Выделение и характеристика ДНК-полимеразы ? из яйцеклеток и эмбрионов костистой рыбы вьюн (Misgurnus fossilis L.)
Полученные данные свидетельствуют о том, что репаративные интермедиаты, содержащие неспаренные 3'-концевые участки и короткие однонитевые бреши, могут служить мишенью для репарирующей активности ДНК-полимеразы 5 в клеточном ядре. Предполагается, что ДНК-полимераза 8 может заполнять короткие бреши без участия вспомогательных факторов процессивности. ДНК-полимераза 8 связывается… Читать ещё >
Содержание
- Список сокращений
- 1. ВВЕДЕНИЕ
- 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 2. 1. Повреждения в ДНК и способы их устранения
- 2. 2. Механизмы репарации ДНК
- 2. 2. 1. Эксцизионная репарация основания
- 2. 2. 2. Эксцизионная репарация нуклеотидного остатка
- 2. 2. 3. Репарация разрывов ДНК
- 2. 2. 4. Репарация межцепочечных сшивок ДНК
- 2. 3. Репаративные ДНК-полимеразы
- 2. 3. 1. ДНК-полимераза
- 2. 3. 2. ДНК-полимеразы 5 и б
- 2. 3. 3. ДНК-полимеразы А, 0 и j
- 2. 4. ДНК-полимеразы, «преодолевающие» повреждения в ДНК
- 2. 5. Репликативные ДНК-полимеразы
- 2. 6. ДНК-полимеразы в раннем развитии животных
- 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
- Источник и квалификация основных реактивов и ферментов
- Фракционирование ДНК-полимераз
- Очистка ДНК-полимеразы
- Иммуноблоттинг
- Получение субстратов для экзонуклеазы, меченных 3Н и 32Р на З'-конце и на 5'-конце, соответственно
- Определение активности 3f—"5'-экзонуклеазы
- Элонгация затравов ДНК-полимеразой
- Связывание ДНК-полимеразы 5 с ДНК-субстрвтами
- Определение ДНК-полимеразной активности в геле
- Определение активности ДНК-полимераз
- Электрофоретическое разделение белков и нуклеиновых кислот
- Определение концентрации белка и соли
- 4. РЕЗУЛЬТАТЫ
- 4. 1. Идентификация ДНК-полимеразы 5 в экстрактах яйцеклеток вьюна
- 4. 2. Выделение ДНК-полимеразы
- 4. 3. Характеристика ДНК-полимеразы
- 3. '—"5'-экзонуклеазная активность
- Матричные свойства ДНК-полимеразы
- Ингибиторный анализ ДНК-полимеразы
- 4. 4. Реакция элонгации, катализируемая ДНК-полимеразой
- Связывание ДНК-полимеразы 5 с ДНК
- 4. 5. Изменение активности ДНК-полимеразы 8 в раннем развитии вьюна
- 5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
- 6. ВЫВОДЫ
Выделение и характеристика ДНК-полимеразы ? из яйцеклеток и эмбрионов костистой рыбы вьюн (Misgurnus fossilis L.) (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Репликация и репарация ДНК являются важнейшими процессами, которые направлены на поддержание стабильности клеточного генома. Изучение этих процессов на ранних этапах эмбрионального развития животных представляется наиболее интересным ввиду интенсивного функционирования репликативных ферментов и факторов в активно пролиферирующих клетках и повышенной потребности в быстрой репарации различных повреждений ДНК в этих условиях. Репликативный и репаративный синтез ДНК в ходе первых делений клеток эмбриона обеспечивается запасенными в зрелых ооцитах ДНК-полимеразами. В течение двух десятилетий были известны пять эукариотических ДНК-полимераз — ДНК-полимеразы а, (3, у, 8 и 8, однако в последние несколько лет в клетках эукариот обнаружено еще 10 ДНК-полимераз — ДНК-полимеразы тj, 9, г, к, X, о, REV1 и TDT. Установлено, что некоторые ДНК-полимеразы (как, например, ДНК-полимераза а) выполняют, в основном, репаративные функции, некоторые (ДНК-полимеразы Р Д, 6, |л) — репаративный синтез ДНК, а ряд ДНК-полимераз (ДНК-полимеразы 5, 8, у) являются как репликативными, так и репаративными. Кроме того, показано, что несколько вновь открытых ДНК-полимераз (ДНК-полимеразы С, г|, I, к, REV1) способны «преодолевать» некоторые повреждения в ДНК без предварительного их устранения. Несомненно, идентификация и изучение ДНК-полимераз в эмбриогенезе животных могут способствовать пониманию механизмов репликации и репарации ДНК у эукариот.
Настоящее исследование является продолжением цикла работ по изучению ДНК-полимераз в раннем развитии костистых рыб (Misgurnus fossilis L.), проводимых в лаборатории биохимии Института биологии развития им. Н. К. Кольцова РАН. Использование вьюна в качестве объекта биохимических исследований процесса развития предоставляет уникальную экспериментальную возможность получать синхронно развивающиеся яйцеклетки и эмбрионы в препаративных количествах, необходимых для выделения ферментов и анализа их свойств. Ранее из яйцеклеток и эмбрионов вьюна выделены и охарактеризованы репликативная ДНК-полимераза а, репаративная ДНК-полимераза (3 и митохондриальная ДНК-полимераза у (Mikhailov and Gulyamov, 1983; Шарова и др., 1992; Шарова и др., 1993; Шарова и Михайлов, 1995). Обнаружено, что зрелые яйцеклетки вьюна содержат аномально низкое количество ДНК-полимеразы р в сравнении с яйцеклетками других видов (Mikhailov and Gulyamov, 1983; Carre et al., 1981; Matsumoto et al., 1994). Поэтому стоит вопрос о возможном участии других ДНК-полимераз в репарации повреждений ДНК на ранних этапах эмбриогенеза костистой рыбы вьюн.
Цели данной работы сформулированы следующим образом. Идентифицировать ДНК-полимеразу 5 в зрелых яйцеклетках и эмбрионах вьюна, получить частично очищенный препарат ДНК-полимеразы 8 из зрелых яйцеклетокизучить энзиматические и физико-химические свойства ДНК-полимеразы 5, а также исследовать механизмы ее взаимодействия с репаративными интермедиатами в модельных системах. Решение поставленных задач может выявить новые пути репарации ДНК и их специфику в раннем развитии животных.
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
6. выводы.
1. В яйцеклетках и эмбрионах костистой рыбы вьюн (Misgurnus fossilis L.) идентифицирована ДНК-полимераза 5 с помощью иммунохимического и ингибиторного анализа, а также на основе изучения физико-химических и энзиматических свойств. ДНК-полимераза 8 из яйцеклеток частично очищена с помощью колоночной хроматографии.
2. ДНК-полимераза 8 вьюна осуществляет процессивный синтез ДНК в дуплексах с короткими однонитевыми брешами (размером в 5 — 9 н.о.) в отсутствие факторов процессивности PCNA, RF-C и RPA. При этом фермент заполняет бреши полностью и терминирует синтез непосредственно перед 5'-концевым нуклеотидом, ограничивающим брешь, или добавляет в растущую цепь дополнительно 1 н.о. ДНК-полимераза 8 не осуществляет синтез ДНК со смещением нити, ограничивающей брешь.
3. Методом электрофореза в полиакриламидном геле с задержкой показано, что ДНК-полимераза 8 при связывании с ДНК, содержащей короткую брешь, одновременно взаимодействует с праймер-матрицей и 5'-концом фрагмента, ограничивающим брешь.
4. ДНК-полимераза 8 связывается с праймер-матрицами, содержащими неспаренные 3'-концы праймеров, с существенно большим сродством, чем с праймер-матрицами, содержащими спаренные 3'-концы праймеров. Этот результат указывает на участие экзонуклеазного центра фермента во взаимодействии с ДНК-субстратами, содержащими неспаренные 3'-концевые участки.
5. Полученные данные свидетельствуют о том, что репаративные интермедиаты, содержащие неспаренные 3'-концевые участки и короткие однонитевые бреши, могут служить мишенью для репарирующей активности ДНК-полимеразы 5 в клеточном ядре. Предполагается, что ДНК-полимераза 8 может заполнять короткие бреши без участия вспомогательных факторов процессивности.
Список литературы
- Маниатис Т., Фрич Е., Сэмбрук Д. // Молекулярное клонирование. -1984. -Мир
- Минин А.А., Иваненков В. В., Мещеряков В. Н. Выделение актина на разных стадиях развития вьюна // Биохимия —1987. -т. 52. -ч. 2. -с.342−347
- Михайлов B.C. ДНК-полимеразы эукариот // Мол. Биол. -1999. -т. 33. -№ 4. -с.567−580
- Михайлов B.C., Гулямов Д. Б. Выделение и характеристика ДНК-полимераз альфа, бета и гамма из клеток вьюна Misgurnus fossilis L. // Биохимия-1981. -т. 46. -ч. 9. -с. 1539−1547
- Нейфах А.А. Использование метода радиационной инактивации ядер для исследования их функций в раннем развитии рыб // Журн. Общ. Биол. -1959.-т. 20, -с.202−213
- Шарова Н.П., Елисеева Е. Д., Михайлов B.C. Изменение активности двух форм ДНК-полимеразы, а в эмбриогенезе костистой рыбы Misgurnus fossilis (вьюн) // Биохимия. -1992. -т. 57. -вып. 6. -с. 937−944
- Шарова Н.П., Елисеева Е. Д., Михайлов B.C. Взаимоотношение двух форм ДНК-полимеразы альфа из икры костистой рыбы Misgurnus fossilis L. // Биохимия -1993. -т. 58. -с.1965−1976
- Шарова Н.П., Михайлов B.C. ДНК-полимераза, а в раннем развитии костистой рыбы Misgurnus fossilis (вьюн) // Биохимия. -1995. -т. 60. -вып. 9. -с. 1477−1485
- Ahn J.W., Kraynov V.S., Zhong X.J., Werneburg B.G., Tsai M.D. Polymerase beta in single nucleotide gap filling synthesis // Biochem j. -1998. -v. 331. — p.79−87
- Arkin M.R., Stemp E.D.A., Pulver S.C., Barton J.K. Long-range oxidation of guanine by Ru (III) in duplex DNA //Chemistry & Biology -1997. -v. 4. -No. 5. -p.3 89−400
- Baker T.A., Bell S.P. Polymerases and the replisome: machines within machines // Cell -1998. -v. 92. -p. 295−305
- Banks G.R., Boezi J.A., Lehman I.R. A high molecular weight DNA polymerase from Drosophila melanogaster embryos. Purification, structure and partial characterization // J. Biol. Chem. -1979. -v. 254. -No. 19. -p.9886−9892
- Bauer G.R., Heller H.M., Burgers m. DNA polymerase III from Saccharomyces cerevisiae. Purification and characterization // J. Biol. Chem. -1988. -v. 263. -p.917−924
- Baumann P. and West S.C. DNA and joining catalized by human cell-free extracts // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1998. -v. 95. -p. 14 066−14 070
- Bennet R.A.O., Wilson D.M., Wong D., Demple B. Interaction of human apurinic endonuclease and DNA polymerase beta in the base excision repair pathway // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1997. -v. 94. -No. 14. -p.7166−7169
- Bradford M.M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of proteins utilitising the principal of protein dye binding // Analyt. Biochem. -1976. -v. 72. -No. 1. -p.248−254
- Burgers M. Saccharomyces cerevisiae replication factor C. Formation and activity of complexes with proliferating cell nuclear antigen and with DNA polymerases delta and epsilon // J. Biol. Chem. -1991. -v. 266. -p.22 698−22 706
- Carre D., Signoret J., Lefresne J., David J.C. Enzymes involved in DNA replication in the axolotl. Analysis of the forms and activities of DNApolymerase and DNA ligase during development // Develop. Biol. -1981. -v. 87.-No. 1.-p. 114−125
- Cary R.B., Peterson S.R., Wang J., Bear D.G., Bradbury E.M., Chen D.J. DNA looping by Ku and the DNA-dependent protein kinase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1997. -v. 94. -p.4267−4272
- Chagovetz A.M., Sweasy J.B., Preston B.D. Increased activity and fidelity of DNA polymerase beta on single-nucleotide gapped DNA // J. Biol. Chem. -1997. -v. 272. -p.27 501−27 504
- Chen S. Accurate in vitro end-joining of a DNA double-strand break with partially conesive З'-overhangs and З'-phosphoglycolate termini: effect of Ku on repair fidelity //J. Biol. Chem. -2001. -v.276. -p.24 323−24 330
- Cheng S., Sancar A. and Hearst J.E. RecA dependent incision of psoralen-crosslinked DNA by (A)BC excinuclease // Nucleic Acids Res. -1991. -v. 19. -p.657−663
- Chui G., Linn S. Futher characterization of HeLa DNA polymerase epsilon // J. Biol. Chem. -1995. -v. 270. -No. 14. -p.7799−7808
- Claycomb W.C. DNA synthesis and DNA enzymes in terminally differentiating cardiac muscle cells // Exp. Cell Res. -1979. -v. 118. -No. 1. -p. 111−114
- Cole R.S. Repair of DNA containing interstrend cross-links in Ecsherichia coli: sequential excision and recombination // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1973. -v. 70.-p. 1064−1068
- Cotterill S., Chui G., Lehman I.R. DNA polymerase-primase from embryos of Drosophila melanogaster // J. Biol. Chem. -1987. -v. 262. -No. 33. -p.16 105−16 108
- Cox L.S. Who binds with: competition for PCNA rings out cell-cycle changes // Trends Cell Biol. -1997. -v. 7. -p.493−498
- Critchlow S.E. and Jackson S.P. DNA end-joining: from yeast to man // Trends. Biochem. Sci. -1998. -v. 23. -p.394−398
- Dardalhon M. and Averbeck D. Pulsed-field gel electrophoroses analysis of the repair of psoralen plus UV indused DNA photoadducts in Saccharomyces cerevisiae II Mutat. Res. -1995. -v. 336. -p.49−60
- Dawid I. Deoxyribonucleic acid in amfibian eggs // J. Mol. Biol. -1965. -v. 3. -p.581−599
- Deng G.R., Wu R. Terminal transferase: use of the tailing of DNA and for in vitro mutagenesis. // Methods Enzymol. -1983. -v. 100. -p.96−116
- Dianov G., Price A., Lindahl T. Generation of single-nucleotide repair patches following excision of uracil residues from DNA // Mol. Cell. Biol. -1992. -v. 12. -p.1605−1612
- Dizdaroglu M. Oxidative damage to DNA in mammalian chromatin // Mutat. Res. -1992. -v. 275. -No. 3−6. -p.331−342
- Dresler S.L., Frattini M.K. DNA replication and UV-induced DNA repair syntesis in human fibroblasts are much less sensitive than DNA polymerase a to inhibition by butylphenyl-deoxyguanosine triphosphate // Nucleic Acids Res. -1986.-v. 14. -p.7093−7102
- Eissenberg J.C., Ayyagari R., Gomes X.V., Burgers P.M. Mutations in yeast proliferating cell nuclear antigen define distinct sites for interaction with DNA polymerase delta and DNA polymerase epsilon // Mol. Cell. Biol. -1997. -v. 17. -p.6367−6378
- Fansler В., Loeb L.A.Sea urchin nuclear DNA polymerase. Changing localization during early development // Exp. Cell Res. -1969. -v. 57. -p.305−310
- Foiani M., Liberi G., Lucchini G., Plevani P. Cell cycle-dependent phosphorylation and dephosphorylation of the yeast DNA polymerase a -primase В subunit К Mol. Cell. Biol. -1995. -v. 15. -p.883−891
- Fotedar R., Cannella D., Fitzgerald P., Rousselle Т., Gupta S., Doree M., Fotedar A. Role for cyclin A-dependent kinase in DNA replication in human S phase cell extracts // J. Biol. Chem. -1996. -v. 271. -p.31 627−31 637
- Fox A.M., Breaux C.B., Benbow R.M. Intracellular localization of DNA polymerase activities within large oocytes of the frog, Xenopus laevis // Develop. Biol. -1980. -v. 80. -No. 1. -p.79−95
- Garsia-Diaz M., Bebenek K., Kunkel T.A., Beanco L. Identification of an 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity in human DNA polymerase a // J. Biol. Chem. -2001. -v. 276. -No. 37. -p.34 659−34 663
- Gaudette M.F., Benbow R.M. Replication forks are underrepresented in chromosomal DNA of Xenopus laevis embryos // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1986. -v. 83. -No. 16. -p.5953−5957
- Gottlieb T.M. and Jackson S.P. The DNA-dependent protein kinase: requirement for DNA ends and association with Ku antigen // Cell. -1993. -v. 72. -p.131−142
- Haber J.I. Partners and path ways: repairing a double-strand break // Trends Genet. -2000. -v. 16. -p.259−264
- Нага K., Tydeman P., Kirscher M. A cytoplasmic clock with the same period as the division cycle in Xenopus eggs // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1980. -v. 77. -No. 1. -p.462−466
- Haracska L., Johnson R.E., Unk I., Phillips B.B., Hurwitz J., Prakash L., Prakash S. Targeting of human DNA polymerase iota to the replication machinery via interaction with PCNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -2001. -v. 98.-p. 14 256−14 261
- Haracska L., Prakash L., Prakash S. Yeast Revl protein is a G template-specific DNA polymerase // J. Biol. Chem. -2002. -v. 277. -p.15 546−15 551
- Hindges R., Hubscher U. DNA polymerase delta, an essential enzyme for DNA transactions // Biol. Chem/ -1997. -v. 378. -No. 5. -p.345−362
- Hobart P.M., Infante A.A. A low molecular weight DNA polymerase b in the sea urchin Strongylocentrorus purpuratus // J. Biol. Chem. -1978. -v. 253. -No. 22. -p.8229−8238
- Hoffmann J.S., Pillaire M.J., Maga G., Podust V., Hubscher U., Villani G. DNA polymerase beta bypasses in vitro a single d (GpG)-cisplatin adduct placed on codon 13 of the HRAS gene // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1995. -v. 92. -No. 12. —p.5356−5360
- Hubscher U., Kuenzle C.C., Sparadi S. Variation of DNA polymerase a, b and g during perinatal growth and differentiation // Nucl. Acids Res. -1977. -v. 4. -No. 8. -p.2917−2929
- Hubscher U., Maga G., Podust V. DNA replication accessory proteins // DNA replication in eukariotic cells / Ed. M.L. DePamphilis. N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. -1996. -p.525−543
- Hubscher U., Seo Y.-S. Replication of the lagging strand: a consert of at least 23 polypeptides // Mol. Cells. -2001. -v. 12. -No. 2. -p. 149−157
- Hunting D.J., Gowans B.J., Dresler S.L. DNA polymerase 5 mediates excision repair in growing cells damages with ultraviolet radiation // Biochem. Cell. Biol. -1991.-v. 69. -p.303−308
- Jachymcryk W.S., Yon Borstel R.C., Mowat M.R., Hastings P.J. Repair of interstrand cross-links in DNA of Saccharomyces cerevisiae requires two systems for DNA repair: the RAD3 and the RAD51 system I I Mol. Gen. Genet. -1981.-v. 182.-p.l96−205
- Jackson S.P. Sensing and repairing DNA double-strand breaks // Carcinogenesis. -2002. -v. 23. -No. 5. -p.687−696
- Johansson E., Majka J. Burgers P.M. Structure of DNA polumerase (delta) from S. cerevisiae // J.Biol. Chem. -2001. -v.276. -No. 47. -p.43 824−43 828
- Johnson R.E., Prakash S., Prakash L. Efficient bypass of a thymine-thymine dimmer by yeast DNA polymerase r| // Sciences. -1999. -v. 283. -p. 1001−1004
- Johnson R.E., Prakash S., Prakash L. The human DINB 1 gene encodes the DNA polymerase Pol 0 // Рос. Natl. Acad. Sci. USA -2000. -v. 97. -p.3838−3843
- Jonsson Z.O., Hindges R., Hubscher U. Regulation of DNA replication and repair proteins through interaction with the front side of proliferating cell nuclear antigen // EMBO. -1998. -v. 17. -p.2412−2425
- Kanaar R., Holijmakers J.H., Van Gent D.C. Molecular mechanisms of DNA double-strand break repair // Trends. Cell. Biol. -1998. -v. 8(12). -p.483−489
- Klungland A., Lindahl T. Second pathway for completion of human DNA base excision-repair: Reconstitution with purified proteins and requirementfor DNase IV (FEN1) // EMBO J. -1997. -v. 16. -No. 11. -p.3341−3348
- Kohn K.W. Beyond DNA cross-linking: history and prospects of DNA-targeted cancer treatment // Cancer Res. -1996. -v. 56. -p.5535−5546
- Y., Asahara H., Patel V.S., Zhou S., Linn S. Purification, cDNA cloning, and gene mapping of the small subunit of human DNA polymerase epsilon // J. Biol. Chem. -1997. -v. 272. -p.32 337−32 344
- R., Hannon G.J., Beach D., Stillman B. Subcellular distribution of p21 and PCNA in normal and repair-deficient cells following DNA damage // Current Biol. -1996. -v. 6. -No. 2. -p. 189−199
- Maga G., Fronin I., Spadari S., Hubscher U. Replication protein A as a «fidelity clamp» for DNA polemerase a // J. Biol. Chem. -2001. -v. 276, -p.l8235−18 242
- Maga G., Hubscher U. DNA polymerase epsilon interacts with proliferating cell nuclear antigen in primer recognition and elongation // Biochemistry. -1995. -v. 32.-No. 3.-p.891−901
- Matsukage A., Kitani H., Yamaguchi M., Kusakabe M., Morita Т., Koshida Y. Differentiation of lens and neural cells in chiken embryo is accompanied by simultaneous decay of DNA replication machinery // Develop. Biol. -1986. -v. 117.-No. 1. -p.226−232
- Matsumoto Y., Kim K. Excision of deoxyribose phosphate residues by DNA polymerase beta during DNA repair II Science. -1995. -v. 269. -No. 5224. p.699−702
- Matsumoto Y., Kim K., Bogenhagen D. Proliferating cell nuclear antigen-dependent abasic site repair in Xenopus laevis oosytes: an alternative pathway of base excision DNA repair // Mol. Cell Biol. -1994. -v. 14. -No. 9. -p.6187−6197
- Matsumoto Y., Kim K., Katz D.S., Feng J.A. Catalytic center of DNA polymerase beta for excision of deoxyribose phosphate groups // Biochemistry -1998. -v. 37. -p.6456−6464
- Mikhailov V.S. DNA polymerases in the early development of a teleost fish Misgurnus fossilis (Loach) // Sov. Sci. Rev.: Physiol. Gen. Biol. -1987. -v. 1. -p.501−527
- Morrison A., Araki H., Clark A.B., Hamatake R.K., Sugino A. A third essential DNA polymerase in S. cerevisiae // Cell -1990. -v. 62. -p. 1143−1151
- Mossi R., Jonsson Z.O., Allen B.L., Hardin S.H., Hubscher U. Replication factor С interacts with the c-terminal side of proliferating cell nuclear antigen // J. Biol. Chem. -1997. -v. 272. -No. 3. -p.1769−1776
- Mu D., Park C.H., Matsunaga Т., Hsu D.S., Reardon J.T., Sancar A. Reconstitution of human DNA repaie excision nuclease in a highly defined system // J. Biol. Chem. -1995. -v. 270. -No. 6. -p.2415−2418
- Mullen G.P., Antich W., Maciejewski M.W., Prasad R., Wilson S.H. Insights into the mechanism of the beta-elimination catalyzed by the N-terminal domain of DNA polymerase beta // Tetrahedron. -1997. -v. 53. -No. 35. -p. 1 205 712 066
- Narayan S., Beard W.A., Wilson S.H. DNA damage-indused transcriprional activation of a human DNA polymerase beta chimeric promoter: recruitment of preinitiation complex in vitro by ATF/CREB // Biochemistry. -1995. -v. 34. -No. 1. -p.73−80
- Narayan S., He F., Wilson S.H. Activation of the human DNA polymerase beta promoter by a DNA-alkylating agent through indused phosphorylation of cAMP response element-binding protein-1 // J. Biol. Chem. -1996. -v. 271. -p. 1 850 818 513
- Navas T.A., Zhou Z., Elledge S.J. DNA polymerase epsilon links the DNA replication machinery to the S phase checkpoint // Cell. -1995. -v. 80. p.29−39
- Nelson J.R., Lawrense C.W. and Hinkle D.C. Deoxycitidyl transferase activity of yeast REV1 protein // Nature. -1996a. -v. 382. -p.729−731
- Nelson J.R., Lawrense C.W. and Hinkle D.C. Thymine-thymine dimer bypass by yeast DNA polymerase? // Science. -1996b. -v. 272. -p. 1646−1649
- Nichols A.F., Sancar A. Purification of PCNA as a nucleotide excision repair protein //Nucleic. Acids. Res. -1992. -v. 20. -p.3559−3564
- Nishida C., Reinhard P., Linn S. DNA repair synthesis in human fibroblasts requires DNA polymerase 6 // J. Biol. Chem. -1998. -v. 263. -p.501−510
- Oakley B.R., Kirsch D.R., Morris N.R. A simplified ultrasensitive silver stain for detecting proteins in polyacrylamide gels // Anal. Biochem. -1980. -v. 105. -No. 2. -p.361−366
- Park H., Davis R., Wang T.S.F. Studies of Schizosaccharomyces pombe DNA polymerase alpha at different stages of the cell cycle // Nucl. Acids. Res. -1995. -v. 23. -No. 21. -p.4337−4344
- Pastink A., Ecken J. C., Lohman P.H. Genomic integrity and the repair of double-strand DNA breaks // Mutat. Res. -2001. -v. 480. -p.37−50
- Peck V.M., Gerner E.W., Cress A.E. Delta-type DNA polymerase characterized from Drozophila melanogaster embryos // Nucl. Acids Res. -1992. -v. 21. -No. 20. -p.5779−5784
- Pelletier H., Sawaya M.R., Wolfle W., Wilson S.H., Kraut J. Crystal structures of human DNA polymerase beta complexed with DNA: implications for catalytic meshanism, processivity, and fidelity // Biochemistry. -1996. -v. 35. -No. 39. -p.12 742−12 761
- Piersen C.E., Prasad R., Wilson S.H., Lloyd R.S. Evidence for an imino intermediate in the DNA polymerase beta deoxyribose phosphate excision reaction//J. Biol. Chem. -1996. -v. 271. -p. 17 811−17 815
- Podust V.N., Georgaki A., Strack В., Hubscher U. Calf thymus RF-C as an essential component for DNA polymerase delta and epsilon holoenzymes function // Nucl. Acids Res. -1992. -v. 20. -No. 16. -p.4159−4165
- Podust L.M., Podust V.N., Floth C., Hubscher U. Assembly of DNA polymerase 5 and s holoenzymes depends on the geometry of the DNA template // Nucleic Acids Res. -1994. -v. 22. -p.2970−2975
- Podust L.M., Podust V.N., Goubin F., Ducommun В., Hubscher U. Mechanism of inhibition of proliferating cell nuclear antigen-dependent DNA synthesis by the cyclin-dependent kinase inhibitor p21 // Biochemistry. -1995. -v. 34. -No. 27. -p.8869−8875
- Popanda O., Thielmann H.W. The function of DNA polymerases in DNA repair synthesis of ultraviolet-irradiated human fibroblasts // Biochem. Biophys. Acta. -1992.-v. 129.-p. 155−160
- Povirk L.F., Houlgrave C.W., Han Y.-H. Neocarzinostatin-induced DNA base release accompanied by staggered oxidative cleavage of the complementary strand // J. Biol. Chem. -1988. -v. 263. -No. 36. -p.19 263−19 266
- Prasad R., Beard W.A., Wilson S.H. Studies of gapped DNA substrate binding by mammalian DNA polymerase beta. Dependence on 5'-phosphate group // J. Biol. Chem. -1994. -v. 269. -p.18 096−18 101
- Ramadan K., Shevelev I.V., Maga G., Hubscher U. DNA polymerase lambda from calf thymus preferentially replicates damaged DNA // J. Biol. Chem. -2002, -v. 277. -p.l8454−18 458
- Ramsden D.A. and Gellert M. Ku protein stimulates DNA end joining by mammalian DNA ligases: a direct role for Ku in repair of DNA double-strand breaks // EMBO J. -1998. -.v. 17. -p.609−614
- Ruiz J.F., Dominguiz O., Lain de Lera Т., Garsia-Diaz M., Bernad A., Blanco L. DNA polimerase mu, a candidate hypermutase // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. -2001. -v. 1405. -p.99−109
- Sakumi Т., Sekiguchi T. Structures and functions of DNA glycosilases // Mutat. Res.-1990.-v. 236.-p.l61−172
- Sancar A. Mechanisms of DNA excision repair // Science -1994. -v. 266. -No. 5193. -p.1954−1956
- Sancar A. Excision repair in mammalian cells // J. Biol. Chem. -1995. -v. 270. -No. 27.-p. 15 915−15 918
- Sancar A. DNA excision repair // Annu. Rev. Biochem. -1996. -v. 65. -p.43−81
- Sancar A., Sancar G.B. DNA repair enzymes // Annu. Rev. Biochem. -1988. -v. 57. -p.29−67
- Sekelsky J.J., Burtis K.C., Scott Hawley R. Damage control: the pleyotropy of DNA repair genes in Drosophila melanogaster // Genetics -1998. -v. 148. -p.1587−1598
- Sexton D.J., Berdis A.J., Benkovic S.J. Assembly and disassembly of DNA polymerase holoenzyme // Curr. Opin. Chem. Biol. -1997. -v. 1. —p.316−322
- Shioda M., Nagano H., Mano Y. Association of DNA polymerase alfa and beta with rough endoplasmic reticulum in sea urchin eggs and changes in subcellular distribution during early embryogenesis // Eur. J. Biochem. -1980. -v. 108. -p.345−355
- Shioda M., Nagano H., Mano Y. Transition of DNA polymerase alfa and endoplasmic reticulum during gastrulation of sea urchin // Develop. Biol. -1982. -v.91.-No. l.-p.l 11−120
- Shivji M.K.K., Kenny M.K., Wood R.D. Proliferating cell nuclear antigen is required for DNA excision repair // Cell -1992. -v. 69. -p.367−374
- Shivji M.K.K., Podust V.N., Hubscher U., Wood R.D. Nucleotide excision repair DNA synthesis by DNA polymerase 8 un the presence of PCNA, RFC and RPA // Biochemistry -1995. -v. 34. -p.5011−5017
- Singh J., Su L., Snow E.T. Replication across Об-methylguanine by human DNA polymerase beta in vitro insightsinto the futile cytotoxic repair and mutagenesis of 06-methylguanine // J. Biol. Chem. -1996. -v. 271. -No. 45. -p.28 391−28 398
- Singhal R.K., Prasad R., Wilson S.H. DNA polymerase (3 conducts the gap-filling step in uracil-initiated base excision repair in a bovine testis nuclear extracts // J. Biol. Chem. -1995. -v. 270. -p.949−957
- Sladek F.M., Munn M.M., Rupp W.D., Howard-Flanders P. In vitro repair of psoralen DNA cross-links by Rec A, Uvr ABC and the 5'-exonuclease of DNA-polymerase I // J. Biol. Chem. -1989. -v. 264. -p.6755−6765
- Smith G.C. and Jackson S.P. The DNA-dependent protein kinase // Genes. Dev. -1999.-v. 13. -p.916−934
- Sobol R.W., Horton J.K., Kuhn R., Gu H., Singhal R.K., Prasad R., Rajewsky K., Wilson S.H. Requirement of mammalian DNA polymerase beta in base-excision repair // Nature -1996. -v. 379. -No. 6561. -p.183−186
- Sparadi S., Focher F., Hubscher U. Developmental activity profile of DNA polymerase delta and alfa in rat neurons sudgests a coordinated in vivo function // In vivo -1988. -v. 2. -p.317−320
- Srivastova D.K., Evans R.K., Kumar A., Beard W.A., Wilson S.H. dNTP binding site in rat DNA polymerase beta revealed by controlled proteolysis and azido photoprobe cross-linking // Biochemistry. -1996. -v. 35. -No. 12. -p.3728−3734
- Svoboda D.L., Taylor J.S., Sankar A. DNA repair by eukaryotic nucleotide excision nuclease. Removal of thymine dimer and psoralen monoadduct by
- HeLa cell-free extract and of thymine dimer by Xenopus laevis oocytes // J. Biol. Chem. -1993. -v. 268. -No. 3. -p. 1931−1936
- Syvaoja J., Siromensaari S., Nishida C., Goldsmith J.S., Chui G.S.J., Jain S., Linn S. DNA polymerase alfa, delta and epsilon three distinct enzymes from HeLa cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1990. -v. 87. -No. 17. -p.6664−6668
- Tsurimoto Т., Melendy Т., Stillman B. Sequential initiation of lagging and leading strand synthesis by two different polymerase complexes at the SV40 DNA replication origin //Nature. -1990. -v. 346. -p.534−539
- Vaisman A., Woodgate R. Unique misinsertion specifity of pol iota may decrease the mutagenic potential of deaminated cytosines // EMBO J. -2001. -v. 20. -No. 22. -p. 6520−6529
- Van Dyck E., Stasiak A.Z., Stasiak A., West S.C. Binding of double-strand breaks in DNA by human Rad52 protein // Nature. -1999. -v. 398. -No. 6729. -p.728−731
- Van Houten В., Gamper H., Holbrook S.R., Hearts J.E., Sancar A. Action mechanism of ABC excision nuclease on a DNA substrate containing psoralen crosslink at a defined position // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1986. -v. 83. -p.8077−8081
- Voitenleitner C., Rehfuess C., Hilmes ML, O’Rear L., Liao P.-C., Gage D. A., Ott R., Nasheuer H.-P., Fanning E. Cell cycle-dependent regulation of human
- DNA polymerase a primase activity by phosphorilation // Moll. Cell. Biol. -1999. -v. 19. -No. 1. -p.646−656
- Waga S., Stillman B. The DNA replication fork in eukaryotic cells // Annu. Rev. Biochem. -1998. -v. 67. -p.721−751
- Walker J. K., Corpina R.A., Goldberg J. Structure of the Ku heterodimer bound to DNA and its implications for double-strand break repair // Nature. -2001. -v. 412. -p.607−614
- Wallase S.S. AP endonucleases that recognize oxidative DNA damage // Environmental and molecular mutagenesis -1988. -v. 12. -No. 4. -p.431−478
- Wang T.S.F. Cellular DNA polymerases // In: DNA replication in eukariotyc cells, edited by M.L.De Pamphilis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, N.Y. -1996. -p.295−330
- Webster R.P., Bhattacharya R.K. Activity of some nuclear enzymes associated with DNA repair following hepatocarcinogen administration to rats // J. Biochem. Toxicol. -1995. -v. 10. -No. 1. -p.33−40
- Werneburg B.G., Ahn J., Zhong X.J., Hondal R.J., Kraynov V.S., Tsai M.D. DNA polymerase beta: pre-steady-state kinetic analysis and roles of arginine 283 in catalysis and hidelity // Biochemistry. -1996. -v. 35. -No. 22. -p.7041−7050
- Wilson D.M. Ill, ThompsonL.H. Life without DNA repair // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1997. -v. 94. -No. 24. -p. 12 754−12 757
- Wood R. DNA repair in eukaryotes II Annu. Rev. Biochem. -1996. -v. 65. -p.135−167
- Yuan F., Zhang Y., Rajpal D.K., Wu X., Guo D., Wang M., Taylor J.-S., Wang Z. Specificity of DNA lesion bypass by the yeast DNA polymerase r II J. Biol. Chem. -2000. -v. 275. -p.8233−8239
- Zeng X.R., Hao H., Jiang Y., Lee M. Regulation of human DNA polymerase delta during cell cycle И J. Biol. Chem. -1994. -v. 269. -No 39. -p.24 027−24 033
- Zhang Y., Yuan F., Wu X., Wang M., Rechkoblit O., Taylor J.-S., Geacintov N.E., Wang Z. Error-free and error-prone lesion bypass by human DNA polymerase к in vitro // Nucleic Acids. Res. -2000. v. 28. -p.4138−4146
- Zhang P., Sun Y., Hsu H., Zhang L., Zhang Y., Lee M.Y.W.T. The interdomain connector loop of human PCNA is involved in a direct interaction with human polymerase delta // J. Biol. Chem. -1998. -v. 273. -p.713−719
- Zhang S. J., Zeng X.R., Zhang P., Toomey N.L., Chuang R.Y., Chang L.S., Lee M. A conserved region in the amino terminus of DNA delta is involved in PCNA binding // J. Biol. Chem. -1995. -v. 270. -No. 14. -p.7988−7982
- Zhou J.Q., He H., Tan C.K., Downey K.M., So A.G. The small subunit is required for functional interaction of DNA polymerase delta with the proliferating cell nuclear antigen // Nucleic Acids. Res. -1997. -v. 25. -No. 6. -p. 1094−1099
- Zierler M.K., Marini N.J., Stowers D.J., Benbow R.M. Stockpiling of DNA polymerases during oogenesis and embryogenesis in the frog, Xenopus laevis // J. Biol. Chem. -1985. -v. 260. -No. 2. -p.974−981
- Zuo S., Bermudez V., Zhang G., Kelmann Z., Hurwitz J. Structure and activity associated with multiple forms of Schizosaccharomyces pombe DNA polymerase delta // J. Biol. Chem. -2000. -v. 275. -No. 7. -p.5153−5162
- Zuo S., Gibbs E., Kelman Z., Wang T.S., O’Donnell M., MacNeill S.A., Hurwitz J. DNA polymerase delta isolated from Schizosaccharomyces pombe contains five subunits // Proc. Natl. Acad. Sci. USA -1997. -v. 94. -No. 21. -p.l 1244−11 249