTAGTACTTTGC
  167. CACAACCACATTGGGGTTCCCCTGCACGGGGTCAAACCACATCTGGATGCAGCGC
  168. CCGCTGCCCCGGCGTTCTGTGGTGTATTTGTAGGAGTTGGACCAGATCTTCTCACA
  169. CAGATCTTTGGGGCTGGGGAAGACCTGGGTGAAGGGTCTGCACATGGAGCCCCA
  170. GGGACAGCGATTGGTTCCTG^ GGA CA GCA GCA GA GAA GGAAA CAA CAA CGTGA GCTA
  171. TTCGCCCGCTTCCATAGGGGAGAGCAGGCCAGCAGCCTACCCACAGGTCATCACATCT
  172. CA GCAA TGA CA TTGGTGGCCTGGCTGCCTCCCAGTCTGCAA CCCCCA TA GGA A GGCGA
  173. CAGCAGCCCCTGGTTGGGCTCCAGGCACCCGGTGGGAGCAGGATCACTCCCAGGGTC
  174. CCA CCTGCA GGGGGA GGGAA GGCTCTCTGCA GA GCCCA CT04CCTGTTGCCCAGTTC1. CAGCCCTTGTGCCAGTTCTCTTTGC1. З. Плазмида pNI3
  175. На основе: pCR 2.1 vector (Invitrogen)
  176. Содержит: 3'участок гена обонятельного рецептора из ß--глобинового генного кластера G. gallus
  177. Размер фрагмента: 895 п.н. (Соответствует позициям 52.686−53.581 на карте домена (Littetal., 2001))
  178. Фрагмент клонирован в ориентации обратной геномной.
  179. CTGAAAATCCAGCACGGGAAGCTGAGATCTGGCTGGGCAGGTGTGCCTCCAAGC
  180. AAGGCCAGACAGAGGGCTGGGGACATGGCCTAGGAGGGAGAACCCATGTGGAA
  181. AGCCTGAGGGGAACCCTGACGGAGATGAGGATCATGGCTTGTCCGGCAAAGAGA
  182. GCAATGTGATCCATGGGGACCAGGAGAAGGGGCTGCAGCAGCGCCCTGGGAGGA
  183. ATGTAGGCTTGCTGCAATAGATAACGTTATTTTCTATTGTACAGGTGAGGAGCCT
  184. GTAGAAATGAAGCAGAAGAGAAGAGAGCAGAAGCAAGACCTCCACAGTGAGCC
  185. TTAGACTGTGTCCAGACACCGGTTGGTTTTCATTGCCCTCAGAATCTAATCCTGCA
  186. TTACCTTTGAACTGTTCATGAGAGTGAAGTCTTTAGCCCAGGCTGGCCCCAGCCC
  187. AAGCTGAACATGTACCCCAGGAACAGCAGTCAAGCTCAGCCTTTCCTGCTGGCAG
  188. GCCTTCCCGGGATGGCTCAGTTTCACCACTGGGTGTTCCCCCCTTTTGGTCTCATG
  189. TATCTGGTTGCAGTGCTGGGAAATGGTACCATCCTGCTGGTTGTGAGAGTGCATC
  190. GCCAGCTCCACCAGCCCATGTACTATTTCCTTTTGATGCTGGCCACCACAGACCTG
  191. GGCCTGACTCTGTCCACCCTGCCCACCGTTCTGCGCGTCTTCTGGTTGGGTGCCAT
  192. GGAAATCAGCTTCCCCGCCTGCCTCATCCAGATGTTCTGCATCCATGTCTTTTCCT
  193. TCATGGAGTCCTCAGTGCTCCTGGCCATGGCCTTTGATCGCTATGTGGCCATCTGC
  194. TGCCCGCTGAGGTACTCCTCCATCCTCACTGGTGCCAGGGTTGCACAGATTGGAC1. TGGGGATCATCT
  195. Количественное отображение сигнала фосфоимеджа при ДНК-ДНК гибридизации материала, обогащенногопоследовательностями, связанными с белком MENT из ядер куриных эритроцитов.
  196. BS 5 340 824,004 4 427 780,594 913 043,41 96 649 081,14 0,13 871 828 0,95 107 0,61 255 596
Заполнить форму текущей работой

На отлично!