Изучение структуры и функции антисмысловых транскриптов генов AFAP1, ASCL1, MAP3K13 человека

5. ВЫВОДЫ.

1. В локусе MAP3K13 человека выявлены молчащий псевдоген и ошибка картирования данного кластера антисмысловых РНК.

2. Экспериментально установлено существование нового некодирующего гена ASCL1AS и исследованы спектры его экспрессии в тканях человека.

3. Установлена экзон-интронная структура антисмыслового транскрипта AFAP1AS. Полученная последовательность AFAP1AS приоритетно зарегистрирована в базе данных Entrez Gene под номером GeneID 84 740.

4. При исследовании тканевых спектров экспрессии смыслового гена AFAP1 и антисмыслового гена AFAP1AS человека можно сделать вывод о наличии позитивной регуляции.

1. Alsheddi, Т., Vasin, L., Meduri, R., Randhawa, M., Glazko, G., Baranova, A. siRNAs with high specificity to the target: a systematic design by CRM algorithm//Mol Biol (Mosk). — 2008. — Vol. 42. —№ 1. —p. 163—171.

2. Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. Basic local alignment search tool // J Mol Biol. — 1990. — Vol. 215. — № 3. — p. 403—410.

3. Annilo, Т., Kepp, K., Laan, M. Natural antisense transcript of natriuretic peptide precursor A (NPPA): structural organization and modulation of NPPA expression//BMC Mol Biol. — 2009. — Vol. 10. —p. 81.

4. Baisden, J. M., Qian, Y., Zot, H. M., Flynn, D. C. The actin filament-associated protein AFAP-110 is an adaptor protein that modulates changes in actin filament integrity // Oncogene. — 2001b. — Vol. 20. — № 44. — p. 6435—6447.

5. Barik, S. Treating respiratory viral diseases with chemically modified, second generation intranasal siRNAs // Methods Mol Biol. — 2009. — Vol. 487.p. 331—341.

6. Bartel, D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function // Cell. — 2004. — Vol. 116. — № 2. — p. 281—297.

7. Beiter, T., Reich, E., Williams, R. W., Simon, P. Antisense transcription: a critical look in both directions // Cell Mol Life Sei. — 2009. — Vol. 66. —№ 1. —p. 94—112.

8. Bernstein, E., Kim, S. Y., Carmell, M. A., Murchison, E. P., Alcorn, H., Li, M. Z., Mills, A. A., Elledge, S. J., Anderson, K. V., Hannon, G. J. Dicer is essential for mouse development // Nat Genet. — 2003. — Vol. 35. — № 3. — p. 215—217.

9. Bitko, V., Musiyenko, A., Shulyayeva, O., Barik, S. Inhibition of respiratory viruses by nasally administered siRNA // Nat Med. — 2005.—Vol. 11. —№ 1. —p. 50—55.

10. Brennecke, J., Hipfner, D. R., Stark, A., Russell, R. B., Cohen, S. M. bantam encodes a developmentally regulated microRNA that* controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid m Drosophila II Cell. — 2003.—Vol. 113.—№ 1.—p. 25—36.

11. Brummelkamp, T. R., Bernards, R., Agami, R. A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells // Science. — 2002. — Vol. 296. — № 5567. — p. 550—553.

12. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E., Sverdlov, E. GREM, a technique for genome-wide isolation and quantitative analysis of promoter active repeats // Nucleic Acids Res. — 2006b. — Vol. 34. — № 9. — p. e67.

13. Caplen, N. J., Parrish, S., Imani, F., Eire, A., Morgan, R. A. Specific inhibition of gene expression by small double-stranded RNAs in invertebrate and*vertebrate systems // Proc Natl Acad Sci USA. — 2001. — Vol. 98. — № 17. — p. 9742—9747.

14. Chen, C. Z., Li, L., Lodish, H. F., Bartel, D. P. MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation // Science. — 2004. — Vol. 303. — № 5654.p. 83—86.

15. Chen, H., Kunnimalaiyaan, M., Van Gompel, J. J. Medullary thyroid cancer: the functions of raf-1 and human achaete-scute homologue-1 // Thyroid. — 2005. — Vol. 15. — № 6. — p. 511—521.

16. Chendrimada, T. P., Gregory, R. I., Kumaraswamy, E., Norman, J., Cooch, N., Nishikura, K., Shiekhattar, R. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing // Nature. — 2005. — Vol. 436. — № 7051. — p. 740—744.

17. Chomczynski, P., Sacchi, N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal Biochem. — 1987. —Vol. 162,—№ 1. —p. 156—159.

18. Chu, J., Dolnick, B. J. Natural antisense (rTSalpha) RNA induces site-specific cleavage of thymidylate synthase mRNA // Biochim Biophys Acta. — 2002. —Vol. 1587. —№ 2−3. —p. 183—193.

19. Chung, C. T., Niemela, S. L., Miller, R. H. One-step preparation of competent Escherichia coli: transformation and storage of bacterial cells in the same solution // Proc Natl Acad Sci USA.— 1989. — Vol. 86. — № 7. — p. 2172—2175.

20. Doench, J. G., Petersen, C. P., Sharp, P. A. siRNAs can function as miRNAs // Genes Dev. — 2003. — Vol. 17. — № 4. — p. 438—442.

21. Dohner, H., Stilgenbauer, S., Benner, A., Leupolt, E., Krober, A., Bullinger, L., Dohner, K., B’entz, M., Lichter, P. Genomic aberrations and survivalin chronic lymphocytic leukemia // N Engl J Med. — 2000: — Vol. 343. — № 26.p. 1910—1916.

22. Dong, J. T., Boyd, J. C., Frierson, H. F., Jr. Loss of heterozygosity at 13ql4 and 13q21 in high grade, high stage prostate cancer // Prostate. — 2001. — Vol. 49. —№ 3.—p. 166—171.

23. Eis, P. S., Tam, W., Sun, L., Chadburn, A., Li, Z., Gomez, M. F., Lund, E., Dahlberg, J. E. Accumulation of miR-155 and BIC RNA in human B cell lymphomas // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. — № 10. — p. 3627—3632.

24. Elbashir, S. M., Harborth, J., Lendeckel, W., Yalcin, A., Weber, K., Tuschl, T. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells // Nature. — 2001a. — Vol. 411. — № 6836. — p. 494—498.

25. Elbashir, S. M., Lendeckel, W., Tuschl, T. RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs // Genes Dev. — 2001b. — Vol. 15. — № 2. —p. 188—200.

26. ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project // Science. — 2004. — Vol. 306. — № 5696. — p. 636— 640.

27. Faghihi, M. A., Modarresi, F., Khalil, A. M., Wood, D. E., Sahagan,.

28. Fire, A., Xu, S., Montgomery, M. K., Kostas, S. A., Driver, S. E., Mello, C. C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans // Nature. — 1998. — Vol. 391. — № 6669. — p. 806— 811.

29. Flynn, D. C., Leu, T. H., Reynolds, A. B., Parsons, J. T. Identification and sequence analysis of cDNAs encoding a 110-kilodalton actin filament-associated pp60src substrate // Mol Cell Biol. — 1993. — Vol. 13. — № 12. — p. 7892—7900.

30. Galvani, A., Sperling, L. RNA interference by feeding in Paramecium I I Trends Genet. — 2002. — Vol. 18. — № 1. — p. 11—12.

31. Gatesman, A., Walker, V. G., Baisden, J. M., Weed, S. A., Flynn, D.

32. C. Protein kinase Ca activates c-Src and induces podosome formation via AFAP-110 // Mol Cell Biol. — 2004. — Vol. 24. — № 17. — p. 7578—7597.

33. Gil, J., Esteban, M. Induction of apoptosis by the dsRNA-dependent protein kinase (PKR): mechanism of action // Apoptosis. — 2000. — Vol. 5. — № 2. —p. 107—114.

34. Gogvadze, E., Stukacheva, E., Buzdin, A., Sverdlov, E. Human-specific modulation of transcriptional activity provided by endogenous retroviral insertions // J Virol. — 2009. — Vol. 83. — № 12. — p. 6098—6105.

35. Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. miRBase: tools for microRNA genomics // Nucleic Acids Res. — 2008. — Vol. 36. — № Database issue: — p. D154—158.

36. Grinchuk, O. V., Jenjaroenpun, P., Orlov, Y. L., Zhou, J., Kuznetsov, V. A. Integrative analysis of the human c/s-antisense gene pairs, miRNAs and theirtranscription regulation patterns // Nucleic Acids Res. — 2010. — Vol. 38. — № 2. — p. 534—547.

37. Guappone, A. C., Flynn, D. C. The integrity of the SH3 binding motif of AFAP-110 is required to facilitate tyrosine phosphorylation by, and stable complex formation with, Src // Mol Cell Biochem. — 1997. — Vol. 175. — № 12. — p. 243—252.

38. Guo, S., Kemphues, K. J. par-1, a gene required for establishing polarity in C. elegans embryos, encodes a putative Ser/Thr kinase that is asymmetrically distributed // Cell. — 1995. — Vol. 81. — № 4. — p. 611—620.

39. Halligan, D. L., Keightley, P. D. Ubiquitous selective constraints in the Drosophila genome revealed by a genome-wide interspecies comparison // Genome Res. — 2006. — Vol. 16. — № 7. — p. 875—884.

40. Han, J., Lee, Y., Yeom, K. H., Kim, Y. K., Jin, H., Kim, V. N. The Drosha-DGCR8 complex in primary microRNA processing // Genes Dev. — 2004.

41. Vol. 18. —№ 24, —p. 3016—3027.

42. Harfe, B. D., McManus, M. T., Mansfield, J. H., Hornstein, E., Tabin, C. J. The RNaselll enzyme Dicer is required for morphogenesis but not patterning of the vertebrate limb // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. — № 31.p. 10 898—10 903.

43. Harris, K. S., Zhang, Z., McManus, M. T., Harfe, B. D., Sun, X. Dicer function is essential for lung epithelium morphogenesis // Proc Natl Acad Sci U S A. — 2006. — Vol. 103. — № 7. — p. 2208—2213.

44. He, Y., Vogelstein, B., Velculescu, V. E., Papadopoulos, N., Kinzler, K. W. The antisense transcriptomes of human cells // Science. — 2008. — Vol. 322. —№ 5909. —p. 1855—1857.

45. Humphreys, D. T., Westman, B. J., Martin, D. I., Preiss, T. MicroRNAs control translation initiation by inhibiting eukaryotic initiation factor 4E/cap and poly (A) tail function // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. —№ 47. —p. 16 961—16 966.

46. Hutvagner, G., Zamore, P. D. A microRNA in a multiple-turnover RNAi enzyme complex // Science. — 2002. — Vol. 297. — № 5589. — p. 2056— 2060.

47. Imamura, T., Yamamoto, S., Ohgane, J., Hattori, N., Tanaka, S., Shiota, K. Non-coding RNA directed DNA demethylation of Sphkl CpG island // Biochem Biophys Res Commun. — 2004. — Vol. 322. — № 2. — p. 593—600.

48. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. — 2001. — Vol. 409. — № 6822. —p. 860—921.

49. Janowski, B. A., Huffman, K. E., Schwartz, J. C., Ram, R., Nordsell, R., Shames, D. S., Minna, J. D., Corey, D. R. Involvement of AGOl and AG02 in mammalian transcriptional silencing // Nat Struct Mol Biol. — 2006. — Vol. 13.9. —p. 787—792.

50. Janowski, B. A., Younger, S. T., Hardy, D. B., Ram, R., Huffman, K. E., Corey, D. R. Activating gene expression in mammalian cells with promoter-targeted duplex RNAs // Nat Chem Biol. — 2007. — Vol. 3. — № 3. — p. 166— 173.

51. Jeanmougin, F., Thompson, J. D., Gouy, M., Higgins, D. G., Gibson, T. J. Multiple sequence alignment with Clustal X // Trends Biochem Sci. — 1998.

52. Vol. 23. — № 10. — p. 403—405.

53. Johnson, S. M-, Grosshans, Hi, Shingara, J., Byrom, M., Jarvis, R., Cheng, A., Labourier, E., Reinert, K. L., Brown, D., Slack, F. J. RAS is regulated by the let-7 microRNA family // Cell. — 2005. — Vol. 120: —№ 5. p. 635— 647.

54. Kanner, S. B., Reynolds, A. B., Vines, R. R., Parsons, J. T. Monoclonal antibodies to individual tyrosine-phosphorylated protein substrates of oncogene-encoded tyrosine kinases // Proc Natl Acad Sci USA. — 1990. — Vol. 87. — № 9. — p. 3328—3332.

55. Khvorova, A., Reynolds, A., Jayasena, S. D. Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias // Cell. — 2003. — Vol. 115. — № 2. — p. 209—216.

56. Kim, Y. K., Kim, Y. N. Processing of intronic microRNAs // EMBO J. — 2007. — Vol. 26. — № 3. — p. 775—783.

57. Kiriakidou, M., Nelson, P. T., Kouranov, A., Fitziev, P., Bouyioukos, C., Mourelatos, Z., Hatzigeorgiou, A. A combined computational-experimental approach predicts human microRNA targets // Genes Dev. — 2004. — Vol. 18. — № 10. —p. 1165—1178.

58. Kiriakidou, M., Tan, G. S., Lamprinaki, S., De Planell-Saguer, M., Nelson, P. T., Mourelatos, Z. An mRNA m7G cap binding-like motif within human Ago2 represses translation // Cell. — 2007. — Vol. 129. — № 6. — p. 1141—1151.

59. Klimov, D., Skoblov, M., Ryazantzev, A., Tyazhelova, T., Baranova, A. In silico search for natural antisense transcripts reveals their differential expression in human tumors // J Bioinform Comput Biol. — 2006. — Vol. 4. — № 2. —p. 515—521.

60. Knudsen, S. Promoter2.0: for the recognition of PolII promoter sequences // Bioinformatics. — 1999. — Vol. 15. — № 5. — p. 356—361.

61. Kovalskaya, E., Buzdin, A., Gogvadze, E., Vinogradova, T., Sverdlov, E. Functional human endogenous retroviral LTR transcription start sites are located between the R and U5 regions // Virology. — 2006. — Vol. 346. — № 2. — p. 373—378.

62. Kumar, M., Carmichael, G. G. Antisense RNA: function and fate of duplex RNA in cells of higher eukaryotes // Microbiol Mol Biol Rev. — 1998. — Vol. 62. — № 4. — p. 1415—1434.

63. Lapidot, M., Pilpel, Y. Genome-wide natural antisense transcription: coupling its regulation to its different regulatory mechanisms // EMBO Rep. — 2006. —Vol.7.—№ 12. —p. 1216—1222.

64. Lavorgna, G., Dahary, D., Lehner, B., Sorek, R., Sanderson, C. M., Casari, G. In search of antisense // Trends Biochem Sei. — 2004. — Vol. 29. — № 2.—p. 88—94.

65. Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 // Cell. — 1993. — Vol. 75. — № 5. — p. 843—854.

66. Lee, S. Y., Rasheed, S. A simple procedure for maximum yield of high-quality plasmid DNA // Biotechniques. — 1990. — Vol. 9. — № 6. — p. 676—679.

67. Lee, Y., Ahn, C., Han, J., Choi, H., Kim, J., Yim, J., Lee, J., Provost, P., Radmark, O., Kim, S., Kim, V. N. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing // Nature. — 2003. — Vol. 425. — № 6956. — p. 415— 419.

68. Lee, Y., Hur, I., Park, S. Y., Kim, Y. K., Suh, M. R., Kim, V. N. The role of PACT in the RNA silencing pathway // EMBO J. — 2006. — Vol. 25. — № 3. — p. 522—532.

69. Letinic, K., Zoncu, R., Rakic, P. Origin of GABAergic neurons in the human neocortex // Nature. — 2002. — Vol. 417. — № 6889. — p. 645—649.

70. Leung, A. K., Sharp, P. A. microRNAs: a safeguard against turmoil? // Cell. —2007. —Vol. 130. —№ 4. —p. 581—585.

71. Lewis, B. P., Burge, C. B., Bartel, D. P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. — 2005. — Vol. 120. — № 1. — p. 15—20.

72. Li, J. T., Zhang, Y., Kong, L., Liu, Q. R., Wei, L. Trans-nataral antisense transcripts including noncoding RNAs in 10 species: implications for expression regulation // Nucleic Acids Res. — 2008. — Vol. 36. — № 15. — p. 4833—4844.

73. Li, L. C., Okino, S. T., Zhao, H., Pookot, D., Place, R. F., Urakami, S., Enokida, H., Dahiya, R. Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells // Proc Natl Acad Sci USA. — 2006. — Vol. 103. — № 46. — p. 17 337—17 342.

74. Lindlof, A. Gene identification through large-scale EST sequence processing // Appl Bioinformatics. — 2003. — Vol. 2. — № 3. — p. 123—129.

75. Liu, J., Carmell, M. A., Rivas, F. V., Marsden, C. G., Thomson, J. M., Song, J. J., Hammond, S. M., Joshua-Tor, L., Hannon, G. J. Argonaute2 is the catalytic engine of mammalian RNAi // Science. — 2004. — Vol. 305. — № 5689. — p. 1437—1441.

76. Mahmoudi, S., Henriksson, S., Corcoran, M., — Mendez-Vidal, C., Wiman, K. G., Farnebo, M. Wrap53, a natural p53 antisense transcript required for p53 induction upon DNA damage // Mol Cell. — 2009. — Vol. 33. — № 4. — p. 462—471.

77. Mattick, J. S., Makunin, I. V. Non-coding RNA // Hum Mol Genet. — 2006. —Vol. 15. —№SpecNo 1.—p.R17—29.

78. Matzke, M. A., Birchler, J. A. RNAi-mediated pathways in the nucleus // Nat Rev Genet. — 2005. — Vol. 6. — № 1. — p. 24—35.

79. Meister, G., Landthaler, M., Patkaniowska, A., Dorsett, Y., Teng, G., Tuschl, T. Human Argonaute2 mediates RNA cleavage targeted by miRNAs and siRNAs // Mol Cell. — 2004. — Vol. 15. — № 2. — p. 185—197.

80. Meister, G., Tuschl, T. Mechanisms of gene silencing by double-stranded RNA // Nature. — 2004. — Vol. 431. — № 7006. — p. 343—349.

81. Miller, S. A., Dykes, D. D., Polesky, H. F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. — 1988. —Vol. 16. —№ 3. —p. 1215.

82. Mishra, P. J., Banerjee, D., Bertino, J. R. MiRSNPs or MiR-polymorphisms, new players in microRNA mediated regulation of the cell: Introducing microRNA pharmacogenomics // Cell Cycle. — 2008. — Vol. 7. — № 7. —p. 853—858.

83. Morris, K. V., Chan, S. W., Jacobsen, S. E., Looney, D. J. Small interfering RNA-induced transcriptional gene silencing in human cells // Science. — 2004. — Vol. 305. — № 5688. — p. 1289—1292.

84. Muljo, S. A., Ansel, K. M., Kanellopoulou, C., Livingston, D. M., Rao, A., Rajewsky, K. Aberrant T cell differentiation in the absence of Dicer // J Exp Med. — 2005. — Vol. 202. — № 2. — p. 261—269.

85. Murchison, E. P., Partridge, J. F., Tam, O. H., Cheloufi, S., Hannon, G. J. Characterization of Dicer-deficient murine embryonic stem cells // Proc Natl AcadSciUS A. —2005. —Vol. 102. —№ 34. —p. 12 135—12 140.

86. Napoli, C., Lemieux, C., Jorgensen, R. Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans // Plant Cell. — 1990. — Vol. 2. — № 4. — p. 279— 289.

87. Nilsen, T. W., Graveley, B. R. Expansion of the eukaryotic proteome by alternative splicing // Nature. — 2010. — Vol. 463. — № 7280. — p. 457— 463.

88. O’Brian, C. A. Protein kinase C-alpha: a novel target for the therapy of androgen-independent prostate cancer? (Review-hypothesis) // Oncol Rep. — 1998. — Vol. 5. — № 2. — p. 305—309.

89. Ohler, U., Stemmer, G., Harbeck, S., Niemann, H. Stochastic segment models of eukaryotic promoter regions // Pac Symp Biocomput. — 2000. — p. 380—391.

90. Ota, A., Tagawa, H., Karnan, S., Tsuzuki, S., Karpas, A., Kira, S., Yoshida, Y., Seto, M. Identification and characterization of a novel gene,.

91. C13orf25, as a target for 13q31-q32 amplification in malignant lymphoma // Cancer Res. — 2004. — Vol. 64. -№ 9.~ p. 3087—3095.

92. Paddison, P. J., Caudy, A. A., Bernstein, E., Hannon, G. J'., Conklin, D. S. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells // Genes Dev. — 2002. — Vol. 16. — № 8. — p. 948—958.

93. Palliser, D., Chowdhury, D., Wang, Q. Y., Lee, S. J., Bronson, R. T., Knipe, D. M., Lieberman, J. An siRNA-based microbicide protects mice from lethal herpes simplex virus 2 infection // Nature. — 2006. — Vol. 439. — № 7072.p. 89—94.

94. Patel, R. C., Sen, G. C. PACT, a protein activator of the interferon-induced protein kinase, PKR // EMBO J. — 1998. — Vol. 17. — № 15. — p. 4379—4390.

95. Pillai, R. S., Bhattacharyya, S. N., Artus, C. G., Zoller, T., Cougot, N., Basyuk, E., Bertrand, E., Filipowicz, W. Inhibition of translational initiation by Let-7 MicroRNA in human cells // Science. — 2005. — Vol. 309. — № 5740. — p. 1573—1576.

96. Poy, M. N., Eliasson, L., Krutzfeldt, J., Kuwajima, S., Ma, X., Macdonald, P. E., Pfeffer, S., Tuschl, T., Rajewsky, N., Rorsman, P., Stoffel, M. A pancreatic islet-specific microRNA regulates insulin secretion // Nature. -— 2004.

97. Vol. 432. —№ 7014. —p. 226—230.

98. Prasanth, K. V., Spector, D. L. Eukaryotic regulatory RNAs: an answer to the 'genome complexity' conundrum // Genes Dev. — 2007. — Vol. 21.1. —p. 11—42.

99. Prestridge, D. S. Predicting Pol II promoter sequences using transcription factor binding sites // J Mol Biol. — 1995. — Vol. 249. — № 5. — p. 923—932.

100. Ramakers, C., Ruijter, J. M., Deprez, R. H., Moorman, A. F. Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data // Neurosci Lett. — 2003. — Vol. 339. — № 1. — p. 62—66.

101. Reese, M. G. Application of a time-delay neural network to promoter annotation in the Drosophila melanogaster genome // Comput Chem. — 2001. — Vol. 26. — № 1. — p. 51—56.

102. Royo, H., Cavaille, J. Non-coding RNAs in imprinted gene clusters // Biol Cell. —2008. —Vol. 100. —№ 3. —p. 149—166.

103. Scheie, J. H., Lehmann, K. E., Buschmann, I. R., Unger, T., FunkeKaiser, H. Quantitative real-time RT-PCR data analysis: current concepts and the novel «gene expression’s Qr difference» formula // J Mol Med. — 2006. — Vol. 84,—№ 11, — p. 901—910.

104. Scherer, S. A Short Guide to the Human Genome. — CSHL Press, 2008. —173 p.

105. Schratt, G. M., Tuebing, F., Nigh, E. A., Kane, C. G., Sabatini, M. E., Kiebler, M., Greenberg, M. E. A brain-specific microRNA' regulates dendritic spine development // Nature. — 2006. — Vol. 439. — № 7074. — p. 283—289.

106. Schuler, G. D. Pieces of the puzzle: expressed sequence tags and the catalog of human genes // J Mol Med. — 1997. — Vol. 75. — № 10. — p. 694— 698.

107. Schwartz, J. C., Younger, S. T., Nguyen, N. B., Hardy, D. B., Monia, B. P., Corey, D. R., Janowski, B. A. Antisense transcripts are targets for activating small RNAs // Nat Struct Mol Biol. — 2008. — Vol. 15. — № 8. — p. 842—848.

108. Schwarz, D. S., Hutvagner, G., Du, T., Xu, Z., Aronin, N., Zamore, P. D. Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex // Cell. — 2003. — Vol. 115. —№ 2.—p. 199—208.

109. Shendure, J., Church, G. M. Computational discovery of senseantisense transcription in the human and mouse genomes // Genome Biol. — 2002.

110. Vol. 3. — № 9. — pp. research0044.0041-research0044.0014.

111. Sheth, U, Parker, R. Decapping and decay of messenger RNA occur in cytoplasmic processing bodies // Science. — 2003. — Vol. 300. — № 5620. — p. 805—808.

112. Shuey, D. J., McCallus, D. E., Giordano, T. RNAi: gene-silencing in therapeutic intervention // Drug Discov Today. — 2002. — Vol. 7. — № 20. — p. 1040—1046.

113. Summy, J. M., Gallick, G. E. Src family kinases in tumor progression and metastasis // Cancer Metastasis Rev. — 2003. — Vol. 22. — № 4. — p. 337— 358.

114. Tabaska, J. E., Zhang, M. Q. Detection of polyadenylation signals in human DNA sequences // Gene. — 1999. — Vol. 231. — № 1−2. — p. 77—86.

115. Tam, W., Ben-Yehuda, D., Hayward, W. S. bic, a novel gene activated by proviral insertions in avian leukosis virus-induced lymphomas, is likely to function through its noncoding RNA // Mol Cell Biol. — 1997. — Vol. 17. — № 3, —p. 1490—1502.

116. Tang, G. siRNA and miRNA: an insight into RISCs // Trends Biochem Sci. — 2005. — Vol. 30. — № 2. — p. 106—114.

117. Thrash-Bingham, C. A., Tartof, K. D. aHIF: a natural antisense transcript overexpressed in human renal cancer and during hypoxia // J Natl Cancer Inst.— 1999. —Vol.91. —№ 2. —p. 143—151.

118. Ting, A. H., Schuebel, K. E., Herman, J. G., Baylin, S. B. Short double-stranded RNA induces transcriptional gene silencing in human cancer cells in the absence of DNA methylation // Nat Genet. — 2005. — Vol. 37. — № 8. — p. 906—910.

119. Tochitani, S., Hayashizaki, Y. Nkx2.2 antisense RNA overexpression enhanced oligodendrocytic differentiation // Biochem Biophys Res Commun. — 2008. — Vol. 372. — № 4. — p. 691—696.

120. Wang, J. P., Lindsay, B. G., Leebens-Mack, J., Cui, L., Wall, K., Miller, W. C., dePamphilis, C. W. EST clustering error evaluation and correction // Bioinformatics. — 2004. — Vol. 20. — № 17. — p. 2973—2984.

121. Wassenegger, M. The role of the RNAi machinery in heterochromatin formation//Cell. — 2005. — Vol. 122. —№ 1. —p. 13—16.

122. Weiner, A. M., Deininger, P. L., Efstratiadis, A. Nonviral retroposons: genes, pseudogenes, and transposable elements generated by the reverse flow of genetic information // Annu Rev Biochem. — 1986. — Vol. 55. — p. 631—661.

123. Werner, A., Berdal, A. Natural antisense transcripts: sound or silence? // Physiol Genomics. — 2005. — Vol. 23. — № 2. — p. 125—131.

124. Werner, A., Sayer, J. A. Naturally occurring antisense RNA: function and mechanisms of action // Curr Opin Nephrol Hypertens. — 2009. — Vol. 18.'4. —p. 343—349.

125. Wienholds, E., Koudijs, M. J., van Eeden, F. J., CuppenE., Plasterk, R. H. The microRNA-producing enzyme Dicer 1 is essential for zebrafish development 11 Nat Genet. — 2003. — Vol. 35. — № 3. — p. 217—218.

126. Wieslander, L. A simple method to recover intact high molecular weight RNA and DNA after electrophoretic separation in low gelling temperature agarose gels // Anal Biochem. — 1979. — Vol. 98. — № 2. — p. 305—309.

127. Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans II Cell. — 1993. — Vol. 75. — № 5. — p. 855—862.

128. Vol. 25. —№ 10. —p. 1149—1157.

129. Xu, P., Vemooy, S. Y., Guo, M., Hay, B. A. The Drosophila microRNA Mir-14 suppresses cell death and is required for normal fat metabolism // Cuit Biol. — 2003. — Vol. 13. — № 9. — p. 790—795.

130. Yi, R., Qin, Y., Macara, I. G., Cullen, B. R. Exportin-5 mediates the nuclear export of pre-microRNAs and short hairpin RNAs // Genes Dev. — 2003.

131. Vol. 17. —№ 24.—p. 3011—3016.

132. Yin, Y., Zhao, Y., Wang, J., Liu, C., Chen, S., Chen, R., Zhao, H. antiCODE: a natural sense-antisense transcripts database // BMC Bioinformatics.2007. —Vol. 8. —p. 319—323.

133. Yu, W., Gius, D., Onyango, P., Muldoon-Jacobs, K., Karp, J., Feinberg, A. P., Cui, H. Epigenetic silencing of tumour suppressor gene pi5 by its antisense RNA //Nature. — 2008. — Vol. 451. — № 7175. — p. 202—206.

134. Zamore, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A., Bartel, D. P. RNAi: double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals // Cell. — 2000. — Vol. 101. — № 1. — p. 25—33.

135. Zeng, Y., Wagner, E. J., Cullen, B. R. Both natural and designed micro RNAs can inhibit the expression of cognate mRNAs when expressed in human cells // Mol Cell. — 2002. — Vol. 9. — № 6. — p. 1327—1333.

136. Zhang, M. Q. Identification of human gene core promoters in silico I I Genome Res. — 1998.—Vol. 8.—№ 3. —p. 319—326.

137. Zhang, Y., Li, J., Kong, L., Gao, G., Liu, Q. R., Wei, L. NATsDB: Natural Antisense Transcripts DataBase // Nucleic Acids Res. — 2007. — Vol. 35.

138. Database issue. — p. D156—161.

139. Zheng, D., Frankish, A., Baertsch, R., Kapranov, P., Reymond, A., Choo, S. W., Lu, Y., Denoeud, F., Antonarakis, S. E., Snyder, M., Ruan, Y., Wei,.

140. C. L., Gingeras, T. R., Guigo, R., Harrow, J., Gerstein, M. B. Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution // Genome Res. — 2007. — Vol. 17. —№ 6. —p. 839—851.

141. Zimmermann, T. S., Lee, A. C., Akinc, A., Bramlage, B., Bumcrot,.

142. D., Fedoruk, M. N., Harborth, J., Heyes, J. A., Jeffs, L. B., John, M., Judge, A. D., Lam, K., McClintock, K., Nechev, L. V., Palmer, L. R., Racie, T., Rohl, I.,.

143. Скоблов, M. Ю., Баранова, А. В. Подходы к терапии опухолевых заболеваний, основанные на антисмысловом подавлении экспрессии генов // Молекулярная медицина. — 2008. — № 5. — р. 12—19.1. БЛАГОДАРНОСТИ.

144. Особую признательность автор выражает своему научному руководителю Скоблову Михаилу Юрьевичу за чуткое руководство, бесценный опыт и понимание.

145. Автор также благодарен Олесе Нурутдиновой за вовремя данный ценный совет.

146. Отдельные слова благодарности Шигееву Сергею Владимировичу и Казубской Татьяне Павловне за помощь в сборе первичного материала.

147. Особую благодарность автор выражает своей семье и друзьям за терпение и готовность помочь.