Разработка специфических маркеров для изучения генетического полиморфизма токсигенных грибов рода Fusarium

Общая характеристика работы. Фузариоз зерна является одним из наиболее опасных заболеваний сельскохозяйственных культур по всему миру, в том числе и в различных природно-географических зонах России (Levitin et al., 2000; Bottalico and Perrone, 2002; Osborn and Stein, 2007). Заражение зерна фузариозом в отдельные годы способно охватывать обширные территории и приобретать характер эпифитотий. Представители рода Fusarium поражают широкий круг сельскохозяйственных растений: ячмень, пшеницу, рожь, овёс, кукурузу, рис и др. По многим аспектам фузариоз представляет собой уникальное заболевание, которое чрезвычайно трудно для изучения. Одна из его характерных особенностей — специфическая этиология — участие в патогенном процессе комплекса различных видов. Следствием заражения являются существенное снижение количества и качества урожая и, как следствие, большой экономический ущерб: так, в США во второй половине 90-х годов XX в суммарные потери, причинённые фузариозом, составили порядка 1.5 млрд. долларов (Nganje et al., 2004). Кроме того, заражение зерна возбудителями фузариоза приводит к накоплению в нём вторичных токсических метаболитов грибов — микотоксинов (фузариотоксинов). Актуальность изучения и выявления токсигенных грибов и продуцируемых ими токсинов признана во всём мире и связана с их чрезвычайно высокой угрозой для здоровья человека и животных (Гагкаева и др., 2011; Nelson et al., 1994; Krnjaja et al., 2011). Примером опасности, которую представляют фузариотоксины, может служить вспышка алиментарно-токсической алейкии (ATA), вызвавшая гибель тысяч людей на Урале и в Поволжье в 40-х годах XX в (Саркисов, 1954). Причиной эпидемии стало потребление в пищу перезимовавшего в поле зерна, зараженного продуцентами фузариотоксинов (Гагкаева и др., 2011). На сегодняшний день подтверждением важности изучения и разработки методов борьбы с токсигенными возбудителями фузариоза злаковых являются принятые Европейским союзом правила, регулирующие методы отбора проб и анализов для обязательного контроля микотоксинов в продуктах питания и кормах (Commission regulation (ЕС) № 856/2005 of 6th June 2005). Существенное внимание проблеме заражённости зерна и его загрязнению микотоксинами уделяют такие организации, как ФАО, ВОЗ, Всемирная экологическая организация (ЮНЕП) и многие другие. Важно также отметить, что помимо токсичных соединений представители рода Fusarium продуцируют целый ряд метаболитов, имеющих важное хозяйственное и медицинское значение. В частности, это циклоспорин (Rodriguez et al., 2006), применяющийся как иммуносупрессор, или гиббереллины (Troncoso et al., 2010) -гормоны, регулирующие рост и процессы развития растений. Всё вышесказанное подчёркивает актуальность изучения разнообразия, физиологии и генетики представителей рода Fusarium как объектов, имеющих важное научное и прикладное значение, и играющих существенную роль в природных сообществах во всех регионах планеты.

Обеспечение контроля качества продуктов питания и сырья, используемого для их изготовления, а также биологическая безопасность в целом требуют постоянного мониторинга зараженности зерна возбудителями фузариоза и разработки эффективных методов борьбы с заболеванием. Эти методы должны быть основаны на интегративных подходах, учитывающих все аспекты заболевания, однако для их применения в первую очередь необходима точная и достоверная идентификация патогенов. Важно также отметить тот факт, что продукция микотоксинов представителями рода Fusarium носит ярко выраженный видоспецифичный характер (Moss and Thrane, 2004; Glenn, 2007), поэтому для оценки спектра токсинов, накопление которых возможно в анализируемой партии зерна, требуется точная информация о видовом составе патогенов, присутствующих в ней (Moretti, 2009). Для получения такой информации необходимо применение эффективных методов, позволяющих быстро и с высокой специфичностью определять видовую принадлежность штамма или изолята.

Род Fusarium является сложным в таксономическом отношении, а также с точки зрения видовой идентификации его представителей. Виды, относящиеся к нему, отличаются друг от друга по типу спороношения — для них характерны как микро-, так и макроконидии, по наличию или отсутствию половой стадии в цикле развития, а также по типу спаривания (Leslie and Summereil, 2006). Всего за годы исследований рода Fusarium было предложено порядка 10 его таксономических систем, основанных на характеристиках высокоизменчивых морфологических структур. Все эти системы противоречивы и имеют целый ряд недостатков, затрудняющих точную видовую идентификацию исследуемых штаммов (Nelson et al., 1983; Nelson, 1991; Leslie et al., 2001). Диагностика возбудителя непосредственно на зараженном растении зачастую в принципе невозможна, поскольку во многих случаях заболевание протекает бессимптомно (Parry et al., 1995).

В настоящий момент важную роль в изучении разнообразия грибов рода Fusarium, а также в их видоспецифичной идентификации играют молекулярные технологии (Ward et al., 2004; Benali et al., 2011). С этих позиций особенно актуальными представляются подходы, основанные либо на сравнении спектров специфических метаболитов грибов (в частности, токсинов) (Frsivad et al., 2008; Ricci et al., 2009; Zain, 2010), либо на анализе полиморфизма геномных и митохондриальных ДНК. Слабой стороной первого подхода является то, что отсутствие токсина не означает отсутствия их продуцента, поскольку синтез токсина может начаться при изменении условий хранения, под воздействием биотических и абиотических стрессов (Doohan et al., 2003). Наиболее специфичными для детекции возбудителей фузариоза являются методы с использованием ДНК-маркеров, в первую очередь основанные на полимеразной цепной реакции (ПНР), позволяющие идентифицировать вид по характерной последовательности нуклеотидов его ДНК. В последние годы применение молекулярных методов позволило уточнить таксономический статус изолятов грибов рода Fusarium различного происхождения (O'Donnell et al., 2000; Yli.

Mattila et al., 2002; Obanor et al., 2010; Harrow et al., 2010), а также выделить целый ряд новых видов возбудителей фузариоза (Aoki and O’Donnell, 1999; O’Donnell et al., 2000; O’Donnell et al., 2004; Scott and Chakraborty, 2006; Kulik et al., 2011; Yli-Mattila et al., 2011). Кроме того, был разработан целый спектр тест-систем, обеспечивающих быструю и высокочувствительную детекцию патогенов как в чистой культуре, так и в растительном материале (Рязанцев и др., 2008; Turner et al., 1998; Nicholson et al., 2003; Nicholson et al., 2004; Niessen et al., 2004; Llorens et al., 2006; Quarta et al., 2006; Kulik, 2008; Fernandez-Ortuno et al., 2011; Faria et al., 2012).

Тем не менее, на сегодняшний день объём генетических данных для представителей рода Fusarium ограничен: в частности, выявлено лишь небольшое число локусов, для которых разработаны специфические SCAR-маркеры (sequence characterized amplified regionParan and Michelmore, 1993), дающие возможность с высокой достоверностью определять видовую принадлежность гриба (Niessen and Vogel, 1998; Kristensen et al., 2005). Существенным недостатком практически всех описанных диагностических систем является то, что они не были протестированы на широкой видовой выборке моноспоровых культур различного географического происхождения, поэтому их абсолютная специфичность может быть поставлена под сомнение. Большинство исследований, посвященных классификации и таксономической характеристике возбудителей фузариоза, проводилось с использованием последовательностей 1 -2 генов, чего явно недостаточно, чтобы сделать однозначные выводы по поводу степени родства тех или иных штаммов или видов. Решить эти проблемы может применение метода MLST (multilocus sequence typing, Maiden et al., 1998), в основе которого лежит установление последовательностей нуклеотидов небольших фрагментов (как правило, около 500 нуклеотидов) ряда генов и последующее их сравнение у разных организмов. У этого метода есть ряд существенных преимуществ, в частности, высокая разрешающая способность, а также тот факт, что процедуру секвенирования легче стандартизовать, чем многие другие методы, применяющиеся для типирования. Это упрощает обмен данными между исследователями, а также дает возможность оценивать новизну получаемых результатов и сравнивать их с полученными ранее.

Для оценки достоверности метода MLST, также как и многих других методов молекулярного типирования, важное значение имеет объём выборки исследуемых видов и штаммов. В этом заключается другая проблема большинства исследований рода Fusarium на данный момент. Выборки видов и штаммов, которые, как правило, подвергаются молекулярно-генетическому анализу, ограничены как по количеству, так и по географическому происхождению. В частности, необходимо отметить, что не было проведено ни одного обширного исследования разнообразия российской коллекции возбудителей фузариоза. Расширение филогенетической информации и изучение таксономии рода Fusarium, а также разработка систем идентификации возбудителей фузариоза требуют выявления новых ДНК-маркеров, специфичных на межи внутривидовом уровне (Nalim et al., 2009). Кроме того, изучение структуры генома представителей рода Fusarium необходимо для исследования функциональной активности отдельных генов, в частности ответственных за процессы патогенеза и синтеза токсинов.

Целями настоящей работы были анализ полиморфизма ряда важных в таксономическом и функциональном отношении генов, и выявление новых маркеров для филогенетических исследований, диагностики и идентификации токсигенных грибов рода Fusarium.

Объектами исследования были: культуры 90 штаммов 11 наиболее распространенных и опасных с точки зрения токсигенности возбудителей фузариоза злаковых: Fusarium graminearum, F. culmorum, F. cerealis, F. sporotrichioides, F. langsethiae, F. poae, F. avenaceum, F. tricinctum, F. acuminatum, F. equiseti, F. solani из коллекций Всероссийского института защиты растений (ВИЗР) и Всероссийского научно-исследовательского института фитопатологии.

ВНИИФ) Россельхозакадемии- 26 образцов зерна, предварительно охарактеризованного по степени заражённости возбудителями фузариоза и содержания основных микотоксинов: ДОН и Т-2- 24 образца, представляющих собой искусственно заражённые спорами гриба F. culmorum проростки пшеницы на разных стадиях заражения.

В ходе исследования предстояло решить следующие задачи:

Провести MLST-анализ полиморфизма ДНК токсигенных грибов рода Fusarium и оценить степень межи внутривидовых различий.

Провести оценку генетического разнообразия исследуемых штаммов возбудителей фузариоза из всероссийских коллекций методами RAPDи ISSR-анализа.

Выявить новые SCARмаркеры и разработать на их основе праймеры и зонды для специфической идентификации токсигенных грибов рода Fusarium, в том числе идентификации групп видов в соответствии со спектрами продуцируемых ими микотоксинов.

Протестировать специфичность разработанных праймеров и зондов на ДНК культур моноспоровых штаммов грибов и образцах заражённого зерна.

Разработать соответствующие тест-системы для качественной и количественной (ПЦР-РВ) диагностики и идентификации исследуемых возбудителей фузариоза.

У Подготовить технический регламент для внедрения разработанных диагностических наборов в производство.

Научная новизна работы. В ходе работы впервые проведён MLST-анализ обширной выборки штаммов грибов рода Fusarium всероссийских коллекций, паразитирующих на злаковых культурах. Работа позволила уточнить видовую принадлежность исследованных штаммов, и охарактеризовать степень филогенетического родства между ними. В частности, впервые на территории России были идентифицированы штаммы вида F. torulosum, характеризующегося высокой изменчивостью, затрудняющей его идентификацию с помощью классических методов. В ходе исследования для некоторых видов впервые определены частичные структуры ряда генов, таких как PHO, b-tub, acl, esynl, CPRl, lys2 и обсуждена возможность их использования в качестве маркерных для идентификации и таксономической характеристики возбудителей фузариоза. Результаты мультилокусного исследования были также сопоставлены с данными, полученными методами RAPD и ISSR. Совокупность полученных результатов выявило однозначную корреляцию между степенью филогенетического родства видов грибов рода Fusarium и спектрами продуцируемых ими микотоксинов, что противоречит некоторым принятым на сегодняшний день положениям систематики рода Fusarium. В частности, показано, что вид F. tricinctum, который принято относить к секции Sporotrichiella, по результатам проведённых исследований составил одну группу с видами F. avenaceum (секция Roseum) и F. acuminatum (секция Gibbosum), для которых характерной является продукция энниатинов и монилиформина.

Сравнение последовательностей нуклеотидов исследованных генов позволило выявить в них ряд полиморфных участков, характерных на уровне отдельных видов. Эти участки были использованы в качестве маркеров с охарактеризованной последовательностью нуклеотидов (SCAR-маркеры) для подбора высокоспецифических праймеров. Разработанные праймеры и флуоресцентно-меченые зонды легли в основу тест-систем для детекции возбудителей фузариоза, в том числе групп близкородственных видов в соответствии со спектрами продуцируемых микотоксинов. Специфичность праймеров продемонстрирована в тестах с ДНК моноспоровых культур исследуемых видов и не вызывает сомнений. С помощью метода ПЦР-РВ проведена количественная оценка содержания ДНК токсигенных грибов рода Fusarium в образцах заражённого зерна наиболее важных сельскохозяйственных культур различного географического происхождения. В тестах с ДНК, выделенной из искусственно заражённых проростков пшеницы, впервые показана возможность использования метода ПЦР-РВ для обнаружения и количественной оценки присутствия возбудителей фузариоза в растениях на ранних бессимптомных стадиях заражения.

Практическая значимость работы. Выявленные в ходе исследования ДНК-маркеры могут быть использованы для филогенетических исследований и идентификации грибов рода Fusarium, в том числе при исследовании изолятов, потенциально представляющих собой новые, до сих пор не описанные виды. Предложенные тест-системы на основе ПЦР обеспечивают быструю и строго специфическую диагностику зараженности растительного материала возбудителями фузариоза, а применение ПЦР-РВ позволяет также проводить количественную оценку содержания ДНК патогенов. Использование тестов, специфичных к группам видов со сходными спектрами продуцируемых микотоксинов, удобно для практического применения, поскольку позволяет сократить количество анализов, необходимых для диагностики заражённости зерна и продуктов его переработки возбудителями фузариоза. Диагностические наборы, созданные на основе разработанных тест-систем, в настоящее время внедрены в производство и применяются на практике — как в научно-исследовательских учреждениях, так и специалистами фитосанитарного контроля.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Абрамова С. Л., Рязанцев Д. Ю., Войнова Т. М., Завриев С. К. 2008. Диагностика фитопатогенных грибов Septoria tritici и Stagonospora nodorum методом FLASH-ПЦР. Биоорганическая химия 34, 97−102.

2. Банникова А. А. 2004. Молекулярные маркеры и современная филогенетика млекопитающих. Журнал общей биологии, 65, 278−305.

3. Билай В. И. 1955. Фузарии. Киев, изд-во АН СССР. 320 с.

4. Гаврилова О. П., Гагкаева Т. Ю., Буркин А. А., Кононенко Г. П. 2009. Заражённость грибами рода Fusarium и контаминация микотоксинами зерна овса и ячменя на севере Нечерноземья. Сельскохозяйственная биология. 6, 89−93.

5. Гагкаева Т. Ю., Гаврилова О. П., Левитин М. М., Новожилов К. В. 2011. Фузариоз зерновых культур. Приложение к журналу «Защита и карантин растений». 5, 69−120.

6. Гагкаева Т. Ю., Левитин М. М. 2005. Современное состояние таксономии грибов комплекса Gibberella fujikuroi. Микология и фитопатология.

7. Коломбет Л. В., Старшов А. А., Шислер Д. 2005. Биологическая эффективность Trichoderma asperellum GJS 03−35 и дрожжей Cryptococcus noaaensis ОН 182.9 против возбудителей фузариоза колоса пшеницы. Микология и Фитопатология. 39, 80−88.

8. Кононенко Г. П., Буркин А. А. 2002. Фузариотоксины в зерновых кормах. Ветеринарная патология. 2, 128−132.

9. Новикова И. И. 2005. Полифункциональные биопрепараты для защиты растений от болезней. Защита и карантин растений. 2, 22−24.

10. Ребриков Д. В., Саматов Г. А., Трофимов Д. Ю., Семёнов П. А., Савилова A.M., Кофиади И. А., Абрамов Д. Д. 2009. ПЦР «в реальном времени». М., Бином. Лаборатория знаний. 123 с.

11. Рязанцев Д. Ю., Абрамова С. Л., Евстратова С. В., Гагкаева Т. Ю., Завриев С. К. 2008. Диагностика токсигенных грибов рода Fusarium методом FLASH-ПЦР. Биоорганическая химия. 34, 716−724.

12. Саркисов А. К. 1954. Микотоксикозы. М., Сельхозгиз, 216 с.

13. Шнеер B.C. 2009. ДНК-штрихкодирование видов животных и растений способ их молекулярной идентификации и изучения биоразнообразия. Журнал общей биологии. 70. 296−315.

14. Ahmad S., Khan Z.U., Theyyathel A.M. 2010. Development of a nested PCR assay for the detection of Fusarium solani DNA and its evaluation in the diagnosis of invasive fusariosis using an experimental mouse model. Mycoses. 53, 40−47.

15. Alkami Quick Guide for PCR. A laboratory reference for the polymerase chain reaction. First edition. 1999. http://www.alkami.com.

16. Aoki Т., O’Donnell K. 1999. Morphological and molecular characterization of Fusarium pseudograminearum sp. nov., formerly recognized as Group I population of F. graminearum. Mycologia. 91, 597−609.

17. Bacan В., Giraud-Delville C., Pinson L., Richard-Molard D., Fournier E., Brygoo Y. 2002. Identification by PCR of Fusarium culmorum strains producing large and small amounts of deoxynivalenol. Applied and Environmental Microbiology. 68, 5472−5479.

18. Becker R., Hettwer U., Karlovsky P., Deising H.B. 2010. Adaptation of Fusarium graminearum to tebuconazole yielded descendants diverging for levels offitness, fungicide resistance, virulence, and mycotoxin production. Phytopathology. 100, 444−453.

19. Bej A. K, Mahbubani M.H., Atlas R.M. 1991. Amplification of nucleic acids by polymerase chain reaction (PCR) and other methods of their applications. Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology. 26, 301−334.

20. Belabid L., Baum M., Fortas Z., Bouznad Z., Eujayl I. 2004. Pathogenic and genetic characterization of Algerian isolates of Fusarium oxysporum f. sp. lentis by RAPD and AFLP analysis. African Journal of Biotechnology. 3, 25−31.

21. Benali S., Mohamed B., Eddine HJ., Neema C. 2011. Advances of molecular markers application in plant pathology research. European Journal of Scientific Research. 50,110−123.

22. Bennet J.W., Klich M. 2003. Mycotoxins. Clinical Microbiology Reviews. 16, 497−516.

23. Bezuidenhout C.C., Prinsloo M., Van der Walt A.M. 2006. Multiplex PCR-based detection of potential fumonisin-producing Fusarium in traditional African vegetables. Environmental Toxicology. 21, 360−366.

24. Birch D.E. 1996. Simplified hot start PCR. Nature. 381, 445−446.

25. Bluhm B.H., Cousin M.A., Woloshuk C.P. 2004. Multiplex real-time PCR detection of fumonisin-producing and trichothecene-producing groups of Fusarium species. Journal of Food Protection. 67, 536−43.

26. Bogale M., Wingfield B.D., Wingfield M.J., Steenkamp E.J. 2005. Characterization of Fusarium oxysporum isolates from Ethiopia using AFLP, SSR, and DNA sequence analysis. Molecular Ecology Notes. 5, 622−624.

27. Booth C. 1971. The Genus Fusarium. Commonwealth Mycological Institute. 237 pp.

28. Booth C. 1981. Perfect states (teleomorphs) of Fusarium species. In: Nelson P.E., Toussoun T.A., Cook R.J. Fusarium: diseases, biology and taxonomy. Pennsylvania State University Press, 457 pp.

29. Botstein D., White R.L., Skolnick M., Davis R.W. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics. 32, 314−331.

30. Bottalico A., Perrone G. 2002. Toxigenic Fusarium species and mycotoxins associated with head blight in small cereals in Europe. European Journal of Plant Pathology. 108, 611−624.

31. Brandfass C., Karlovsky P. 2006. Simultaneous detection of Fusarium culmorum and Fusarium graminearum in plant material by duplex with melting curve analysis. BMC Microbiology 6, 4.

32. Brown D.W., Dyer R.B., McCormnick S., Kendra D.F., Plattner R.D. 2004. Functional demarcation of Fusarium core trichothecene cluster. Fungal Genetics and Biology. 41, 454−462.

33. Burgess L. W., Nelson P.E., Toussoun T.A. 1982. Characterization, Geographic Distribution and Ecology of Fusarium crookwellense sp. nov. Transactions of the British Mycological Society 79. 497−505.

34. Cha R.S., Thilly W.G. 1993. Specificity, efficiency and fidelity of PCR. Genome Research. 3,18−29.

35. Chandra N.S., Udaya Shankar A.C., Niranjana S.R., Prakash H.S. 2008. Molecular detection and characterization of Fusarium verticillioides in maize (Zea mays L.) grown in southern India. Annals of Microbiology. 58, 359−367.

36. Chandra N.S., Wulff E.G., Udayashankar A.C., Nandini B.P., Niranjana S.R., Mortensen C.N., Prakash H.S. 2011. Prospects of molecular markers in Fusarium species diversity. Applied Microbiology and Biotechnology. 90,1625−1639.

37. Chen X., Sullivan P.F. 2003. Single nucleotide polymorphism genotyping: biochemistry, protocol, cost and throughput. The Pharmacogenomics Journal. 3, 77−96.

38. Chou Q., Russell M., Birch D.E., Raymond J., Block W. 1992. Prevention of pre-PCR mispriming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications. Nucleic Acids Research. 20,1717−1723.

39. Croteau S.M., Prelusky D.B., Trenholm H.L. 1994. Analysis of trichothecene mycotoxins by gas chromatography with electron capture detection. Journal of Agricultural and Food Chemistry. 42, 928−933.

40. Cubero J., Wolf van der J., Beckhoven van J., Lopez M.M. 2002. An internal control for the diagnosis of crown gall by PCR. Journal of Microbiological Methods. 51, 387−392.

41. De Wolf E.D., Madden L.V., Lipps P.E. 2003. Risk assessment models for wheat Fusarium head blight epidemics based on within-season weather data. Phytopathology. 93, 428−43^.

42. Denschlag C., Vogel R.F. Niessen L. 2012. Hyd5 gene-based detection of the major gushing-inducing Fusarium spp. in a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay. International Journal of Food Microbiology. 156,189−196.

43. Desjardins A.E. 2006. Fusarium mycotoxms: chemistry, genetics and biology. APS Press, St. Paul, Minnesota. 8−9.

44. Doohan F.M., Brennan J., Cooke B.M. 2003. Influence of climatic factors on Fusarium species pathogenic to cereals: a review. European Journal of Plant Pathology. 109, 755−768.

45. Dyer R.B., Kendraa D.F., Browna D.W. 2006. Real-time PCR assay to quantify Fusarium graminearum wild-type and recombinant mutant DNA in plant material. Journal of Microbiological Methods. 67, 534−542.

46. Edel V., Steinberg C., Avelange I., Laguerre G., Alabouvette C. 1995. Ribosomal DNA-targeted oligonucleotide probe and PCR assay specific for Fusarium oxysporum. Phytopathology. 85, 579−585.

47. Ehrlich K.C., Daigle K.W. 1987. Protein synthesis inhibition by 8-oxo-12,13-epoxytrichothecenes. Biochimica et Biophysica Acta. 923, 206−213.

48. Ekrem T., Willassen E., Stur E. 2007. A comprehensive DNA library is essential for identification with DNA barcodes. Molecular Phylogenetics and Evolution. 43, 530−542.

49. Engelhardt J.A., Carlton W.W., Tuite J.F. 1989. Toxicity of Fusarium moniliforme var. subglutinans for chicks, ducklings, and turkey poults. Avian Disease. 33, 357−360.

50. Fernandez C., Stack M.E., Musser S.M. 1994. Determination of deoxynivalenol in 1991 U.S. winter and spring wheat by high performance thin layer chromatography. Journal of AOAC International. 77, 628.

51. Fernandez-Ortuno D., Atkins S.L., Fraaije B.A. 2011. The use of a CYP51C gene based PCR-RFLP assay to detect Fusarium avenaceum and F. tricinctum in wheat. International Journal of Food Microbiology. 145, 370−374.

52. Fink-Gremmels J., Malekinejad H. 2007. Clinical effects and biochemical mechanisms associated with exposure to the mycoestrogen zearalenone. Animal Science and Technology. 137, 326−341.

53. Fredlund E., Gidlund A., Petterson H., Olsen M., Borjesson T. 2010. Realtime PCR detection of Fusarium species in Swedish oats and correlation to T-2 and HT-2 toxin content. World Mycotoxin Journal. 3, 77−88.

54. Frsivad J.C., Andersen B., Thrane U. 2008. The use of secondary metabolite profiling in chemotaxonomy of filamentous fungi. Mycological Research. 112, 231 240.

55. Foroud N.A., Yudes F. 2009. Trichothecenes in cereal grains. International Journal of Molecular Sciences. 10,147−173.

56. Gagkaeva T.Yu., Yli-Mattila T. 2004. Genetic diversity of Fusarium graminearum in Europe and Asia. European Journal of Plant Pathology. 110, 551−562.

57. Garcia-Mas J., Oliver M., Gomez-Paniagua H., de Vicente M.C. 2000. Comparing RFLP, RAPD and AFLP markers for measuring genetic diversity of melon. Theoretical and Applied Genetics. 101, 860−864.

58. Gerlach W. 1981. The present concept of Fusarium classification. In: Nelson P.E., Toussoun T.A., Cook R.J. Fusarium: diseases, biology and taxonomy. Pennsylvania State University Press, 457 pp.

59. Gerlach W., Nirenberg H.I. 1982. The genus Fusarium—a pictorial atlas. Mitt Biol Bundesanst Land-u Forstwirsch Berlin-Danlem, 406 pp.

60. Gilbert J., Startin J.R., Crews C. 1985. Optimisation of conditions for the trimethylisation of trichothecene mycotoxins. Journal of Chromatography. 319, 376 381.

61. Glenn A.E. 2007. Mycotoxigenic Fusarium species in animal feed. Animal Feed Science And Technology. 137, 213−240.

62. Grimm C., Geisen R. 1998. A PCR-ELISA for the detection of potential fumonisin producing Fusarium species. Letters in Applied Microbiology. 26, 456−462.

63. Hagler W.M., Towers N.R., Mirocha TJ. 2003. Zearalenone: mycotoxin and mycoestrogen. In: Fusarium Paul E. Nelson Memorial Symposium. St. Paul.: APS PRESS, pp. 321−331.

64. Happich D., Madlener K., Schwaab R. 2000. Application of the TaqMan-PCR for genotyping of the prothrombin G20210A mutation and of the thermolabile methylenetetranydrofolate reductase mutation. Journal of Thrombosis and Haemostasis. 84,144−145.

65. Hebert P.D.N., Cywinska A., Ball S.L., de Waard J.R. 2003. Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. 270, 313−321.

66. Henriksen B., Elen O. 2005. Natural Fusarium grain infection level in wheat, barley and oat after early application of fungicides and herbicides. Journal of Phytopathology. 153, 214−220.

67. Higuchi R., Dollinger G., Walsh P. S., Griffith R. 1992. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. Biotechnology. 10, 413−417.

68. Horevaj P., Milus E.A., Bluhm B.H. 2011. A real-time qPCR assay to quantify Fusarium graminearum biomass in wheat kernels. Journal of Applied Microbiology. Ill, 396−406.

69. Hornbogen T., Glinski M., Zocher R. 2002. Biosynthesis of depsipeptide mycotoxins in Fusarium. European Journal of Plant Pathology. 108, 713−718.

70. Horton R.M., Hoppe B.L., Conti-Tronconi B.M. 1994. AmpliGrease: «hot start» PCR using petroleum jelly. Biotechniques. 16, 42−43.

71. Huss M.J., Campbell C.L., Jennings D.B., Leslie J.F. 1996. Izozyme variation among biological species in the Gibberella fujikuroi species complex {Fusarium Section Liseola). Applied and Environmental Microbiology. 62, 3750−3756.

72. Inch S.A., Gilbert J. 2003. Survival of Gibberella zeae on Fusarium-damaged kernals of spring wheat. Plant Disease. 87, 282−287.

73. Jennings P., Coates M.E., Walsh K., Turner J.A. 2004. Determination of deoxynivalenol and nivalenol-producing chemotypes of Fusarium graminearum isolates from wheat crops in England and Wales. Plant Pathology. 53, 643−652.

74. Joffe A.Z. 1974. A modern system of Fusarium taxonomy. Mycopathologia et Mycologia Applicata. 53, 201−228.

75. Kellogg D.E., Rybalkin I., Chen S., Mukhamedova N., Vlasik T., Siebert P.D., Chenchik A. 1994. TaqStartTM Antibody: «Hot Start» PCR Facilitated by a Neutralizing Monoclonal Antibody Directed Against Taq DNA Polymerase. Biotechniques. 16,1134−1137.

76. Kidd K.K., Ruano G. 1995. Optimizing PCR. In: PCR-A Practical Approach, Volume 2. Oxford University Press, Oxford, England, pp. 1−22.

77. Kimura M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution. 16, 111−120.

78. Kistler H.C. 2001. Evolution of host specificity in Fusarium oxysporum. In: Summereil B.A., Leslie J.F., Backhouse D., Bryden W.L., Burgess L.W. Fusarium: Paul E Nelson Memorial Symposium. APS Press, 392 pp.

79. Klemsdal S.S., Elen O. 2006. Development of a highly sensitive nested-PCR method using a single closed tube for detection of Fusarium culmorum in cereal samples. Letters in Applied Microbiology. 42, 544−548.

80. Kleppe K., Ohtsuka E., Kleppe R., Molineux I., Khorana H.G. 1971. Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replications of short synthetic DNA’s as catalyzed by DNA polymerases. Journal of Molecular Biology. 56, 341−361.

81. Konstantinova P., Yli-Mattila T. 2004. IGS-RFLP analysis and development of molecular markers for identification of Fusarium poae, F. langsethiae, F. sporotrichioides and F. kyushuense. International Journal of Food Microbiology. 95, 321−331.

82. Kotal F., Radova Z. 2002. A simple method for determination of deoxynivalenol in cereals and flours. Czech Journal of Food Sciences. 20, 63−68.

83. Kristensen R., Torp M., Kosiak B., Hoist-Jensen A. 2005. Phylogeny and toxigenic potential is correlated in Fusarium species as revealed by partial translation elongation factor 1 alpha gene sequences. Mycological Research. 109,173−186.

84. Krnjaja V., Levic J., Stankovich S. 2011. Importance of toxigenic Fusarium species in animal food. Biotechnology in Animal Husbandry. 27, 643−657.

85. Kubista M., Andrade J.M., Bengtsson M., Forootan A., Jonak J., Lind K., Sindelka R., Sjoback R., Sjogreen B., Strombom L., Stahlberg A., Zoric N. 2006. The real-time polymerase chain reaction. Molecular Aspects of Medicine. 27, 95−125.

86. Kulik T., Jestoi M., Okorski A. 2011. Development of TaqMan assays for the quantitative detection of Fusarium avenaceum/Fusarium tricinctum and Fusarium poae esynl genotypes from cereal grain. FEMS Microbiology Letters. 314, 49−56.

87. Kulik T., Pszczolkowska A., Lojko M. 2011. Multilocus phylogenetics show high intraspecific variability within Fusarium avenaceum. International Journal of Molecular Sciences. 12,5626−5640.

88. Lacmanova I., Pazlarova J., Kostelanska M., Hajslova J. 2009. PCR-based identification of toxinogenic Fusarium species. Czech Journal of Food Science. 27, 9094.

89. Laday M., Bagi F., Masterhazy A., Szecsi A. 2000. Izozyme evidence for two groups of Fusarium graminearum. Mycological Research. 104, 788−793.

90. Leslie J.F., Summerell B.A. 2006. The Fusarium laboratory manual. Blackwell Publishing, 388 p.

91. Leslie J.F., Zeller K.A., Summerell B.A. 2001. Icebergs and species in populations of Fusarium. Physiological and Molecular Plant Pathology 59,107- 117.

92. Levitin M., Ivaschenko V., Shipilova N., Gagkaeva T. 2000. Fusarium head blight of the cereal crops in Russia. Plant Protection. 51,111−122.

93. Litt M., Lity J.A. 1989. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. American Journal of Human Genetics. 44, 397−401.

94. Liu W., Saint D.A. 2002. Validation of a quantitative method for real time PCR kinetics. Biochemical and Biophysical Research Communications. 294, 347−353.

95. Logrieco A., Moretti G., Castella M., Kostecki P., Golinski A., Ritieni A., Chelkowski J. 1998. Beauvericin production by Fusarium species. Applied and Environmental Microbiology. 64, 3084−3088.

96. Logrieco A., Rizzo A., Ferracane., Ritieni A. 2002. Occurrence of beauvericin and enniatins in wheat affected by Fusarium avenaceum head blight. Applied and Environmental Microbiology. 68, 82−85.

97. Luo J.L., Bao K., Nie M., Zhang W.Q., Xiao M., Li B. 2007. Cladistic and phenetic analyses of relationships among Fusarium spp. in Dongtan wetland by morphology and isozymes. Biochemical Systematics and Ecology. 35, 410−420.

98. Lynch J.R., Brown J.M. 1990. The polymerase chain reaction: current and future clinical applications. Journal of Medical Genetics. 27, 2−7.

99. Lynch M., Milligan B.G. 1994. Analysis of population genetic structure with RAPD markers. Molecular Ecology. 3, 91−99.

100. Mackay J., Landt O. 2006. Real-Time PCR fluorescent chemistries. Methods in Molecular Biology. 353, 237−261.

101. Marasas, W.F.O., Nelson, P.E., Toussoun T.A. 1984. Toxigenic Fusarium species: identification and Mycotoxicology. Pennsylvania State University Press, 1−328.

102. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. 2002. Efficiencies of fluorescence resonance energy transfer and contact-mediated quenching in oligonucleotide probes. Nucleic Acids Research. 30, el22.

103. Masterhazy A. 1997. Methodology of resistance testing and breeding against Fusarium head blight in wheat and results of the selection. Cereal Research Communications. 25^ 51−654.

104. Masterhazy A. 2002. Theory and practice of the breeding for Fusarium head blight. European Journal of Plant Pathology. 108, 675−684.

105. McCormick S.P., Harris L.J., Alexander N.J., Ouellet T., Saparno A., Allard S., Desjardins A.E. 2004. Tril in Fusarium graminearum encodes a P450 oxygenase. Applied Environmental Microbiology. 70, 2044;2051.

106. Meng K., Wang Y., Yang P., Luo H., Bai Y., Shi P., Yuan T., Ma R., Yao B. 2010. Rapid detection and quantification of zearalenone-producing Fusarium species by targeting the zearalenone synthase gene PKS4. Food Control. 21, 207−211.

107. Menz M.A., Klein R.R., Mullet J.E., Obert J.A., Unruh N.C., Klein P.E. 2002. A high-density genetic map of Sorghum bicolor (L.) Moench based on 2926 AFLP, RFLP and SSR markers. Plant Molecular Biology. 48, 483−499.

108. Miller J.D., Apsimon J.W., Blackwell B.A., Greenhalg R. 2001. Deoxynivalenol: a 25 year perspective on a trichothecene of agricultural importance. In: Fusarium. Paul E. Nelson Memorial Symposium. St Paul: APS PRESS. Pp. 310−320.

109. Milstein S. 1999. The hybridoma revolution: an offshoot of basic research. Bioessays. 21, 966−973.

110. Miracles J.A., Bonde M.R., Peterson G.L. 1986. The use of izozyme analysis in fungal taxonomy and genetics. Mycotaxon. 27, 405−449.

111. Mishra P.K., Fox R.T.V., Chulham A. 2003. Inter-simple sequence repeat and aggressiveness analyses revealed high genetic diversity, recombination and longrange dispersal in Fusarium culmorum. Annals of Applied Biology. 143, 291−301.

112. Moradi M., Oerke E.-C., Steiner U., Tesfaye D., Schellander K., Dehne H.W. Microbiological and SYBR Green real-time PCR detection of major fusarium head blight pathogens on wheat ears. Microbiology. 79, 646−654.

113. Moretti A. 2009. Taxonomy of Fusarium genus. A continuous fight between lumpers and splitters. Matica Srpska Proceedings for Natural Sciences. 117, 7−13.

114. Morgante M., Hanafey H., Powell W. 2002. Microsatellites are preferentially associated with nonrepetitive DNA in plant genome. Nature Genetics. 30, 194−200.

115. Morid B., Hajmansoor S., Kakvan N. 2012. Screening of resistance genes to fusarium root rot and fusarium wilt diseases in tomato (Lycopersicon esculentum) cultivars using RAPD and CAPS markers. European Journal of Experimental Biology. 4, 931−939.

116. Moss M.O., Thrane U. 2004. Fusarium taxonomy with relation to trichothecene formation. Toxicology Letters. 153, 23−28.

117. Mostafa M., Reza Z.M., Omid J., Javad H.M. 2002. Use of RAPD, enzyme activity staining, and colony size to differentiate phytopathogenic Fusarium oxysporum isolates from Iran. Brazilian Journal of Microbiology. 33, 299−303.

118. Mueller U.G., Wolfenbarger L.L. 1999. AFLP genotyping and fingerprinting. Trends in Ecology & Evolution. 14, 389−394.

119. Murray M.G., Thompson W.F. 1980. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nucleic Acid Research. 8, 4321−4325.

120. Nalim F.A., Elmer W.H., McGovern R.J., Geiser D.M. 2009. Multilocus phylogenetic diversity of Fusarium avenaceum pathogenic on lisianthus. Phytopathology. 99, 462−468.

121. Nelson P.E. 1991. History of Fusarium systematics. Phytopathology. 81, 1045−1048.

122. Nelson P.E., Dignani M.C., Anaissie E.J. 1994. Taxonomy, biology, and clinical aspects of Fusarium species. Clinical Microbiology Reviews. 7, 479−504.

123. Nelson P.E., Tousson T.A., Marasas W.F.O. 1983. Fusarium species: an illustrated manual for identification. Pennsylvania State University Press, 193 pp.

124. Nei M., Li W.H. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proceedings of the National Academy of Sciences. 76, 5269−5273.

125. Nicholson P., Simpson D.R., Wilson A.H., Chandler E., Thomsett M. 2004. Detection and differentiation of trichothecene and enniatin-producing Fusarium species on small-grain cereals. European Journal of Plant Pathology. 110, 503−514.

126. Nicolaisen M., Suproniene S., Nielsen L.K., Lazzaro I., Spliid N.H., Justesen A.F. 2009. Real-time PCR for quantification of eleven individual Fusarium species in cereals. Journal of Microbiological Methods. 76, 234−240.

127. Niessen L. 2007. PCR based diagnosis and quantification of mycotoxin producing fungi. International Journal Food Microbiology. 119, 38−46.

128. Niessen L., Schmidt H., Vogel R.F. 2004. The use of tri5 gene sequences for the detection and taxonomy of trichothecene-producing species in the Fusarium section Sporotrichiella. International Journal of Food Microbiology. 95, 305−319.

129. Niessen L., Vogel R.F. 1998. Group specific PCR detection of potential trichothecene producing Fusarium species in pure cultures and cereal samples. Systematic and Applied Microbiology. 21, 618−631.

130. Niessen L., Vogel R.F. 2012. Detection of Fusarium graminearum DNA using a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay. International Journal of Food Microbiology. 140,183−191.

131. Nirenberg H.I. 1995. Morphological differentiation of Fusarium sambucinum Fuckel sensu stricto, F. torulosum (Berck. & Curt.) Nirenberg com. Nov., and F. venenatum Nirenberg sp. nov. Mycopathologia. 129,131−141.

132. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekava T., Watanabe K., Amino N., Hase T. 2000. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Research. 28, e63.

133. O’Donnell K. 2000. Molecular phylogeny of the Nectria haematococca-Fusarium solani species complex. Mycologia. 92, 919−938.

134. Obanor F., Erginbas-Orakci G., Tunali B., Nicol J.M., Chakraborty S. 2010. Fusarium culmorum is a single phylogenetic species based on multilocus sequence analysis. Fungal Biology. 114, 753−765.

135. Obst A., Guther B., Beck R., Lepschy J., Tischner H. 2002. Weather conditions conducive to Gibberella zeae and Fusarium graminearum head blight of wheat. Journal of Applied Genetics. 43A, 185−192.

136. Osborn L.E., Stein J.M. 2007. Epidemiology of Fusarium head blight on small-grain cereals. International Journal of Food Microbiology. 119,103−108.

137. Paavanen-Huhtala S., Hyuvonen J., Bulat S.A., Yli-Mattila T. 1999. RAPD-PCR, isozyme, rDNA RFLP and rDNA sequence analyses in identification of Finnish Fusarium oxysporum isolates. Mycological Research. 103, 625−634.

138. Paran I., Michelmore R.W. 1993. Development of reliable PCR-based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce. Theoretical and Applied Genetics. 85, 985−993.

139. Parry D.W., Jenkins P., McLeod L. 1995. Fusarium ear blight (scab) in small grain cereals a review. Plant Pathology. 44, 207−238.

140. Patel P.D. 2002. (Bio)sensors for measurement of analytes implicated in food safety: a review. Trends in Analytical Chemistry. 21, 96−116.

141. Peirson S.N., Butler J.N., Foster R.G. 2003. Experimental validation of novel and conventional approaches to quantitative real-time RT-PCR. Nucleic Acids Research. 31, e73.

142. Peterson S.W. 2012. Aspergillus and Penicillium identification using DNA sequences: barcode or MLST? Applied Microbiology and Biotechnology. 95, 339−344.

143. Perez T., Albornoz J., Dominguez A. 1998. An evaluation of RAPD fragment reproducibility and nature. Molecular Ecology. 7,1347−1357.

144. Pfaffl M.W. 2004. Quantification strategies in real-time PCR. In: A-Z of quantitative PCR. International University Line (UIL). Chapter 3, pp. 87−112.

145. Plattner R.D. 1995. Detection of fumonisms produced in Fusarium moniliforme cultures by HPLC with electrospray MS and evaporate scattering detectors. Natural Toxins. 3, 294−298.

146. Poapolathep A., Ohtsuka R., Kiatipattanasakul W., Ishigami N., Nakayama H., Doi K. 2002. Nivalenol-induced apoptosis in thymis, spleen ana Peyer’s patches of mice. Experimental and toxicologic pathology. 53, 441−446.

147. Polley R.W., Turner J.A., Cockerell V., Robb J. 1991. Survey of Fusarium species infection winter wheat in England, Wales and Scotland, 1989;1990. Home Grown Cer. Auth. Proj. London, Rep. 39,100 pp.

148. Proctor R.H., Desjardins A.E., McCornick S.P., Plattner R.D. 2002. Genetic analysis of the role of trichothecene and fumonisin mycotoxins in the virulence of Fusarium. European Journal of Plant Pathology. 108, 691−198.

149. Proctor R.H., McCormick S.O., Alexander N.J., Desjardins A.E. 2009. Evidence that a secondary metabolic biosynthetic gene cluster has grown by gene relocation during evolution of the filamentous fungus Fusarium. Molecular Microbiology. 74,1128−1142.

150. Quarta A., Mita G., Haidukovski M., Logriecco A., Mule G., Visconti A. 2006. Multiplex PCR assay for the identification of nivalenol, 3- and 15-acetyl-deoxynivalenol chemotypes in Fusarium. FEMS Microbiology Letters. 259, 7−13.

151. Rasmussen R. 2001. Quantification on the LightCycler. In: Rapid Cycle Real-time PCR, Methods and Applications. Springer Press, Heidelberg, pp. 21−34.

152. Reischer G.H., Lemmens M., Farnleitner A., Adler A., Mach R.L. 2004. Quantification of Fusarium graminearum in infected wheat by species specific realtime PCR applying a TaqMan probe. Journal of Microbiological Methods. 59,141−146.

153. Ririe K.M., Rasmussen R.P., Wittwer C.T. 1997. Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction. Analytical Biochemistry. 245, 154−160.

154. Rodriguez M.A., Cabrera G., Godeas A. 2006. Cyclosporine A from a nonpathogenic Fusarium oxysporum suppressing Sclerotinia sclerotiorum. Journal of Applied Microbiology. 100,575−586.

155. Rossman A.Y., Samuels G.J., Rogerson C.T., Lowen R. 1999. Genera of Bionectriaceae, Hypocreaceae and Nectriaceae. Studies in Mycology. 42, 1−248.

156. Roux K.H. 2009. Optimization and troubleshooting in PCR. Cold Spring Harbor Protocols. 4,1−6.

157. Rumsby G. 2006. An introduction to PCR techniques. Methods in Molecular Biology. 324, 75−89.

158. Rutledge R.G., Cote C. 2003. Mathematics of quantitative PCR and the applications of standard curves. Nucleic Acids Research. 31, e93.

159. Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K.B., Horn G.T., Erlich H.A., Arnheim N. 1985. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science. 230,1350−1354.

160. Sano T., Smith C.L., Cantor C.R. 1992. Immuno-PCR: Very sensitive antigen detection by means of specific antibody-DNA conjugates. Science. 258, 120 122.

161. Sarlin T., Yli-Mattila T., Jestoi M., Rizzo A., Paavanen-Huhtala S, Haikara A. 2006. Real-time PCR for quantification of toxigenic Fusarium species in barley and malt. European Journal of Plant Pathology. 114, 371−380.

162. Satyaprasad K., Bateman GX., Ward E. 2000. Comparisons of isolates of Fusarium avenaceum from white lupin and other crops by pathogenicity tests. DNA analyses and vegetative compatibility tests. Journal of Phytopathology. 148, 211−219.

163. Schnerr H., Vogel R.F., Niessen L. 2002. Correlation between DNA of trichothecene-producing Fusarium species and deoxynivalenol concentrations in wheat samples. Letters in Applied Microbiology. 35,121−125.

164. Schothorst R.C., Jekel A.A. 2001. Determination of trichothecenes in wheat by capillary gas chromatography with flame ionization detection. Food Chemistry. 73, 111−117.

165. Schwarz P.B. 2003. Impact of Fusarium head blight on malting and brewing quality of barley. In: Fusarium Head Blight of Wheat and Barley. APS PRESS. 512 pp.

166. Scott J.B., Chakraborty S. 2006. Multilocus sequence analysis of Fusarium pseudograminearum reveals a single phylogenetic species. Mycological Research. 110, 1413−1425.

167. Scott P.M., Abbas H.K., Mirocha C.J., Lawrence G.A., Weber D. 1987. Formation of moniliformin by Fusarium sporotrichioides and Fusarium culmorum. Applied and Environmental Microbioilogy. 70, 3512−3520.

168. Scott P.M., Lawrence G.A. 1994. Stability and problems in recovery of fumonisims added to corn-based foods. Journal of AOAC International. 77, 541−545.

169. Shinozuka J., Suzuki M., Noguchi N., Sugimoto T., Uetsuka K., Nakayama H., Doi K. 1998. T-2 toxin induced apoptosis in hematopoietic tissues of mice. Toxicologic pathology. 26, 674−681.

170. Short D.P.G., O’Donnell K., Zang N., Juba J.H., Geiser D.M. 2011. Widespread occurrence of diverse human pathogenic types of the fungus Fusarium detected in plumbing drains. Journal of Clinical Microbiology. 49, 4264−4272.

171. Snijders C.H.A. 1990. The inheritance of resistance to head blight caused by Fusarium culmorum in winter wheat. Euphitica. 50, 9−17.

172. Snyder W.C., Hansen H.N. 1940. The species concept in Fusarium. American Journal of Botany. 27, 64−67.

173. Stack R.W. 2003. History of Fusarium head blight with emphasis on North America. In: Fusarium head blight of wheat and barley. APS Press, 34 pp.

174. Steinglein S.A., Rodriguero M.S., Chandler E., Jennings P., Salerno G.L., Nicholson P. 2010. Phylogenetic relationships of Fusarium poae based on EF-la and mtSSU sequences. Fungal Biology. 114, 96−106.

175. Stepien L., Waskiewicz A. 2013. Sequence divergence of the enniatin synthase gene in relation to production of beauvericin and enniatins in Fusarium species. Toxins. 5, 537−555.

176. Stroka J., Van Otterdijk R., Anklam E. 2000. Immunoaffinity column cleanup prior to thin layer for the determination of aflatoxins in various food matrices. Journal of Chromatography. 904, 251−256.

177. Sugiura Y., Saito H., Tanaka T., Ichinoe M., Ueno Y. 1994. Fusarium crookwellense, a Newly Isolated Fungus from Wheat in Japan: Its Mycotoxin Production and Pathogenicity to Wheat and Barley. Mycoscience. 35, 77−82.

178. Suigura Y., Barr J.R., Barr D.B., Brock J.B., Elie C.M., Ueno Y., Patterson D.G., Potter M.E., Reiss E. 1999. Physiological characteristics and mycotoxins of human clinical isolates of Fusarium species. Mycological Research. 103,1462−1468.

179. Sutton J.C. 1982. Epidemiology of wheat head blight and maize ear rot caused by Fusarium graminearum. Canadian Journal of Plant Pathology. 4,195−209.

180. Swanson S.P., Helaszek C., Buck W.B., Rood H.D., Haschek W.M. 1988. The role of intestinal microflora in the metabolism of trichothecene mycotoxins. Food and Chemical Toxicology. 26, 823−829.

181. Taylor J.W., Jacobson D.J., Kroken S., Kasuga T., Geiser D.M., Hibbett D.S., Fisher M.C. 2000. Phylogenetic species recognition and species concepts in Fungi. Fungal Genetics and Biology. 31, 21−32.

182. Torp M., Langseth W. 1999. Production of T-2 toxin by Fusarium resembling Fusarium poae. Mycopathologia. 147, 89−96.

183. Torp M., Nirenberg H.I. 2004. Fusarium langsethiae sp. Nov. on cereals in Europe. International Journal of Food Microbiology. 95, 247−256.

184. Toussoun T.A., Nelson P.E. 1976. A pictorial guide to the identification of Fusarium species. 2n edition. Pennsylvania State University Press, 43 pp.

185. Troncoso C., Gonzalez X., Bomke C., Tudzynski B., Gong F., Hedden P., Rojas M.C. 2010. Gibberellin biosynthesis and gibberellin oxidase activities in Fusarium sacchari, Fusarium konzum and Fusarium subglutinans strains. Phytochemistry. 71,1322−1331.

186. Turner A.S., Lees A.K., Rezanoor H.N., Nicholson P. 1998. Refinement of PCR-detection of Fusarium avenaceum and evidence from DNA marker studies for phonetic relatedness to Fusarium tricinctum. Plant Pathology. 47, 278−288.

187. Tutelyan V.A. 2004. Deoxynivalenol in cereals in Russia. Toxicology Letters. 153,173−179.

188. Tyagi S., Bratu D.P., Kramer F.R. 1998. Multicolor molecular beacons for allele discrimination. Nature Biotechnology. 16, 49−53.

189. Ueno Y. 1989. Trichothecene myco toxins: mycology, chemistry and toxicology. Advances in Food & Nutrition Research. 3, 301−305.

190. Uhlig S., Jestoi M., Parikka P. 2007. Fusarium avenaceum the North European situation. International Journal of Food Microbiology. 119,17−24.

191. Urwin R., Maiden M.C. 2003. Multi-locus sequence typing: a tool for global epidemiology. Trends in Microbiology. 11, 479−487.

192. Vakalounakis D.J., Fragkiadakis G.A. 1999. Genetic diversity of Fusarium oxysporum isolates from cucumber: differentiation by pathogenicity, vegetative compatibility and RAPD fingerprinting. Journal of Phytopathology. 90,1126−1130.

193. Van Cauwenberge J.E., Schisler D.A., Cooper B., Smith K.P. 2009. Greenhouse and field demonstration of microbial suppression of Fusarium head blight in barley. In: Proceedings of the 2008 North American Barley Researchers Workshop, p. 36.

194. Vesonder, R.F., Golinski, P., Planner, R., Zietkiewicz, D.L., 1991. Mycotoxin formation by different geographic isolates of Fusarium crookwellense. Mycopathology. 113,11−14.

195. Vogelsgang S., Sulyok M., Hecker A., Jenny E., Krska R., Schuhmacher R., Forrer H.R. 2008. Toxigenicity and pathogenicity or Fusarium poae and Fusarium avenaceum on wheat. European Journal of Plant Pathology. 122, 265−276.

196. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., Van de Lee T., Homes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., Zabeau M. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research. 23, 4407−4414.

197. Voss K.A., Smith G.W., Haschek W.M. 2007. Fumonisins: toxicokinetics, mechanism of action and toxicity. Animal Food Science and Technology. 137, 299−325.

198. Waalwijk C., Kastelein P., de Vries I., Kerenyi Z. 2003. Major changes in Fusarium spp. in wheat in the Netherlands. European Journal of Plant Pathology. 209, 743−754.

199. Ward E., Foster J.S., Fraaiije B.A., McCartney H.A. 2004. Plant pathogen diagnostics: immunological and nucleic acid-based approaches. Annals of applied Biology. 145,1−16.

200. Watanabe M., Yonezava T., Lee K-I., Kumagai S., Sugita-Konishi Y., Goto K., Hara-Kudo Y. 2011. Evaluation of genetic markers for identifying isolates of the species of the genus Fusarium. Journal of the Science of Food and Agriculture. 91, 2500−2504.

201. Welsh J., McClelland M. 1990. Fingerprint genomes using PCR with arbitrary primers. Necleic Acids Research. 18, 7213−7218.

202. Wilke A.L., Bronson C.R., Tomas A., Munkvold G.P. 2007. Seed transmittion of Fusarium verticillioides in maize plants grown under three different temperature regimes. Plant Disease. 91,1109−1115.

203. Williams I., Kubelik A.R., Livak K.I., Rafalski I.A., Tongey S.N. 1990. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research. 18, 6531−6535.

204. Wilson A., Simpson D., Elizabeth C., Jennings P., Nicholson P. 2004. Development of PCR assays for the detection and differentiation of Fusarium sporotrichioides and Fusarium langsethiae. FEMS Microbiology Letters. 233: 69−76.

205. Wollenweber H.W., Reinking O.A., 1935. Die Fusarium, ihre Beschreiburg, Schadwirkung und Bekampfung. Berlin: Paul Parey, 355 p. (In German).

206. Xu Y., X.M., Parry D.W., Nicholson P., Thomsett M.A. 2005. Predominance and association of pathogenic fungi causing Fusarium ear blight in wheat in four European countries. European Journal of Plant Pathology. 112,143−154.

207. Yli-Mattila T., Gagkaeva T. 2010. Molecular chemotyping of Fusarium graminearum, F. culmorum, F. cerealis isolates from Finland and Russia. In: Molecular identification of fungi. Springer Berlin Heidelberg. Pp. 159−177.

208. Yli-Mattila T., Gagkaeva T., Ward T.J., Aoki T. 2009. A novel Asian clade within the Fusarium graminearum species complex includes a newly discovered cereal head blight pathogen from Far East of Russia. Mycologia. 101, 841−852.

209. Yli-Mattila T., Paavanen-Huhtala S., Parikka P., Konstantinova P. 2004. Molecular and morphological diversity of Fusarium fungi in Finnish and north-western Russia. European Journal of Plant Pathology. 110, 573−585.

210. Zain M.E. 2010. Biochemical markers in taxonomy of the genus Fusarium. Research Journal of Agriculture and Biological Sciences. 6, 1−7.

211. Zambounis A.G., Paplomatas E., Tsaftaris A.S. 2007. Intergenic spacer-RFLP analysis and direct quantification of Australian Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum from soil and infected cotton tissues. Plant Disease. 91,1564−1573.

212. Zarlenga D.S., Higgins J. 2001. PCR as a diagnostic and quantitative technique in veterinary parasitology. Veterinary Parasitology. 101, 215−230.

213. Zipper H., Brunner H., Bernhagen J., Vitzthum F. 2004. Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications. Nucleic Acids Research. 32, el03.

214. Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics. 20, 176−183.