Изучение функциональной роли метилирования G966/C967 16S PPHK Escherichia coli
Philippe, C., et al., Ribosomal protein SI 5 from Escherichia coli modulates its own translation by trapping the ribosome on the mRNA initiation loading site. Proc Natl Acad Sei U S A, 1993. 90(10): p. 4394−8. Cerretti, D.P., et al., Translational regulation of the spc operon in Escherichia coli. Identification and structural analysis of the target site for S8 repressor protein. J Mol Biol, 1988… Читать ещё >
Содержание
- Список сокращений
- Обзор литературы
- Регуляция трансляции на стадии инициации
- Роль фактора IF3 в регуляции инициации трансляции
- Регуляция инициации: «арест» 30S пре-инициаторного комплекса
- Регуляция инициации: «сопряженная» трансляция
- Регуляция инициации на стадии образования 30S пре-инициаторного комплекса: конкуренция" за мРНК
- Регуляция трансляции спектиномицинового оперона
- Регуляция трансляции стрептомицинового оперона
- Регуляция трансляции rplKAJL-rpoBC оперона
- Регуляция трансляции белка S
- Регуляция трансляции белков бактериофагов
- Адаптация бактерий к различным условиям посредством регуляции трансляции
- РНК-термосенсоры: адаптация к холодовому шоку на стадии инициации трансляции
- РНК-термосенсоры: адаптация к тепловому шоку на стадии инициации трансляции
- Регуляция трансляции малыми некодирующими РНК
- Регуляция системы токсин-антитоксин с помощью мнкРНК
- Роль мнкРНК в активации различных метаболических путей и адаптации бактерий к стрессовым условиям
- Роль мнкРНК в регуляции экспрессии факторов вирулентности бактерий и передаче межклеточных сигналов («quorum sensing»)
- Взаимодействие рибосомы с РНК-полимеразой, аттенюация и анти терминация транскрипции
- Регуляция экспрессии S10 оперона, антитерминация транскрипции
- Регуляция экспрессии белков биосинтеза аминокислот: аттенюация транскрипции. .46 Механизмы регуляции, основанные на остановке трансляции при связывании с рибосомой низкомолекулярных кофакторов
- Регуляция трансляции РНК рибопереключателями
- Роль метилирования в регуляции трансляции
- Роль метилирования 16S рРНК в регуляции трансляции на стадии инициации
- Диметилирование остатков А1518, А1519 16S рРНК
- Роль метилирования в поддержании структуры элементов рРНК: метилирование по
- 2. '-ОН группе
- Роль метилирования тРНК в поддержании рамки считывания
- Метилирование как вторичная функция рРНК метилтрансфераз
- Роль метилирования G966/C967 в 16S рРНК
- Обсуждение результатов
- Постановка задачи
- Характеристика фенотипа мутантного штамма ArsmB/A.rsmD
- Анализ холодочувствительного фенотипа штамма ArsmB/ArsmD
- Влияние метилирования G966/C967 на белковый состав клетки
- Влияние метилирования G966/C967 на регуляцию триптофанового оперона E. col
- Определение аффинности fMet-TPHKfMet к Р-участку 30S субчастиц дикого и мутантного типов
Влияние метилирования G966/C967 на образование 30S инициаторных комплексов. .84 Изучение образования 30S инициаторных комплексов с 30S субчастицами дикого и мутантного типов с помощью методов быстрой кинетики.
Влияние метилирования G966/C967 на эффективность образования 70S 1С in vitro.
Эффективность инициации трансляции в штаммах дикого и мутантного типа in vivo.
Материалы и методы.
Реактивы.
Буферы и растворы.
Конструирование штамма с двойной делецией генов rsmB/rsmD.
Сравнение протеом штаммов дикого типа и мутантного ArsmBIArsmD.
Идентификация белковых зон при помощи МАЛДИ масс спектрометрическим анализа.
Измерение точности инициации трансляции с помощью репортерных конструкций in vivo.
Создание плазмид pAra2AUG, pAra2GUG, pAra2UUG, pAra2CUG, pAra2AUU, pAra2TrpL, pAra2TrpL-trpE, pAra2TrpLtrpE2A несущих гены репортеров Flue, Rluc. 99 Трансформация штаммов дикого типа и мутантного ArsmB/ArsmD репортерными конструкциями и измерение активности белков репортеров Flue, Rluc.
Измерение количеств мРНК белков Flue, Rluc, экспрессированных в штаммах дикого типа и мутантного ArsmB/ArsmD, несущих плазмиды pAra2TrpL и pAra2TrpL-trpE, методом RT-qPCR.
Выделение суммарной РНК и проведение обратной транскрипции.
Проведение количественного ПЦР анализа в реальном времени.
Исследование рибосомных профилей из клеток дикого типа и мутантного
ArsmB/ArsmD, выращенных при 37 °C и 18 °C.
Выделение рибосом из штаммов дикого типа и мутантного ArsmB/ArsmD.
Получение препаратов мРНК.
Детекция образования 70SIC, 30SIC и комплексов f[3H]Met-TPHKfMet с 30S субчастицами при связывании на нироцеллюлозных фильтрах.
Определение эффективности образования 30SIC методом RelE-принтинга.
Анализ модификации рРНК с помощью реакции обратной транскрипции.
Исследование этапов образования 30SIC методом «stopped flow».
Выводы.Ill
Изучение функциональной роли метилирования G966/C967 16S PPHK Escherichia coli (реферат, курсовая, диплом, контрольная)
Выводы.
1. Метилирование нуклеотидов G966/C967 16S рРНК необходимо для адаптации клеток Escherichia coli к пониженной температуре.
2. Метилирование нуклеотидов G966/C967 16S рРНК повышает стабильность инициаторного комплекса.
3. Метилирование нуклеотидов G966/C967 16S рРНК необходимо для функционирования механизма аттенюации транскрипции.
1. Rodnina, M.V., Wintermeyer, W., Green, R., ribosomes structure, function, and dynamics. 2011. 09: p. 97−111.
2. Julian, P., et al., The Cryo-EM structure of a complete 30S translation initiation complex from Escherichia coll PLoS Biol. 9(7): p. el001095.
3. Allen, G.S., et al., The cryo-EM structure of a translation initiation complex from Escherichia coli. Cell, 2005.121(5): p. 703−12.
4. Vila-Sanjurjo, A., et al., X-ray crystal structures of the WT and a hyper-accurate ribosome from Escherichia coli. Proc Natl Acad Sei USA, 2003.100(15): p. 8682−7.
5. Myasnikov, A.G., et al., Structure-function insights intoprokaryotic and eukaryotic translation initiation. Curr Opin Struct Biol, 2009.19(3): p. 300−9.
6. Meinnel, T., et al., Discrimination by Escherichia coli initiation factor IF3 against initiation on non-canonical codons relies on complementarity rules. J Mol Biol, 1999. 290(4): p. 825−37.
7. Butler, J.S., et al., Escherichia coli protein synthesis initiation factor IF3 controls its own gene expression at the translational level in vivo. J Mol Biol, 1986.192(4): p. 767−80.
8. McCutcheon, J.P., et al., Location of translational initiation factor IF3 on the small ribosomal submit. Proc Natl Acad Sei USA, 1999. 96(8): p. 4301−6.
9. Pioletti, M., et al., Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3. EMBO J, 2001. 20(8): p. 1829−39.
10. Rabl, J., et al., Crystal structure of the eukaryotic 40S ribosomal submit in complex with initiation factor 1. Science. 331(6018): p. 730−6.
11. Yusupova, G., et al., Structural basis for messenger RNA movement on the ribosome. Nature, 2006. 444(7117): p. 391−4.
12. Philippe, C., et al., Ribosomal protein SI 5 from Escherichia coli modulates its own translation by trapping the ribosome on the mRNA initiation loading site. Proc Natl Acad Sei U S A, 1993. 90(10): p. 4394−8.
13. Marzi, S., et al., StructuredmRNAs regulate translation initiation by binding to the platform of the ribosome. Cell, 2007. 130(6): p. 1019−31.
14. Chiaruttini, C., et al., Translational coupling in the Escherichia coli operon encoding translation initiation factor IF3 and ribosomal proteins L20 and L35. Biochimie, 1996. 78(7): p. 555−67.
15. Haentjens-Sitri, J., et al., A competition mechanism regulates the translation of the Escherichia coli operon encoding ribosomal proteins L35 and L20. J Mol Biol, 2008. 375(3): p. 612−25.
16. Torres-Larios, A., et al., Structural basis of translational control by Escherichia coli threonyl tRNA synthetase. Nat Struct Biol, 2002. 9(5): p. 343−7.
17. Jenner, L., et al., Translational operator of mRNA on the ribosome: how repressor proteins exclude ribosome binding. Science, 2005. 308(5718): p. 120−3.
18. Wittmann-Liebold, B. and B. Greuer, The primary structure of protein S5 from the small submit of the Escherichia coli ribosome. FEBS Lett, 1978. 95(1): p. 91−8.
19. Cerretti, D.P., et al., Translational regulation of the spc operon in Escherichia coli. Identification and structural analysis of the target site for S8 repressor protein. J Mol Biol, 1988. 204(2): p. 309−29.
20. Merianos, H.J., J. Wang, and P.B. Moore, The structure of a ribosomal protein S8/spc operon mRNA complex. RNA, 2004. 10(6): p. 954−64.23.