Развитие монастыря с XVII века по начало XVIII века

В Смутное время монастырь, выдержав 16-месячную осаду польско-литовских интервентов под предводительством Сапеги и А. Лисовского, стал одним из оплотов Второго ополчения Минина и Пожарского; большой вклад в дело освобождения внесли архимандрит Дионисий и келарь Авраамий Палицын, помогавшие Ополчению крупными пожертвованиями и поддерживавшие дух войска.

Последний раз монастырь видел под своими стенами врага в 1618 году, в ходе похода на Москву польского королевича Владислава.

Монастырю благоволили русские цари; они регулярно совершали паломничества к святым местам Троице-Сергия («Троицкий ход»); в монастыре был крещён Иван Грозный. В 1682 году, во время Стрелецкого бунта, монастырь послужил убежищем для царевны Софьи Алексеевны, царевичей Ивана и Петра. В 1689 году в монастыре укрывался спасшийся из Москвы бегством Пётр I; при нём в обители появилась великолепная барочная трапезная с храмом преподобного Сергия Радонежского. Именно в Троице-Сергиевом монастыре произошла расправа над сторонниками Софьи; отсюда уже единовластным правителем Пётр уехал в Москву. В 1738 году поменялась система управления монастырём: он стал подчиняться Духовному совету. 1 октября 1742 года по указу императрицы Елизаветы Петровны в Троице-Сергиевом монастыре была открыта духовная семинария (позднее, в 1814 году, в монастырь была переведена Московская Духовная академия, одно из крупнейших религиозных учебных заведений России). Вскоре (в 1744 году) Троице-Сергиев монастырь был удостоен почётного титула лавры; главой Лавры утверждался Митрополит Московский.