Эвристическое ускорение. 
Восстановление кода дезоксирибонуклеиновой кислоты из библиотеки клонов sequence tagged site

Аналогично с п. 2.3, Shotgun включает в себя сборку последовательностей, на этапе которой производится поиск наилучшего суффиксно-префиксного совпадения. Асимптотическая сложность этого алгоритма, то есть при поиске для всех фрагментов получается, что и занимает почти всё время работы программы.

Чтобы избежать данной проблемы, предлагается на первом этапе распознавать те пары строк, которые не имеют достаточного сходства и гарантированно не могут использоваться как части итоговой ДНК. В данном случае эвристическое ускорение позволяет оптимизировать время работы программы путем отсечения лишних данных до обработки [26].

Аналогично, эвристические методы позволяют улучшить алгоритм поиска гамильтонового цикла с помощью алгоритма Кристофидеса [26]: пусть на входе мы имеем матрицу расстояний для графа. Тогда алгоритм будет состоять из следующих шагов (см. схему 3):

1. Найти минимальное остовное дерево с матрицей весов ;

2. Выделить множество всех вершин нечетной степени в и найти кратчайшее совершенное паросочетание в полном графе с множеством вершин ;

3. Построить эйлеров граф с множеством вершин и множеством ребер ;

4. Найти эйлеров путь в ;

5. Пользуясь последовательным исключением посещенных вершин, построить гамильтонов цикл из .

Схема 3. Алгоритм Кристофидеса [26].