Диплом, курсовая, контрольная работа
Помощь в написании студенческих работ

Механизмы фотоиндуцированных реакций n-нитрозамещенных арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации белков

Диссертация: Механизмы фотоиндуцированных реакций n-нитрозамещенных арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации белков
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Несмотря на большое количество времени, прошедшее с начала использования фотоаффинных реагентов на основе ароматических азидов, значительная часть вопросов, связанных с особенностями превращения арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации до настоящего времени остается без ответов. Некоторые экспериментальные факты свидетельствуют о том, что в ряде случаев в модификации белков… Читать ещё >

Содержание

  • СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
  • ГЛАВА 1. Проблемы в фотоаффинной модификации биополимеров при использовании ароматических азидов в качестве функциональных групп аффинных реагентов (обзор литературы)
    • 1. 1. Фотоаффинная модификация, и ее место в ряду других методов исследования надмолекулярных комплексов. Типы фотоактивируемых групп. Задача обзора
    • 1. 2. Проблемы, возникающие при интерпретации результатов 10 экспериментов по фотоаффинной модификации биополимеров
      • 1. 2. 1. Фотоактивируемые реагенты, содержащие азидогруппу в 14 гетероциклическом основании
      • 1. 2. 2. Фотоактивируемые реагенты на основе ароматических азидов
        • 1. 2. 2. 1. и-Нитрозамещённые арилазиды
        • 1. 2. 2. 2. Прочие арилазиды

Механизмы фотоиндуцированных реакций n-нитрозамещенных арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации белков (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Огромная роль химических методов в изучении белков, нуклеиновых кислот и их комплексов, в том числе, систем матричного биосинтеза, общеизвестна и бесспорна. [2−5]. Особенно привлекательны в этом аспекте фотохимические методы, поскольку фотохимическое превращение можно осуществить за доли секунд, а именно в этом временном диапазоне происходят многие биологические события [4−6]. Кроме того, использование фотореагентов в сочетании с техникой быстрого смешивания компонентов исследуемой системы и последующего импульсного облучения открывает перспективу для изучения динамики функционирования надмолекулярных структур.

Несмотря на большое количество времени, прошедшее с начала использования фотоаффинных реагентов на основе ароматических азидов [7], значительная часть вопросов, связанных с особенностями превращения арилазидов в условиях проведения фотоаффинной модификации до настоящего времени остается без ответов. Некоторые экспериментальные факты [8,9] свидетельствуют о том, что в ряде случаев в модификации белков принимают участие частицы, время жизни которых значительно превосходит время жизни первичных продуктов фотолиза (арилнитренов или их продуктов внутримолекулярного превращения, таких, как азиридин и азациклогептатетраен [10]). Таким образом, отсутствие достаточной информации о механизме фотовзаимодействия арилазидов с функциональными группами биополимеров и о природе образующихся аддуктов затрудняет интерпретацию результатов фотоаффинной модификации биополимеров.

Целью настоящей работы являлось установление механизма фотоаффинной модификации белков при использовании фотореагентов на основе «-нитрозамещённых арилазидов. Наличие у этих реагентов в параположении к азидогруппе такого хромофора как нитрогруппа делает их перспективными в плане использования для исследования нуклеопротеидных комплексов. Это обусловлено тем, что нитрогруппа вызывает сдвиг максимума поглощения в длинноволновую область (например, у и-нитрофениазида Хтах = 313 нм, а у фенилазида — Хтах = 254 нм). Это позволяет, с одной стороны, эффективно активировать такие арилазиды светом с X > 300 нм, где не происходит фото деградации молекул биополимеров, и, с другой стороны, облегчает детекцию при выделении модифицированного материала. Но, несмотря на широкое применение л-нитрозамещённых арилазидов, информация о механизме их фотовзаимодействия с биополимерами в условиях фотоаффинной модификации последних до сих пор отсутствует, и все рассуждения базируются на результатах фотолиза арилазидов в органических средах.

Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1) изучить природу реакционно-способных частиц, принимающих участие в модификации белков;

2) установить структуру продуктов фотовзаимодействия 5-азидо-2-нитробензоильного остатка с функциональными группами белков.

Как изучение природы реакционно-способных частиц, так и установление структуры продуктов фотовзаимодействия является нетривиальной задачей по двум причинам. Во первых, константы ассоциации многих исследуемых ферментов не велики: 106 — 107 М'1. В силу этого, фотоаффинная метка реагирует с большим числом функциональных групп биополимера, что, в совокупности с уже обсуждённой неустойчивостью образующегося аддукта, делает невозможным накопление такого количества модифицированного материала, которое можно исследовать информативными физико-химическими методами. Во вторых, продукты фотомодификации биополимеров имеют олигомерную структуру, что затрудняет применение многих информативных физико-химических методов, таких как ЯМР и масс-спектроскопия. В этом смысле, для решения поставленных нами задач целесообразно использование двух моделей, предложенных ранее [11,12]:

1) комплекс между белком стрептавидином и биотином, содержащим фотореакционноспособную группу, присоединённую к остатку валериановой кислоты через линкер определённой длины. (Ка = 1014 М'1) [13].

2) модельная структура, в составе которой находятся исследуемый арилазидный остаток и группа, имитирующая аминокислотный боковой радикалэти две группы соединены через аминоспейсер определённой длины таким образом, что они находятся в условиях сближения аналогичных таковым при проведении фотоаффинной модификации белка.

выводы.

I. В условиях проведения фотоаффинной модификации белков исследован механизм фотохимического превращения л-нитрозамещенных арилазидных реагентов. Впервые показано:

1) облучение л-нитрофенилазида, АГ-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,3-диаминопропанафункциональных фрагментов фотоаффинных реагентов — в водных растворах приводит к образованию л-нитрозамещенных iV-арилгидроксиламинов;

2) предшественником ароматических нитрозо-, амино-, азоксисоединений в водных растворах является iV-замещенный арилгидроксиламин, а не триплетный нитрен, как считали ранеенитрозои аминосоединения образуются при диспропорционировании N-арилгидроксиламинаазоксисоединение является продуктом конденсации исходного N-арилгидроксиламина с образующимся в процессе его окисления нитрозосоединением;

3) «темновые» процессы в фотоаффинной модификации белков при использовании п-нитрозамещенных арилазидных реагентов обусловлены образованием в ходе облучения арилазидогруппы реакционноспособного ароматичекого нитрозосоединения.

II. Для изучения фотоиндуцированного взаимодействия л-нитрозамещенных арилазидных реагентов с функциональными группами аминокислот синтезированы две модельные, системы, обеспечивающие сближение реакционных центров: а) комплекс стрептавидин*фотоаналог биотинаб) соединения, в которых аминокислотный остаток сближен при помощи линкера с г арилазидной группой на расстояние, сопоставимое с расстоянием между реагирующими группами при фотоаффинной модификации белка.

С помощью их обнаружено:

1) образование нестабильного ковалентного аддукта сульфиминовой природы, в случае модификации соединений, имитирующих остаток метионинав водных растворах этот продукт модификации гидролизуется с образованием производного сульфоксида;

2) превращение арилазидного реагента в амино-, нитро-, и азоксисоединения в присутствии функциональных групп лизина и гистидина;

3) образование производного кинуренина, в случае модификации остатка триптофанапредложен механизм его образования на стадии «темновых» реакций.

1.4.

Заключение

.

На сегодняшний день достаточно большое число работ демонстрирует, что фотоаффинная модификация биополимеров далеко не всегда обуславливается участием только триплетных или синглетных арилнитренов в качестве модифицирующих частиц. Условия проведения фотоаффинного мечения (присутствие молекул воды и кислорода, компоненты буфера) безусловно влияют на природу активных частиц, образующихся при облучении фотоаффинных реагентов, несущих арилазидные группы. Возникновение в процессе фотоаффинной модификации химически активных соединений (азирины, азациклогептатетраены, аминильные радикалы и радикалы амминия, катионы арилнитрения, гидроксиламины, нитрозооксиды, нитрозосоединения, илиды, бензохинонмонои диимины) может привести к «темновым» процессам. Это создает проблему при интерпретации данных по фотоаффинной модификации. Анализ литературных данных по химическим реакциям различных химических соединений, образующихся из арилнитренов, позволяет не только оценить вклад в модификацию биополимера тем или иным долгоживущим интермедиатом, но и способствует более грамотному подходу при выборе оптимальной функциональной группы для конструирования реагентов, а также условий проведения фотоаффинной модификации и условий выделения модифицированных биополимеров с целью последующего анализа их физико-химическими методами исследования.

ГЛАВА 2. Результаты и их обсуждение.

2.1. Долгоживущие интермедиаты ответственные за «темновые» процессы, протекающие при фотоаффинной модификации белков реагентами на основе 5-азидо-2-нитробензойной кислоты.

Несмотря на то, что в классической арилазидной химии яя/?я-нитрозамещённые арилазиды считаются источником триплетных арилнитренов, о природе модифицирующей частицы в случае их использования нельзя судить однозначно. Исследование механизма фотовзаимодействия реагентов на основе 5-азидо-2-нитробензойной кислоты с функциональными группами белков имеет фундаментальное значение для интерпретации результатов исследований биополимеров методом фотоаффинной модификации. Успех в решении данной задачи будет во многом определяться правильным выбором в качестве объекта исследования модельной системы — белок. фотоактивируемый лиганд.

Константы связывания многих ферментов с аналогами субстратов находятся в области 105 — 107 М'1, что может обусловить образование в процессе облучения аддукта между белком и фотореагентом вне активного центра фермента и привести к широкому распределению продуктов фотоаффинной модификации. Авторы работы [48] считают, что высокая степень модификации может получиться только в том случае, если время жизни комплекса фермент*лиганд больше времени жизни активной — частицы, осуществляющей модификацию. Кроме того, как считают авторы [35], если фотоаффинный лиганд встраивается в активный центр ошибочным образом, то он может иметь большее разнообразие мишеней, чем лиганд, связывающийся правильно. Большое количество различных модифицированных мишеней может усложнить накопление такого количества каждой, которое позволит исследовать структуру продукта фотомодификации информативными физико-химическими методами. Для решения проблемы установления структуры продуктов фотомодификации аминокислотных остатков, авторами работы [11] был предложен комплекс стрептавидин*фотобиотин, где фотобиотин представляет собой арилазидную группу, соединённую с остатком валериановой кислоты биотина через диаминобутановый спейсер (88) (рис. 3). Выбор в качестве объекта исследования стрептавидин. биотиновой системы обусловлен большим сродством компонентов данного комплекса друг к другу (Кя = 1014 М'1) [13], что позволяет ограничить область модификации функциональных групп белков в пределах участка связывания лиганда и накопить достаточное количество продукта модификации аминокислотного остатка для физикохимического анализа. Авторами [11] было установлено, что мишенью фотомодификации является остаток Туг-54, входящий в связывающий центр белка. О.

HN NH О.

02N.

4S< ^(СН2)4-С—NH (CH2)4NH—.

Рис 3. Фотоаналог биотина.

С использованием стрептавидин*биотиновой системы нами были исследованы «темновые» реакции функциональных групп белка с продуктами фотолиза аналогов биотина, несущих 5-азидо-2-нитробензоильную группу, присоединённую к остатку биотина через 1,2-диаминоэтановый или 1,3-диаминопропановый линкер.

2.1.1. Синтез Л^-(5-азидо-2-нитробензоил)-]У,-((1-биотинил)-1,2-диаминоэтана (89) и 7У-(5-азидо-2-нитробензоил)-/У'-({1-биотинил)-1,3-диаминопропана (90).

Фотоаналоги биотина (89) и (90) были сконструированы путём ацилирования первичной аминогруппы Аг-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,2-диаминоэтана и ,/У-(5-азидо-2-нитробензоил)-1,3-диаминопропана с помощью 2-нитро-4-сульфофенилового эфира биотина (схема 36), очищены с помощью ОФХ и охарактеризованы с помощью физико-химических методов. о х.

HN NH ch2-ch2-ch2-ch2-c О.

— 0 + R" NH О.

JV.

HN NH.

4″ О.

II ^^.

Га.

R-NH-C-CK2-CH2-CH2-CHr5' S^ 1-е.

10″ 9″ 8″ 7″ 6″ a 6″)3.

R=.

O2N 2.

— CH2-CH2-NH—с.

2' Г О.

02N424.

N3 — ch2-ch2-ch2-NH.

3. 2' 1'.

Схема 36.

Выбор данного активированного эфира биотина основан на хромофорных свойствах 2-нитро-4-сульфофенилового остатка, что может быть использовано для наблюдения за ходом реакции методом ТСХ. Другой особенностью 2-нитро-4-сульфофенола является его хорошая:-растворимость в водных растворах, в то время как растворимость фотоаналогов биотина ограничена. Это позволяет выделить целевой продукт реакции путём его экстрагирования этилацетатом в органическую фракцию. Детали синтеза и физико-химические характеристики приведены в экспериментальной части.

2.1.2. Связывание фотоаналогов биотина и продуктов их фотолиза с лиганд-связывающим центром субьединиц стрептавидина.

Всилу большого сродства биотина по отношению к стрептавидину, оказалось невозможным провести сравнение аффинности биотина и его фотоаналогов обычным путём. Выводы о включении аналогов биотина в активный центр стрептавидина были сделаны на основании данных по взаимодействию стрептавидина с фотобиотином (89) и (90) при разных мольных отношениях компонентов (фотоаналоггстрептавидин = 10:1 и 4:1). После инкубирования смесей в течение 15 мин в темноте, их анализировали методом гель-фильтрации. Идентификация соединений во всех фракциях пиков была сделана путём регистрации поглощения на длинах волн 320 нм и 280 нм. Выбор соответствующих длин волн был сделан с учетом спектральных характеристик фотоаналогов биотина (А.тах = 320 нм).

71 и белка (Ятах — 280 нм). Было обнаружено, что фотоаналоги биотина полностью связываются со стрептавидином при мольном отношении 4:1. Чтобы доказать, что фотоаналоги (89) и (90) связываются в том же центре субъединицы стрептавидина, что и природный лиганд, была проверена способность фотоаналогов связываться с природным комплексом стрептавидин.биотин. После добавления фотобиотина (89) или (90) к природному комплексу (мольное отношение фотоаналога к комплексу было 4:1), смесь анализировали методом гель-хроматографии. Было обнаружено, что фотоаналоги биотина не связываются со стрептавидином, в котором связывающий центр каждой субъединицы уже занят биотином (хроматографические профили не приводятся). На основании результатов двух серии экспериментов, можно сделать вывод, что фотоаналоги взаимодействуют с биотин-связывающим центром субъединиц стрептавидина.

Прежде чем исследовать «темновые» реакции функциональных групп белка с продуктами фотолиза аналогов биотина, предварительно была изучена способность долгоживущих интермедиатов, образующихся в процессе облучения (89) и (90), связываться с биотин-связывающим центром субъединиц стрептавидина. Для этого каждый из фотореагентов (89) и (90) был облучён и добавлен к ферменту в разных молярных соотношениях. Детали этого эксперимента описаны в соответствующей части раздела «Экспериментальная часть». На рис. 4 приведены профили ионообменной хроматографии— инкубированных смесей предоблучённых фотолигандов со стрептавидином.

Рис. 4. Профиль аналитической ионообменной хроматографии комплекса стрептавидин.

•предоблучённый фотоаналог биотина (89) при молярном соотношении реагента к стрептавидину 4:1 (а) или 10:1 (б) и реакционной смеси, полученной при добавлении предоблучённого соединения (89) к комплексу стрептавидин-биотин (1:4) при молярном отношении (89):комплекс равном 4:1 ©. Детекция проводилась при 360 нм (—) и 280 нм (—).

Время удерживания, мин.

При соотношении предоблучённый лиганд (89):субъединица стрептавидина равном 1:1 наблюдается единственный пик, соответствующий стрептавидину, содержащему продукт облучения фотореагента (пик 2), о чём свидетельствует поглощение при X — 360 нм (Рис. 4 (а)). При избытке фотореагента (89) (соотношение предоблучённый лиганд (89):субъединица стрептавидина равном 2:1 (Рис. 4 (б)) несвязанный префотолизованный лиганд элюируется отдельным пиком при 0.046 М NaCl (пик 1), а стрептавидин, содержащий предоблучённый фотореагент, элюируется в 0.11 M NaCl (пик 2). Результат, полученный с использованием, фотобиотина (90) аналогичен результату приведённому выше для (89), (данные ИОХ не приведены).

Для того. чтобы доказать, что предоблучённые фотоаналоги (89) и (90) связываются с тем же самым сайтом, что и природный биотин, мы исследовали способность продуктов фотолиза взаимодействовать со стрептавидин. биотиновым комплексом. Детали эксперимента приведены в разделе 2, профиль ИОХ приведён на рис. 4 ©. Времена удерживания на аниообменной смоле предоблученного лиганда и стрептавидин. биотинового комплекса сохраняются • (сравнение рис. 4 (б) и 4 (с)). Однако в последнем случае пик, соответствующий белковой фракции, не обладает поглощением при А. = 360 нм. Это может быть объяснено тем, что предоблучённый фотолиганд не может быть включён в связывающий сайт стрептавидина, так как он уже занят биотином.

2.1.3. Фотовзаимодействие и вторичные реакции фотоактивируемых аналогов биотина (89) и (90) с активным центром стрептавидина.

Сущность органических фотохимических реакций состоит в активации системы поглощенным квантом света. Химические процессы, которые следуют за поглощением света, представляют огромный интерес для полного понимания механизма фотоаффинной модификации. Принимая во внимание результаты исследований [9], можно было ожидать, что в результате первичных фотохимических процессов образуются долгоживущие интермедиаты, ответственные за протекание вторичных («темновых») реакций с функциональными группами белков.

Для исследования возможности участия в модификации долгоживущих интермедиатов, генерируемых при облучении реагентов, несущих 5-азидо-2-нитробензойную группу, были поставлены эксперименты по аффинной модификации стрептавидина с использованием фотоактивируемых аналогов биотина (89) и (90) (реакционные смеси I) и продуктов их фотолитического разложения (реакционные смеси II). Используемое мольное отношение лиганд/белок составляло 4:1 (согласно пункту 2.1.2.). Модифицированный стрептавидин был подвергнут ферментативному гидролизу протеиназой К и пептиды выделены из гидролизатов с помощью обращенно-фазовой ВЭЖХ. Пептиды, модифицированные остатком фотобиотина, идентифицировали по поглощению на 360 нм. Детали экспериментов описаны в главе «Экспериментальная часть».

В таблице 3 приведены данные хроматографического разделения протеиназного гидролизата стрептавидина, модифицированного фотобиотином (89) при различных условиях проведения реакции. Видно, что, как в случае реакционной смеси с облучённым комплексом стрептавидин. фотобиотин (89) (реакционная смесь I), так и при модификации стрептавидина продуктами фотолитического разложения (89) (реакционная смесь II), образуются модифицированные пептиды, время удерживания которых на смоле с обращенной фазой одинаково (фракция 3). В случае модификации стрептавидина продуктами фотолитического разложения с повторным облучением реакционной смеси (реакционная смесь III) наблюдается появление модифицированных пептидов, отсутствующих в случае реакционных смесей I и II (фракция 4). Это может указывать либо на образование в ходе облучения фоточувствительных интермедиатов, модифицирующих белок после дополнительного облучения, либо на образование фоточувствительного ковалентного аддукта.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Правила для авторов. // Изв. АН, Сер. Хим. 2001. Т. 1.С. 156−167.
  2. Д.Г., Кудряшова Н. В., Лаврик О. И. Химический подход к изучению матричного биосинтеза: основные проблемы и изучение транскрипции. // Успехи химии. 1997. Т. 66. С. 346−373.
  3. Д.Г., Кудряшова Н. В., Лаврик О. И. Химические подходы к изучению матричного биосинтеза: исследование’репликации и обратной транскрипции: И Успехи химии. 1998. Т. 67. С. 486−502.
  4. Knorre D.G., Godovikova T.S. Photoaffinity labeling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes. // FEBSLetters. 1998. V. 433. P. 9−14.
  5. Fleming S.A. Chemical reagents in photoaffinity labeling. // Tetrahedron. V. 51. P. 1 247 912 520.
  6. Bayley H., Staros J.V. Photoaffinity labeling and related techniques. // Azides and nitrenes. 1984. P. 433490.
  7. Fleet G.V.J., Porter R.R., Knowles J.R. Affinity labelling of antibodies with aryl nitrene as reactive group. II Nature. 1969. V. 224. P. 511−512.
  8. Wower J., Aymie M., Hixson S.S., Zimmermann R.A. Photochemical labeling of bovine pancreatic ribonuclease A with 8-azidoadenosine 3', 5'-bisphosphate. // Biochemistry: 1989. .V- 28. P. 1563−1567.
  9. Meisenheimer K.M., Koch Т.Н. Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins. // Crit. Rev. Biochem. Mol- Biol. 1997. V. 32. P. 101−140.
  10. Green N.M. Avidin. II Adv. Protein. Chem. 1975. V. 29. 85−133.
  11. M.A., Кнорре Д. Г., Лаврик О. И. у-Производные нуклеозид-5'-трифосфатов и нуклкознд-5'-триметафосфаты новые реагенты для изучения активных центров ферментов и белковых факторов. // Успехи биол. химии. 1986. Т. 27. С. 30−32.
  12. Lavrik O.I., Prasad R., Sobol R.W., Horton J.K., Ackerman E.J., Wilson S.H. Photoaffinity labeling of mouse fibroblast enzymes by a base excision repair intermediate. И J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 25 541−25 548.
  13. Doronin S.V., Dobrikov M.I., Lavrik O.I. Photoaffinity labeling of DNA polymerase a DNA primase complex based on the catalytic competence of a dNTP reactive analog. // FEBS Lett. 1992. V. 313. P. 31−33.
  14. Catalano C.E., Allen D.J., Benkovic S.J. Interaction of Escherichia coli DNA polymerase I with azidoDNA and fluorescent DNA probes: identification of protein-DNA contacts. // Biochemistry. 1990. V. 29. P. 3612−3621.
  15. Graifer D., Molotkov М., Eremina A., Ven’yaminova A., Repkova М., Karpova G. The central part of the 5.8 S rRNA is differently arranged in programmed and free human ribosomes. // Biochem. J. 2005. V. 387. P. 139−145.
  16. Schwartz I., Ofengand J. Photochemical cross-linking of unmodified acetylvalyl-tRNA to 16S RNA at the ribosomal P site. // Biochemistry. 1978. V. 17. P. 2524−2530.
  17. Н.Д., Горожанкин A.B., Годовикова T.C. Аффинная модификация хроматина фотореакционноспособными олиготимидилата. IIДокл. АН. 1996. Т. 349. С. 822- 825.
  18. Е.Л., Черепанов П. П., Горожанкин А. В., Добриков М. И., Власов В. В., Кобец Н. Д. Взаимодействие фотоактивных производных олиготимидилата с хроматином клеток HeLa. // Биоорган, химия. 1993. Т. 19. С. 889−893.
  19. Tate J .J., Persinger J., Bartholomew B. Survey of four different photoreactive moieties for DNA photoaffinity labeling of yeast RNA polymerase III transcription complexes. // Nucleic. Acids. Res. 1998. V. 26. P. 1421−1426.
  20. Stackhouse T.M., Meares C.F. Photoaffinity labeling of Escherichia coli RNA polymerase/polyd (A-T). transcription complexes by nascent RNA. // Biochemistry. 1988. V. 27. P. 3038−3045.
  21. Chuan H., Lin J., Wang J.H. 8-Azido-2'-0-dansyl-ATP. A fluorescent photoaffinity reagent for ATP-binding proteins and its application to adenylate kinase. // J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 7981−7988.
  22. Pal P.K., Coleman P. S. Detecting precatalytic conformational changes in Fl-ATPase with 4-benzoyl (benzoyl)-l-amidofluorescein, a novel fluorescent nucleotide site-specific photoaffinity label. H J. Biol. Chem. 1990. V. 265. P. 14 996−15 002.
  23. Persinger J., Bartolomew B. Mapping the contacts of yeast TFIIIB and RNA polymerase III at various distances from the major groove of DNA by DNA photoaffinity labeling. И J. Biol. Chem. 1996. V. 271. P. 33 039−33 046.
  24. Woody Y., Vader C.R., Woody R.W., Haley B.E. Photoaffinity labeling of DNA-dependent RNA polymerase from Escherichia coli with 8-azidoadenosine 5'-triphosphate. 11 Biochemistry. 1984. V. 23. P. 2843−2848.
  25. Galardy R.E., Craig L.C., Jamieson J.D., Printz M.P. Photoaffinity labeling of peptide hormone binding sites. И J. Biol. Chem. 1974. V. 249. P. 3510−3518.
  26. Ahmad I., Rao D.N. Photolabeling of the EcoP15 DNA methyltransferase with S-adenosyl-Z-methionine. // Gene. 1994. V. 142. P. 67−71.
  27. Landers J.P., Piskorska-Pliszczynska J., Zacharewski Т., Bunce N.J., Safe S. Photoaffinity labeling of the nuclear Ah receptor from mouse Hepa lclc7 cells using 2,3,7,8−3H.tetrachlorodibenzo-/?-dioxin. И J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 18 463−18 471.
  28. Pedersen S.E., Cohen J.B. cZ-Tubocurarine binding sites are located at alpha-gamma and alpha-delta subunit interfaces of the nicotinic acetylcholine receptor. UProc. Natl. Acad Sci: USA. 1990 V. 87. P. 2785−2789.
  29. Muhn P., Fahr A., Hucho F. Rapid laser flash photoaffinity labeling of binding sites for a noncompetitive inhibitor of the acetylcholine receptor. // Biochemistry. 1984. V. 23. P. 27 252 730.
  30. Wu Z., Hasan A., Liu Т., Teller D.C., Crabb J.W. Identification of CRALBP ligand interactions by photoaffinity labeling, hydrogen/deuterium exchange, and structural modeling. II J. Biol. Chem. 2004. V. 279. P. 27 357−27 364.
  31. Warner DR, Hoffman JL. Se-(8-azidoadenosyl)75Se.selenomethionine as a photoaffinity label for S-adenosylmethionine binding proteins. И Anal. Biochem. 1991. V. 195. P. 265−268.
  32. Abraham K.I., Modak M.J. Affinity labeling of Escherihia coli DNA polymerase I with thymidine 5'-triphosphate: conditions for optimum labeling, specifity, and identification of the labeling site. II Biochemistry. 1984. V. 23. P. 1176−1182.
  33. Т.С., Березовский М. В., Кнорре Д. Г. Фотоаффинная модификация аминокислотных производных олигонуклеотидов в комплементарном комплексе. // Биоорган, химия. 1995. Т. 21. С. 858−867.
  34. Bayley H., Knowles J.R. Photoaffinity labeling. I I Methods Enzymol. 1977. V. 46. P. 69−114.
  35. Lacapere J.J., Garin J., Trinnaman В., Green N.M. Identification of amino acid residues photolabeled with 8-azidoadenosine 5'-diphosphate in the catalytic site of sarcoplasmic reticulum Ca-ATPase. // Biochemistry. 1993. V. 32. P. 3414−3421.
  36. Грицан Н.П.,. Притчина E.A. Механизм фотолиза ароматических азидов. // Успехи химии. 1992. Т. 61. С. 910−939.
  37. Schuster G.B., Platz M.S. Photochemistry of phenyl azide. // Ad. Photochem. 1992. V. 17. P. 69−143.
  38. Gritsan N.P., Platz M.S. Kinetics and spectroscopy of substituted phenylnitrenes. // Adv. Phys. Org. Chem. 2001. V. 36. P. 255−304.
  39. Patai S. The chemistry of the azido group. L.: Intersci. Publ. 1971.
  40. Simutani M., Nagakura S., Yoshikara K. The primary process of the photochemical formation of 1-nitrenopurene. // Bull. Chem. Soc. Japan. 1976. V. 49. P. 2995−2998.
  41. K.A., Рое R., Leyva E., Soundararajan N., Platz M.S. Exploratory photochemistry of fluorinated aryl azides. Implications for the design of photoaffinity labeling reagents. // Bioconjugate. Chem. 1993. V. 4. P. 172−177.
  42. Borden W.T., Gritsan N.P., Hadad C.M., Karney W.L., Kemnitz C.R., Platz M.S. The interplay of theory and experiment in the study of phenylnitrene. // Acc. Chem. Res. 2000. V. 33: P. 765−771.
  43. Chapmann O.L., Le Roux J.P. l-Aza-l, 2,4,6-cycloheptatetraene. // J. Amer. Chem. Soc. 1978. V. 100. P. 282−285.
  44. Crow W.D., Wentrup C. Termal interconversation of pyridylcarbene and phenylazide. // Tetrahedron Lett. 1968. P. 6149−6142.
  45. Abramovitch R.A., Challand S.R., Scriven E.F.V. On the mechanism of intermolecular aromatic substitution by arylnitrenes. II J. Am. Chem. Soc. 1972. V. 94. P. 1374−1376.
  46. Soundararajan N., Platz M.S. Descriptive photochemistry of polyfluorinated azide derivatives of methyl benzoate. И J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 2034−2044.
  47. Рое R., Schnapp К., Young M.J.T., Grayzar J., Platz M.S. Chemistry and kinetics of singlet (pentafluorophenyl)nitrene. II J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 5054−5067.
  48. Liang T.Y., Schuster G.B. Photochemistry of 3- and 4-nitrophenyl azides: detection and characterization of reactive intermediates. И J. Am. Chem. Soc. 1987. V. 109. P. 7803−7810.
  49. Brinen J.C., Singh B. Electron spin resonance and luminescence studies of the reaction of photochemicaly generated nitrenes with oxygen, phosphorescence of nitrobenzenes. // J. Amer. Chem. Soc: 1971. V. 93. P.6623−6626.
  50. Evans R.K., Haley B.E., Roth D.A. Photoaffmity labeling of a viral induced protein from tobacco. Characterization of nucleotide-binding properties. II J. Biol. Chem. 1985. V. 260. P. 7800−7804.
  51. Woody A.Y., Evans R.K., Woody R.W. Characterization of a photoaffmity analog of UTP, 5-azido-UTP for analysis of the substrate binding site on E. coli RNA polymerase. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1988. V. 150. P. 917−924.
  52. Meffert R., Rathgeber G., Schafer H.J., Dose K. UV-induced cross-linking of Tet repressor to DNA containing tet operator sequences and 8-azidoadenines. // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 6633−6636.
  53. Knight K.L., McEntee K. Covalent modification of the recA protein from Escherichia coli with the photoaffmity label 8-azidoadenosine 5'-triphosphate. I I J. Biol. Chem. 1985. V. 260. P. 867−872.
  54. Haley B.E., Hoffman J.F. Interactions of a photo-affinity ATP analog with cation-stimulated adenosine triphosphatases of human red cell membranes. // Proc.Natl. Acad. S’ci: USA. 1974. V.71.P. 3367−3371.
  55. Borukhov S., Lee J., Goldfarb A. Mapping of a contact for the RNA 3' terminus in the largest subunit of RNA polymerase. II J. Biol. Chem. 1991. V. 266. P. 23 932−23 935.
  56. Knight K.L., McEntee K. Tyrosine 264 in the recA protein from Escherichia coli is the site of modification by the photoaffmity label 8-azidoadenosine 5-triphosphate. // J. Biol. Chem. 1985. V. 260. P. 10 185−10 191.
  57. Е.Д., Царев C.A., Модянов Н. Н., Липкин В. М., Грачев М. А., Зайчиков Е. Ф., Плетнев А. Г. // Фотоаффинная модификация РНК-полимеразы Е. coli в транскрипционном комплексе аналогами субстратов. II Биоорган, химия: 1978. Т. 4. С. 1278−1280.
  58. Hanna M.M., Zhang Y., Reidling J.C., Thomas M.J., Jou J. Synthesis and characterization of a new photocrosslinking CTP analog and its use in photoaffinity labeling E. coli and T7 RNA polymerases. II Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 2073−2079.
  59. Kerwin B.A., Yount R.G. Photolabeling evidence for calcium-induced conformational changes at the ATP binding site of scallop myosin. // Proc. Natl. Acad. Sci. US A. 1993. V. 90. P. 35−39.
  60. Grachev M.A., Zaychikov E.F. Photo-modification studies of the contacts of the 5'-terminus of growing RNA with the subunits of RNA-polymerase. // FEBS Lett. 1981. V. 130. P. 2326.
  61. , В.JI., Мемелова, Л.В., Сколобов, Ю.С., Кочетков, С. Н. Фотоаффинная модификация ДНК-зависимой РНК-полимеразы бактериофага Т7 продуктом полимеразной реакции, содержащим азидопроизводное UTP. И Мол. биология. 2004. Т.38. С. 1059−1066.
  62. Hixon S.S., Hixon S.H. Photochemical labeling of yeast alcohol dehydrogenase with an azide analog of NAD/I Photochem. Photobiol. 1973. V. 18. P. 135−138.
  63. B.B., Максакова Г. А., Фёдорова O.C. Фотомодификация ДНК перфторарилазидопроизводными олигонуклеотида. // Биоорг. хим. 1997. Т.23. С. 266 272.
  64. H.B., Шаманина М. Ю., Годовикова T.C., Ананько Е. А., Ахмадиева Ф. Ф., Ромащенко А. Г. Особенности взаимодействия ДНК-полимеразы IЕ. coli и ее большого фрагмента с у-л-азидоанилидом dTTP. // Биохимия. 1993. Т. 58. С. 224−233.
  65. А.Л. Взаимодействие ДНК-полимераз с dNTP и их фотореакционноспособными аналогами. II Диссертационная работа. 2001. С. 66.
  66. Cartwright I.L., Hutchinson D.W. Azidopolynucleotides as photoaffinity reagents. // Nucleic Acids Res. 1980. V. 8. P. 1675−1691.
  67. Hollemans M., Runswick M.J., Fearnley I.M., Walker J.E. The sites of labeling of the beta-subunit of bovine mitochondrial Fl-ATPase with 8-azido-ATP. И J. Biol. Chem. 1983. V. 258. P. 9307−9312.
  68. А. Химия илидов. Мир, M., 1969. С. 384. Johnson A. Ylid chemistry. Academic Press, New York London, 1966.
  69. Hoppe J., Montecucco C., Friedl P. Labeling of subunit b of the ATP synthase from Escherichia coli with a photoreactive phospholipid analogue. // J. Biol. Chem. 1983. V, 258. P. 2882−2885.
  70. Gibbs B.S., Benkovic S.J. Affinity labeling of the active site and the reactive sulfhydryl associated with activation of rat liver phenylalanine hydroxylase. // Biochemistry.1991. V. 30. P. 6795−6802.
  71. Novak M., Rajagopal S. JV-Aiylnitrenium ions. // Ad. Phys. Org. Chem. 2001. V. 36. P. 167 254.
  72. Alekseyev P. V., Romanova I.V., Shakirov М.М., Godovikova T.S. p-Azidophenyl phosphate is a photoactivatable phosphorylating reagent and p-benzoquinone monoimine precursor. // J. Photocem. Photobiol. B: Biology. 2001. V. 65. P. 39−46.
  73. T.C., Грицан Н. П., Мызина С. Д., Немцева Е. В. // «-Хинондиимин -реакционноспособный промежуточный продукт фотолиза л-азидоанилина в водных растворах. //Докл. АН СССР. 1983. Т. 273. С. 883−887.
  74. Badashkeyeva A.G., Gall T.S., Efimova E.V., Knorre D.G., Lebedev A.V., Mysina S.D. Reactive derivative of adenosine-5 '-triphosphate formed by irradiation of ATP y-p-azidoanilid. И FEBSLett. 1983. V. 155. P. 263−266.
  75. Д.Г., Биченкова E.B., Коваль B.B., Алексеев П. В., Кнорре В. Д., Нордхоф Э., Годовикова Т. С. // Новый подход к изучению взаимодействия аминокислот по их боковым радикалам с арилазидами. // Биоорган, химия. 1998. Т. 24. С. 663−669.
  76. Pougeois R., Lauquin G.J., Vignais P.V. Evidence that 4-azido-2-nitrophenylphosphate binds to the phosphate site on the beta-subunit of Escherichia coli BFl-ATPase. // FEBS Lett. 1983. V. 153. P. 65−70.
  77. Doering W.E., Odum R.A. Ring enlargement in the photolysis of phenyl azide. // Tetrahedron Lett. 1966. V. 22. P. 81−93.
  78. Carroll S.E., Nay В., Scriven E.F.V., Suschitzky H., Thomas D.R. Decomposition of aromatic azides in ethanethiol. // Tetrahedron Lett. 1977. V. 36. P. 3175−3178.
  79. Takeuchi H., Koyama K. J. Photolysis and thermolysis of phenylazide in acetic acid. // Chem. Soc. Chem. Commun. 1981- P. 202−204.
  80. P., Кинцель В., Скрибнер Дж.Д. Рак: эксперименты и гипотезы. Мир, М., 1977. С. 39−54.
  81. Scribner J.D., Miller J.A., Miller Е.С. Nucleophilic substitution on carcinogenic iV-acetoxy-iV-arylacetamides. II Cancer Res. 1970. V. 30. P.1570−1579.
  82. Miller J.A., Sandin R.B., Miller E.C., Rusch H.P. The carcinogenecity of compounds related to 2-acetylaminofluorene.// Cancer Res. 1955. V. 15. P. 188−198.
  83. Novak M., Pelecanou M., Zemis J.N. Detection of jV-acetyl-p-benzoquinone imine produced during the hydrolysis of the model phenacetin metabolite Ar-(pivaloyloxy)phenacetin. // J. Med. Chem. 1986 V. 29. P. 1424−1429.
  84. Doerge D.R., Corbett M.D. Primary arylamine oxidation by a flavinhydroperoxyde. // Biochem. Pharmacol. 1984. V. 33. P: 3615−3619.
  85. Leskovac V., Svircevic J., Trivic S., Popovic M., Radulovic M. Reduction of aryl-nitroso compounds by pyridine and flavin coenzymes. // Int. J. Biochem. 1989. V. 21. P. 825−34.
  86. Kuwada M., Horie S., Ogura Y. Studies on the enzymatic reduction of C-nitroso compounds. II. Multiple forms of liver C-nitrosoreductase and identity with alcohol dehydrogenaze. H J. Biochem. 1980. V. 88. P. 859−869.
  87. Kyrby G.B. Electrophilic C-Nitroso-compounds. // Chem. Soc. Rev. 1977. P. 1−24.
  88. Химия нитро- и нитрозогрупп Т. 1. (под ред. Фойера Г.) Мир, М., 1973. С. 189−191: The chemistry of the nitro and nitroso groups. (Ed. Feuer H.) Interscience Publishers, New York London — Sydney — Toronto, 1969.
  89. Химия нитро- и нитрозогрупп Т. 2. (под ред. Фойера Г.) Мир, М., 1973. С. 630. The chemistry of the nitro and nitroso groups. (Ed. Feuer H.) Interscience Publishers, New York -London Sydney — Toronto, 1969.
  90. Ogata B.Y., Tsuchida M., Takagi Y. Kinetics of the condensation of anilines with nitrosobenzenes to form azobenzenes. // J. Am. Chem. Soc. 1958. V. 80. P. 3591−3595.
  91. Wu Y.M., Ho L.Y., Cheng C.H. (Phenylazo)alkanes from reaction of nitrosobenzene with alkylamines. II J. Org. Chem. 1985. V. 50. P. 392−394.
  92. Saito K., Kato R. Glutatione conjugation of arylnitroso compound: detection and monitoring labile intermediates in situ inside a fast atom bombardment mass spectrometer. // Biochem. Biophys. Res. Com. 1984. V. 124. P. 1−5.
  93. Albrecht W., Neumann H.G. Biomonitoring of aniline and nitrobenzene/Hemoglobin binding in rats and analysis of adducts. // Arch. Toxicol. 1985. V. 57 P. 1−5.
  94. Hiramoto K., Ojima N., Kikugawa K. DNA single strended breaks by aromatic nitroso compounds in the precence of thiols. II Free Rad. Res. 1997. V. 27. P. 409−418.
  95. Greci L., Sgarabotto P. Reaction products of 2-methylindole with nitrosobenzenes: a reinvestigation. X-ray analysis of 2-(phenyl-iV-oxidoiminomethyl)-3-phenylaminoindole. II J. Chem.Soc. Perkin. Trans. 1984. II. P. 1281−1284.
  96. Страдынь Я: П. Полярография органических нитросоединений. АН Латв. ССР., Рига, 1961.
  97. Irving С.С. Reactivuty of conjugates of hydroxylated arylamines and arylamides. In Biologycal oxidation of nitrogen. (Ed. Gorrod J.W.) Elsevier, North Holland Biochemical Press, 1978. P. 325−334.
  98. Freese E., Freese E.B., Graham S. The oxygen-dependent reaction of hydroxylamine with nucleotides and DNA.// Biochim.Biophys. Acta. 1966. V. 123. P. 17−25.
  99. Heyrowsky M., Vavricka S., Exner O. Charge-transfer interaction in complexes between acids and their anions. //Collection Czechoslov. Chem. Commun. 1972. V. 37. P. 2858−2863.
  100. А. Химия илидов. Мир, M., 1969. С. 381−382. Johnson A. Ylid chemistry. Academic Press, New York London, 1966.
  101. Hayashi Y., Swern D. Generation, reactions and multiplicity of benzoylnitrene. II J. Am. Chem. Soc. 1973. V. 95. P. 5205−5210.
  102. А. Химия илидов. Мир, M., 1969. С. 383. Johnson A. Ylid chemistry. Academic Press, New York London, 1966.
  103. Adams R., Acker D.S. Quinone imides. XXIII. Addition reactions ofp-quinonedibenzimide. H J. Am. Chem. Soc. 1952. V. 74. P. 5872−5880.
  104. Adams R., Schowalter K.A. Quinone imides. X. Addition of amines to p-quinonedibenzenesulfonimide. И J. Am. Chem. Soc. 1952. P. 2597−2602.
  105. Adams R., Elslager E.F. Quinone imides. XXV. Addition of mercaptanes top~ quinonedibenzenesulfonimide. // J. Am. Chem- Soc. 1953. P. 663−666.
  106. К. Растворители в органической химии. Химия, Л., 1973. С. 11−14, 54−65.
  107. Sadtler collection of standard NMR spectra. Philadelphia. PA. 1980.
  108. А., Форд P., Спутник химика. Мир, M., 1976. С. 302. Gordon A., Ford R. The chemist’s companion. A Wiley Intersciens Publication, New York London — Sydney -Toronto, 1972.
  109. P., Басслер Г., Моррил Т. Спектрометрическая идентификация органических соединений. Мир, М., 1977. С. 206.
  110. Химия нитро-и нитрозогрупп Т. 2. (под ред. Фойера Г.) Мир, М., 1973. С. 194. The chemistry of the nitro and nitroso groups. (Ed. Feuer H.) Interscience Publishers, New York -London Sydney — Toronto, 1969.
  111. , Б.Г., Некрасов, Jl.H. Катодное восстановление л-нитроанилина в щелочных средах. // Электрохимия. 1971. Т. 7. С. 1191−1195.
  112. Bencheikh-Sayarh S., Cheminat В., Mousset G., Pouillen P. Reduction electrochimique de composes organiques en presence de tensio-actifs-IV. // Electrochimica Acta. 1984. V. 29. P. 1225−1232.
  113. Seely G.R., Haggy G.A. Photochemistry in geterogenious system: chlorophyl-sensitized reduction ofp-dinitrobenzene by hydrazobenzene. // J. Phys: Chem. 1987. V. 91. P. 440−447.
  114. Calvert J.G., Pitts J.N. Chemical actinometers for determination of ultraviolet light intensities in photochemistry, in Photochemistry. Wiley. New York. 1966. P. 780.
  115. A.A., Серебряный С. Б. Водорастворимые 2-нитро-5-сульфофенильные соединения в пептидном синтезе. И Биоорг. хим. 1979. Т 5: С. 1125−1132.
  116. А., Форд Р., Спутник химика. Мир, М., 1976. С. 437. Gordon A., Ford R. The chemist’s companion. A Wiley Intersciens Publication, New York London — Sydney -Toronto, 1972.
  117. Hewick R.M., Hhunkapiller M.W., Hood L.E., Dreyer W.J. A gas liquid solid phase peptide and protein sequenator.// J. Biol. Chem. 1981. V. 256. P. 7990−7998.
Заполнить форму текущей работой

На отлично!