Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Изучение взаимодействий бактериальной РНК-полимеразы с ингибиторами пептидной и непептидной природы

Диссертация: Изучение взаимодействий бактериальной РНК-полимеразы с ингибиторами пептидной и непептидной природы
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Бактериофаги — это модельные организмы, изучение которых заложило основы современной молекулярной генетики и молекулярной биологии. В ходе развития в клетке бактерии-хозяина фаги должны ингибировать экспрессию генов бактерии-хозяина и обеспечить правильный временной контроль экспрессии собственных генов. Контроль экспрессии генов инфицированного хозяина и самого бактериофага осуществляется… Читать ещё >

Содержание

  • Актуальность проблемы
  • Цель работы и задачи исследования
  • Научная новизна и практическая ценность
  • Структура и объем работы
  • 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. 1. Бактериальная РНКП
    • 1. 2. Ингибиторы бактериальной РНКП
      • 1. 2. 1. Рифампицин
      • 1. 2. 2. Сорангицин
      • 1. 2. 3. Миксопиронин, кораллопиронин и рипостатин
      • 1. 2. 4. Стрептолидигин
      • 1. 2. 5. Тагетитоксин
      • 1. 2. 6. Новые ингибиторы бактериальной РНКП
  • Семейство ингибиторов СВК
  • СЕ
  • Липиармицин
    • 1. 3. Микроцины
  • Микроцин
    • 1. 4. Белки-регуляторы транскрипции, кодируемые бактериофагами
      • 1. 4. 1. Белок АвгА бактериофага Т
      • 1. 4. 2. Белок вр2 бактериофага Т
      • 1. 4. 3. Р7 — транскрипционный фактор бактериофага ХрЮ
  • 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 2. 1. Бактериальные штаммы
    • 2. 2. Плазмиды
    • 2. 3. Питательные среды и антибиотики
    • 2. 4. Компетентные клетки и трансформация бактерий
    • 2. 5. Выделение ДНК
    • 2. 6. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
    • 2. 7. Сайт-специфический мутагенез гена mcjA, отбор мутантов и подтверждение мутаций
    • 2. 8. Тест производных микроцина J25 на антибактериальную активность
    • 2. 9. Масс-спектрометрический аиализ производных микроцина J
    • 2. 10. Транскрипция in vitro
    • 2. 11. Тест на ингибирование активности РНКП in vitro производными микроцина J
    • 2. 12. Выделение и очистка микроцина J25 и его производного T15G
    • 2. 13. Сравнение устойчивости производных РНКП к рифампицину и сорангицину
    • 2. 14. Выделение белков gp79 и gp
    • 2. 15. Приготовление лизата фага РЫ
    • 2. 16. Заражение клеток Е. coli 55 бактериофагом РЫ
    • 2. 17. Выделение тотальной РНК и реакция удлинения праймера
    • 2. 18. Определение нуклеотидной последовательности ДНК
    • 2. 20. Дот-гибридизация
  • РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
    • 3. 1. СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ МИКРОЦИНА J
      • 3. 1. 1. Получение коллекции производных микроцина J
      • 3. 1. 2. Мутации в гене mcjA, влияющие на продукцию микроцина
      • 3. 1. 3. Мутации в гене mcjA, влияющие на ингибирование РНКП
      • 3. 1. 4. Мутации в гене mcjA, влияющие на ингибирование роста бактерий
    • 3. 2. ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМА ДЕЙСТВИЯ СОРАНГИЦИНА НА БАКТЕРИАЛЬНУЮ РНКП
      • 3. 2. 1. Влияние сорангицина на транскрипцию РНКП Escherichia coli и Thermus aquaticus
      • 3. 2. 2. Анализ перекрестной устойчивости производных РНКП к рифампицину и сорангицину
      • 3. 2. 3. Структура РНКП с сорангицином
      • 3. 2. 4. Механизм ингибирования РНКП сорангицином
      • 3. 2. 5. Конформационная мобильность сорангицина
    • 3. 3. ИЗУЧЕНИЕ РОЛИ БЕЛКОВ GP79 И GP36 ВО ВРЕМЕННОЙ РЕГУЛЯЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ ГЕНОВ БАКТЕРИОФАГА РЫ
      • 3. 3. 1. Белки gp79 и gp36 связываются с РНКП in vitro
      • 3. 3. 2. Gp79 ингибирует абортивную транскрипцию РНКП с а70-фактором
      • 3. 3. 3. Исследование временной экспрессии генов бактериофага Ph
      • 3. 3. 4. ОрЗб-холофермент РНКП узнает промотор бактериофага Phi32 в присутствии gp
      • 3. 3. 5. Промоторы бактериофага Phi32, узнаваемые gp36-PHKn
      • 3. 3. 6. Схема регуляции временной экспрессии генов в ходе инфекции РЫ
  • ВЫВОДЫ
  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

Изучение взаимодействий бактериальной РНК-полимеразы с ингибиторами пептидной и непептидной природы (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Актуальность проблемы.

ДНК-зависимая РНК-полимераза (РНКП) — это центральный фермент транскрипции ДНК. Для бактериальной РНКП детально изучено довольно мало низкомолекулярных ингибиторов. Изучение действия таких' ингибиторов позволит углубить наши представления о механизме действия РНКП, а в перспективе разработать антибактериальные препараты, которые найдутнайдут практическое применение. На сегодняшний день только один ингибитор РНКП, рифампицин, и некоторые его производные нашли применение в медицине, как ключевые компоненты при лечении туберкулеза. Данная работа посвящена изучению трех ингибиторов бактериальной РНКП: микроцина Л5, сорангицина и §-р79. Основной проблемой при терапевтическом использовании рифампицина является быстрое появление мутаций устойчивости к этому антибиотику. Нами было показано, что сорангицин, полиэфирный антибиотик, продуцируемый микобактерией Вогап&ит сеИиЬзит, связывается с РНКП там же, где и рифампицин. Мы продемонстрировали, что благодаря своей конформационнои лабильности сорангицин во многих случаях остается нечувствителен к мутациям в субъединице РНКП, приводящим к устойчивости к рифампицину. Таким образом, возможность конформационной адаптации может быть использована как важный критерий при поиске антибактериальных агентов, действующих на РНКП бактерий.

Несмотря на то, что в последнее время найдено довольно много новых ингибиторов РНКП как синтетических, так и продуцируемых различным организмами, микроцин Д25 представляют особый интерес. Микроцин .125 — это пептид, приобретающий в результате посттрансляционных модификаций необычную структуру: первые 8 аминокислотных остатков микроцина 125 замкнуты лактамной связью в кольцо, в которое продет С-коицевой хвост пептида. То, что в отличие от других известных ингибиторов РНКП, микроцин Л5 кодируется ДНК и синтезируется рибосомами, позволяет применить молекулярно-генетпческие методы для получения самых различных его производных. 5.

Изучение этих производных (мутаитных микроцинов): определение их активностей и установление их структур — позволяет получить новые данные о процессе созревания микроцина, о его действии на РНКП, а также о структуре самого фермента-мишени. В данной работе была получена коллекция точечных мутаций в гене, кодирующем микроцин J25. Полученные мутации приводят ко всем возможным заменам в каждом положении зрелого микроцина J25. Биохимический и микробиологический анализы мутантных микроцинов позволили определить влияние замен аминокислотных остатков на созревание микроцина J25, его способность ингибировать рост чувствительных клеток и способность ингибировать транскрипцию. Оказалось, что, несмотря, на малые размеры и сложную структуру микроцина J25, лишь 30% замен препятствует созреванию зрелого микроцина J25 и его действию на РНКП. В ходе работы были получены производные микроцина J25 с повышенной активностью и расширенным спектром действия. На основании полученных данных возможно получение новых производных микроцина J25 с желаемыми свойствами.

Бактериофаги — это модельные организмы, изучение которых заложило основы современной молекулярной генетики и молекулярной биологии. В ходе развития в клетке бактерии-хозяина фаги должны ингибировать экспрессию генов бактерии-хозяина и обеспечить правильный временной контроль экспрессии собственных генов. Контроль экспрессии генов инфицированного хозяина и самого бактериофага осуществляется с помощью разнообразных факторов, закодированных в геноме бактериофага и действующих на аппарат транскрипции бактерии-хозяина. Таким образом, изучение кодируемых бактериофагами ингибиторов хозяйской РНКП тесно связано с изучением механизмов временной регуляции транскрипции фаговых генов. Данные о таких ингибиторах не только расширяют знания о конкретном бактериофаге, но и открывают новые механизмы регуляции транскрипции у бактерий. На сегодняшний день становится ясно, что генетическое разнообразие бактериофагов, инфицирующих Е. coli, ограничено. Недавно охарактеризованный бактериофаг РЫ32 существенно отличается от всех известных на сегодняшний день фагов Е. coli. На этом основании мы предполагаем, что РЫ32 использует новые и, возможно, уникальные механизмы регуляции экспрессии генов. В третьей части работы было показано двойственное действие белка gp79 фага РЫ32: с одной стороны, это ингибитор хозяйской РНКП, а, с другой, он активирует транскрипцию.

РНКГТ с а-фактором gp36 бактериофага. Эти результаты вместе с полученными данными о временной экспрессии генов РЫ32 и о функции кодируемого РЫ32 о-фактора в транскрипции поздних генов фага позволили предложить общую схему регуляции транскрипции в ходе инфекции РЫ32.

Цель работы и задачи исследования.

Целью данной работы было изучение взаимодействий с бактериальной РНК полимеразой (РНКП) трех ингибиторов этого фермента: микроцина J25, сорангицина и белка gp79 бактериофага РЫ32.

Задачи исследования:

1. Структурно-функциональный анализ микроцина J25 с определением позиций микроцина важных для созревания, для ингибирования РНКП и для входа в бактериальную клетку.

2. Изучение механизма действия сорангицина на бактериальную РНКП.

3. Изучение временной регуляции экспрессии генов бактериофага РЫ32, роли фаговых белков gp79 и gp36 во временной регуляции экспрессии генов фага Phi32 и изучение механизма действия gp79 на РНКП.

Научная новизна и практическая ценность.

В работе была создана коллекция плазмпд, кодирующих все возможные единичные единичныезамены аминокислот микроцинв J25, определены позиции микроцина J25, важные для созревания антибиотика, его транспорта в клетку и ингибирования РНКП. Впервые был обнаружен ряд производных микроцина J25 с повышенной и расширенной антибактериальной активностью, ставших основой для патента (патент США 7,442,762). Результаты показывают, что микроцин J25 и его производные могут быть использованы для разработки новых антибактериальных веществ с повышенной активностью и расширенным спектром действия. Одно из производных микроцина J25, полученное в ходе данной работы, в перспективе может быть использовано как антибактериальный консервант в пищевой промышленности (неопубликованные данные). Микроцин J25 активен против патогенных штамов Salmonella, Shigella и Е. coli, включая 0157: Н7, который наиболее часто вызывает 7 пищевые отравления. Однако, микроцин J25 дикого типа устойчив к протеолитичесим ферме и гам желудка и кишечника и, таким образом, остается антибиотически активным в пищеварительном тракте, что может быть губительно для нормальной микрофлоры кишечника. Было показано, что замена глицина в положении 12 на тирозин не влияет на активность микроцина, но делает его чувствительным к желудочным протеазам. Показан механизм действия и определено место связывания сорангицина с РНКП, продемонстрировано, что сорангицин обладает конформационной подвижностью, позволяющей ему адаптироватся к изменениям РНКП в месте связывания. Эти данные демонстрируют, что принцип конформационной адаптации может быть использован как важный критерий отбора лигандов при поиске антибактериальных агентов, действующих на РНКП. Установлено ингибирующее действие нового небольшого белка gp79 бактериофага РЫ32 на РНКП Е. coli. Данные показывают, что бактериофаги могут быть использованы как источник генов, кодирующих нобые ингибн горы бактериальной РНКП.

Структура и объем работы.

Диссертация изложена настраницах машинописного текста и состоит из следующих.

разделов: введение, обзор литературых данных, материалы и методы, результаты и обсуждение, выводы и список цитируемой литературы.

Список литературы

включает источника. Работа содержит 27 рисунков и 2 таблицы.

1. Создана коллекция плазмид (381 плазмида), производных pTUC202, кодирующих мутантные микроцины с единичными заменами аминокислот.2. Определены позиции микроцина J25, важные для созревания антибиотика, его транспорта в клетку и ингибирования РНКП.

3. Найден ряд производных микроцина J25 с повышенной антибактериальной активностью.4. Показано, что сорангицин связывается с РНКП в том же кармане, что и рифампицйн и ингибирует транскрипцию по тому же механизму.5. Показано, что сорангицин обладает конформационной подвижностью, позволяющей ему адаптироватся к изменениям РНКП в месте связывания.6. Показано, что белок gp79 фага РЫ32 ингибирует ст^^-холофермент РНКП, но активирует холофермент РНКП, содержащий фаговый а-фактор gp36.7. Определен консенсус промоторов, узнаваемых gp36-xoлoфepмeнтoм РНКП, и показано, что эти промоторы относятся к среднему и позднему классам промоторов бактериофага РЫ32.

Показать весь текст

Список литературы

  1. , Е.С., Зографф, Ю.Н., Басс, И.А., Щемякин, М.Ф. (1970) Свободные субъединицы РНКП из нормальных клеток и клеток инфицированных Е. coli. Мол Биол. 4: 435−444.
  2. , О., Северинов, К. (2006) Посттрансляционно-модифицированные микроцины. Генетика. 42: 1−11.
  3. , Н.А., Свердлов, Е.Д., Моисеева, Е. П., Никифоров, В.Г. (1985) Локализация мутации, приводящей к устойчивости РНК-полимеразы Е. coli к антибиотику стрептолидигину, в гене гроВ, кодирующем р-субъединицу фермента. БиооргХим. 11: 132−134.
  4. , Т., Фрич, Э., Сэмбрук, Дж. (1984) Молекулярное клонирование. Москва, «Мир».
  5. , Е.П., Никифоров, В. Г., Бородин, A.M., Данилкович, А.В., Монастырская, Г. С. (1988) Аминокислотные замены в р-субъединице РНК-полимеразы Е. coli компенсирующие вызванные мутациями повреждения rho фактора терминации. БиооргХим. 14:963−964.
  6. Adelman, К., Orsini, G., Kolb, A., Graziani, L., Brody, E.N. (1997) The interaction between the AsiA protein of bacteriophage T4 and the sigma70 subunit of Escherichia coli RNA polymerase. J Biol Chem. 272: 27 435−27 443.
  7. Adelman, K., Yuzenkova, J., La, P.A., Zenkin, N., Lee, J., Lis, J.T. et al. (2004) Molecular mechanism of transcription inhibition by peptide antibiotic Microcin J25. Mol Cell. 14: 753−762.
  8. Andre, E., Bastide, L., Michaux-Charachon, S., Gouby, A., Villain-Guillot, P., Latouche, J., Bouchet, A., Gualtieri, M., Leonetti, J. (2006) Novel synthetic molecules targeting the bacterial RNA polymerase assembly. JAntimicrob Chemother. 57: 245−251.
  9. Artsimovitch, I., Chu, C., Lynch, A.S., Landick, R. (2003) A new class of bacterial RNA polymerase inhibitor affects nucleotide addition. Science. 302: 650−654.
  10. Asensio, C., and Perez-Diaz, .T.C.> (1976) A new family of low molecular weight antibiotics from enterobacteria. Biochem Biophys Res Commun 69: 7−14.
  11. Bar-Nahum, G., Epshtein, V., Ruckenstein, A.E., Rafikov, R., Mustaev, A., Nudler, E. (2005) A ratchet mechanism of transcription elongation and its control. Cell 120: 183 193.
  12. Bayro, M.J., Mukhopadhyay, .T., Swapna, G.V., Huang, J.Y., Ma, L.C., Sineva, E. et al. (2003) Structure of antibacterial peptide microcin J25: a 21-residue lariat protoknot. J Am ChemSoc. 125: 12 382−12 383.
  13. Bellomio, A., Vincent, P.A., de Arcuri, B.F., Farias, R.N., Morero, R.D. (2007) Microcin J25 has a dual and independent mechanism of action in Escherichia coli: RNA polymerase inhibition and increased superoxide production. JBacteriol. 177: 3323−3325.
  14. Blond, A., Peduzzi, J., Goulard, C., Chiuchiolo, M.J., Barthelemy, M., Prigent, Y. et al. (1999) The cyclic structure of microcin J25, a 21-residue peptide antibiotic from Escherichia coli. Eur J Biochem. 259: 747−755.
  15. Braun, V., Patzer, S.I., and Hantke, K. (2002) Ton-dependent colicins and microcins: modular design and evolution. Biochimie. 84: 365−380.
  16. Brussow, H., Hendrix, R.W. (2002) Phage genomics: small is beautiful. Cell. 108: 13−16.
  17. Bryson, V., Szybalski, W. (1952) Microbial Selection. Science. 116: 45−51.
  18. Buchstein, S.R., Hinkle, D.C. (1982) Genetic analysis of two bacterial RNA polymerase mutants that inhibit the growth of bacteriophage T7. Mol Gen Genet. 188: 211−218.
  19. Campbell, E.A., Korzheva, N., Mustaev, A., Murakami, K., Nair, S., Goldfarb, A., Darst, S.A. (2001) Structural mechanism for rifampicin inhibition of bacterial RNA polymerase. Cell. 104: 901−912.
  20. Campbell, E.A., Pavlova, O., Zenkin, N., Leon, F., Irschik, H., Jansen, R., Severinov, K., Darst, S.A. (2005) Structural, functional, and genetic analysis of sorangicin inhibition of bacterial RNA polymerase. EMBOJ. 24: 674−682.
  21. Cormack, B.P., Struhl, K. (1993) Regional codon randomization: defining a TATA-binding protein surface required for RNA polymerase III transcription. Science. 262: 244−248.
  22. Cramer, P., Bushnell, D.A., Kornberg, R.D. (2001) Structural basis of transcription: RNA polymerase II at 2.8 angstrom resolution. Science. 292: 1863−1876.
  23. , S.A. (2001) Bacterial RNA polymerase. Curr Opin Struct Biol. 11: 155−162.
  24. Delgado, M.A., Vincent, P.A., Farias, R.N., and Salomon, R.A. (2005) Yojl of Escherichia coli functions as a microcin J25 efflux pump. J Bacterial. 187: 3465−3470.
  25. DeWyngaert, M.A., Hinkle, D.C. (1979) Bacterial mutants affecting phage T7 DNA replication produce RNA polymerase resistant to inhibition by the T7 gene 2 protein. J Biol Chenu 254: 11 247−11 253.
  26. DeWyngaert, M.A., Hinkle, D.C. (1980) Characterization of the defects in bacteriophage T7 DNA synthesis during growth in the Escherichia coli mutant tsnB. J Virol. 33: 780 788.
  27. Duquesne, S., Destoumieux-Garzon, D., Zirah, S., Goulard, C., Peduzzi, J., Rebuffat, S. (2007) Two enzymes catalyze the maturation of a lasso peptide in Escherichia coli. Chem Biol. 14: 793−803.
  28. , R.H. (2000) RNA polymerase: structural similarities between bacteriaL RNA polymerase and eukaryotic RNA polymerase II. J Mol Biol. 304: 687−698.
  29. Ezekiel, D.H., Hutchins, J.E. (1968) Mutations affecting RNA polymerase associated with rifampicin resistance in Escherichia coli. Nature. 220: 276−277.
  30. Fu, J., Gnatt, A.L., Bushneil, D.A., Jensen, G.J., Thompson, N.E., Burgess, R.R., David, P.R., Kornberg, R.D. (1999) Yeast RNA polymerase II at 5 A resolution. Cell. 98: 799 810.
  31. Jin, D.J., Gross, C.A. (1988) Mapping and sequencing of mutations in the Escherichia coli rpoB gene that lead to rifampicin resistance. J Mol Biol. 202: 45−58.
  32. Gualtieri, M., Villain-Guillot, P., Latouche, J., Leonetti, J.P., Bastide, L. (2006) Mutation in the Bacillus subtilis RNA polymerase beta' subunit confers resistance to lipiarmycin. Antimicrob Agents Chemother. 50: 401−402.
  33. Guilda, N., Gayleb, M., Sweeneyc, R., Hollingswortha, T., Modeera, T., Golda, L. (1988) Transcriptional activation of bacteriophage T4 middle promoters by the motA protein. J Mol Biol. 199: 241−258.
  34. Hesselbach, B.A., Nakada, D. (1975) Inactive complex formation between E. coli RNA polymerase and inhibitor protein purified from T7 phage infected cells. Nature. 258: 354 357.
  35. Hesselbach, B.A., Nakada, D. (1977) «Host shutoff' function of bacteriophage T7: involvement of T7 gene 2 and gene 0.7 in the inactivation of Escherichia coli RNA polymerase. J Virol. 24: 736−745.
  36. Hesselbach, B.A., Nakada, D. (1977 (2)) I protein: bacteriophage T7-coded inhibitor of Escherichia coli RNA polymerase. J Virol. 24: 746−760.
  37. Hesselbach, B.A., Yamada, Y» Nakada, D. (1974) Isolation of an inhibitor protein of E. coli RNA polymerase from T7 phage infected cell. Nature. 252: 71−74.
  38. Heil, A., Zillig, W. (1970) Reconstitution of bacterial DNA-dependent RNA-polymerase from isolated subunits as a tool for the elucidation of the role of the subunits in transcription. FEBSLett. 11: 165−168.
  39. Heisler, L.M., Suzuki, H., Landick, R., Gross, C.A. (1993) Four contiguous amino acids define the target for streptolydigin resistance in the beta subunit of Escherichia coli RNA polymerase. J Biol Chem. 268: 25 369−25 375.
  40. Hochlowski, J.E., Swanson, S.J., Ranfranz, L.M., Whittern, D.N., Buko, A.M., McAlpine, J.B. (1987) Tiacumicins, a novel complex of 18-membered macrolides. II. Isolation and structure determination. JAntibiot. (Tokyo). 40: 575−588.
  41. Irschik, H., Gerth, K., Hofle, G., Kohl, W., Reichenbach, H. (1983) The myxopyronins, new inhibitors of bacterial RNA synthesis from Myxococcus fulvus (Myxobacterales). J Antibiot. (Tokyo). 36: 1651−1658.
  42. Irschik, H., Jansen, R., Hofle, G., Gerth, K., Reichenbach, H. (1985) The corallopyronins, new inhibitors of bacterial RNA synthesis from Myxobacteria. J Antibiot. (Tokyo). 38: 145−152.
  43. Irschik, H., Jansen, R., Gerth, K., Hofle, G., Reichenbach, H. (1987) The sorangicins, novel and powerful inhibitors of eubacterial RNA polymerase isolated from myxobacteria. J Antibiot. (Tokyo). 40: 7−13.
  44. Irschik H, Augustiniak H, Gerth K, Hofle G, Reichenbach H. (1995) The ripostatins, novel inhibitors of eubacterial RNA polymerase isolated from myxobacteria. J Antibiot. (Tokyo). 48: 787−792.
  45. Kulish, D., Lee, J., Lomakin, I., Nowicka, B., Das, A., Darst, S., Normet, K" Bomkhov, S. (2000) The functional role of basic patch, a structural element, of Escherichia coli transcript cleavage factors GreA and GreB. J Biol Chem. 275: 12 789−12 798.
  46. Lambert, L.J., Wei, Y., Schirf, V., Demeler, B., Werner, M.H. (2004) T4 AsiA blocks DNA recognition by remodeling c70 region 4. EMBO J. 23: 2952−2962.
  47. Laptenko, O., Lee, J., Lomakin, I., Borukhov, S. (2003) Transcript cleavage factors GreA and GreB act as transient catalytic components of RNA polymerase. EMBO J. 22: 6322−6234.
  48. LeClerc, J.E., Richardson, C.C. (1979) Gene 2 protein of bacteriophage T7: purification and requirement for packaging of T7 DNA in vitro. Proc Natl Acad Sei USA. 76: 48 524 856.
  49. Liao, Y.D., Kuo, T.T. (1986) Loss of a-factor of RNA polymerase of Xanthomonas campestris pv. oryzae during phage XplO infection. J Biol Chem. 261: 13 714−13 719.
  50. Liao, Y.D., Tu, J., Feng, T.Y., Kuo, T.T. (1986 (2)) Characterization of phage-XplO-coded RNA polymerase. EurJBiochem. 157: 571−577.
  51. Lisitsyn, N.A., Sverdlov, E.D., Moiseyeva, E.P., Danilevskaya, O.N., Nikiforov, V.G. (1984) Mutation to rifampicin resistance at the beginning of the RNA polymerase beta subunit gene in Escherichia coli. Mol Gen Genet. 196: 173−174.
  52. Lopez, F.E., Vincent, P.A., Zenoff, A.M., Salomon, R.A., Farias, R.N. (2007) Efficacy of microcin J25 in biomatrices and in a mouse model of Salmonella infection. J Antimicrob Chemother. 59: 676−680.
  53. Miller, E.S., Kutter, E., Mosig, G., Arisaka, F., Kunisawa, T., Ruger, W. (2003) Bacteriophage T4 genome. Microbiol Mol Biol Rev. 67: 86−156.
  54. Minakhin, L., Camarero, J.A., Holford, M., Parker, C., Muir, T.W., Severinov, K. (2001) Mapping the molecular interface between the c70subunit of E. coli RNA polymerase and T4 AsiA. J Mol Biol. 306: 631−642.
  55. Minakhin, L., Semenova, E., Liu, J., Vasilov, A., Severinova, E., Gabisonia, T., Inman, R., Mushegian, A., Severinov, K. (2005) Genome sequence and gene expression of Bacillus anthracis bacteriophage Fah. J Mol Biol. 354: 1−15.
  56. Mukhopadhyay, J., Sineva, E., Knight, J., Levy, R. M., Ebright, R. H. (2004) Antibacterial peptide microcin J25 inhibits transcription by binding within and obstructing the RNA polymerase secondary channel. Mol Cell. 14: 739−751.
  57. Murakami, K.S., Darst, S.A. (2003) Bacterial RNA polymerases: the wholo story. Curr Opin Struct Biol. 13: 31−39.
  58. Murakami, K.S., Masuda, S., Campbell, E.A., Muzzin, O., Darst, S.A. (2002) Structural basis of transcription initiation: an RNA polymerase holoenzyme-DNA complex. Science. 296: 1285−1290.
  59. Nechaev, S., Severinov, K. (1999) Inhibition of Escherichia coli RNA polymerase by bacteriophage T7 gene 2 protein. J Mol Biol. 289: 815−826.
  60. Nechaev, S., Severinov, K. (2003) Bacteriophage-induced modifications of host RNA polymerase. Annu Rev Microbiol. 57: 301−322.
  61. O’Neill, A., Oliva, B., Storey, C., Hoyle, A., Fishwick, C., Chopra, I. (2000) RNA polymerase inhibitors with activity against rifampin-resistant mutants of Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother. 44: 3163−3166.
  62. Ontell, M.P., Nakada, D. (1980) Rescue of abortive T7 gene 2 mutant phage infection by rifampin. J Virol. 34: 438−445.
  63. Opalka, N. Chlenov, M., Chacon, P., Rice, W.J., Wriggers, W., Darst, S.A. (2003) Structure and function of the transcription elongation factor GreB bound to bacterial RNA polymerase. Cell. 114: 335−345.
  64. Orsini, G., Ouhammouch, M., Le Caer, J.P., Brody, E.N. (1993) The asiA gene of bacteriophage T4 codes for the anti-sigma 70 protein. JBacteriol. 175: 85−93.
  65. Ouhammouch M, Orsini G, Brody EN. (1994) The asiA gene product of bacteriophage T4 is required for middle mode RNA synthesis. J Bacteriol. 176: 3956−3965.
  66. Qimron, U., Kulczyk, A.W., Hamdan, S.M., Tabor, S., Richardson, C.C. (2008) Inadequate inhibition of host RNA polymerase restricts T7 bacteriophage growth on hosts overexpressing udk. Mol Microbiol. 67: 448−457. <
  67. Qimron, U., Marintcheva, B., Tabor, S., Richardson, C.C. (2006) Genomewide screens lor Escherichia coli genes affecting growth of T7 bacteriophage. Proc Natl Acad Sci U S A. 103: 19 039−19 044.
  68. Rintoul, M.R., de Arcuri, B.F., Salomon, R.A., Farias, R.N., and Morero, R.D. (2001) The antibacterial action of microcin J25: evidence for disruption of cytoplasmic membrane energization in Salmonella newport. FEMS Microbiol Lett. 204: 265−270.
  69. Rommele, G., Wirz, G., Solf, R., Vosbeck, K., Gruner, J., Wehrli, W. (1990) Resistance of Escherichia coli to rifampicin and sorangicin A-a comparison. J Antibiot. (Tokyo). 43: 88−91.
  70. Rosengren, K.J., Blond, A., Afonso, C., Tabet, J.C., Rebuffat, S., Craik, D.J. (2004) Structure of thermolysin cleaved microcin J25: extreme stability of a two-chain antimicrobial peptide devoid of covalent links. Biochemistiy. 43: 4696−4702.
  71. Rosengren, K.J., Clark, R.J., Daly, N.L., Goransson, U., Jones, A., and Craik, D.J. (2003) Microcin J25 has a threaded sidechain-to-backbone ring structure and not a head-to-tail cyclized backbone. J Am Chem Soc. 125: 12 464−12 474.
  72. Salomon, R.A., and Farias, R.N. (1992) Microcin 25, a novel antimicrobial peptide pioduced by Escherichia coli. JBacteriol. 174: 7428−7435.
  73. Salomon, R.A., and Farias, R.N. (1993) The FhuA protein is involved in microcin 25 uptake. J Bacterial. 175: 7741−7742.
  74. Sarubbi, E., Monti, F., Corti, E., Miele, A., Selva, E. (2004) Mode of action of the microbial metabolite GE23077, a novel potent and selective inhibitor of bacterial RNA polymerase. EurJBiochem. 271: 3146−3154.
  75. , R. (1969) Isolation and characterization of streptolydigin resistant RNA polymerase. Nature. 223: 1068−1069.
  76. , P. (1983) History of the development of rifampin. Rev Infect Dis. 5: S402−406.
  77. Severinov, K., Muir, T.W. (1998) Expressed protein ligation, a novel method for studying protein-protein interactions in transcription. J Biol Chem. 273: 16 205−16 209.
  78. Severinov, K., Soushko, M., Goldfarb, A., Nikiforov, V. (1993) Rifampicin region revisited. New rifampicin-resistant and streptolydigin-resistant mutants in the beta subunit of Escherichia coli RNA polymerase. J Biol Chem. 268: 14 820−14 825.
  79. Severinov, K., Soushko, M., Goldfarb, A., Nikiforov, V. (1994) Rif* mutations in the beginning of the Escherichia coli rpoB gene. Mol Gen Genet. 244: 120−126.
  80. Severinova, E., Severinov, K., Fenyo, D., Marr, M., Brody, E.N., Roberts, J.W., Chait, B.T., Darst, S.A. (1996) Domain organization of the Escherichia coli RNA polymerase a70subunit. J Mo I Biol. 263: 637−647.
  81. Severinova, E., Severinov, K., Darst, S.A. (1998) Inhibition of Escherichia coli RNA polymerase by bacteriophage T4 AsiA. JMol Biol. 279: 9−18.
  82. Shanblatt, S.H., Nakada, D. (1982) Escherichia coli mutant which restricts T7 bacteriophage has an altered RNA polymerase. J Virol. 42: 1123−1126.
  83. Siddhikol, C., Erbstoeszer, J.W., Weisblum, B. (1969) Mode of action of streptolydigin. J Bacteriol. 99: 151−155.
  84. Solbiati, J.O., Ciaccio, M., Farias, R.N., and Salomon, R.A. (1996) Genetic analysis of plasmid determinants for microcin J25 production and immunity. J Bacteriol. 178: 36 613 663.
  85. Solbiati, J.O., Ciaccio, M., Farias, R.N., Gonzalez-Pastor, J.E., Moreno, F., and Salomon, R.A. (1999) Sequence analysis of the four plasmid genes required to produce the circular peptide antibiotic microcin J25. J Bacteriol. 181: 2659−2662.
  86. Sosunov, V., Sosunova, E., Mustaev, A., Bass, I., Nikiforov, V., Goldfarb, A. (2003). Unified two-metal mechanism of RNA synthesis and degradation by RNA polymerase. EMBOJ. 22: 2234−2244.
  87. Sosunova E, Sosunov V, Kozlov M, Nikiforov V, Goldfarb A, Mustaev A. (2003) Donation of catalytic residues to RNA polymerase active center by transcription factor Gr c. Proc Natl Acad Sci USA. 100: 15 469−15 474.
  88. , A. (1972) New small polypeptides associated with DNA-dependent RNA polymerase of Escherichia coli after infection with bacteriophage T4. Proc Natl Acad Sci USA. 69: 603−607.
  89. Vassylyev, D.G., Svetlov, V., Vassylyeva, M.N., Perederina, A., Igarashi, N., Matsugaki, N., Wakatsuki, S., Artsimovitch, I. (2005) Structural basis for transcription inhibition by tagetitoxin. Nat Struct Mol Biol. 12: 1086−1093.
  90. Vassylyev, D.G., Vassylyeva, M.N., Zhang, J., Palangat, M., Artsimovitch, I., Landick, R. (2007) Structural basis for substrate loading in bacterial RNA polymerase. Nature. 448: 163−168.
  91. Vincent, P.A., Bellomio, A., de Arcuri, B.F., Farias, R.N., and Morero, R.D. (2005) MccJ25 C-terminal is involved in RNA-polymerase inhibition but not in respiration inhibition. Biochem Biophys Res Commun. 331: 549−551.
  92. Vogel, U., Jensen, K.F. (1994) The RNA chain elongation rate in Escherichia coli depends on the growth rate. JBacteriol. 176: 2807−2813.
  93. Wichelhaus, T., Schafer, V., Brade, V., Boddinghaus, B. (2001) Differential effect of rpoB mutations on antibacterial activities of rifampicin and KRM-1648 against Staphylococcus aureus. JAntimicrob Chemother. 47: 153−156.
  94. Wilson, K.A., Kalkum, M., Ottesen, J., Yuzenkova, J., Chait, B.T., Landick, R. et al. (2003) Structure of microcin J25, a peptide inhibitor of bacterial RNA polymerase, is a lassoed tail. JAmChemSoc. 125: 12 475−12 483.
  95. Yang, X., Price, C.W. (1995) Streptolydigin resistance can be conferred by alterations to either the beta or beta' subunits of Bacillus subtilis RNA polymerase. J Biol Chem. 270:23 930−23 933.
  96. Yamada, Y., Silnutzer. J., Nakada, D. (1979) Accumulation of bacteriophage T7 head-related particles in an Escherichia coli mutant. J Virol. 31: 209−219.
  97. Yuan, A.H., Nickels, B.E., Hochschild, A. (2009) The bacteriophage T4 AsiA protein contacts the {beta}-flap domain of RNA polymerase. Proc Natl Acad Sei USA. Принято в печать.
  98. Yuzenkova, J., Nechaev, S., Berlin, J., Rogulja, D., Kuznedelov, K., Innian, R., Mushegian, A., Severinov, K. (2003) Genome of Xanthomonas oryzae bacteriophage XplO: an odd T-odd phage. J Mol Biol. 330: 735−748.
  99. Yuzenkova, Y., Zenkin, N., Severinov, K. (2008) Mapping of RNA polymerase residues that interact with bacteriophage XplO transcription antitermination factor p7. J Mol Biol. 375: 29−35.
Заполнить форму текущей работой

На отлично!